Name: Wykorzystanie spektrometru cyklicznej ruchliwości jonów do eksperymentów z ruchliwością jonów w tandemie (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-01-20T15:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 40 s
Description: Poznaj spektrometrię ruchliwości jonów w tandemie IMS/IMS do charakteryzacji biomolekuł i dyskryminacji izomerów glikanów. Ta metoda umożliwia klasyfikację strukturalną oraz budowanie sieci molekularnych w badaniach.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

S.O. jest wdzięczny Francuskiej Narodowej Agencji Badawczej za sfinansowanie jego doktoratu (grant ANR-18-CE29-0006).

Autorzy nie mają do ujawnienia konfliktu interesów.

SELECT SERIES Cyclic IMS to potężne narzędzie, które umożliwia wybór zdefiniowanej populacji jonów — o danym m/z i ruchliwości jonów — bez konieczności przeprowadzania wcześniejszej separacji chromatograficznej. Instrument daje możliwość wygenerowania dwuwymiarowej mapy fragmentacji tej populacji jonów, z której można wyodrębnić zarówno widma MS/MS, jak i IMS/IMS. Użytkownik musi jednak zwrócić uwagę na kilka krytycznych punktów, które wymagają uwagi podczas procesu eksperymentalnego.
<p class="jove_content"...

Pełna charakterystyka chemiczna biomolekuł jest kluczem do zrozumienia ich podstawowych właściwości biologicznych i funkcjonalnych. W tym celu w ostatnich latach rozwinęły się nauki "omiczne", mające na celu scharakteryzowanie na dużą skalę struktur chemicznych w stężeniach biologicznych. W proteomice i metabolomice stwardnienie rozsiane stało się podstawowym narzędziem do odkrywania strukturalnej heterogeniczności występującej w podłożach biologicznych - w szczególności dzięki swojej czułości i zdolności do dostarczania informacji strukturalnych za pośrednictwem tandemowego MS (MS/MS). W strategiach MS/MS jon jest wybierany zgodnie z jego masą, następnie fragmentowany, a na końcu masy jego fragmentów są pozyskiwane w celu ustalenia odcisku palca cząsteczki. Widma MS/MS mogą być w szczególności używane do dopasowywania spektralnych baz danych1,2, lub wstępnie zrekonstruować struktury nadrzędne3,4. Przy założeniu, że podobne widma należą do podobnych związków, dane MS/MS mogą być również wykorzystane do budowy sieci molekularnych (MN) łączących pokrewne gatunki poprzez wynik podobieństwa5,6.
Jednakże, ze względu na wrodzoną właściwość MS do wykrywania stosunku masy do ładunku (m/z) jonów, technika ta jest ślepa na szereg cech strukturalnych, które mieszczą się w zakresie (stereo)izomerii. Na przykład węglowodany składają się z kilku podjednostek monosacharydowych, z których wiele to stereoizomery, a nawet epimery (np. Glc vs. Gal lub Glc vs. Man). Podjednostki te są połączone wiązaniami glikozydowymi, które mogą różnić się położeniem wiązania (regioizomeryzm) i konfiguracją steryczną anomerycznego węgla (anomeryzm). Te cechy utrudniają samodzielnemu MS rozróżnienie izomerów węglowodanowych7, a tylko regioisomerism może być rozwiązany za pomocą metod aktywacji o wysokiej energii8,9,10. Chociaż derywatyzacja jest opcją pozwalającą na zakłócenie równoważności grup stereoizomerycznych11, wymaga ona intensywnego przygotowania próbki. Inną, prostszą opcją jest sprzężenie MS z wymiarem analitycznym wrażliwym na izomerię, takim jak IMS.
Ponieważ ten protokół jest przeznaczony dla użytkowników, którzy są już zaznajomieni z podstawowymi pojęciami IMS, a szczegółowe recenzje są dostępne gdzie indziej12,13, tutaj znajduje się tylko krótki przegląd zasad IMS. IMS to metoda separacji faz gazowych, która opiera się na oddziaływaniu jonów z gazem buforowym i polem elektrycznym, ostatecznie rozdzielając jony zgodnie z ich konformacjami w fazie gazowej. Różne zasady działania IMS sprzężonego z MS można znaleźć w instrumentach komercyjnych: niektóre działają przy naprzemiennych wysokich i niskich polach elektrycznych (asymetryczne pole IMS, FAIMS), podczas gdy większość działa w dolnej granicy pola - w szczególności IMS z rurką dryfującą (DTIMS, liniowo malejące pole elektryczne), IMS z falą biegnącą (TWIMS, symetryczne fale potencjału) i uwięziony IMS (TIMS, wysoki przepływ jonów zatrzymujących gaz buforowy w polach elektrycznych)13. Metody niskopolowe umożliwiają dostęp do tak zwanego CCS, właściwości pary jon-gaz, która reprezentuje powierzchnię (wA2 lub nm2) jonu, który oddziałuje z gazem buforowym podczas separacji. CCS jest teoretycznie niezależny od instrumentu, dlatego jest przydatny do generowania danych, które mogą być odtwarzane między różnymi laboratoriami14. Na separację ruchliwości jonów mogą mieć wpływ różne parametry, a w szczególności wahania ciśnienia i temperatury gazu w komórce ruchliwości. Kalibracja CCS jest sposobem na zaradzenie temu, ponieważ zarówno kalibert, jak i gatunek będący przedmiotem zainteresowania zostaną podobnie dotknięte13. Jednak obowiązkowe jest zainstalowanie przyrządu w pomieszczeniu o kontrolowanej temperaturze i posiadanie niezawodnego systemu kontroli ciśnienia gazu.
Ciekawą ewolucją IMS jest IMS/IMS, który został po raz pierwszy wprowadzony w 2006 roku przez grupę Clemmera jako odpowiednik MS/MS15,16. W IMS/IMS jon będący przedmiotem zainteresowania jest selektywnie izolowany na podstawie jego ruchliwości jonów; następnie jest aktywowany (aż do możliwej fragmentacji) i wykonywana jest nowa analiza IMS aktywowanego jonu lub fragmentów. W pierwszym projekcie instrumentalnym dwie komórki IMS zostały umieszczone szeregowo, oddzielone lejkiem jonowym w miejscu, w którym znajdowała się aktywacja. Od tego czasu, chociaż zaproponowano szereg konfiguracji IMS/IMS (przegląd patrz Eldrid and Thalassinos17), pierwszy komercyjny spektrometr masowy z funkcją IMS/IMS stał się dostępny dopiero w 2019 roku18. Instrument ten znacznie udoskonalił pierwotną koncepcję, łącząc ją z innym przełomem technologicznym: cykliczną konstrukcją ogniwa IMS.
Cykliczna komórka IMS teoretycznie pozwala na niemal nieskończone zwiększanie długości ścieżki dryfu, a tym samym zdolności rozdzielczej instrumentu19. Udało się to osiągnąć dzięki szczególnej geometrii instrumentu, w której cykliczna komórka TWIMS jest umieszczona prostopadle do głównej osi optycznej jonu. Wielofunkcyjny obszar macierzy przy wejściu do komórki IMS umożliwia kontrolowanie kierunku ścieżki jonów: (i) wysyłanie jonów na boki w celu separacji IMS, (ii) do przodu w celu wykrycia MS lub (iii) wstecz od komórki IMS w celu przechowywania w komórce premacierzowej. Z tej komórki magazynującej prearray jony mogą być aktywowane, a fragmenty ponownie wstrzykiwane do komórki IMS w celu pomiaru ruchliwości jonów, podejścia, które zostało z powodzeniem wykorzystane do scharakteryzowania stereoizomerów20. Ostatecznie zebrane dane zawierają informacje o ruchliwości jonów i m/z dla prekursora i jego fragmentów.
W niedawnej publikacji, w której użyto tego cyklicznego projektu do analiz glikanów (Ollivier et al.21), pokazaliśmy, że profil mobilności fragmentów zawartych w takich danych IMS/IMS działa jak odcisk palca biomolekuły, który może być wykorzystany w strategii sieci molekularnej. Powstała w ten sposób sieć, nazwana IM-MN, doprowadziła do uporządkowania zbiorów danych glikomicznych w sposób strukturalnie istotny, podczas gdy sieć zbudowana wyłącznie na podstawie danych MS/MS (MS-MN) ujawniła niewiele informacji. Aby uzupełnić tę publikację i pomóc użytkownikom Cyclic IMS w implementacji tego przepływu pracy, protokół ten zawiera pełny opis protokołu używanego do zbierania danych. Protokół ten skupia się tylko na generowaniu danych IMS/IMS, które użytkownicy mogą następnie wykorzystać do budowy sieci IM-MN (patrz21) — lub dla dowolnej innej wybranej przez siebie aplikacji. Budowa IM-MN nie będzie tutaj rozważana, ponieważ protokoły dla sieci molekularnych są już dostępne22. Podkreślono kluczowe punkty, których należy przestrzegać, aby generować wartościowe i powtarzalne przejęcia IMS/IMS. Weźmy przykład jednego z oligosacharydów badanych przez Olliviera i wsp.21, szczegółowo opisano następujące kroki: (i) przygotowanie próbki, (ii) strojenie instrumentu Cyklicznego IMS, (iii) automatyczne pobieranie danych w szczytach oraz (iv) kalibracja CCS.

<table><tbody><tr><td>Mieszanina 33-&alfa;-L- plus 23-&alfa;-L-Arabinofuranozylo-ksylotetraoza (XA3XX/XA2XX)</td><td>Megazyme Ltd., Wicklow, Irlandia</td><td>O-XAXXMIX</td><td>XA2XX + XA3XX</td></tr><tr><td>33-&alpha;-L-Arabinofuranozylo-ksylotetraoza (XA3XX)</td><td>Megazyme Ltd., Wicklow, Irlandia</td><td>O-XA3XX</td><td>Pure XA3XX standard</td></tr><tr><td>Probówki Eppendorf Safe-Lock, 1,5 mL, Eppendorf Quality, bezbarwne, 1 000 probówek</td><td>Eppendorf, Hamburg, Niemcy</td><td>0030120086</td><td>Służy do przygotowania roztworu podstawowego węglowodanów i rozcieńczania</td></tr><tr><td>FALCON 50 mL Probówka stożkowa polipropylenowa 30 x 115 mm</td><td>Corning Science M&eacute; xico S.A. de C.V., Reynosa, Tamaulipas, Meksyk</td><td>352070</td><td>Służy do przygotowania wodnego roztworu podstawowego 100 mM</td></tr><tr><td>LiCl chlorku litu (odczynnik ACS, &ge; 99%)</td><td>Sigma-Aldrich Inc., Saint Quentin Fallavier, Francja</td><td></td><td>310468 Służy do domieszkowania próbki zestawem</td></tr><tr><td>kalibracyjnym IMS/Tof Major Mix</td><td>Waters Corp., Wilmslow, Wielka Brytania</td><td>186008113</td><td>Roztwór do kalibracji dla MS i IMS</td></tr><tr><td>MassLynx 4.2 SCN1016 Release 6 (Waters Embedded Analyser Platform for Cyclic IMS 2.9.1 Release 9)</td><td>Waters Corp., Wilmslow, Wielka Brytania</td><td>721022377</td><td>Cykliczne oprogramowanie IMS do sterowania urządzeniami i przetwarzania danych</td></tr><tr><td>Metanol do HPLC PLUS Gradient klasy</td><td>Carlo-Erba Odczynniki, Val de Reuil, Francja</td><td>412383</td><td>Rozpuszczalnik o wysokiej czystości</td></tr><tr><td>MS Leucine Enkephaline Kit</td><td>Waters Corp., Wilmslow, Wielka Brytania</td><td>700002456</td><td>Związek referencyjny stosowany do strojenia spektrometru mas</td></tr><tr><td>SCHOTT DURAN 100 ml butelka ze szkła borokrzemianowego</td><td>VWR INTERNATIONAL, Radnor, Pensylwania, US</td><td>218012458</td><td>Służy do przygotowania roztworu 500 &mikro; M LiCl w 50:50 MeOH/Woda</td></tr><tr><td>SELECT SERIES Cykliczny IMS</td><td>Waters Corp., Wilmslow, Wielka Brytania</td><td>186009432</td><td>Spektrometr masowy ruchliwości jonów wyposażony w cykliczne ogniwo IMS</td></tr><tr><td>Strona internetowa: http://mzmine.github.io/</td> <td>MZmine Development</td> <td>Team-Link</td> <td>do pobrania oprogramowania MZmine</td></tr><tr><td>Strona internetowa: https://github.com/siollivier/IM-MN</td><td>INRAE, UR BIA, BIBS Facility, Nantes, Francja</td><td>-</td><td>Łącze do wewnętrznego skryptu języka R zawierającego funkcję kalibracji CCS</td></tr></tbody></table>

wykorzystanie spektrometru cyklicznej ruchliwości jonów do eksperymentów z ruchliwością jonów w tandemie

Using a Cyclic Ion Mobility Spectrometer for Tandem Ion Mobility Experiments

Dokładna charakterystyka struktur chemicznych jest ważna dla zrozumienia ich podstawowych mechanizmów biologicznych i właściwości funkcjonalnych. Spektrometria mas (MS) jest popularnym narzędziem, ale nie zawsze wystarcza do całkowitego ujawnienia wszystkich cech strukturalnych. Na przykład, chociaż węglowodany są biologicznie istotne, ich charakterystykę komplikuje wiele poziomów izomerii. Spektrometria ruchliwości jonów (IMS) jest interesującym uzupełnieniem, ponieważ jest wrażliwa na konformacje jonów, a tym samym na izomerię. 
Ponadto, ostatnie osiągnięcia znacznie poprawiły tę technikę: ostatnia generacja instrumentów Cyclic IMS oferuje dodatkowe możliwości w porównaniu do liniowych instrumentów IMS, takie jak zwiększona zdolność rozdzielcza czy możliwość przeprowadzania eksperymentów z tandemową mobilnością jonów (IMS/IMS). Podczas IMS/IMS jon jest wybierany na podstawie jego ruchliwości jonów, fragmentowany i ponownie analizowany w celu uzyskania informacji o ruchliwości jonów o jego fragmentach. Niedawne prace wykazały, że profile mobilności fragmentów zawartych w takich danych IMS/IMS mogą działać jak odcisk palca konkretnego glikanu i mogą być wykorzystywane w strategii sieci molekularnej w celu organizowania zbiorów danych glikomicznych w sposób strukturalnie istotny. 
Celem tego protokołu jest więc opisanie sposobu generowania danych IMS/IMS, od przygotowania próbki do końcowej kalibracji przekroju poprzecznego kolizji (CCS) wymiaru ruchliwości jonów, która daje powtarzalne widma. Biorąc pod uwagę przykład jednego reprezentatywnego glikanu, protokół ten pokaże, jak zbudować sekwencję kontrolną IMS/IMS na cyklicznym instrumencie IMS, jak uwzględnić tę sekwencję kontrolną, aby przetłumaczyć czas przybycia IMS na czas dryfu (tj. efektywny czas separacji zastosowany do jonów) oraz jak wyodrębnić odpowiednie informacje o mobilności z surowych danych. Protokół ten został zaprojektowany, aby jasno wyjaśnić punkty krytyczne eksperymentu IMS/IMS, a tym samym pomóc nowym użytkownikom Cyclic IMS w wykonywaniu prostych i powtarzalnych akwizycji.

Jako przykład do zilustrowania tego protokołu wybrano pentasacharyd arabinoksylanowy, XA2XX. Związek ten jest dostępny w sprzedaży, jednak jedynie jako mieszanina z innym pentasacharydem arabinoksylanowym, XA3XX (czysty XA3XX jest również dostępny komercyjnie). Struktury XA2XX oraz XA3XX przedstawiono na Rysunku dodatkowym S1. Ponieważ stosunek XA2XX do XA3XX w mieszaninie handlowej wynosi ~50:50, przygotowano roztwór tej miesza...

Spektrometria ruchliwości jonów (IMS) jest interesującym uzupełnieniem spektrometrii mas do charakterystyki biomolekuł, szczególnie dlatego, że jest wrażliwa na izomerię. Protokół ten opisuje tandemowy eksperyment IMS (IMS/IMS), który pozwala na izolację cząsteczki i wygenerowanie profili ruchliwości jej fragmentów.

Wykorzystanie spektrometru cyklicznej ruchliwości jonów do eksperymentów z ruchliwością jonów w tandemie

Accurate characterization of chemical structures is important to understand their underlying biological mechanisms and functional properties. Mass ...

Protokół opisuje, w jaki sposób rejestrować profil ruchliwości jonów dla fragmentów powstałych po aktywacji cząsteczki w spektrometrze mas oraz rozróżniać struktury izomeryczne. Protokół pozwala na klasyfikację glikanów w 11 grupach ze względu na niektóre z ich kluczowych cech strukturalnych, a tym samym dostarczanie informacji, które w inny sposób są trudne do uzyskania. Może służyć do budowania sieci molekularnych, które są niezwykle ogólne i dostosowane do wielu rodzin molekularnych, takich jak metabolity lub leki będące przedmiotem zainteresowania w wielu obszarach badawczych.Podejście to w pełni wykorzystuje nową koncepcję spektrometrii ruchliwości jonów i będzie przydatne tam, gdzie sama spektrometria mas nie będzie w stanie rozróżnić dwóch struktur. Eksperyment wymaga dobrej znajomości spektrometrii mas i ruchliwości jonów. Jednak eksperymentator powinien odnieść sukces we wdrożeniu metody, jeśli dokładnie wykona każdy z kroków.Procedurę zademonstruje Simon Ollivier, doktorant z mojego laboratorium. Aby rozpocząć, skonfiguruj jednoprzebiegową sekwencję IMS na stronie Tune, przełącz instrument w tryb mobilności i otwórz okno Cyclic Sequence Control. Wybierz tryb zaawansowany z zakładki Funkcje cykliczne w tym nowym oknie, wybierz Dodaj pakiet, a następnie Pojedynczy/wieloprzebiegowy.Poczekaj na wyświetlenie sekwencji zdarzeń mobilności na karcie Sekwencja w tym samym oknie. Dostosuj sekwencję tak, aby wszystkie jony kalibru wykonały jeden przejazd wokół cyklicznego toru wyścigowego IMS. Nie zmieniaj czasu wstrzykiwania ani czasu wysuwania i pobierania, jednak skróć czas oddzielny do jednej milisekundy.Jeśli niektóre jony mieszaniny kalibracyjnej nie mieszczą się w wyświetlonym oknie czasu przybycia, zmień synchronizację IMS z popychaczem analizatora TOF przyspieszenia ortogonalnego, zwiększając liczbę naciśnięć na pojemnik w zakładce Ustawienia ADC. Aby nagrać dwuminutową akwizycję w oknie Cykliczna kontrola sekwencji, kliknij Nabierz, aby otworzyć wyskakujące okno Ustawienia akwizycji, wprowadź nazwę pliku, opis i długość akwizycji, minuty i kliknij Zapisz. Przełącz instrument w tryb TOF ze strony MS Tune, aby sprawdzić stabilność sygnału.Rejestruj pełne pobranie próbki przez MS przez jedną minutę, co będzie przydatne do sprawdzenia wzorca izotopowego i obecności potencjalnych zanieczyszczeń. Przełącz instrument w tryb MSMS z zakładki Quad/MS profile na głównej stronie Tune. Wybierz masę docelowego żelaza w polu masy MSMS do izolacji w kwadrupolu.Nagraj jednominutową akwizycję, aby sprawdzić izolację prekursora podczas przetwarzania danych. Aby dokonać wyboru interesującego izomeru na podstawie mobilności, przełącz instrument w tryb mobilności w oknie Cykliczna kontrola sekwencji, na karcie Funkcje cykliczne wybierz Dodaj pakiet, a następnie Krojenie. Poczekaj, aż złożona sekwencja zdarzeń mobilności pojawi się na karcie Sekwencja.Umieść zdarzenie Eject and Acquire (Wysuń i uzyskaj) bezpośrednio po pierwszym zdarzeniu Separate, a następnie kliknij przycisk Run (Uruchom). Szukaj wyników początkowej separacji, które są wyświetlane w czasie rzeczywistym. Wydłużyć czas trwania pierwszego oddzielnego zdarzenia dla separacji wieloprzebiegowej, zmieniając wartość czasu dla tego zdarzenia w sekwencji, aż rozdzielczość szczytów IMS będzie zadowalająca.Nagraj jednominutowe pobieranie w celach informacyjnych. Kliknij przycisk Wstrzymaj, umieść zdarzenie Wysuń i Pobierz poniżej zdarzeń Wysuń, Wysuń do wstępnego przechowywania oraz Wstrzymaj i Wysuń. Dostosuj czas trwania zdarzeń tak, aby docelowy szczyt znajdował się w regionie Wysuń do wcześniejszego przechowywania, a każdy inny jon znajdował się w obszarze Wysuń lub Wstrzymaj i wysuń.Umieść zdarzenie Eject and Acquire na końcu sekwencji poniżej zdarzenia Reinject from Pre-Store i drugiego oddzielnego zdarzenia. Kliknij przycisk Uruchom, aby wyświetlić wybraną populację. Sprawdź jakość izolacji.Nagraj jednominutowe pobieranie w celach informacyjnych. Na karcie Sekwencja, w kolumnie obok czasów zdarzeń zdefiniowanych przez użytkownika, poszukaj zsumowanych czasów wszystkich zdarzeń. Zwróć uwagę na czas Abs znajdujący się na linii zdarzenia Reinject from Pre-Store w celu przeprowadzenia kalibracji CCS.Ustaw czas trwania zdarzenia Separate bezpośrednio poprzedzającego Eject and Acquire na jedną milisekundę. W wierszu Reinject from Pre-Store (Wstrzyknij ponownie ze sklepu) zaznacz pole Enable Activation (Włącz aktywację) i zoptymalizuj fragmentację za pomocą wbudowanej kontrolki. Jeśli fragmentacja nie jest zadowalająca przy wbudowanym sterowaniu, odznacz pole Włącz aktywację i przystąp do ręcznej optymalizacji napięć ponownego wtrysku, zwiększ gradient wstępny i obniż napięcie przesunięcia matrycy, aż wyniki będą zadowalające.Aby zarejestrować dwuminutową akwizycję w wyskakującym oknie Akwizycja, zaznacz opcję Zachowaj czas dryftu, aby wygenerować plik zawierający tylko czasy przybycia, a nie M przez Z oznaczone jako _dt.raw. Po przeprowadzeniu analizy MS mieszaniny pentasacharydów arabinoksylanu, widmo wykazało wzór izotopowy z pojedynczym pikiem na M powyżej Z 685.24, co sugeruje, że te dwa związki mają charakter izomeryczny. Addukty pentasacharydów zostały oddzielone przez cykliczną komórkę IMS, a trzy piki zostały oddzielone o różnych czasach przybycia.Czysty XA3XX pokazuje szczyty po 83 i 90 milisekundach, podczas gdy XA2XX wykazuje szczyt po 94 milisekundach. Po pierwszym etapie separacji IMS jony należące do XA3XX zostały wyrzucone, a do analizy IMS-IMS wybrano pik po 94 milisekundach. Trzyprzebiegową separację przeprowadzono po ponownym wstrzyknięciu jonu bez aktywacji, a pik dla XA2XX uzyskano po 199 milisekundach.Wygenerowane dane IMS-IMS MS zostały zdekonwolucjonizowane przy użyciu czasu przybycia i wymiarów M przez Z, generując widma IMS-IMS. Piki powyżej 0,2% intensywności względnej zostały wyeksportowane do kalibracji CCS, w wyniku czego uzyskano skalibrowane centralnie widmo IMS-IMS skalibrowane przez CCS. Zawsze ważne jest, aby sprawdzić izolację jonu prekursorowego, w przeciwnym razie widmo może pochodzić z mieszaniny związku będącego przedmiotem zainteresowania i zanieczyszczeń.Wcześniej używaliśmy widm IMS-IMS do budowania sieci i klasyfikowania związków, ale można je również wykorzystać do wyszukiwania w bazach danych w celu identyfikacji związków. Technika ta została wprowadzona od niedawna, ale spodziewamy się, że będzie niezwykle przydatna w glikomice, a także w każdym kontekście, w którym analitycy mają do czynienia z cząsteczkami izomerycznymi.

using-cyclic-ion-mobility-spectrometer-for-tandem-ion-mobility

Research

JoVE Journal

Chemistry

Chemia

Spektrometria mas sprzężona z mobilnością jonów to rozwijająca się technologia fazy gazowej, która rozdziela jony na podstawie ich przekroju czynnego zderzeń oraz masy. Metoda ta dostarcza trójwymiarowych informacji o ogólnej topologii i kształcie kompleksów białkowych. W niniejszym opracowaniu przedstawiamy podstawową procedurę konfiguracji i optymalizacji instrumentu, kalibracji czasów dryfu oraz interpretacji danych.

Spektrometria mas z mobilnością jonów w polu falowym T: podstawowe procedury eksperymentalne w analizie kompleksów białkowych

Pokazano protokół wzmacniania sygnałów jonów węglowodanowych w spektrometrii mas MALDI poprzez reformowanie struktur krystalicznych podczas procesów przygotowywania próbek.

Wydajna metoda przygotowania próbki w celu wzmocnienia sygnałów jonów węglowodanowych w spektrometrii mas z desorpcją/jonizacją laserową wspomaganą matrycą

Spektrometria mas (MS) stała się ważnym narzędziem do badania struktury i dynamiki zespołów makromolekularnych. W tym miejscu integrujemy podejścia oparte na stwardnieniu rozsianym do badania tworzenia kompleksów białkowych i wiązania ligandów.

Analiza architektur białek i kompleksów białko-ligand za pomocą integracyjnej strukturalnej spektrometrii mas

Ten protokół opisuje użycie chromatografii jonowymiennej o wysokiej specyficzności z wielokątowym rozpraszaniem światła do dokładnego wyznaczania masy molowej białek, kompleksów białkowych i peptydów w heterogenicznej próbce. Metoda ta jest cenna dla oceny jakości, a także dla scharakteryzowania natywnych oligomerów, wariantów ładunku i próbek białek mieszanych.

Chromatografia jonowymienna (IEX) sprzężona z wielokątowym rozpraszaniem światła (MALS) w celu separacji i charakterystyki białek

Mobilność jonów-spektrometria mas i techniki modelowania molekularnego mogą scharakteryzować selektywną wydajność chelatacji metali zaprojektowanych peptydów wiążących metale oraz peptydu wiążącego miedź metanobaktyny. Opracowanie nowych klas peptydów chelatujących metale pomoże w opracowaniu metod leczenia chorób związanych z nierównowagą jonów metali.

Techniki spektrometrii ruchliwości jonów i mas do określania struktury i mechanizmów rozpoznawania jonów metali i aktywności redoks oligopeptydów wiążących metale

Ten artykuł opisuje eksperymentalny protokół wykorzystujący elektrorozpylanie, ruchliwość jonów, spektrometrię mas, półempiryczne obliczenia kwantowe i dysocjację wywołaną zderzeniem progu o rozdzielczości energetycznej do pomiaru względnej termochemii dysocjacji powiązanych kompleksów metali trójskładnikowych.

Badania termochemiczne trójskładnikowych kompleksów Ni(II) i Zn(II) z wykorzystaniem spektrometrii ruchliwości jonów i mas

Metoda badania analogów fentanylu na podstawie czasu ich retencji, mobilności i wzorca fragmentacji spektrometrii mas.

Analogowe badanie przesiewowe fentanylu przy użyciu LC-TIMS-TOF MS/MS

Analityczny przepływ pracy oparty na chromatografii cieczowej, spektrometrii ruchliwości uwięzionych jonów i spektrometrii mas czasu przelotu (LC-TIMS-ToF MS/MS) dla wysokiej pewności i wysoce powtarzalnej "oddolnej" analizy modyfikacji histonów i identyfikacji na podstawie głównych parametrów (czas retencji [RT], przekrój zderzenia [CCS] i dokładny stosunek masy do ładunku [m/z]).

Badania przesiewowe modyfikacji histonów przy użyciu chromatografii cieczowej, spektrometrii ruchliwości uwięzionych jonów i spektrometrii mas czasu przelotu

Ten protokół przedstawia zweryfikowaną metodę chromatografii cieczowej, mobilności jonów i spektrometrii mas o wysokiej rozdzielczości, do określania obecności alkaloidów sporyszu w żywności, zgodnie z niedawno wydanym rozporządzeniem Komisji (UE) 2023/915.

Wykrywanie regulowanych alkaloidów sporyszu w matrycach spożywczych za pomocą chromatografii cieczowej - spektrometria ruchliwości jonów uwięzionych w elektronice - spektrometria mas czasu przelotu

Przedstawiamy metodę oceny pirogenicznego węgla (PyC) w środowisku za pomocą kwasu polikarboksylowego benzenu (BPCA). Podejście specyficzne dla związku w unikalny sposób dostarcza jednoczesnych informacji o charakterystyce, ilości i składzie izotopowym (13C i 14C) PyC.

Charakterystyka, kwantyfikacja i analiza izotopowa specyficzna dla związku węgla pirogennego przy użyciu polikarboksylowych kwasów benzenowych (BPCA)

Poznaj spektrometrię ruchliwości jonów w tandemie IMS/IMS do charakteryzacji biomolekuł i dyskryminacji izomerów glikanów. Ta metoda umożliwia klasyfikację strukturalną oraz budowanie sieci molekularnych w badaniach.

Wykorzystanie spektrometru cyklicznej ruchliwości jonów do eksperymentów z ruchliwością jonów w tandemie

Przeglądaj więcej filmów