Name: Kwantyfikacja organizacji kolagenu fibrylarnego za pomocą narzędzi opartych na transformacji Curvelet (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2020-11-11T14:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 58 s
Description: Naucz się kwantyfikować organizację kolagenu fibrylarnego w macierzy pozakomórkowej za pomocą narzędzia opartego na transformacji Curvelet. Metoda umożliwia analizę włókien kolagenowych w tkankach zdrowych i chorych.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Dziękujemy wielu współpracownikom i użytkownikom CT-FIRE i CurveAlign na przestrzeni lat, w tym Dr. Robowi Nowakowi, Dr. Carolyn Pehlke, Dr. Jeremy'emu Bredfeldtowi, Guneetowi Mehcie, Andrew Leichtowi, Dr. Adib Keikhosravi, Dr. Mattowi Conklinowi, Dr. Jayne Squirrell, Dr. Paolo Provenzano, Dr. Brendzie Ogle, Dr. Patricii Keely, Dr. Josephowi Szulczewskiemu, Dr. Suzanne Ponik oraz dodatkowemu wkładowi technicznemu od Swati Anand i Curtisa Ruedena. Prace te były wspierane przez fundusze z Semiconductor Research Corporation, Morgridge Institute for Research oraz granty NIH R01CA199996, R01CA181385 i U54CA210190 dla KWE.

Autorzy nie mają nic do ujawnienia.

Protokół ten opisuje zastosowanie CT-FIRE i CurveAlign do kwantyfikacji kolagenu fibrylarnego i może być stosowany do dowolnego obrazu z włóknami kolagenowymi lub innymi wydłużonymi strukturami przypominającymi linie lub włókna, które nadają się do analizy przez CT-FIRE lub CurveAlign. Na przykład włókna elastyny lub elastyczne mogą być przetwarzane w podobny sposób na tej platformie. Oba narzędzia przetestowaliśmy na generowanych komputerowo włóknach syntetycznych21. W zależności od aplikacji uży...

Fibrillar collagens są znaczącymi, strukturalnymi składnikami ECM. Ich zmiany organizacyjne wpływają na funkcjonowanie tkanek i są prawdopodobnie związane z postępem wielu chorób, począwszy od wrodzonej łamliwości kości1, dysfunkcji serca2 i gojenia się ran3 po różne rodzaje raka, w tym piersi4,5,6, ovarian7,8, Nerka9, oraz rak trzustki10. Do wizualizacji kolagenu fibrylarnego można wykorzystać wiele uznanych metod obrazowania, takich jak mikroskopia drugiej generacji harmonicznej11, barwienie lub barwniki w połączeniu z mikroskopią jasnego pola lub mikroskopią fluorescencyjną lub mikroskopią światła spolaryzowanego12, mikroskopia polaryzacyjna oparta na ciekłokrystanicznej (LC-PolScope)13 i mikroskopia elektronowa14. Wraz ze wzrostem znaczenia organizacji kolagenu fibrylarnego i wzrostu stosowania tych metod, wzrosło również zapotrzebowanie na ulepszone podejścia do analizy włókien kolagenowych.
Podjęto wiele wysiłków w celu opracowania metod obliczeniowych do automatycznego pomiaru kolagenu fibrylarnego. Ogólnodostępne narzędzia programowe koncentrują się głównie na obliczaniu wyrównania lub orientacji włókien poprzez przyjęcie pierwszej pochodnej lub tensora struktury dla pikseli15,16, lub analiza widma oparta na transformacji Fouriera dla kafelków obrazu17. Wszystkie te narzędzia podlegają ograniczeniom, takim jak wymóg ręcznych kroków, niedokładność w wykrywaniu krawędzi światłowodu w hałaśliwym tle lub brak zlokalizowanej charakterystyki cech.
W porównaniu do innych swobodnie dostępnych narzędzi free-source, metody opisane w tym protokole wykorzystują CT - optymalną, wieloskalową, kierunkową metodę reprezentacji obrazu - do usuwania szumów z obrazów kolagenu fibrylarnego oraz wzmacniania lub śledzenia krawędzi włókien. Informacje o lokalizacji i orientacji mogą być dostarczane bezpośrednio ze światłowodu, a nie przy użyciu pośrednich informacji dotyczących pikseli lub okien w celu wywnioskowania metryk organizacji światłowodu. Ten oparty na CT framework18,19,20,21 może określić ilościowo organizację światłowodów na poziomie globalnym, ROI lub światłowodowym, głównie za pomocą dwóch oddzielnych, ale połączonych pakietów o nazwach "CT-FIRE"18,21 i "CurveAlign"19,21. Jeśli chodzi o implementację oprogramowania, w CT-Fire współczynniki CT w wielu skalach mogą być wykorzystywane do rekonstrukcji obrazu, który uwydatnia krawędzie i redukuje szumy. Następnie do obrazu zrekonstruowanego przez CT stosuje się indywidualny algorytm ekstrakcji włókien w celu śledzenia włókien w celu znalezienia ich reprezentatywnych punktów środkowych, przedłużenia gałęzi włókien z punktów środkowych i połączenia gałęzi światłowodów w celu utworzenia sieci światłowodowej. W CurveAlign współczynniki CT w skali określonej przez użytkownika mogą być używane do śledzenia lokalnej orientacji włókien, gdzie orientacja i lokalizacje krzywych są wyodrębniane i grupowane w celu oszacowania orientacji włókien w odpowiednich lokalizacjach. Powstały w ten sposób system kwantyfikacji był rozwijany przez ponad dziesięć lat i znacznie ewoluował w wielu aspektach, takich jak funkcjonalność, interfejs użytkownika i modułowość. Na przykład narzędzie to może wizualizować lokalną orientację światłowodu i pozwala użytkownikowi zmierzyć do trzydziestu cech włókna, w tym właściwości poszczególnych włókien, takich jak długość, kąt, szerokość i prostoliniowość, a także pomiary masowe, takie jak gęstość i wyrównanie. Dodatkowo użytkownik może mierzyć kąt światłowodu w stosunku do ręcznie lub automatycznie segmentowanych granic, co na przykład odgrywa ważną rolę w opracowywaniu biomarkerów opartych na obrazach w badaniach nad rakiem piersi22 i badaniach nad rakiem trzustki10. Ta platforma zapewnia kilka modułów funkcji, w tym moduły do analizy ROI, automatycznego tworzenia granic i przetwarzania końcowego. Moduł ROI może być używany do opisywania różnych kształtów ROI i przeprowadzania odpowiedniej analizy ROI. Jako przykład zastosowania, moduł automatycznego tworzenia granic może być używany do rejestrowania obrazów jasnego pola hematoksyliny i eozyny (H&E) z obrazami generacji drugiej harmonicznej (SHG) i generowania maski obrazu granic guza na podstawie zarejestrowanych obrazów H&E. Moduł post-processingu może ułatwić przetwarzanie i integrację plików danych wyjściowych z poszczególnych obrazów w celu ewentualnej analizy statystycznej.
Ta platforma kwantyfikacyjna nie wymaga wcześniejszego doświadczenia w programowaniu lub przetwarzaniu obrazów i może obsługiwać duże zestawy danych, w tym setki lub tysiące obrazów, umożliwiając efektywną kwantyfikację organizacji kolagenu do zastosowań biologicznych lub biomedycznych. Jest szeroko stosowany w różnych dziedzinach badawczych przez wielu badaczy na całym świecie, w tym przez nas. Istnieją cztery główne publikacje na temat CT-FIRE i CurveAlign18,19,20,21, z których pierwsze trzy zostały zacytowane 272 razy (stan na 04.05.2020 według Google Scholar). Przegląd publikacji, które cytowały tę platformę (CT-FIRE lub CurveAlign) wskazuje, że istnieje około 110 artykułów w czasopismach, które bezpośrednio wykorzystały ją do swojej analizy, w których około 35 publikacji było wspólnych z naszą grupą, a pozostałe (~ 75) zostały napisane przez inne grupy. Na przykład platforma ta została wykorzystana w następujących badaniach: rak piersi22,23,24, Rak trzustki10,25, rak nerki9,26, gojenie się ran3,27,28, 29,30, rak jajnika8,31,7, więzadło maciczno-krzyżowe32, zębina hipofosfatemiczna33, rak podstawnokomórkowy34, mięsak niedotleniony35, tkanka chrzęstna36, dysfunkcja serca37, neurons38, glejak39, skurcze limfatyczne40, włókniste cacffolds41, rak żołądka42, microtubule43, oraz zwłóknienie pęcherza moczowego44. Rysunek 1 pokazuje zastosowanie CurveAlign do obrazowania nowotworów w celu znalezienia sygnatur kolagenu związanego z nowotworem raka piersi19 na obrazie SHG. Rysunek 2 opisuje typowy schematyczny przepływ pracy tej platformy. Chociaż narzędzia te zostały sprawdzone technicznie18,19,21, a także dostępny jest zwykły protokół20 do analizy wyrównania za pomocą CurveAlign, przydatny może być protokół wizualny, który demonstruje wszystkie niezbędne funkcje. Zobrazowany protokół, jak przedstawiono tutaj, ułatwi proces uczenia się korzystania z tej platformy, a także skuteczniej rozwiąże problemy i pytania, które mogą mieć użytkownicy.

<table><tbody><tr>Oprogramowanie open source <td>CT-FIRE</td><td>University of Wisconsin-Madison</td><td>N/A</td><td>dostępne w https://eliceirilab.org/software/ctfire/</td></tr> <tr><td>CurveAlign</td><td>University of Wisconsin-Madison</td><td>N/A</td><td>Oprogramowanie open source dostępne od https://eliceirilab.org/software/curvealign/</td></tr></tbody></table>

kwantyfikacja organizacji kolagenu fibrylarnego za pomocą narzędzi opartych na transformacji curvelet

Quantifying Fibrillar Collagen Organization with Curvelet Transform-Based Tools

Kolageny fibrylarne są ważnymi składnikami macierzy zewnątrzkomórkowej (ECM), a zmiany ich topologii okazały się być związane z postępem wielu chorób, w tym raka piersi, jajnika, nerki i trzustki. Ogólnodostępne narzędzia oprogramowania do kwantyfikacji włókien koncentrują się głównie na obliczaniu wyrównania lub orientacji włókien i podlegają ograniczeniom, takim jak wymóg ręcznych kroków, niedokładność w wykrywaniu krawędzi włókna w hałaśliwym tle lub brak zlokalizowanej charakterystyki cech. Narzędzie do kwantyfikacji włókien kolagenowych opisane w tym protokole charakteryzuje się wykorzystaniem optymalnej wieloskalowej reprezentacji obrazu umożliwianej przez transformację krzywej (CT). To algorytmiczne podejście pozwala na usunięcie szumów z obrazów kolagenu fibrylarnego i ulepszenie krawędzi włókien w celu dostarczenia informacji o lokalizacji i orientacji bezpośrednio ze światłowodu, zamiast korzystania z pośrednich informacji dotyczących pikseli lub okien uzyskanych z innych narzędzi. Ta struktura oparta na tomografii komputerowej zawiera dwa oddzielne, ale połączone pakiety o nazwach "CT-FIRE" i "CurveAlign", które mogą określić ilościowo organizację światłowodów na podstawie globalnej, regionu zainteresowania (ROI) lub pojedynczego światłowodu. Ten system kwantyfikacji był opracowywany przez ponad dziesięć lat i obecnie przekształcił się w kompleksową i zorientowaną na użytkownika platformę kwantyfikacji kolagenu. Za pomocą tej platformy można zmierzyć do około trzydziestu cech włókien, w tym właściwości poszczególnych włókien, takich jak długość, kąt, szerokość i prostoliniowość, a także pomiary masowe, takie jak gęstość i wyrównanie. Dodatkowo użytkownik może mierzyć kąt światłowodu względem granic segmentowanych ręcznie lub automatycznie. Platforma ta zapewnia również kilka dodatkowych modułów, w tym do analizy ROI, automatycznego tworzenia granic i przetwarzania końcowego. Korzystanie z tej platformy nie wymaga wcześniejszego doświadczenia w programowaniu ani przetwarzaniu obrazów i może obsługiwać duże zbiory danych, w tym setki lub tysiące obrazów, umożliwiając wydajną kwantyfikację organizacji włókien kolagenowych do zastosowań biologicznych lub biomedycznych.

Metody te zostały z powodzeniem zastosowane w licznych badaniach. Niektóre typowe zastosowania obejmują: 1) Conklin i wsp.22 wykorzystali program CurveAlign do obliczenia sygnatur kolagenu związanych z nowotworem i stwierdzili, że włókna kolagenowe częściej układały się prostopadle do obwodu przewodu w zmianach raka przewodowego in situ (DCIS); 2) Drifka i wsp.10 użyli trybu CT-FIRE w programie CurveAlign do ilościowego określenia uporządkowania kolagenu zrębowego w gruczol...

Tutaj prezentujemy protokół korzystania z opartego na transformacji krzywej, otwartego narzędzia programowego MATLAB do ilościowego określania organizacji kolagenu fibrylarnego w macierzy zewnątrzkomórkowej zarówno normalnych, jak i chorych tkanek. To narzędzie można zastosować do obrazów z włóknami kolagenowymi lub innymi rodzajami struktur przypominających linie.

Kwantyfikacja organizacji kolagenu fibrylarnego za pomocą narzędzi opartych na transformacji Curvelet

Fibrillar collagens are prominent extracellular matrix (ECM) components, and their topology changes have been shown to be associated with the progression ...

Narzędzie to pomaga określić ilościowo zmiany w organizacji kolagenu fibrylarnego w macierzy zewnątrzkomórkowej związane z wieloma chorobami w globalnym regionie zainteresowania i na podstawie poszczególnych włókien. To narzędzie wykorzystuje transformację krzywej, optymalną wieloskalową kierunkową metodę reprezentacji obrazu w celu usunięcia szumów obrazu i uwydatnienia krawędzi włókien. Kompleksowe i przyjazne dla użytkownika moduły umożliwiają efektywną ocenę ilościową.W przypadku indywidualnej ekstrakcji światłowodu postępuj zgodnie z protokołem, aby otworzyć CT-FIRE i kliknij otwórz pliki, aby wybrać jeden lub więcej interesujących obrazów. W panelu parametrów kliknij przycisk Aktualizuj i dostosuj próg tła oraz promień wyszukiwania zarodkowania. Po ustawieniu wszystkich parametrów kliknij przycisk Uruchom.Po zakończeniu analizy kliknij dowolny element w tabeli wyjściowej, aby wyświetlić wyniki i sprawdź podfolder ctFIREout pod kątem plików wyjściowych. Aby przeanalizować obszar zainteresowania, kliknij przycisk Otwórz pliki, aby załadować jeden lub więcej obrazów, a następnie wybierz obraz, do którego chcesz dodać adnotację. W panelu opcji uruchamiania wybierz z menu rozwijanego menedżera regionów zainteresowań i kliknij przycisk uruchom, aby uruchomić moduł menedżera regionów zainteresowań.Następnie kliknij menu rozwijane rysuj obszar zainteresowania D i narysuj obszary zainteresowania. Jeśli przeprowadzono pełną analizę CT-FIRE obrazu, a wyniki są zapisywane w katalogu domyślnym, kliknij jeden lub więcej regionów zainteresowania na liście regionów zainteresowania i kliknij CT-FIRE analizator regionów zainteresowania, aby uruchomić moduł analizy regionu zainteresowania po zakończeniu testu. Jeśli analiza CT-FIRE z pełnym obrazem nie została przeprowadzona, kliknij jeden lub więcej obszarów zainteresowania na liście regionów zainteresowania i kliknij zastosuj CT-FIRE na ROI, aby bezpośrednio zastosować analizę CT-FIRE do wybranych obszarów zainteresowania.Aby uzyskać zaawansowane przetwarzanie końcowe, zaznacz pole wyboru out. adv i kliknij Post-processing, aby uruchomić zaawansowany interfejs graficzny post-processingu. W module analizy kliknij wybierz plik i wizualizuj włókna, aby umożliwić wprowadzenie numeru włókna na podstawie etykiet w zakładce oryginalne włókna.Kliknij przycisk Potwierdź aktualizację, aby przejść do operacji progowania i zaznacz pole wyboru progu, aby włączyć ustawienia progu. Wybierz jedną z czterech opcji progowania z menu rozwijanego i wprowadź żądane progi w panelu progów dla jednej lub więcej właściwości włókna. Następnie kliknij teraz próg, aby zastosować powyższe warunki progowe i sprawdź monit z nazwą kończącą się wizualizacją metryk, aby zobaczyć wybrane włókna nałożone na oryginalne obrazy z dostosowanymi mapami kolorów.Po ustawieniu progu kliknij Zapisz światłowody, aby zapisać wybrane informacje o włóknie, a następnie kliknij generuj statystyki i kliknij OK, aby wygenerować statystyki podsumowujące. Aby połączyć wyniki z wielu obrazów, sprawdź tryb wsadowy i wybierz wiele obrazów do analizy przed wygenerowaniem statystyk podsumowujących, jak pokazano. Aby wyodrębnić cechy światłowodu oparte na tomografii komputerowej, postępuj zgodnie z protokołem, aby otworzyć oprogramowanie CurveAlign i kliknij pobierz obrazy w głównym graficznym interfejsie użytkownika, a następnie wybierz jeden lub więcej obrazów lub stosów obrazów z okna monitu.Wprowadź ułamek współczynników, aby zachować wartość, ułamek największych współczynników CT, które zostaną użyte w analizie włókien, a następnie kliknij przycisk Uruchom. Powtórz tę czynność, aby ustawić żądany próg. Po zakończeniu procesu niektóre statystyki podsumowujące dla każdego obrazu zostaną wyświetlone w tabeli wyjściowej, a wszystkie pliki wyjściowe zostaną automatycznie zapisane w podfolderze o nazwie CA_out w katalogu oryginalnych obrazów.Aby wyodrębnić cechy światłowodu oparte na CT-FIRE, kliknij menu rozwijane metody analizy włókien i wybierz Włókna CT-FIRE, aby użyć punktu środkowego światłowodu i kąta światłowodu do reprezentowania włókna. Aby przeprowadzić analizę względnego wyrównania granicy guza, wybierz warunek brzegowy TIFF. Otwórz oprogramowanie CurveAlign i kliknij pobierz obrazy w głównym graficznym interfejsie użytkownika, a następnie wybierz jeden lub więcej obrazów lub stosów obrazów z okna zachęty.W panelu parametrów podstawowych wprowadź odległość od najbliższej granicy, aby ocenić tylko włókna w tym zakresie odległości. W panelu opcji wyjściowych zaznacz pole skojarzenia obwiedni, aby umożliwić wizualizację punktu na granicy, który jest skojarzony z włóknem, segmentem włókna lub krzywym, a następnie kliknij uruchom, a następnie kliknij tabelę wyjściową, aby wyświetlić wyniki. Jeśli przeprowadzono analizę CurveAlign całego obrazu, a wyniki są zapisywane w katalogu domyślnym, kliknij jeden lub więcej obszarów zainteresowania na liście obszarów zainteresowania, a następnie kliknij Analizator regionów zainteresowania CurveAlign, aby uruchomić analizę regionu zainteresowania po opublikowaniu.Jeśli analiza CurveAlign całego obrazu nie została przeprowadzona, kliknij jeden lub więcej obszarów zainteresowania na liście obszarów zainteresowania, a następnie kliknij przycisk Zastosuj CurveAlign do obszaru zainteresowania, aby bezpośrednio zastosować analizę CurveAlign do wybranych obszarów zainteresowania. Na tym obrazie można zaobserwować nałożony obraz rdzenia mikromacierzy tkankowej. W powiększeniu można zaobserwować włókna równoległe i prostopadłe do granicy guza w obszarze zainteresowania.Obraz nakładki wyjściowej CurveAlign pokazuje granice guza oraz reprezentatywne lokalizacje i orientacje włókien. Metoda ta może być stosowana do ilościowego oznaczania nie tylko włókien kolagenowych, ale także innych struktur przypominających linie, takich jak elastyna, i może potencjalnie ułatwić wczesną diagnozę i analizę prognostyczną.

quantifying-fibrillar-collagen-organization-with-curvelet-transform

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Bioinżynieria

Techniki mikroskopii poklatkowej i przetwarzania obrazów zostały użyte do obserwacji i analizy zagęszczenia żelu za pośrednictwem fibroblastów i wyrównania włókien fibryny w bioreaktorze kontrolowanym przez środowisko przez okres 48 godzin.

Obserwacja i ilościowe określanie zagęszczenia fibryny w żelu za pośrednictwem fibroblastów

Ten system modelowy zaczyna się od wypełnionego miofibroblastami żelu fibrynowego, który może być używany do badania endogennej kolagenu (re)organizacji w czasie rzeczywistym w sposób nieniszczący. System modelowy jest bardzo przestrajalny, ponieważ może być używany z różnymi źródłami komórek, dodatkami do pożywek i może być łatwo dostosowany do konkretnych potrzeb.

Inżynieria konstruktów tkankowych na bazie fibryny z miofibroblastów oraz zastosowanie ograniczeń i szczepów do indukowania reorganizacji komórek i kolagenu

Kolagen jest kluczowym składnikiem ECM i dostarcza niezbędnych wskazówek dla kilku procesów komórkowych, począwszy od migracji, a skończywszy na różnicowaniu i proliferacji. Poniżej przedstawiono protokół osadzania komórek w hydrożelach kolagenowych 3D oraz bardziej zaawansowaną technikę generowania losowych lub wyrównanych matryc kolagenowych przy użyciu mikrokanałów PDMS.

Przygotowanie żeli kolagenowych 3D i mikrokanalików do badania oddziaływań 3D in vivo

Immunohistochemiczne barwienie izoform łańcucha ciężkiego miozyny stało się najnowocześniejszym dyskryminatorem włókien mięśni szkieletowych typu (tj. typu I, typu IIA, typu IIX, typu IIB). W tym miejscu przedstawiamy protokół barwienia wraz z nowatorskim półautomatycznym algorytmem, który ułatwia szybką ocenę rodzaju włókien i morfologii włókien.

Półautomatyczna analiza morfologii mięśni szkieletowych myszy i składu włókien

Opisujemy równoczesne testy mechaniczne i obrazowanie 3D ściany tętniczej izolowanych, żywych tętnic oporowych człowieka, a także analizy obrazów Fiji i Ilastik w celu ilościowego określenia organizacji przestrzennej elastyny i kolagenu oraz gęstości objętościowej. Omówiono wykorzystanie tych danych w modelach matematycznych mechaniki ścian tętnic.

Ocena mikroarchitektury zależnej od ciśnienia kolagenu i elastyny w żywych, ludzkich tętnicach oporowych za pomocą bezznacznikowej mikroskopii fluorescencyjnej

Opracowaliśmy proces mechano-obrazowania do badania heterogenicznych strukturalnych i mechanicznych właściwości blaszek miażdżycowych. Rurociąg ten umożliwia korelację lokalnego dominującego kąta i dyspersji orientacji włókien kolagenowych, zachowania podczas pękania i odcisków palców naprężeń włóknistej tkanki płytki nazębnej.

Metoda badania korelacji między lokalną strukturą kolagenu a właściwościami mechanicznymi tkanki włóknistej blaszki miażdżycowej

Prezentujemy niestandardową platformę eksperymentalną i protokół hodowli tkankowej, który odtwarza zmiany włóknisto-chrzęstne wywołane uderzeniem przyczepu ścięgna Achillesa w eksplantatach mysich kończyn tylnych o trwałej żywotności komórek, dostarczając model odpowiedni do badania mechanobiologii uderzeń ścięgien.

Mysi model eksplantatu kończyn tylnych do badania mechanobiologii uderzenia ścięgna Achillesa

Metoda ta wizualizuje rodzimą strukturę włókien kolagenowych w ciele szklistym za pomocą mikroskopii konfokalnej refleksji.

Przygotowanie oczu wieprzi do mikroskopii refleksyjnej konfokalnej w celu wizualizacji sieci włókien kolagenowych szklistych

Mechaniczne cechy glikokaliksu śródbłonka zostały zmierzone za pomocą wgłębień za pomocą kulek o rozmiarach mikronowych na wspornikach AFM. Komórki śródbłonka hodowano w niestandardowej komorze w fizjologicznych warunkach przepływu w celu wywołania ekspresji glikokaliksu. Dane analizowano przy użyciu modelu cienkowarstwowego w celu określenia grubości i modułu glikokaliksu.

Kwantyfikacja właściwości mechanicznych glikokaliksu śródbłonka za pomocą mikroskopii sił atomowych

Ta procedura demonstruje in vivo obrazowanie w bliskiej podczerwieni fluorescencji działań remodelujących kolagen u myszy, jak również barwienie ex vivo kolagenu w skrawkach tkanek za pomocą klatkowych peptydów mimetycznych kolagenu, które mogą być fotowyzwalane do hybrydyzacji ze zdenaturowanymi pasmami kolagenu.

Obrazowanie zdenaturowanych pasm kolagenu in vivo i ex vivo poprzez fotowyzwalaną hybrydyzację peptydów mimetycznych kolagenu w klatce

Naucz się kwantyfikować organizację kolagenu fibrylarnego w macierzy pozakomórkowej za pomocą narzędzia opartego na transformacji Curvelet. Metoda umożliwia analizę włókien kolagenowych w tkankach zdrowych i chorych.

Kwantyfikacja organizacji kolagenu fibrylarnego za pomocą narzędzi opartych na transformacji Curvelet

Przeglądaj więcej filmów