Znakowanie kowalencyjne dietylopirowęglanem do badania struktury białka wyższego rzędu za pomocą spektrometrii mas

Scharakteryzowanie struktury białka jest niezbędne do zrozumienia jego funkcji. Spektrometria mas stała się potężnym narzędziem do tego celu, szczególnie w przypadku układów białkowych, które są trudne do zbadania tradycyjnymi metodami. Aby zbadać strukturę białka według specyfikacji masy, w roztworze przeprowadza się określone reakcje chemiczne, które kodują informacje strukturalne białka w jego masie.

Jednym ze szczególnie skutecznych podejść jest użycie odczynników, które kowalencyjnie modyfikują, rozwiązując łańcuchy boczne dostępnych aminokwasów. Reakcje te prowadzą do wzrostu masy, który może być zlokalizowany z rozdzielczością poziomu pozostałości w połączeniu z trawieniem proteolitycznym i tandemową spektrometrią mas. Tutaj opisaliśmy protokoły związane ze stosowaniem pirowęglanu dietylu lub DEPC jako odczynnika do znakowania kowalencyjnego wraz z wykrywaniem specyfikacji masy.