15 kwietnia 2021
Udostępniamy szczegółowy protokół do przeprowadzania podwodnych badań fotogrametrycznych struktury na podstawie ruchu w celu wygenerowania modeli 3D i ortomozaik.
Protokół ten zapewnia prosty przegląd sposobu zbierania obrazów w terenie w celu tworzenia trójwymiarowych modeli podwodnych ekosystemów. Technika ta pozwala na gromadzenie danych w celu tworzenia wielkoskalowych modeli 3D o wysokiej rozdzielczości, co pomaga nam odpowiedzieć na pytania dotyczące składu społeczności, właściwości geometrycznych i złożoności systemu. Metoda ta jest przydatna do badania ekosystemów bentosowych w celu zebrania cennych informacji na temat wzorców różnorodności biologicznej, złożoności siedlisk, struktury zbiorowisk i innych wskaźników ekologicznych. Podobnie jak w przypadku większości metod terenowych, upewnij się, że wybierasz miejsce, które jest bezpieczne i dostępne, oraz wybierz dzień, w którym warunki pogodowe są sprzyjające. Po raz pierwszy wypróbowujesz tę metodę: Ustaw lustrzankę cyfrową w podwodnej obudowie z ustawieniami opisanymi w rękopisie tekstowym. Jeśli używasz wodoodpornej kamery sportowej, ustaw ją w trybie wideo lub zdjęć seryjnych z najwyższą możliwą rozdzielczością i liczbą klatek na sekundę. Ustaw rozdzielczość wideo na 4K, a liczbę klatek na sekundę na 30 klatek na sekundę. Wybierz zestaw szpulowy z krawędzią kołnierzową i punktami mocowania uchwytu i tyczki. Upewnij się, że zestaw szpulowy jest z natury ujemnie wyporny lub wykonany z dodatkiem obciążników. W przypadku częstego użytkowania lub trudnych warunków terenowych wybierz szpulę wykonaną z bardziej wytrzymałego materiału, takiego jak aluminium. Upewnij się, że szpula nie obraca się na tyczce ani nie obraca się podczas użytkowania. Przymocuj żyłkę do szpuli z jednej strony i do odłączanego klipsa z drugiej, aby podłączyć ją do aparatu. Chociaż specjalistyczne płytki kalibracyjne nie są konieczne, upewnij się, że w modelu do skali znajdują się ujemnie pływające, rozpoznawalne obiekty o znanych rozmiarach. Weź pod uwagę warunki przepięciowe i prądowe, aby upewnić się, że używane są odpowiednie materiały, aby płytki pozostały nieruchome.podczas zbierania zdjęć. Zapewnij nurkom środki do pomiaru głębokości płytki, takie jak elektroniczny miernik głębokości. Wybierz miejsce, w którym jest wystarczająco dużo miejsca, aby przepłynąć cały wzór spirali. Oprócz obszaru, który jest badany, należy uwzględnić mały obszar buforowy, aby zapewnić, że cały obszar badania jest wystarczająco sfotografowany, aby uzyskać dane wysokiej jakości. Jeśli to możliwe, zbierz dwuosobowy zespół, jeden do zbadania płytkich miejsc na fajce, a drugi do zbadania głębszych miejsc przy nurkowaniu. Jeśli planujesz regularne badanie terenu, zaznacz środkowy punkt, w którym zostanie umieszczony zestaw szpulowy, za pomocą znacznika lub stałej konstrukcji. Weź przynajmniej współrzędne globalnego systemu pozycjonowania, aby można było przenieść miejsce z pomocą wydruku ortomozaiki. Ustaw szpulę na środku witryny, a następnie rozłóż płytki kalibracyjne i zapisz ich zgony. Umieść płytki kalibracyjne stroną zadrukowaną do góry, w odległości około dwóch metrów od środka. Upewnij się, że pływak przymocuje stronę aparatu najbliżej szpuli do żyłki i trzyma kamerę skierowaną prosto w dół, około jednego metra od bentosu. Następnie pływak pływa z kamerą, podczas gdy asystent zajmuje się szpulą. Asystent ustawia tyczkę i dołączoną szpulę pionowo na środku wybranego miejsca i utrzymuje zestaw szpulowy w pozycji pionowej i nieruchomej. Po prawidłowym ustawieniu aparatu pływak zaczyna robić ciągłe zdjęcia bentosu podczas pływania do przodu i utrzymywania napięcia na żyłce, zapewniając, że pływak kontynuuje pływanie po spirali ze stałą prędkością podczas robienia zdjęć, aż linka zostanie całkowicie odwinięta ze szpuli. W bardzo pofałdowanych środowiskach, takich jak rafy koralowe, dołącz trzeciego pracownika, który może zapobiec splątaniu się liny, unosząc się nad środkiem liny i delikatnie unosząc ją nad przeszkodami. Gdy żyłka jest całkowicie rozwinięta, pływak zmienia kierunki, w razie potrzeby ponownie zakładając aparat, a następnie pływa aparatem w przeciwnym kierunku, aby rozpocząć przewijanie żyłki z powrotem na szpulę podczas robienia zdjęć. Jeśli pożądana jest pojedyncza metoda spiralna w celu zaoszczędzenia czasu, pływak powinien odłączyć żyłkę od kamery i przejść do obrazowania środka miejsca, podczas gdy asystent nawija żyłkę i usuwa zestaw szpulowy z miejsca. Gdy tylko pływak zacznie pływać w przeciwnym kierunku, asystent obraca szpulę, aby nawinąć żyłkę o pół obrotu w kierunku przeciwnym do nowego kierunku pływania. Gwarantuje to, że ścieżka powrotna pływaka jest przesunięta w stosunku do pierwotnej ścieżki, aby zapewnić większe pokrycie fotograficzne miejsca. Upewnij się, że pływak kontynuuje robienie zdjęć i pływa po odwróconej spirali, aż żyłka zostanie prawie całkowicie nawinięta wokół szpuli. Gdy odstępy między pływakami a asystentami uniemożliwiają dalszy postęp, pływak może przestać robić zdjęcia, dzięki czemu kamera może zostać odłączona od linii, a asystent może zdjąć zestaw szpulowy ze środka miejsca. Po wyjęciu szpuli z miejsca pływak obrazuje środek miejsca, trzymając kamerę skierowaną prosto w dół i przesuwając kamerę w małym spiralnym wzorze nad środkiem miejsca. Po zakończeniu oczyść witrynę. Nigdy nie zostawiaj śmieci ani sprzętu na miejscu i zawsze zostawiaj miejsce czystsze niż je zastałeś. Protokół ten został wykorzystany do zobrazowania stanowiska rafy 2_7 znajdującego się na Patch Reef 13 w K
Niniejszy protokół zawiera szczegółowy opis przeprowadzania podwodnych pomiarów fotogrametrycznych metodą structure-from-motion w celu tworzenia modeli 3D oraz ortomozaik ekosystemów podwodnych. Metoda ta jest szczególnie użyteczna w badaniu ekosystemów bentonicznych, umożliwiając badaczom gromadzenie danych na temat różnorodności biologicznej, złożoności siedlisk oraz struktury zbiorowisk.
Fotogrametria oparta na metodzie SfM (Structure-from-motion) umożliwia wysokorozdzielcze, ilościowe mapowanie 3D ekosystemów bentosowych, wspierając obiektywny pomiar złożoności siedlisk oraz struktury społeczności. W badaniach i rozwoju biofarmaceutycznym tak precyzyjne przestrzennie dane ekologiczne mogą dostarczać informacji dla modeli translacyjnych, ocen wpływu na środowisko oraz rozwoju systemów istotnych dla analizy chorób. Powtarzalność i skalowalność tego protokołu czynią go cennym narzędziem do generowania standaryzowanych zbiorów danych w różnych środowiskach wodnych.
Niniejszy protokół SfM integruje się z kontinuum od etapu odkryć do badań przedklinicznych, umożliwiając precyzyjne, ilościowe mapowanie środowiskowe, które służy zarówno do wczesnego testowania hipotez, jak i późniejszej walidacji modeli.