Name: Biobank medycyny translacyjnej: Standardowe procedury operacyjne dla optymalnego zarządzania próbkami (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-11-30T12:40:00.000+00:00
Duration: 8 min 1 s
Description: Poznaj standardowe procedury operacyjne biobanku medycyny translacyjnej do zarządzania próbkami biologicznymi. Metoda obejmuje system LIMS, kodowanie pacjentów i przechowywanie w -80°C.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Autorzy chcieliby podziękować wszystkim pacjentom, którzy aktywnie uczestniczyli w ciągu ostatniej dekady w naszych programach badawczych poprzez przekazanie swoich próbek biologicznych. Bez nich te badania nie byłyby możliwe. Jesteśmy również wdzięczni całemu personelowi pracującemu w IEO, pielęgniarkom, technikom, biologom, lekarzom oraz dyrektorom wszystkich jednostek klinicznych i badawczych. Autorzy są wdzięczni prof. Pierowi Paolo Di Fiore i prof. Giancarlo Pruneriemu za ich wskazówki. Na koniec dedykujemy tę pracę prof. Umberto Veronesiemu, założycielowi IEO, i jego pionierskiemu podejściu do integracji badań nad rakiem i opieki nad pacjentem.

Niniejszy protokół koncentruje się na standardowych procedurach operacyjnych (SOP) stosowanych w przypadku raka piersi, jajnika, prostaty, płuca oraz jelita grubego. Wszystkie opisane tutaj procedury zostały zatwierdzone przez Komitet Techniczno-Naukowy, Komisję Etyczną (EC) oraz dyrektorów programów chirurgii piersi, ginekologii, urologii, chirurgii klatki piersiowej i chirurgii układu trawiennego. Procedury badania są zgodne z Deklaracją Helsińską z 1964 roku, Ogólnym rozporządzeniem o ochronie danych (GDPR) z 2018 roku oraz późniejszymi poprawkami. Instytucjonalna Umowa o Udziale w Badaniach (RPA), opracowana na podstawie rozporządzenia GDPR, stanowi świadomą zgodę uzyskaną od wszystkich pacjentów na pobieranie próbek biologicznych oraz danych osobowych, klinicznych i genetycznych. RPA została uzyskana od wszystkich pacjentów w celu przechowywania, przetwarzania i wykorzystywania pozyskanych danych do celów naukowych.
1. Wymagania wstępne dla próbek biologicznych
<ol>
	<li>Sprawdź, czy pacjent spełnia kryteria kwalifikacji zgodnie z RPA oraz protokołami projektów, a następnie przedstaw wszystkim pacjentom szczegółowy opis RPA.
	<ol>
		<li>Zwiększ zaangażowanie pacjentów, np. poprzez emitowanie w poczekalniach edukacyjnego filmu animowanego, informującego o znaczeniu i wpływie RPA. Przekaż wszystkim pacjentom zakładki-gadżety (patrz: ogólnodostępna krótka animacja pod adresami https://www.ieo.it/it/PER-I-PAZIENTI/I-diritti-del-paziente/Consensi-informati/ oraz https://vimeo.com/679070846).</li>
		<li>Przeszkol personel w zakresie pozyskiwania zgód na każdym etapie hospitalizacji i przekazywania dodatkowych informacji w przypadku udziału pacjentów w konkretnym badaniu. 
		UWAGA: Jeśli RPA nie zostanie podpisane, próbki biologiczne nie są pobierane.</li>
		<li>Wyklucz przypadki z stwierdzoną infekcją SARS-CoV-2 (COVID-19), zapaleniem wątroby typu B (HBV), zapaleniem wątroby typu C (HCV) oraz wirusem zapalenia organizmu nabytego (HIV).</li>
	</ol>
	</li>
</ol>
2. Oprogramowanie biobanku
<ol>
	<li>Należy użyć oprogramowania systemu zarządzania informacjami laboratoryjnymi (LIMS) do śledzenia wszystkich próbek biologicznych. Należy zapewnić dostępność wydajnego systemu operacyjnego, który automatycznie pobiera informacje osobowe i kliniczne podczas rejestracji pacjenta i może zostać zintegrowany z dokumentacją medyczną, sprawami administracyjnymi, RPA oraz patologicznymi danymi pacjenta, jak pokazano w Rysunek 2.</li>
	<li>Należy zapewnić rejestrację próbek biologicznych w oprogramowaniu biobanku.
	<ol>
		<li>Identyfikacja pacjentów za pomocą kodów. Przypisz każdemu pacjentowi unikalny kod, który odpowiada numerowi dokumentacji medycznej (poszczególna wizyta, rodzaj usługi świadczonej pacjentowi). 
		UWAGA: Podczas rejestracji naukowy RPA jest aktualizowany elektronicznie w systemie operacyjnym.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Wygeneruj identyfikator alikwotu
	<ol>
		<li>Wskaż rok oraz miejsce anatomiczne lub rodzaj płynu biologicznego (Tabela 1) z którego pochodzi próbka (Tabela 2), a następnie dodaj progresywny unikalny numer dla każdej próbki.</li>
		<li>W przypadku organów parzystych należy dodać numer sekwencyjny, aby odróżnić pochodzenie próbki biologicznej z organu prawego lub lewego. Do skrótu należy przypisać przyrostek 1 (dla lewego) lub 2 (dla prawego) – dwie cyfry. 
		UWAGA: Na przykład szczegółowy identyfikator wygląda jak „12-B-00100-01”, gdzie 12 oznacza rok, a B oznacza organ = pierś.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Zarejestruj identyfikator dla każdej alikwoty
	<ol>
		<li>Śledź dwa główne typy próbek biologicznych: ciała stałe i ciecze.</li>
		<li>Podziel na podkategorie: próbki świeże i próbki zamrożone.</li>
	</ol>
	</li>
</ol>
<img alt="Schemat blokowy LIMS biobanku; zapytanie do bazy danych, statystyki, informacje osobiste, zarządzanie rekordami." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63950/63950fig02.jpg" data-altupdatedat="1788282455000" data-alt="Rycina 2"> 
Rycina 2: Reprezentatywny interfejs systemu LIMS biobanku. Dokument Scientific RPA jest aktualizowany elektronicznie z serwera rekordów klinicznych. Skróty: LIMS = laboratory information management system (system zarządzania informacjami laboratoryjnymi); RPA = Research Participation Agreement (umowa o udziale w badaniu). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63950/63950fig02large.jpg" target="_blank">Aby wyświetlić większą wersję tej ryciny, kliknij tutaj.</a>
Tabela 1: Typy płynów biologicznych i odpowiadające im kody. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63950/TAB%201.xlsx" target="_blank">Kliknij tutaj, aby pobrać tę tabelę.</a>
Tabela 2: Typy próbek tkanek i odpowiadające im kody. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63950/TAB%202.xlsx" target="_blank">Kliknij tutaj, aby pobrać tę tabelę.</a>
3. Pobieranie próbek
<ol>
	<li>Przygotowanie codziennego planu operacyjnego
	<ol>
		<li>Należy ustalić, czy pacjent podpisał RPA oraz czy spełnia kryteria kwalifikacji.</li>
		<li>Sprawdź następujące warunki:
		<ol>
			<li>Zweryfikuj zgodność pacjenta z kryteriami włączenia: każdy przypadek dodatniego wyniku testu w kierunku HIV, HBV, HCV i COVID-19 należy odnotować w odpowiednim polu ryzyka zakaźnego „RI”, aby uniknąć pobierania próbek biologicznych.</li>
			<li>Zweryfikuj, czy pacjent uczestniczy w badaniu klinicznym lub w konkretnym zatwierdzonym projekcie badawczym, prawidłowo wypełniając Badanie/Projekt pole w profilu każdego pacjenta.</li>
			<li>Poinformuj techników w przypadku nieznanego ryzyka zakażenia; utylizuj próbki z wynikami dodatnimi lub o nieznanym stopniu ryzyka.</li>
		</ol>
		</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Przetwarzanie i przechowywanie próbek w biobanku, zgodnie z opisem w Rysunek 3.
	<ol>
		<li>Pobrać świeże i zamrożone próbki tkanek od pacjentów, u których przeprowadzono zabieg chirurgiczny.</li>
		<li>Pobierz próbki cytologiczne z chirurgicznie usuniętych małych zmian, stosując technikę aspiracyjną lub eksfoliacyjną.</li>
		<li>Należy pobrać płyny biologiczne (np. krew, surowicę, osocze, PBMC, wymaz z policzka, mocz, kał i płyn w jamniówce) od pacjentów w etapie przedhospitalizacyjnym, pacjentów włączonych do badań klinicznych oraz od każdego innego badanego uczestniczącego w zatwierdzonych projektach przesiewowych.</li>
	</ol>
	</li>
</ol>
<img alt="Schemat pobierania próbek od pacjenta; płyny ustrojowe i próbki tkanek; epizody LIMS biobanku." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63950/63950fig03.jpg" data-altupdatedat="1788282455000" data-alt="Rycina 3"> 
Rycina 3: Hierarchia próbek. Od jednego pacjenta przetwarzanych i przechowywanych w biobanku jest kilka podkategorii epizodów. Skróty: PMBCs = mononuklearne komórki krwi obwodowej; LIMS = laboratoryjny system zarządzania informacjami. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63950/63950fig03large.jpg" target="_blank">Kliknij tutaj, aby zobaczyć powiększoną wersję tej ryciny.</a>
4. Pobieranie próbek krwi
<ol>
	<li>Pobrać krew pacjenta do probówek typu vacutainer o pojemności 6 mL zawierających przeciwkrzepliwy Na2 EDTA (7.2 mg, suszony rozpyłowo). Zarejestrować probówki oznaczone numerem dokumentacji medycznej oraz kodem epizodu, a następnie przetworzyć je na dwa różne sposoby: jako świeże lub mrożone.</li>
	<li>W przypadku próbek świeżych zarejestrować próbki krwi w oprogramowaniu biobanku. Oznaczyć probówki kodem identyfikacyjnym biobanku i przekazać je uprawnionym użytkownikom.</li>
	<li>W przypadku próbek mrożonych przechowywanych w biobanku przygotować dwie probówki z kodem 2D Cryobank, wlewając do każdej po 900 µL krwi (Rysunek 4). Zarejestrować alikwoty w oprogramowaniu biobanku, umieścić je na odpowiedniej płytce z kodami kreskowymi i przechowywać w zamrażarkach (−80 °C), aby zapewnić stałą temperaturę.</li>
</ol>
<img alt="Progiwirówki, skaner kodów kreskowych i mikropłytka z próbkami do analizy laboratoryjnej." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63950/63950fig04.jpg" data-altupdatedat="1788282455000" data-alt="Rysunek 4"> 
Rysunek 4: Zamrożone materiały próbkowe. (A) probówki z dwuwymiarowymi kodami kreskowymi, (B) czytnik kodów kreskowych dla pojedynczej probówki oraz (C) płytka z probówkami do rejestracji i przechowywania. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63950/63950fig04large.jpg" target="_blank">Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.</a>
5. Pobieranie próbek surowicy
<ol>
	<li>Pobrać krew pacjenta do probówek do surowicy "plastic serum tubes" o pojemności 6 mL, zawierających powłokę krzemionkową w celu wywołania krzepnięcia. Pozostawić probówki na 3 h w temperaturze pokojowej (RT), aby krew skrzepła, a następnie odwirować przy 828 x g przez 10 min w temperaturze 20 °C.</li>
	<li>Przenieść surowicę (450 µL) do probówek kodowanych Cryobank 2D o pojemności 0,5 mL, przygotowując łącznie 3-4 alikwoty dla każdej próbki. Jeśli objętość surowicy w ostatnim alikwocie jest mniejsza niż 450 µL, podczas rejestracji należy oznaczyć go jako "LEFTOVER", aby monitorować faktyczną ilość zamrożonej surowicy.</li>
	<li>Zarejestrować alikwoty w oprogramowaniu biobanku, umieścić je na odpowiedniej płytce z kodami kreskowymi i przechowywać w zamrażarkach (−80 °C) w celu zapewnienia stałej temperatury. 
	UWAGA: Liczba alikwotów zależy od początkowej ilości pobranej krwi pełnej oraz od ilości otrzymanej surowicy.</li>
</ol>
6. Izolacja mononuklearnych komórek krwi obwodowej
<ol>
	<li>Otwórz komorę z laminarnym przepływem powietrza i wyczyść ją 70% etanolem. Przygotuj worek na odpady biologiczne, sterylną 1x sól fizjologiczną w buforze fosforanowym (PBS) oraz jedną pustą sterylną probówkę stożkową o pojemności 50 mL.</li>
	<li>Przelej krew (z probówek z EDTA) do pustej sterylnej probówki stożkowej 50 mL i rozcieńcz ją w stosunku 1:1 za pomocą sterylnego 1x PBS (np. 15 mL krwi + 15 mL 1x PBS). Użyj PBS do wypłukania probówki z krwią.</li>
	<li>Wirowkuj probówki przy 400 x g przez 30 min w temperaturze 20 °C i przetwarzaj probówki pod wyciągiem do materiałów niebezpienych biologicznie. Pobierz środkową białą warstwę zawierającą PBMC za pomocą pipety Pasteura i przenieś ją do nowej sterylnej probówki stożkowej 50 mL. Dodaj do 45 mL PBS w celu przemycia PBMC, wymieszaj i wirowkuj przy 400 x g przez 10 min w temperaturze 4 °C. Odzyskaj osad, resuspenduj go w PBS i policz komórki, korzystając z jednorazowych komór Bürkera. 
	UWAGA: Objętość PBS zależy od wielkości osadu. Z 15 mL krwi zapewnij objętość resuspensji 2-3 mL, a następnie rozcieńczenie 1:10 w celu policzenia. Skorzystaj z równania (1): 
	Średnia z 3 pól × 10 000 × współczynnik rozcieńczenia × objętość resuspensji w mL = całkowita liczba komórek (1)</li>
	<li>Ponownie przemyj PBMC za pomocą PBS, wymieszaj i wirowkuj przy 400 x g przez 10 min w temperaturze 4 °C. Rozcieńcz PBMC do stężenia 2-3 x 106 komórek/mL w medium do zamrażania (płodowa surowica bydlęca (FBS) + 10% dimetylosulfoksyd [DMSO]). Przygotuj probówki Cryobank 2D, przenosząc 1 mL resuspendowanych komórek do każdej krioprobówki, umieść je w odpowiednim krioboksie i jak najszybciej przechowuj w temperaturze −80 °C. 
	UWAGA: Medium do zamrażania składa się z FBS ze sterylnym 10% DMSO i jest przechowywane w aliquotach w temperaturze −20 °C do 6 miesięcy. Po powolnym rozmrożeniu w temperaturze 4 °C należy je zużyć w ciągu 2 tygodni.</li>
</ol>
7. Pobieranie próbek osocza
<ol>
	<li>Pobrać krew pacjenta do probówek typu vacutainer o pojemności 6 mL zawierających antykoagulant Na2 EDTA (7,2 mg, rozproszony). Odwirować probówkę z pełną krwią przy 2,000 x g przez 10 min w temperaturze 4 °C w celu oddzielenia osocza.</li>
	<li>Pobrać górną warstwę osocza za pomocą pipety Pasteura o pojemności 3 mL, przelać do sterylnej stożkowej probówki o pojemności 15 mL i odwirować przy 16,000 x g przez 10 min w temperaturze 4 °C, aby usunąć zanieczyszczające komórki krwi. Przenieść osocze do probówek kodowanych Cryobank 2D o pojemności 1 mL.</li>
	<li>Zarejestrować alikwoty w oprogramowaniu biobanku, umieścić je na odpowiedniej płytce z kodem kreskowym i przechowywać w zamrażarce (−80 °C), aby zapewnić stałą temperaturę.</li>
</ol>
8. Pobieranie próbek kału i wymazów z policzków
<ol>
	<li>Należy pobrać kał oraz wymazy z policzków do probówek o pojemności 15 mL zawierających następujący specyficzny roztwór: 50 mM Tris-HCl, 10 mM NaCl i 10 mM EDTA, pH 7,5.</li>
	<li>Należy zarejestrować probówki w oprogramowaniu biobanku. Probówki należy opisać kodami biobanku.</li>
	<li>Kał oraz wymazy z policzków należy przechowywać w temperaturze 4 °C w lodówce biobanku.</li>
</ol>
9. Obróbka tkanek
<ol>
	<li>Próbki tkanek powinny zostać poddane ocenie przez patomorfologa w celu ustalenia, czy materiał, który nie jest niezbędny do procedur diagnostycznych, jest wystarczający do celów badawczych. 
	UWAGA: Gdy objętość tkanki jest mniejsza niż 1,5 mm3przechowuje się go w OCT lub dostarcza jako świeżą próbkę (A) powiązane z konkretnym zapytaniem badawczym.</li>
	<li>W miarę możliwości należy pobierać również odpowiednik niepatologiczny (NP) tkanki patologicznej (P). Przenieść próbki do sterylnych szalek Petri do hodowli komórkowej, opisanych jako P i NP (Rysunek 5). Przechowywać tkankę na lodzie w temperaturze 4 °C i podzielić go na trzy części każdą (A, B, oraz C), jeżeli dostępna jest odpowiednia ilość materiału.
	<ol>
		<li>Świeże próbki tkanek (A): nanieść świeże alikwoty P i NP tkankę w probówkach z odpowiednią pożywką hodowlaną, określoną w każdym konkretnym protokole, i przesyłać je do zewnętrznych jednostek badawczych (np. laboratoriów badawczych).</li>
		<li>próbki tkanek OCT (B): nanieś świeże alikwoty P i NP tkankę do form do mrożenia, wypełnić je żywicą OCT (10,24% alkoholu poliwinylowego, 4,26% glikolu polietylenowego i 85,5% składników niereaktywnych), a następnie niezwłocznie umieścić w aparaturze do szybkiego mrożenia w temperaturze −80 °C. 
		UWAGA: W temperaturze −80 °Czamrożenie tkanki zatopionej w OCT zajmuje od 60 do 150 s.</li>
		<li>Próbki tkanek (C): pozostałe próbki tkanki umieścić w kodowanych probówkach Cryobank 2D w aparacie do szybkiego mrożenia.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Przechowywać płytki w temperaturze −80 °C. 
	UWAGA: Dla każdej zamrożonej alikwoty w OCT należy przeprowadzić test kontroli jakości przed dystrybucją i użyciem w celu wykonania oceny histologicznej, zgodnie z opisem w sekcji 11.</li>
</ol>
<img alt="Schemat procesu przetwarzania próbek tkanek; obejmuje zatapianie w kasetkach kriogenicznych, rejestrację w systemie LIMS oraz przechowywanie." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63950/63950fig05.jpg" data-altupdatedat="1788282455000" data-alt="Rycina 5"> 
Rycina 5: Schemat postępowania w biobanku dla próbek tkanek.Skróty: LIMS = laboratory information management system (system zarządzania informacjami laboratoryjnymi); OCT = optimal cutting temperature (optymalna temperatura cięcia). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63950/63950fig05large.jpg" target="_blank">Prosimy kliknąć tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.</a>
10. Mrożenie tkanek
<ol>
	<li>Szybko zamrozić tkankę w oparach izopentanu, używając aparatu do szybkiego mrożenia. Umieścić próbki tkanki w izopentanie w temperaturze −120 °C przez 3 min, a następnie przechowywać je w pomieszczeniach do krio konserwacji w temperaturze −80 °C. 
	UWAGA: W celu zachowania integralności kwasów nukleinowych do mrożenia próbek tkanki nowotworowej i zdrowej stosuje się dwie metodologie szybkiego mrożenia.</li>
</ol>
11. Kontrola jakości tkanek
<ol>
	<li>Umieścić kriostat w chłodni w temperaturze od −20 °C do −40 °C i wykonać kilka cięć kriosekcji z bloku OCT17. Przeprowadzić barwienie hematoksyliną i eozyną (H&amp;E) preparatu kriosekcji tkanki18. Przeanalizować morfologię tkanki pod mikroskopem optycznym19. 
	UWAGA: Sekcje powinny mieć odpowiednią grubość od 3-12 µm.
	<ol>
		<li>Wypełnić odpowiedni formularz (Tabela 3).</li>
	</ol>
	</li>
</ol>
Tabela 3: Formularz kontroli jakości przekrojów tkankowych zatopionych w OCT i mrożonych. Skrót: OCT = optimal cutting temperature. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63950/Table%203.xlsx" target="_blank">Kliknij tutaj, aby pobrać tę tabelę.</a>
12. Wnioskowanie o przekazanie i pobieranie próbek do celów badawczych
<ol>
	<li>Zamówienie przechowywanych alikwotów:
	<ol>
		<li>Należy uzyskać wypełniony formularz zawierający nazwę projektu badawczego, głównego badacza (PI), datę odbioru oraz krótki opis. Następnie należy przeprowadzić zapytanie w bazie danych (DB) oprogramowania, wybrać alikwot, wygenerować listę odbioru dla techników i sprawdzić kod kreskowy każdego pobranego alikwotu. 
		UWAGA: W celu uzyskania próbek z biobanku badacze z naszego instytutu lub współpracownicy zewnętrzni (komercyjni lub niekomercyjni) muszą złożyć wniosek za pomocą specjalnego formularza; projekt jest następnie oceniany przez komitet techniczno-naukowy oraz Komisję Etyczną.</li>
	</ol>
	</li>
</ol>

<ol><li>Pagni, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeting+immune-related+biological+processes+in+solid+tumors%3A+We+do+need+biomarkers%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Molecular+Sciences%22%5BJournal%5D)">Targeting immune-related biological processes in solid tumors: We do need biomarkers.</a> International Journal of Molecular Sciences. 20 (21), 5452(2019).</li>
<li>Braun, K. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+patient+perceptions+about+biobanking+and+preferred+timing+of+consent%5BTitle%5D)+AND+%22Biopreservation+and+Biobanking%22%5BJournal%5D)">Cancer patient perceptions about biobanking and preferred timing of consent.</a> Biopreservation and Biobanking. 12 (2), 106-112 (2014).</li>
<li>Bycroft, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+UK+Biobank+resource+with+deep+phenotyping+and+genomic+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The UK Biobank resource with deep phenotyping and genomic data.</a> Nature. 562 (7726), 203-209 (2018).</li>
<li>Saifuddin, S. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((King%27s+Health+Partners%27+Prostate+Cancer+Biobank+%28KHP+PCaBB%29%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Cancer%22%5BJournal%5D)">King's Health Partners' Prostate Cancer Biobank (KHP PCaBB).</a> BMC Cancer. 17 (1), 784(2017).</li>
<li>Lopez, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+insights+into+the+classification+of+luminal+breast+cancers%3A+The+genomic+heterogeneity+of+progesterone-negative+tumors%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Molecular+Sciences%22%5BJournal%5D)">Molecular insights into the classification of luminal breast cancers: The genomic heterogeneity of progesterone-negative tumors.</a> International Journal of Molecular Sciences. 20 (3), 510(2019).</li>
<li>Kinkorová, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biobanks+in+the+era+of+personalized+medicine%3A+Objectives%2C+challenges%2C+and+innovation%3A+Overview%5BTitle%5D)+AND+%22The+EPMA+Journal%22%5BJournal%5D)">Biobanks in the era of personalized medicine: Objectives, challenges, and innovation: Overview.</a> The EPMA Journal. 7 (1), 4(2015).</li>
<li>Luo, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intravital+biobank+and+personalized+cancer+therapy%3A+The+correlation+with+omics%5BTitle%5D)+AND+%22International+Journal+of+Cancer%22%5BJournal%5D)">Intravital biobank and personalized cancer therapy: The correlation with omics.</a> International Journal of Cancer. 135 (7), 1511-1516 (2014).</li>
<li>Invernizzi, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quality+of+life+interventions+in+breast+cancer+survivors%3A+State+of+the+art+in+targeted+rehabilitation+strategies%5BTitle%5D)+AND+%22Anticancer+Agents+in+Medicinal+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Quality of life interventions in breast cancer survivors: State of the art in targeted rehabilitation strategies.</a> Anticancer Agents in Medicinal Chemistry. 22 (4), 801-810 (2021).</li>
<li>Roux, J., Zeghidi, M., Villar, S., Kozlakidis, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biosafety+and+biobanking%3A+Current+understanding+and+knowledge+gaps%5BTitle%5D)+AND+%22Biosafety+and+Health%22%5BJournal%5D)">Biosafety and biobanking: Current understanding and knowledge gaps.</a> Biosafety and Health. 3 (5), 244-248 (2021).</li>
<li>Sanchini, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+trust-based+pact+in+research+biobanks.+From+theory+to+practice%5BTitle%5D)+AND+%22Bioethics%22%5BJournal%5D)">A trust-based pact in research biobanks. From theory to practice.</a> Bioethics. 30 (4), 260-271 (2016).</li>
<li>Vaught, J., Kelly, A., Hewitt, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+review+of+international+biobanks+and+networks%3A+Success+factors+and+key+benchmarks%5BTitle%5D)+AND+%22Biopreservation+and+Biobanking%22%5BJournal%5D)">A review of international biobanks and networks: Success factors and key benchmarks.</a> Biopreservation and Biobanking. 7 (3), 143-150 (2009).</li>
<li>Ferrin, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation%2C+culture%2C+and+expansion+of+mesenchymal+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Isolation, culture, and expansion of mesenchymal stem cells.</a> Methods in Molecular Biology. 1590, 177-190 (2017).</li>
<li>Hermansen, J. U., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Norwegian+childhood+cancer+biobank%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Reports%22%5BJournal%5D)">The Norwegian childhood cancer biobank.</a> Cancer Reports. , 1555(2021).</li>
<li>Schmelz, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+plan+for+emergency+shutdown+and+reopening+for+a+consortium+of+biobanks%5BTitle%5D)+AND+%22Biopreservation+and+Biobanking%22%5BJournal%5D)">A plan for emergency shutdown and reopening for a consortium of biobanks.</a> Biopreservation and Biobanking. 19 (5), 394-398 (2021).</li>
<li>Salvaterra, E., Corfield, J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSalvaterra%2C+E+%22Advances+in+Biobanking+Practice+Through+Public+and+Private+Collaborations%22">Advances in Biobanking Practice Through Public and Private Collaborations</a>. , Bentham Science Publishers. (2017).</li>
<li>Snapes, E., Simeon-Dubach, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ISBER+best+practices+for+repositories%2C+moving+toward+the+fifth+edition%5BTitle%5D)+AND+%22Biopreservation+and+Biobanking%22%5BJournal%5D)">ISBER best practices for repositories, moving toward the fifth edition.</a> Biopreservation and Biobanking. 20 (1), 107-108 (2022).</li>
<li>Fischer, A. H., Jacobson, K. A., Rose, J., Zeller, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryosectioning+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harbour+Protocols%22%5BJournal%5D)">Cryosectioning tissues.</a> Cold Spring Harbour Protocols. (8), 4991(2008).</li>
<li>Mendoza, A. S., Bishop, J. Staining methods in frozen section: Best lab practices. Laboratory Best Practice Blog. UC Davis Health. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://health.ucdavis.edu/blog/lab-best-practice/staining-methods-in-frozen-section-best-lab-practices/2020/03">https://health.ucdavis.edu/blog/lab-best-practice/staining-methods-in-frozen-section-best-lab-practices/2020/03</a> (2020).</li>
<li>Craciun, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tumor+banks%3A+A+quality+control+scheme+proposal%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Medicine%22%5BJournal%5D)">Tumor banks: A quality control scheme proposal.</a> Frontiers in Medicine. 6, 225(2019).</li>
<li>Ma, X., Yu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+burden+of+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22The+Yale+Journal+of+Biology+and+Medicine%22%5BJournal%5D)">Global burden of cancer.</a> The Yale Journal of Biology and Medicine. 79 (3-4), 85-94 (2006).</li>
<li>Angerilli, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+the+pathologist+in+the+next-generation+era+of+tumor+molecular+characterization%5BTitle%5D)+AND+%22Diagnostics%22%5BJournal%5D)">The role of the pathologist in the next-generation era of tumor molecular characterization.</a> Diagnostics. 11 (2), 339(2021).</li>
<li>Correa-Aguila, R., Alonso-Pupo, N., Hernández-Rodríguez, E. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multi-omics+data+integration+approaches+for+precision+oncology%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Omics%22%5BJournal%5D)">Multi-omics data integration approaches for precision oncology.</a> Molecular Omics. , (2022).</li>
<li>Salati, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ctDNA+analysis+in+the+personalized+clinical+management+of+gastroesophageal+adenocarcinoma%3A+Turning+hope+into+reality%5BTitle%5D)+AND+%22Future+Oncology%22%5BJournal%5D)">ctDNA analysis in the personalized clinical management of gastroesophageal adenocarcinoma: Turning hope into reality.</a> Future Oncology. 17 (33), 4607-4618 (2021).</li>
<li>Mirzayi, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reporting+guidelines+for+human+microbiome+research%3A+The+STORMS+checklist%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Medicine%22%5BJournal%5D)">Reporting guidelines for human microbiome research: The STORMS checklist.</a> Nature Medicine. 27 (11), 1885-1892 (2021).</li>
<li>Cortvrindt, C., Speeckaert, R., Delanghe, J. R., Speeckaert, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Urinary+epidermal+growth+factor%3A+A+promising+%26%2334%3Bnext+generation%26%2334%3B+biomarker+in+kidney+disease%5BTitle%5D)+AND+%22American+Journal+of+Nephrology%22%5BJournal%5D)">Urinary epidermal growth factor: A promising &#34;next generation&#34; biomarker in kidney disease.</a> American Journal of Nephrology. , (2022).</li>
<li>Fusco, N., Fumagalli, C., Guerini-Rocco, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Looking+for+sputum+biomarkers+in+lung+cancer+secondary+prevention%3A+Where+are+we+now%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Thoracic+Disease%22%5BJournal%5D)">Looking for sputum biomarkers in lung cancer secondary prevention: Where are we now.</a> Journal of Thoracic Disease. 9 (11), 4277-4279 (2017).</li>
<li>Im, K., Gui, D., Yong, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+introduction+to+hardware%2C+software%2C+and+other+information+technology+needs+of+biomedical+biobanks%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">An introduction to hardware, software, and other information technology needs of biomedical biobanks.</a> Methods in Molecular Biology. 1897, 17-29 (2019).</li>
<li>Paul, S., Gade, A., Mallipeddi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+state+of+cloud-based+biospecimen+and+biobank+data+management+tools%5BTitle%5D)+AND+%22Biopreservation+and+Biobanking%22%5BJournal%5D)">The state of cloud-based biospecimen and biobank data management tools.</a> Biopreservation and Biobanking. 15 (2), 169-172 (2017).</li>
<li>Fthenou, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((implementation%2C+and+integration+of+heterogenous+information+technology+infrastructures+in+the+Qatar+biobank%5BTitle%5D)+AND+%22Biopreservation+and+Biobanking%22%5BJournal%5D)">implementation, and integration of heterogenous information technology infrastructures in the Qatar biobank.</a> Biopreservation and Biobanking. 17 (6), 494-505 (2019).</li>
<li>Tukacs, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Model+requirements+for+Biobank+Software+Systems%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformation%22%5BJournal%5D)">Model requirements for Biobank Software Systems.</a> Bioinformation. 8 (6), 290-292 (2012).</li>
<li>Willers, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+versatile%2C+secure%2C+and+sustainable+all-in-one+biobank-registry+data+solution%3A+The+A3BC+REDCap+model%5BTitle%5D)+AND+%22Biopreservation+and+Biobanking%22%5BJournal%5D)">A versatile, secure, and sustainable all-in-one biobank-registry data solution: The A3BC REDCap model.</a> Biopreservation and Biobanking. , (2021).</li>
<li>D'Abramo, F., Schildmann, J., Vollmann, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Research+participants%27+perceptions+and+views+on+consent+for+biobank+research%3A+A+review+of+empirical+data+and+ethical+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Medical+Ethics%22%5BJournal%5D)">Research participants' perceptions and views on consent for biobank research: A review of empirical data and ethical analysis.</a> BMC Medical Ethics. 16, 60(2015).</li>
<li>Policiuc, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+foundation+of+personalized+medicine+is+the+establishment+of+biobanks+and+their+standardization%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+BUON%22%5BJournal%5D)">The foundation of personalized medicine is the establishment of biobanks and their standardization.</a> Journal of BUON. 23 (3), 550-560 (2018).</li>
<li>Lygirou, V., Makridakis, M., Vlahou, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biological+sample+collection+for+clinical+proteomics%3A+Existing+SOPs%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Biological sample collection for clinical proteomics: Existing SOPs.</a> Methods in Molecular Biology. 1243, 3-27 (2015).</li>
<li>Pisapia, P., Malapelle, U., Troncone, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Liquid+biopsy+and+lung+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Cytologica%22%5BJournal%5D)">Liquid biopsy and lung cancer.</a> Acta Cytologica. 63 (6), 489-496 (2019).</li>
<li>Spruessel, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tissue+ischemia+time+affects+gene+and+protein+expression+patterns+within+minutes+following+surgical+tumor+excision%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">Tissue ischemia time affects gene and protein expression patterns within minutes following surgical tumor excision.</a> Biotechniques. 36 (6), 1030-1037 (2004).</li>
</ol>

Autorzy nie mają do ujawnienia żadnych konfliktów interesów.

Chociaż onkologia poczyniła ogromne postępy, rak pozostaje główną przyczyną zachorowalności i śmiertelności na całym świecie20. Zrozumienie niejednorodności guza, jego ewolucji czasowej w czasie oraz wyników leczenia celowanego jest ściśle zależne od dokładnego gromadzenia danych w kontekście rutynowej opieki klinicznej21. W związku z tym podejście "multiomiczne" nabiera rozpędu w onkologicznej patologii predykcyjnej22. Tradycyjna ocena biomarkerów opartych na tkankach jest integrowana przy użyciu wielu nowych bioanalitów, takich jak krew, osocze, mocz, ślina i stolec 23,24,25,26. W związku z tym biobanki są obecnie uznawane za kluczową infrastrukturę usprawniającą praktykę kliniczną. Patrząc wstecz na historię badań nad rakiem, zdajemy sobie sprawę, że najbardziej imponujące i przełomowe odkrycia nigdy nie byłyby możliwe bez bezpośredniego badania tkanki rakowej lub płynnych biopsji. Z biegiem czasu źródło tkanki nowotworowej i rodzaj płynnej biopsji, która ma być badana, ewoluowały od prymitywnych sekcji, przypadkowych "przypadkowych spotkań", a w niektórych przypadkach nielegalnego handlu do zorganizowanych kolekcji nowotworów i strategicznych nowoczesnych banków onkologicznych. Uwzględnianie wielu kwestii etycznych uległo znacznym zmianom zarówno w praktyce, jak i w głównych czynnikach, które odróżniają nowoczesne banki onkologiczne od zbiorów onkologicznych z przeszłości.
Ze względu na postęp w badaniach nad rakiem i ogromną ilość informacji molekularnej, która jest obecnie dostarczana przez nowoczesne technologie, staje się coraz bardziej oczywiste, że biobanki, szczególnie te w ośrodkach onkologicznych, mogą napotkać kilka rodzajów problemów metodologicznych. Wśród nich technologia stała się uniwersalnym wyzwaniem, które nadal uniemożliwia standaryzację i harmonizację SOP. Innym kluczowym aspektem utrzymania podstawowej działalności biobanku jest posiadanie zintegrowanego oprogramowania LIMS, które jest w stanie odbierać i automatycznie utrzymywać wszystkie identyfikatory szpitalne i wszystkie skodyfikowane dane kliniczne pochodzące z oprogramowania szpitala. Warto zauważyć, że inne cenne oprogramowanie służące do zarządzania biobankami oraz niektóre darmowe programy można uzyskać do zarządzania biobankami 27,28,29,30,31. Kolejnym kluczowym krokiem w biobankach jest wdrożenie paktu uczestnictwa dla wszystkich pacjentów oraz prawnego i etycznego porozumienia niezbędnego do przechowywania danych klinicznych i próbek biologicznych 10,32.
W związku z tym protokół ten zawiera dobrze określone wytyczne, które nie zezwalają na pobieranie i przechowywanie próbek biologicznych w przypadku braku zgody. Jest to również krytyczna kwestia, ponieważ pacjenci mogą wycofać swój udział nawet po przechowywaniu ich próbek; W związku z tym wdrożono metody szybkiego pobierania takich próbek z systemu biobankowania. Próbki biologiczne, które pochodzą od pacjentów zrekrutowanych przez nasz biobank, podlegają ścisłym protokołom pobierania i przechowywania. W związku z tym w celu monitorowania tego procesu oceniono kilka ważnych aspektów, które są stale ulepszane. W szczególności certyfikacja ISO9001 wymaga kilku wskaźników wydajności, takich jak ciepły czas niedokrwienia, który musi być utrzymany poniżej 30 minut lub 60 minut, w zależności od źródła tkanki. Dodatkowo, płynne biopsje i płyny biologiczne są pobierane przy użyciu standardowych protokołów zgodnie ze ścisłymi proceduramiczasowymi 15,33,34,35,36.
Szczególne cechy mają ogromne znaczenie w przepływie pracy biobanków. Należą do nich obecność certyfikowanego patologa, który gwarantuje pobranie próbki tkanki w celach diagnostycznych oraz pobranie tkanki do biobankowania w ramach czasowych zgodnych z wysoką jakością próbek (czas niedokrwienia jest ważnym wskazaniem dla niektórych rodzajów badań, takich jak testy zależne od RNA, które wymagają mniej ciepłego czasu niedokrwienia). Ponadto zarządzanie przestrzenią wymaganą do przechowywania próbek ma ogromne znaczenie w biobankach. Liczba pobranych płynnych biopsji może być uzależniona od projektu badania. Płynne biopsje mogą być często pobierane zarówno w okresie przedoperacyjnym, jak i kontrolnym, zgodnie z definicją zawartą w każdym projekcie badania.
Dzięki kampaniom przesiewowym w profilaktyce nowotworów i wczesnej diagnostyce nowotworów, tj. małych guzów piersi we wczesnych stadiach rozwoju, a także dostępności małoinwazyjnych technik chirurgicznych, zmniejszyła się liczba próbek tkanek dostępnych do badań (ponieważ większość próbek tkanek jest zawsze wykorzystywana do celów diagnostycznych). W ciągu ostatnich kilku lat znacznie poprawiła się zdolność do gromadzenia i przechowywania próbek biologicznych. Można to zaobserwować w przypadku płynów biologicznych, co odzwierciedla zwiększoną zdolność tego biobanku do wspierania grup badawczych tego instytutu w rosnącym zapotrzebowaniu na materiały z adnotacjami pochodzącymi od pacjentów. Pomimo tych ulepszeń doświadczyliśmy pewnych ograniczeń w przypadku badań wieloośrodkowych, które wymagają koordynacji między biobankami z różnych części świata, które można zintegrować tylko poprzez wdrożenie podobnych procedur.
Po wykluczeniu większości kwestii etycznych i technicznych związanych z biobankowaniem, w tym gromadzeniem wszystkich informacji klinicznych i demograficznych, kolejnym celem jest wdrożenie digitalizacji wszystkich preparatów histologicznych i barwienia stosowanych do celów diagnostycznych i badawczych. Ma to fundamentalne znaczenie dla następnej generacji badań, które w znacznym stopniu skorzystają z w pełni zintegrowanego cyfrowego patologii i biobanku, który stanie się standardem w przyszłości. Tylko duża seria pacjentów ze zintegrowanymi danymi i obrazami cyfrowymi może napędzać wieloośrodkowe, duże badania nad sztuczną inteligencją (AI) w celu poprawy opieki nad pacjentami onkologicznymi. Podsumowując, wierzymy, że dobra opieka zdrowotna nie kończy się na diagnozie i leczeniu. Najlepsze praktyki obejmują znajdowanie sposobów ciągłego diagnozowania i ulepszania leczenia każdej choroby, w szczególności tych, które mają poważny wpływ na oczekiwaną długość życia lub jego jakość.

Biobanki są biorepozytoriajmi służącymi do gromadzenia, przechowywania, przetwarzania i udostępniania ludzkich próbek biologicznych oraz powiązanych z nimi danych na potrzeby badań i diagnostyki. Ich rola jest kluczowa nie tylko dla odkrywania i walidacji biomarkerów, ale także dla opracowywania nowych leków1. W związku z tym ogromna większość programów badawczych w zakresie badań translacyjnych i klinicznych opiera się na dostępie do wysokiej jakości biospekimenów. W tym kontekście biobanki są uważane za pomost między badaniami akademickimi a przemysłem farmaceutycznym i biotechnologicznym2,3,4,5. Dzięki bezprecedensowym możliwościom zapewnionym przez gromadzenie dużych zbiorów danych (big data) oraz sztuczną inteligencję, rola biobanków w badaniach nad rakiem nieustannie ewoluuje6.
Szerokie spektrum biomateriałów obsługiwanych przez biobanki jest powiązane z informacjami kliniczno-patologicznymi, w tym z danymi demograficznymi i środowiskowymi, typem nowotworu, stopniem złośliwości histologicznej, stadium zaawansowania, obecnością naciekania naczyń limfatycznych i krwionośnych oraz statusem biomarkerów7,8. Im więcej wysokiej jakości próbek i danych jest dostępnych, tym szybciej postępują badania i tym większy jest ich wpływ na świadczenie opieki zdrowotnej9. Istnieją rygorystyczne ramy regulacyjne oparte na zasadach etycznych i prawnych, które powinny być zgodne z powszechnie przyjętymi SOP, kontrolami jakości i wytycznymi (np. Narodowego Instytutu Raka w USA, brytyjskiej Konfederacji Biobanków Nowotworowych oraz międzynarodowego Stowarzyszenia Repozytoriów Biologicznych i Środowiskowych w UE)10,11.
Opracowanie standardowych procedur operacyjnych (SOP) dla wszystkich kluczowych aspektów biobanków przynosi szereg korzyści w zakresie jakości, identyfikowalności, spójności, powtarzalności oraz czasu realizacji zadań12,13. Kolejnym istotnym elementem wdrażania SOP jest optymalizacja zarządzania biobankiem, co umożliwia skuteczniejsze rozwiązywanie problemów oraz stosowanie alternatywnych procedur przez pracowników biobanku i badaczy14. Wszystkie te aspekty stanowią część przepływu pracy w biobanku (Rysunek 1).
<img alt="Schemat procesu biobankowania z biospecymenami, badaniami, zaangażowaniem pacjentów, prywatnością, etyką i systemem LIMS." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63950/63950fig01v2.jpg" data-altupdatedat="1788282455000" data-alt="Rysunek 1"> 
Rysunek 1: Różne czynniki przyczyniające się do optymalizacji biobankowania. Skrót: LIMS = laboratoryjny system zarządzania informacją. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63950/63950fig01large.jpg" target="_blank">Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.</a>
Te wysoce specyficzne i wrażliwe dane wymagają rygorystycznych standardowych procedur zarządzania w biobankowaniu. Szczegółowy i zwalidowany formularz projektu powinien być dostępny dla wszystkich badaczy ubiegających się o dostęp do próbek i danych z biobanku. Informacje zawarte w zgłoszeniu powinny obejmować metodologię i plan badania, cele, zamierzenia oraz budżet. Należy powołać Techniczny Komitet Naukowy biobanku, którego główną rolą będzie ocena wniosków o realizację projektów badawczych. Organ ten powinien składać się z członków jednostki biobanku, oddziałów klinicznych, grup badawczych oraz przedstawicieli ds. ochrony danych, biura prawnego i biura transferu technologii.
Jednostka Biobanku dla Medycyny Translacyjnej i Cyfrowej Europejskiego Instytutu Onkologii (IEO) stanowi światowy punkt odniesienia dla biobanków pod względem jakości i ilości świadczonych usług, a także innowacyjności. Ten w pełni certyfikowany obiekt (UNI EN ISO 9001:2015-Certiquality) jest integralną częścią włoskiego węzła BBMRI-ERIC (tj. Biobanking and BioMolecular Resources Research Infrastructure) i współpracuje zarówno z jednostkami klinicznymi, jak i infrastrukturą badawczą.
Próbki biologiczne przechowywane w biobankach charakteryzują się dużą heterogennością. Obejmują one próbki tkanek — zamrożone na świeżo lub utrwalone w parafinie —, płyny ustrojowe (np. plazmę, surowicę, krew, mocz, kał), hodowle komórkowe oraz mononuklearne komórki krwi obwodowej (PBMC). Nasz biobank współpracuje synergicznie z europejską infrastrukturą badawczą w zakresie biobankowania (BBMRI-ERIC), która jest jedną z największych sieci biobanków w Europie i zapewnia portal dostępu do biobanków oraz zasobów biomolekularnych koordynowanych przez węzły krajowe15. Oprócz BBMRI-ERIC, istotną rolę w standaryzacji procedur operacyjnych w biobankowaniu odegrało również Międzynarodowe Towarzystwo Repozytoriów Biologicznych i Środowiskowych (ISBER)16.
Jednostka Biobanku, będąca częścią Wydziału Patologii, dąży do zapewnienia centralnej roli pacjenta, wspierania rozwoju badań klinicznych, ciągłego doskonalenia, podnoszenia kwalifikacji zasobów ludzkich, współpracy międzynarodowej, wspierania wydarzeń szkoleniowych, bezpieczeństwa w miejscu pracy oraz wzrostu naukowego i technologicznego. Wspólną wizją jest wyznaczanie krajowych i europejskich standardów dla biobanków w zakresie jakości i ilości świadczonych usług oraz innowacji. Zebrane próbki biologiczne są wykorzystywane do identyfikacji nowych biomarkerów i nowych leków (np. w celu opracowania coraz bardziej spersonalizowanych terapii) oraz do zapewnienia pacjentom najlepszego dostępnego leczenia dzięki doskonałości w badaniach.
Każdy preparat biologiczny jest pobierany i przetwarzany po uprzedniej weryfikacji obecności podpisanej przez pacjenta umowy o udziale w badaniach naukowych15. Pobrane próbki biologiczne są wykorzystywane do realizacji projektów badawczych lub badań klinicznych i obejmują nadmiarowe (tzn. niewymagane do celów diagnostycznych) próbki chirurgiczne patologiczne i niepatologiczne, biopsje płynne (np. krew, surowica, osocze i mocz) oraz inne materiały biologiczne. Biomateriały te są przechowywane zgodnie z dedykowanymi protokołami krio konserwacji. Niniejsza praca przedstawia protokoły biobanku dużego centrum onkologicznego.

<table><tbody><tr><td>Niebieskie rurki Max Con Tubes 15 ml</td><td>Falcon B.D</td><td>352096</td><td></td></tr><tr><td>Blue Max Con Tubes 50 ml</td><td>Euroclone Spa</td><td>FLC352070</td><td></td></tr><tr><td>Pudełko z 81 pozycjami do przechowywania tkanek</td><td>Ettore Pasquali Srl.</td><td>06.0945.00</td><td></td></tr><tr><td>Probówki konserwujące cf-DNA/cf-RNA</td><td>Norgen Biotek</td><td>63950</td><td>Konserwacja i izolacja zarówno cf-DNA, jak i cf-RNA z jednej probówki, a w szczególności konserwacja cf-DNA/ct-DNA przez 30 dni w temperaturze otoczenia i do 8 dni w temperaturze 37 stopni; C</td></tr><tr><td>Cryomold Standard (25 X 20 X 5 mm)</td><td>Olympus Italia S.r.l.</td><td>4557</td><td>Jednorazowe plastikowe formy Cryomold tworzą jednolicie ukształtowany, płaski blok próbki, gdy są używane z plastikową butelką O.C.T</td></tr><tr><td>Dimethyl sulfoxide - 1 L</td><td>Vwr International S.r.l.</td><td>MFCD00002089</td><td>Działa w celu zachowania rekonstytucji podłoża do przechowywania zamrożonych komórek</td></tr><tr><td>Dpbs 1x W/o Ca And Mg - 500 mL</td><td>Microtech Srl</td><td>TL1006-500ML</td><td>Płucząca komórka buforowa</td></tr><tr><td>Dualfilter T.I.P.S 1,000 &micro; L</td><td>Euroclone Spa</td><td>4809</td><td></td></tr><tr><td>Filtr podwójny T.I.P.S 200 &micro; L</td><td>Euroclone Spa</td><td>4823</td><td></td></tr><tr><td>Easytrack Czytnik kodów kreskowych do jednorurowej matrycy danych&nbsp;</td><td>Twin Helix Srl</td><td>TH-ETR4400</td><td>Czytnik probówek z kodami kreskowymi 2D ze złączem USB</td></tr><tr><td>Surowica bydlęca płodu Pochodzenie Brazileu S/fil</td><td>Microtech S.R.L</td><td>RM10532-500ML</td><td>Rozmrażanie w temperaturze +4 &deg; C, zwykle przez dwa dni, a po stopieniu rozpocząć dekomplementację w temperaturze 56 &; C przez 45 min Pozwól mu ostygnąć do temperatury pokojowej i podziel go. Zmroź je do -20 stopni Celsjusza; C i pamiętaj, aby rozmrażać je za każdym razem, gdy potrzebne są porcje</td></tr><tr><td>Ficoll Paque Plus (ge) 6 x 500 ml</td><td>Euroclone Spa</td><td>GEH17144003</td><td>Ficoll to podłoże do gradientu gęstości, Jest sterylne i gotowe do użycia. Pozwala uzyskać komórki jednojądrzaste krwi obwodowej, szpik kostny i krew pępowinową</td></tr><tr><td>Roztwór utrwalający Killik 100 ml (OCT)</td><td>Bio-optica Milano S.p.a.</td><td>05-9801</td><td>Pożywka z inkluzjami żelu, która krzepnie pod wpływem zimna tkanki rozpuszczalnej w wodzie (np. biopsje, frustkule)</td></tr><tr><td>BŁYSKAWICZNE ZAMRAŻANIE&nbsp;</td><td>Milestone</td><td>n.a.Zamrażarka</td><td></td></tr> <tr><td>Zamrażarki skrzyniowe serii Forma 8600 (zakres temperatur: -50 &deg; C do -86 &deg; C) 85 litrów</td><td>Thermo Fisher Scientific Srl</td><td>803CV</td><td>Zamrażarka Orizzontal</td></tr><tr><td>Izopentan&nbsp; 500 ml</td><td>Vwr International S.R.L.</td><td>24872260</td><td>Płyn zawarty w FLASH-FREEZE&nbsp; kamera do zamrażania&nbsp;</td></tr><tr><td>Nautilus Lims Software</td><td>Thermo Naukowy i handlowy;</td><td>n.a.Implementacja</td> <td>oprogramowania jest w stanie &nbsp; śledzić próbki biologiczne wszystkich pacjentów. Otrzymuje dane osobowe i kliniczne automatycznie podczas rejestracji dzięki integracji z systemami operacyjnymi IEO. Nautilus jest zintegrowany z serwisem internetowym za pośrednictwem trzech systemów operacyjnych IEO: BAC - centralny rejestr IEO z danymi osobowymi, wHospital - dokumentacja medyczna&nbsp;</td></tr><tr><td>Pipeta Pasteura 10 ml</td><td>&nbsp; Euroclone Spa&nbsp;</td><td>CC4488</td><td></td></tr><tr><td>Pipeta Pasteura 3 ml</td><td>Euroclone Spa</td><td>APT1502</td><td></td></tr><tr><td>PATHOX</td><td>Dedalus ItaliTesi Elettronica e Sistemi Informativi S.p.A.a S.p.A.</td><td>n.d.</td><td>&nbsp; PATHOX - system zarządzania dla jednostki patomorfologii, w którym kilka czynników jest zarejestrowanych dla Biobanku, takich jak próbki histologiczne, związane z nimi diagnozy i biomarkery szalki Petriego</td></tr><tr><td>, polistyren - rozmiar 100 mm x 20 mm, poślizgowy</td><td>Euroclone Spa</td><td>FLC353003</td><td></td></tr><tr><td>Zestaw 4 adapterów 19 x 5/7 mL vac</td><td>Thermo Fisher Scientific Srl</td><td>75003680</td><td></td></tr><tr><td>Zestaw 4 adapterów 4 x 50 stożkowy</td><td>Thermo Fisher Scientific Srl</td><td>75003683</td><td></td></tr><tr><td>Zestaw 4 adapterów 9 x 15 mL stożkowy</td><td>Thermo Fisher Scientific Srl</td><td>75003682</td><td></td></tr><tr><td>Szkiełko jednorazowego użytku do liczenia komórek</td><td>Biosigma S.P.A.</td><td>347143/001</td><td>Specjalnie stosowany do indywidualnego liczenia komórek</td></tr><tr><td>Stemple Freezerbondz do pudełek na chusteczki higieniczne, odporne na działanie cieczy azotowej, H 9,53 mm x L 25,40 mm</td><td>Twin Helix Srl</td><td>THT-152-492-3</td><td></td></tr><tr><td>Thermo Scientific&nbsp; Zamrażarki niskotemperaturowe serii TSX (-50 &deg; C do -86 &deg; C) 949 litrów</td><td>Thermo Fisher Scientific Srl</td><td>TSX70086V</td><td>Zamrażarka pionowa</td></tr><tr><td>Thermo Scientific Wirówka z chłodzeniem SL16R</td><td>Thermo Fisher Scientific Srl</td><td>75004030</td><td></td></tr><tr><td>Etykiety na pudełka na chusteczki w Permanent</td><td>Twin Helix Srl</td><td>THT-199-482-3</td><td></td></tr><tr><td>Tuerks Solution</td><td>Merck Life Science S.R.L.</td><td>1092770100</td><td>W mikroskopii świetlnej jest specjalnie stosowany jako barwnik do leukocytów</td></tr><tr><td>TX-400 Rotor TX-400 wahadłowe wiadro hol</td><td>Thermo Fisher Scientific Srl</td><td>75003181</td><td></td></tr><tr><td>Białe pudełko do przechowywania</td><td>Bio Optica</td><td>07-7300</td><td></td></tr><tr><td>wHospital Software</td><td>wHealth Lutech Group</td><td>n.a.</td><td>wHospital - system zarządzania dokumentacją medyczną z danymi osobowymi, sprawami administracyjnymi i świadomą zgodą pacjentów</td></tr></tbody></table>

biobank medycyny translacyjnej: standardowe procedury operacyjne dla optymalnego zarządzania próbkami

Biobank for Translational Medicine: Standard Operating Procedures for Optimal Sample Management

Biobanki to kluczowe infrastruktury badawcze mające na celu gromadzenie, przechowywanie, przetwarzanie i udostępnianie wysokiej jakości próbek biologicznych ludzi i związanych z nimi danych do badań, diagnozy i medycyny spersonalizowanej. Zakład Biobanku Medycyny Translacyjnej i Cyfrowej w Europejskim Instytucie Onkologii (IEO) jest kamieniem milowym w tej dziedzinie. Biobanki współpracują z działami klinicznymi, wewnętrznymi i zewnętrznymi grupami badawczymi oraz przemysłem, wspierając leczenie pacjentów i postęp naukowy, w tym innowacyjną diagnostykę, odkrywanie biomarkerów i projektowanie badań klinicznych. Biorąc pod uwagę centralną rolę biobanków w nowoczesnych badaniach, standardowe procedury operacyjne (SOP) biobanków powinny być niezwykle precyzyjne. Standardowe procedury operacyjne (SOP) i kontrole przeprowadzane przez certyfikowanych specjalistów zapewniają najwyższą jakość próbek do realizacji spersonalizowanych strategii opartych na nauce, diagnostycznych, prognostycznych i terapeutycznych. Jednak pomimo licznych wysiłków na rzecz standaryzacji i harmonizacji biobanków, protokoły te, które są zgodne ze ścisłym zestawem zasad, kontroli jakości i wytycznych opartych na zasadach etycznych i prawnych, nie są łatwo dostępne. W artykule przedstawiono standardowe procedury operacyjne biobanku w dużym ośrodku onkologicznym.

Postępując zgodnie z opisanymi powyżej standardowymi procedurami operacyjnymi (SOP), w okresie od kwietnia 2012 do grudnia 2021 roku zebraliśmy łącznie 38 446 adnotowanych biologicznych płynnych biopsji oraz łącznie 10 205 próbek tkanek (Rycina 6A). Ponadto szczegółowo przeanalizowaliśmy pobrane próbki z oddziałów urologii, ginekologii i senologii, a także z oddziałów chirurgii głowy i szyi, chirurgii jamy brzusznej i miednicy oraz chirurgii klatki piersiowej. Największą liczbę pobranych próbek tkanek pochodziła z guzów piersi (Rycina 6B,C). Od 2019 roku, w odpowiedzi na znaczący wzrost zapotrzebowania na przestrzeni lat, rozpoczęliśmy również pobieranie innych materiałów biologicznych, takich jak mocz, kał i wymazy z policzków (Rycina 6D).
Jak pokazano na Rysunku 6A, liczba pobranych próbek, zwłaszcza tkanek, w latach 2020–2021 uległa zmniejszeniu z powodu pandemii COVID-19 i powiązanego z nią ograniczenia procedur onkologicznych. Co istotne, praca naukowa w tym okresie nie uległa zahamowaniu dzięki wykorzystaniu prawidłowo przechowywanych i opisanych próbek z biobanku, zgromadzonych w poprzednich latach. Właściwe pobieranie materiałów biologicznych oraz powiązanych z nimi danych kliniczno-patologicznych pozwoliło nam stworzyć dobrze ustrukturyzowany i konkurencyjny biobank retrospektywny i prospektywny. W tym celu selekcja materiału chirurgicznego musi być przeprowadzona przez patologa, aby zarówno zapewnić prawidłową diagnozę, jak i umożliwić prowadzenie badań na odpowiednich próbkach tkanek. W naszym biobanku ściśle ustalone są i przestrzegane konkretne procedury pracy, dzięki czemu stosujemy znormalizowane procedury zgodne z certyfikacją ISO 9001 w kontekście biobanków badawczych.
<img alt="Wykresy skumulowanego pobierania tkanek i próbek biologicznych w latach 2012-2021; trendy danych; analiza badawcza." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63950/63950fig06.jpg" data-altupdatedat="1788282455000" data-alt="Rycina 6"> 
Rycina 6: Skumulowany zbiór biospecyminów w biobanku Europejskiego Instytutu Onkologii w latach 2012-2021. Skumulowany zbiór (A) próbek tkanek (krzywa pomarańczowa) oraz próbek krwi z surowicą (krzywa niebieska); skumulowany zbiór (B) próbek tkanki piersi (krzywa czerwona); skumulowany zbiór (C) próbek tkanki jajnika (krzywa zielona), prostaty (krzywa szara), płuc (krzywa jasnoniebieska) oraz tkanki jelita grubego (krzywa żółta). W latach 2019-2021 skumulowany zbiór (D) dodatkowych próbek biologicznych: kału (linia niebieska), wymazów z policzków (linia różowa), osocza (linia jasnozielona) i moczu (linia fioletowa). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63950/63950fig06large.jpg" target="_blank">Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.</a>

Biobanki są kluczowymi zasobami dla badań biomedycznych, a Biobank dla Jednostki Medycyny Translacyjnej i Cyfrowej w Europejskim Instytucie Onkologii jest wzorem w tej dziedzinie. W tym miejscu przedstawiamy szczegółowy opis standardowych procedur operacyjnych biobanków w zakresie zarządzania różnymi rodzajami próbek biologicznych pobranych od ludzi.

Biobank medycyny translacyjnej: Standardowe procedury operacyjne dla optymalnego zarządzania próbkami

Biobanks are key research infrastructures aimed at the collection, storage, processing, and sharing of high-quality human biological samples and ...

Biobanki są niezbędnymi zasobami dla podstawowych badań translacyjnych i klinicznych, ale działają również jako kluczowi gracze łączący badania akademickie z przemysłem farmaceutyczno-biotechnologicznym. Protokół ten przedstawia standardowe procedury operacyjne biobanku w IAO, w pełni certyfikowanego biobanku działającego zgodnie z najnowszymi standardami biotechnologii, biobankowania i ogólnych wymagań dla biobanków. Dostępność wysokiej jakości próbek biologicznych od pacjentów onkologicznych ma kluczowe znaczenie dla rozwoju narzędzi diagnostycznych nowej generacji, a terapeuci dostosowują je do indywidualnych pacjentów.Biobankowanie materiału biologicznego od pacjenta onkologicznego wymaga wyspecjalizowanego personelu i licznych certyfikatów. Personel musi być stale szkolony i aktualizowany. Protokół ten musi zatem stanowić punkt wyjścia dla tych, którzy pragną utworzyć biobank.Na początek wyemitowaj w poczekalniach edukacyjny film animowany, aby poinformować pacjentów o znaczeniu wpływu RPA. Zapewnij zakładki gadżetów wszystkim pacjentom. Użyj oprogramowania LIMS do śledzenia wszystkich próbek biologicznych.Identyfikuj pacjentów za pomocą kodów. Każdej osobie przypisz unikalny kod, który pasuje do numeru dokumentacji medycznej. Sprawdź, czy pacjent jest włączony do badania klinicznego lub określonego zatwierdzonego projektu badawczego, poprawnie wypełniając pole projektu badawczego w każdym profilu pacjenta.Poinformuj techników, jeśli ryzyko infekcji jest nieznane. Wyrzuć próbki z pozytywnymi wynikami lub nieznanym ryzykiem. W przypadku świeżych próbek należy zarejestrować próbki krwi w oprogramowaniu biobanku.Oznacz odkurzacze kodem identyfikacyjnym biobanku i dostarcz je upoważnionym użytkownikom. W przypadku zamrożonych próbek przechowywanych w biobanku należy przygotować dwie probówki powlekane 2D kriobanku każda o pojemności 900 mikrolitrów krwi. Zarejestruj podwielokrotności w oprogramowaniu biobanku.Umieść je na określonej płycie z kodem kreskowym i przechowuj w temperaturze minus 80 stopni Celsjusza, aby zapewnić stałą temperaturę. Wlej krew z probówek do pobrania EDTA do pustej sterylnej stożkowej probówki o pojemności 50 mililitrów i rozcieńcz ją za pomocą sterylnego 1X PBS. Użyj PBS, aby przepłukać probówkę z krwią.Odwirować probówki w temperaturze 400 RCF przez 30 minut w temperaturze 20 stopni Celsjusza i przetworzyć probówki pod okapem chroniącym przed zagrożeniem biologicznym. Odzyskaj środkową białą warstwę zawierającą PBMC za pomocą pipety Pasteura i umieść ją w nowej sterylnej stożkowej probówce o pojemności 50 mililitrów. Dodaj do 45 mililitrów PBS, aby umyć PBMC.Mieszaj i odwiruj w temperaturze 400 RCF przez 10 minut w czterech stopniach Celsjusza. Odzyskaj osad i ponownie zawieś go w PBS. Następnie policz komórki za pomocą jednorazowych komór Burkera.Powtórz płukanie PBS dla PBMC zgodnie z opisem w manuskrypcie tekstowym. Rozcieńczyć PBMC w pożywce zamrażarki i przygotować probówki powlekane kriobankiem 2D, przenosząc jeden mililitr zawieszonych komórek do każdej probówki kriogenicznej. Umieść próbki w specjalnym pudełku kriogenicznym i przechowuj je w temperaturze minus 80 stopni Celsjusza tak szybko, jak to możliwe.Odwirować urządzenie próżniowe zawierające próbki krwi pełnej o stężeniu 2 000 G przez 10 minut w temperaturze czterech stopni Celsjusza. Usuń górną warstwę osocza za pomocą trzymililitrowej pipety Pasteura i przenieś ją do sterylnej stożkowej probówki o pojemności 15 mililitrów. Następnie wirować w temperaturze 16 000 RCF przez 10 minut w temperaturze czterech stopni Celsjusza, aby wyeliminować zanieczyszczające komórki krwi.Przenieś osocze do jednomililitrowych probówek z powłoką 2D z kriobanku. Zarejestruj podwielokrotności w oprogramowaniu biobanku. Umieść je na specjalnej płycie z kodem kreskowym i przechowuj w temperaturze minus 80 stopni, aby zapewnić stałą temperaturę.Zleć zbadanie próbek tkanek patologowi w celu ustalenia, czy materiał, który nie jest niezbędny do procedur diagnostycznych, jest wystarczający do celów badawczych. Jeśli to możliwe, zbierz nawet niepatologiczny odpowiednik patologicznej tkanki. Umieścić próbki na sterylnych szalkach Petriego z hodowli komórkowych oznaczonych jako P i NP. Trzymaj tkankę na lodzie w temperaturze czterech stopni Celsjusza i podziel ją na trzy części każda.A, B i C, jeśli dostępna jest wystarczająca ilość materiału. W przypadku świeżych próbek tkanek oznaczonych jako A, należy umieścić świeże podwielokrotności tkanek P i NP w probówkach z odpowiednią pożywką hodowlaną określoną w każdym szczegółowym protokole i przesłać je do zewnętrznych jednostek badawczych. W przypadku próbek tkanek OCT oznaczonych jako B, należy je wypełnić żywicą OCT i natychmiast umieścić w aparacie do błyskawicznego zamrażania w temperaturze minus 80 stopni Celsjusza.W przypadku próbek tkanek oznaczonych jako C, pozostałe próbki tkanek należy umieścić w probówkach powlekanych 2D kriobanku w aparacie do zamrażania błyskawicznego. Przechowuj płytki w temperaturze minus 80 stopni Celsjusza. W okresie od kwietnia 2012 r. do grudnia 2021 r. pobrano łącznie 38 446 biopsji płynnych z adnotacjami i 10 205 próbek tkanek.Liczba pobranych próbek, zwłaszcza tkanek, w latach 2020-2021 zmniejszyła się ze względu na pandemię COVID-19 i związane z nią ograniczenie procedur onkologicznych. Szczegółowej analizie poddano pobrane próbki pochodzące z oddziałów urologii, ginekologii, sonologii oraz oddziałów chirurgii głowy i szyi, jamy brzusznej, miednicy i klatki piersiowej. Najwięcej próbek tkanek pobrano z guzów piersi.Zbieranie innych próbek biologicznych, takich jak wymazy z moczu, kału i policzków, znacznie wzrosło w ślad za zapotrzebowaniem na przestrzeni lat. Opcja ta stanowi podstawową platformę do przechowywania próbek biologicznych i poprawia odtwarzalność programów badawczych nad rakiem. Próbki te mogą być wykorzystywane do różnych zastosowań badawczych, takich jak sekwencjonowanie nowej generacji lub spektrometria mas.Nasza platforma jest w stanie wdrożyć nowe algorytmy sztucznej inteligencji do badań translacyjnych, które mogą zmienić sposób leczenia pacjentów z rakiem.

biobank-for-translational-medicine-standard-operating-procedures-for

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Badania nad rakiem

Translacyjne badania nad rakiem są zależne od ekstrakcji tkanek ludzkich. Wiele pracy włożono w optymalizację metod ekstrakcji do analizy ex vivo. W tym miejscu opisujemy metody przetwarzania tkanek pozwalające na maksymalne uzyskanie danych wyjściowych z ograniczonej liczby próbek.

Praca z tkankami ludzkimi w translacyjnych badaniach nad rakiem

Guzy skórne są często usuwane po operacji mikrograficznej Mohsa. Opisano tutaj protokół, który umożliwia personelowi pomocniczemu klinicznemu skuteczne przetwarzanie i przechowywanie próbek guzów skóry (np. raka płaskonabłonkowego, raka podstawnokomórkowego i czerniaka) do dalszych zastosowań laboratoryjnych bez zakłócania operacji klinicznych.

Utworzenie klinicznego repozytorium biologicznego

Ten protokół opisuje prostą i użyteczną metodę przechowywania krwi obwodowej i surowicy/osocza do dalszych analiz, takich jak ocena polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNP) i test ELISA.

Wysuszone plamy krwi i surowicy jako przydatne narzędzie do przechowywania próbek w celu oceny biomarkerów raka

Pokazano praktyczne zastosowanie i wydajność metod generowania reprezentatywnych próbek tkanek modeli zwierzęcych świń dla szerokiego spektrum dalszych analiz w projektach biobanków, w tym wolumetrii, systematycznego losowego pobierania próbek i różnicowego przetwarzania próbek tkanek dla jakościowych i ilościowych analiz morfologicznych i molekularnych.

Strategie pobierania próbek i przetwarzanie próbek tkanek z biobanku z modeli biomedycznych świń

W poniższej pracy opisujemy kolejne kroki niezbędne do stworzenia dużego biobanku raka jelita grubego i trzustki.

Stworzenie i utrzymanie żywego biobanku - jak to robimy

Ten protokół opisuje metodę ułatwiającą pobieranie próbek z próbek po radykalnej prostatektomii. Celem jest zmapowanie, scharakteryzowanie i mikro-makro wypreparowanie próbek tkanek z próbek w oparciu o kryteria anatomopatologiczne przed przechowywaniem ich w biobanku.

Zwiększenie wiarygodności biobankowania guzów gruczołu krokowego dzięki ulepszonej technice pobierania próbek i charakterystyce histologicznej

Ten protokół przedstawia zintegrowaną platformę biorepozytorium do standaryzowanego zbierania, opisywania i biobankowania wysokiej jakości ludzkich biopsji cieczy wodnistej i płynu szklistego do dalszych analiz molekularnych, w tym proteomiki, metabolomiki i glikomiki.

Biobankowanie płynnych biopsji ludzkich roztworów wodnych i ciała szklistego do analiz molekularnych

W tym artykule przedstawiono szczegółowy protokół pobierania próbek raka piersi, zaprojektowany tak, aby zoptymalizować ich zastosowanie w biobankowaniu, medycynie spersonalizowanej i innych zastosowaniach badawczych. Szczegółowo opisano proces pobierania próbek, w tym biopsję piersi i mastektomii, koncentrując się na minimalizacji uszkodzeń tkanek i maksymalizacji jakości próbki.

Optymalizacja procedur biopsji piersi i pobierania próbek po mastektomii dla biobankowania, medycyny spersonalizowanej i zastosowań badawczych

Elektrochemioterapia to miejscowe leczenie guzów litych. Głównym mechanizmem jest przenikanie błony komórek nowotworowych za pośrednictwem elektroporacji, co umożliwia zwiększoną internalizację cytostatyków, takich jak bleomycyna i cisplatyna. W ten sposób skuteczność przeciwnowotworowa jest nasilana w miejscu zastosowania impulsów elektrycznych do guzów.

Procedury operacyjne elektrochemioterapii w leczeniu nowotworów u psów i kotów

Brakuje modeli przedklinicznych oceniających terapię adjuwantową ukierunkowaną na przerzuty raka piersi. Aby temu zaradzić, opracowaliśmy mysi model przerzutów de novo gruczolakoraka sutka do płuc, w którym terapie stosowane w trybie adjuwantowym (pooperacyjna resekcja guzów pierwotnych) mogą być oceniane pod kątem skuteczności w oddziaływaniu na wcześniej zasiane przerzuty do płuc.

Procedury chirurgiczne i metodyka przedklinicznego mysiego modelu przerzutów raka sutka de novo

Poznaj standardowe procedury operacyjne biobanku medycyny translacyjnej do zarządzania próbkami biologicznymi. Metoda obejmuje system LIMS, kodowanie pacjentów i przechowywanie w -80°C.

Biobank medycyny translacyjnej: Standardowe procedury operacyjne dla optymalnego zarządzania próbkami

Przeglądaj więcej filmów