Name: Wykorzystanie danych dotyczących pojedynczego robaka do ilościowego określenia niejednorodności w interakcjach Caenorhabditis elegans z bakteriami (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-07-22T14:20:00.000+00:00
Duration: 9 min 54 s
Description: Poznaj metodę mechaniczną homogenizacji Caenorhabditis elegans w formacie 96-well do ilościowego określania obciążenia bakteryjnego w pojedynczych robakach. Ta technika umożliwia szybką analizę heterogeniczności kolonizacji jelitowej.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Autorzy chcieliby podziękować H. Schulenbergowi i C. LaRockowi za hojne podzielenie się szczepami bakteryjnymi użytymi w tych eksperymentach. Prace te były wspierane przez fundusze z Emory University i NSF (PHY2014173).

<ol><li>Armitage, D. W., Jones, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((How+sample+heterogeneity+can+obscure+the+signal+of+microbial+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22The+ISME+Journal%22%5BJournal%5D)">How sample heterogeneity can obscure the signal of microbial interactions.</a> The ISME Journal. 13 (11), 2639-2646 (2019).</li>
<li>Stephenson, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Host+heterogeneity+affects+both+parasite+transmission+to+and+fitness+on+subsequent+hosts%5BTitle%5D)+AND+%22Philosophical+Transactions+of+the+Royal+Society+B%3A+Biological+Sciences%22%5BJournal%5D)">Host heterogeneity affects both parasite transmission to and fitness on subsequent hosts.</a> Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 372 (1719), 20160093(2017).</li>
<li>VanderWaal, K. L., Ezenwa, V. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heterogeneity+in+pathogen+transmission%3A+mechanisms+and+methodology%5BTitle%5D)+AND+%22Functional+Ecology%22%5BJournal%5D)">Heterogeneity in pathogen transmission: mechanisms and methodology.</a> Functional Ecology. 30 (10), 1606-1622 (2016).</li>
<li>Dwyer, G., Elkinton, J. S., Buonaccorsi, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Host+heterogeneity+in+susceptibility+and+disease+dynamics%3A+tests+of+a+mathematical+model%5BTitle%5D)+AND+%22The+American+Naturalist%22%5BJournal%5D)">Host heterogeneity in susceptibility and disease dynamics: tests of a mathematical model.</a> The American Naturalist. 150 (6), 685-707 (1997).</li>
<li>Wu, D., Rea, S. L., Yashin, A. I., Johnson, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visualizing+hidden+heterogeneity+in+isogenic+populations+of+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Experimental+Gerontology%22%5BJournal%5D)">Visualizing hidden heterogeneity in isogenic populations of C. elegans.</a> Experimental Gerontology. 41 (3), 261-270 (2006).</li>
<li>Yashin, A. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Heat+shock+changes+the+heterogeneity+distribution+in+populations+of+Caenorhabditis+elegans+does+it+tell+us+anything+about+the+biological+mechanism+of+stress+response%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journals+of+Gerontology+Series+A%3A+Biological+Sciences+and+Medical+Sciences%22%5BJournal%5D)">Heat shock changes the heterogeneity distribution in populations of Caenorhabditis elegans does it tell us anything about the biological mechanism of stress response.</a> The Journals of Gerontology Series A: Biological Sciences and Medical Sciences. 57 (3), 83-92 (2002).</li>
<li>Zhao, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two+forms+of+death+in+ageing+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">Two forms of death in ageing Caenorhabditis elegans.</a> Nature Communications. 8 (1), 1-8 (2017).</li>
<li>Eckley, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+characterization+of+the+transition+to+mid-life+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22AGE%22%5BJournal%5D)">Molecular characterization of the transition to mid-life in Caenorhabditis elegans.</a> AGE. 35 (3), 689-703 (2012).</li>
<li>Rea, S. L., Wu, D., Cypser, J. R., Vaupel, J. W., Johnson, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+stress-sensitive+reporter+predicts+longevity+in+isogenic+populations+of+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Genetics%22%5BJournal%5D)">A stress-sensitive reporter predicts longevity in isogenic populations of Caenorhabditis elegans.</a> Nature Genetics. 37 (8), 894-898 (2005).</li>
<li>Kinser, H. E., Mosley, M. C., Plutzer, I. B., Pincus, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global%2C+cell+non-autonomous+gene+regulation+drives+individual+lifespan+among+isogenic+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22eLife%22%5BJournal%5D)">Global, cell non-autonomous gene regulation drives individual lifespan among isogenic C. elegans.</a> eLife. , (2021).</li>
<li>Churgin, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Longitudinal+imaging+of+Caenorhabditis+elegans+in+a+microfabricated+device+reveals+variation+in+behavioral+decline+during+aging%5BTitle%5D)+AND+%22eLife%22%5BJournal%5D)">Longitudinal imaging of Caenorhabditis elegans in a microfabricated device reveals variation in behavioral decline during aging.</a> eLife. 6, 26652(2017).</li>
<li>Perez, M. F., Francesconi, M., Hidalgo-Carcedo, C., Lehner, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Maternal+age+generates+phenotypic+variation+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Maternal age generates phenotypic variation in Caenorhabditis elegans.</a> Nature. 552 (7683), 106-109 (2017).</li>
<li>Baeriswyl, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modulation+of+aging+profiles+in+isogenic+populations+of+Caenorhabditis+elegans+by+bacteria+causing+different+extrinsic+mortality+rates%5BTitle%5D)+AND+%22Biogerontology%22%5BJournal%5D)">Modulation of aging profiles in isogenic populations of Caenorhabditis elegans by bacteria causing different extrinsic mortality rates.</a> Biogerontology. 11 (1), 53(2009).</li>
<li>Taylor, M., Vega, N. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Host+immunity+alters+community+ecology+and+stability+of+the+microbiome+in+a+Caenorhabditis+elegans+model%5BTitle%5D)+AND+%22mSystems%22%5BJournal%5D)">Host immunity alters community ecology and stability of the microbiome in a Caenorhabditis elegans model.</a> mSystems. 6 (2), 00608-00620 (2021).</li>
<li>Diaz, S. A., Restif, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spread+and+transmission+of+bacterial+pathogens+in+experimental+populations+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Spread and transmission of bacterial pathogens in experimental populations of the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Applied and Environmental Microbiology. 80 (17), 5411-5418 (2014).</li>
<li>Twumasi-Boateng, K., Berg, M., Shapira, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automated+separation+of+C.+elegans+variably+colonized+by+a+bacterial+pathogen%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%3A+JoVE%22%5BJournal%5D)">Automated separation of C. elegans variably colonized by a bacterial pathogen.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (85), e51090(2014).</li>
<li>Ortiz, A., Vega, N. M., Ratzke, C., Gore, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interspecies+bacterial+competition+regulates+community+assembly+in+the+C.+elegans+intestine%5BTitle%5D)+AND+%22The+ISME+Journal%22%5BJournal%5D)">Interspecies bacterial competition regulates community assembly in the C. elegans intestine.</a> The ISME Journal. 15 (7), 2131-2145 (2021).</li>
<li>Berg, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TGF%CE%B2%2FBMP+immune+signaling+affects+abundance+and+function+of+C.+elegans+gut+commensals%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">TGFβ/BMP immune signaling affects abundance and function of C. elegans gut commensals.</a> Nature Communications. 10 (1), 604(2019).</li>
<li>Portal-Celhay, C., Blaser, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Competition+and+resilience+between+founder+and+introduced+bacteria+in+the+Caenorhabditis+elegans+gut%5BTitle%5D)+AND+%22Infection+and+Immunity%22%5BJournal%5D)">Competition and resilience between founder and introduced bacteria in the Caenorhabditis elegans gut.</a> Infection and Immunity. 80 (3), 1288-1299 (2012).</li>
<li>Scott, E., Holden-Dye, L., O'Connor, V., Wand, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intra+strain+variation+of+the+effects+of+gram-negative+ESKAPE+pathogens+on+intestinal+colonization%2C+host+viability%2C+and+host+response+in+the+model+organism+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Intra strain variation of the effects of gram-negative ESKAPE pathogens on intestinal colonization, host viability, and host response in the model organism Caenorhabditis elegans.</a> Frontiers in Microbiology. 10, 3113(2020).</li>
<li>Kamath, R. S., Martinez-Campos, M., Zipperlen, P., Fraser, A. G., Ahringer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effectiveness+of+specific+RNA-mediated+interference+through+ingested+double-stranded+RNA+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biology%22%5BJournal%5D)">Effectiveness of specific RNA-mediated interference through ingested double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans.</a> Genome Biology. 2 (1), (2001).</li>
<li>Dirksen, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+native+microbiome+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans%3A+gateway+to+a+new+host-microbiome+model%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Biology%22%5BJournal%5D)">The native microbiome of the nematode Caenorhabditis elegans: gateway to a new host-microbiome model.</a> BMC Biology. 14, 38(2016).</li>
<li>Vega, N. M., Allison, K. R., Samuels, A. N., Klempner, M. S., Collins, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Salmonella+typhimurium+intercepts+Escherichia+coli+signaling+to+enhance+antibiotic+tolerance%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences%22%5BJournal%5D)">Salmonella typhimurium intercepts Escherichia coli signaling to enhance antibiotic tolerance.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 110 (35), 14420-14425 (2013).</li>
<li>Stiernagle, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Maintenance+of+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">Maintenance of C. elegans.</a> WormBook. , (2006).</li>
<li>Tabara, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+rde-1+gene%2C+RNA+interference%2C+and+transposon+silencing+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">The rde-1 gene, RNA interference, and transposon silencing in C. elegans.</a> Cell. 99 (2), 123-132 (1999).</li>
<li>Ahringer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reverse+genetics%5BTitle%5D)+AND+%22WormBook%22%5BJournal%5D)">Reverse genetics.</a> WormBook. , (2006).</li>
<li>Rual, J. -F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+improving+Caenorhabditis+elegans+phenome+mapping+with+an+ORFeome-based+RNAi+library%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Research%22%5BJournal%5D)">Toward improving Caenorhabditis elegans phenome mapping with an ORFeome-based RNAi library.</a> Genome Research. 14 (10), 2162-2168 (2004).</li>
<li>Revtovich, A. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+and+characterization+of+high-throughput+Caenorhabditis+elegans+-+Enterococcus+faecium+infection+model%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Cellular+and+Infection+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Development and characterization of high-throughput Caenorhabditis elegans - Enterococcus faecium infection model.</a> Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 11, 667327(2021).</li>
<li>Anderson, Q. L., Revtovich, A. V., Kirienko, N. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+high-throughput%2C+high-content%2C+liquid-based+C.+elegans+pathosystem%5BTitle%5D)+AND+%22JoVE+%28Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">A high-throughput, high-content, liquid-based C. elegans pathosystem.</a> JoVE (Journal of Visualized Experiments. (137), e58068(2018).</li>
<li>Scholz, M., Dinner, A. R., Levine, E., Biron, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stochastic+feeding+dynamics+arise+from+the+need+for+information+and+energy%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences%22%5BJournal%5D)">Stochastic feeding dynamics arise from the need for information and energy.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 114 (35), 9261-9266 (2017).</li>
<li>Wu, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pheromones+modulate+learning+by+regulating+the+balanced+signals+of+two+insulin-like+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">Pheromones modulate learning by regulating the balanced signals of two insulin-like peptides.</a> Neuron. 104 (6), 1095-1109 (2019).</li>
<li>Ching, T. -T., Hsu, A. -L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solid+plate-based+dietary+restriction+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%3A+JoVE%22%5BJournal%5D)">Solid plate-based dietary restriction in Caenorhabditis elegans.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (51), e2701(2011).</li>
<li>Walker, A. C., Bhargava, R., Vaziriyan-Sani, A. S., Brust, A. S., Czyz, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantification+of+bacterial+loads+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Bio-protocol%22%5BJournal%5D)">Quantification of bacterial loads in Caenorhabditis elegans.</a> Bio-protocol. 12 (2), 4291-4291 (2022).</li>
<li>Manjarrez, J. R., Mailler, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stress+and+timing+associated+with+Caenorhabditis+elegans+immobilization+methods%5BTitle%5D)+AND+%22Heliyon%22%5BJournal%5D)">Stress and timing associated with Caenorhabditis elegans immobilization methods.</a> Heliyon. 6 (7), 04263(2020).</li>
<li>Zhang, S., Banerjee, D., Kuhn, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+culture+of+larval+cells+from+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Isolation and culture of larval cells from C. elegans.</a> PLoS ONE. 6 (4), 0019505(2011).</li>
<li>Garsin, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Long-lived+C.+elegans+daf-2+mutants+are+resistant+to+bacterial+pathogens%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Long-lived C. elegans daf-2 mutants are resistant to bacterial pathogens.</a> Science. 300 (5627), New York, N.Y. 1921(2003).</li>
<li>Thutupalli, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Farming+and+public+goods+production+in+Caenorhabditis+elegans+populations%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences%22%5BJournal%5D)">Farming and public goods production in Caenorhabditis elegans populations.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 114 (9), 2289-2294 (2017).</li>
<li>Ly, K., Reid, S. J., Snell, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+RNA+analysis+of+individual+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22MethodsX%22%5BJournal%5D)">Rapid RNA analysis of individual Caenorhabditis elegans.</a> MethodsX. 2, 59-63 (2015).</li>
<li>Johnke, J., Dirksen, P., Schulenburg, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Community+assembly+of+the+native+C.+elegans+microbiome+is+influenced+by+time%2C+substrate%2C+and+individual+bacterial+taxa%5BTitle%5D)+AND+%22Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Community assembly of the native C. elegans microbiome is influenced by time, substrate, and individual bacterial taxa.</a> Environmental Microbiology. 22 (4), 1265-1279 (2020).</li>
<li>Vega, N. M., Gore, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stochastic+assembly+produces+heterogeneous+communities+in+the+Caenorhabditis+elegans+intestine%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+Biology%22%5BJournal%5D)">Stochastic assembly produces heterogeneous communities in the Caenorhabditis elegans intestine.</a> PLOS Biology. 15 (3), 2000633(2017).</li>
<li>Gulyas, L., Powell, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cold+shock+induces+a+terminal+investment+reproductive+response+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Cold shock induces a terminal investment reproductive response in C. elegans.</a> Scientific Reports. 12 (1), 1338(2022).</li>
<li>Jiang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+genetic+program+mediates+cold-warming+response+and+promotes+stress-induced+phenoptosis+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22eLife%22%5BJournal%5D)">A genetic program mediates cold-warming response and promotes stress-induced phenoptosis in C. elegans.</a> eLife. 7, 35037(2018).</li>
<li>Robinson, J. D., Powell, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Long-term+recovery+from+acute+cold+shock+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Cell+Biology%22%5BJournal%5D)">Long-term recovery from acute cold shock in Caenorhabditis elegans.</a> BMC Cell Biology. 17 (1), 2(2016).</li>
</ol>

Autorzy nie pozostają w konflikcie interesów.

Przedstawiono tutaj dane na temat zalet kwantyfikacji obciążenia bakteryjnego C . elegans za pomocą pojedynczego robaka, wraz z protokołem rozerwania 96 dołków, aby umożliwić szybkie i spójne pozyskiwanie dużych zestawów danych tego typu. W porównaniu z istniejącymi metodami33, protokoły te pozwalają na bardziej przepustowy pomiar społeczności drobnoustrojów jelitowych w robaku.
To podejście ma powlekanie jako krok ograniczający szybkość i nie jest naprawdę "wy...

Niejednorodność w powiązaniach gospodarz-mikroorganizm jest obserwowana powszechnie, a różnice między osobnikami są coraz częściej uznawane za czynnik przyczyniający się do procesów na poziomie populacji, od konkurencji i współistnienia1 do przenoszenia chorób2,3,4. U C. elegans wielokrotnie obserwowano "ukrytą heterogeniczność" w populacjach izogenicznych, przy czym subpopulacje osobników wykazywały różne fenotypy w reakcji na szok cieplny5,6, starzenie się i długość życia7,8,9,10,11, oraz wiele innych aspektów fizjologii i rozwoju12. Większość analiz, które próbują zidentyfikować strukturę subpopulacji, dostarcza dowodów na istnienie dwóch subpopulacji w eksperymentalnych populacjach izogenicznych, zsynchronizowanych robaków5,7,8, chociaż inne dane sugerują możliwość występowania cech w obrębie populacji, a nie odrębnych grup7,12,13. Co istotne, znaczną niejednorodność w populacjach jelitowych obserwuje się nawet w izogenicznych populacjach robaków skolonizowanych ze wspólnego źródła drobnoustrojów13,14,15,16, a ta niejednorodność może być ukryta przez powszechnie stosowane pomiary zbiorcze17,18,19,20 do ilościowego oznaczania bakterii w robaku.
Ta praca przedstawia dane sugerujące potrzebę większego polegania na pomiarach pojedynczego robaka w powiązaniu gospodarz-mikrob, a także protokoły zwiększające dokładność i przepustowość w przypadku zakłóceń spowodowanych przez pojedynczego robaka. Protokoły te mają na celu ułatwienie mechanicznego rozbijania dużej liczby pojedynczych C. elegans w celu ilościowego określenia żywotnego obciążenia bakteryjnego, zapewniając jednocześnie lepszą powtarzalność i mniejszy wysiłek na próbkę niż rozbijanie pojedynczych robaków za pomocą tłuczka. Zalecany etap oczyszczania jelit, w którym robaki mogą żywić się zabitymi termicznie bakteriami E. coli przed przygotowaniem do przerwania, jest uwzględniony w celu zminimalizowania wpływu niedawno spożytych i innych przejściowych (nieprzylegających) bakterii. Protokoły te obejmują metodę paraliżu zimnego do czyszczenia naskórka za pomocą wybielacza powierzchniowego o niskim stężeniu; Bielenie powierzchni może być stosowane jako etap przygotowawczy do rozbijania pojedynczych robaków lub jako metoda przygotowania żywych, zewnętrznie wolnych od zarazków robaków. Ta metoda wybielania powierzchni jest wystarczająca do usunięcia szerokiej gamy drobnoustrojów zewnętrznych, a leczenie zimnem stanowi alternatywę dla konwencjonalnego paraliżu opartego na lewamizolu; Podczas gdy lewamizol będzie preferowany w eksperymentach wrażliwych na zimno, paraliż zimny minimalizuje wpływ na strumienie odpadów niebezpiecznych i umożliwia szybkie wznowienie normalnej aktywności. Podczas gdy pełny protokół opisuje eksperyment laboratoryjny, w którym robaki są kolonizowane znanymi bakteriami, procedury czyszczenia robaków i rozbijania pojedynczych robaków można łatwo zastosować do robaków wyizolowanych z dzikich próbek lub skolonizowanych w eksperymentach mikrokosmicznych. Opisane tutaj protokoły wytwarzają żywe bakterie wyekstrahowane z jelita robaka, odpowiednie do posiewu i oznaczania ilościowego jednostek tworzących kolonie (CFU) u poszczególnych robaków; W przypadku analizy społeczności jelitowej opartej na sekwencjonowaniu, do tych protokołów należy dodać kolejne etapy lizy komórek i ekstrakcji kwasów nukleinowych.

<table><tbody><tr><td>96-dołkowe płaskie płytki polipropylenowe, 300 uL</td><td>Evergreen Labware</td><td>290-8350-03F</td><td></td></tr><tr><td>96-dołkowa mata uszczelniająca płytki, krzem, kwadratowe dołki (AxyMat)</td><td>Axygen</td><td>AM-2ML-SQ</td><td></td></tr><tr><td>Płytki 96-dołkowe, 2 mL, kwadratowe</td><td>Axygen</td><td>P-2ML-SQ-C-S</td><td></td></tr><tr><td>96-dołkowe pokrywki z polipropylenu</td><td>Evergreen Labware</td><td>290-8020-03L</td><td></td></tr><tr><td>Agar</td><td>Fisher Scientific</td><td>443570050</td><td></td></tr><tr><td>Zestaw adapterów młynka do kulek do płytek 96-dołkowych</td><td>QIAGEN</td><td>119900</td><td>Płytki adaptera do stosowania z dwiema płytkami 96-dołkowymi na homogenizatorze tkankowym TissueLyser II</td></tr><tr><td>Bead Mill (TissueLyser II)</td><td>QIAGEN</td><td>85300</td><td>Homogenizator mechaniczny do rozbijania próbek o średniej i wysokiej przepustowości</td></tr><tr><td>BioSorter</td><td>Union Biometrica</td><td>Według wyceny</td><td>Sortownik dużych obiektów wyposażony w ognisko o średnicy 250 mikronów do C. elegans</td></tr><tr><td>Bleach, komercyjny, 8,25% podchlorynu sodu 96-dołkowa</td> membrana uszczelniająca <td>przepuszczająca gaz Clorox</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Breathe-Easy</td><td>Diversified Biotech</td><td>BEM-1</td><td>Multiwell plate przepuszczalne dla gazu membrany poliuretanowe. Cienka folia uszczelniająca jest przepuszczalna dla O2, CO2 i pary wodnej oraz jest przezroczysta dla promieni UV do 300 nm. Sterylne, 100 / pudełko.</td></tr><tr><td>Chlorek wapnia dwuwodny</td><td>Fisher Scientific</td><td>AC423525000</td><td></td></tr><tr><td>Cholesterol</td><td>VWR</td><td>AAA11470-30</td><td></td></tr><tr><td>Monohydrat kwasu cytrynowego</td><td>Fisher Scientific</td><td>AC124910010</td><td></td></tr><tr><td>Siarczan miedzi (II) pentahydrat</td><td>Fisher Scientific</td><td>AC197722500</td><td></td></tr><tr><td>Corning 6765 LSE Mini mikrowirówka</td><td>Corning</td><td>&nbsp; COR-6765</td><td></td></tr><tr><td>Dissodium EDTA</td><td>Fisher Scientific</td><td>409971000</td><td></td></tr><tr><td>DL 1,4 Ditiothreitol, 99+%, do biologii molowej, bez DNAzy, RNAzy i proteazy, ACROS Organics</td><td>Fisher Scientific</td><td>327190010</td><td></td></tr><tr><td>Probówki do mikrowirówek Eppendorf 1,5 mL, naturalne</td><td>Eppendorf</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Eppendorf 5424R mikrowirówka</td><td>Eppendorf</td><td>5406000640</td><td>Mikrowirówka stołowa z chłodzeniem 24-miejscowym</td></tr><tr><td>Wirówka Eppendorf 5810R z wirnikiem S-4-104</td><td>Eppendorf</td><td>22627040</td><td>Wirówka stołowa 3L z adapterami do probówek i płytek 15-50 ml</td></tr><tr><td>Wiadro płytkowe Eppendorf (x2), do Rotor S-4-104</td><td>Eppendorf</td><td>22638930</td><td></td></tr><tr><td>Etanol 100%</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP2818500</td><td></td></tr><tr><td>Koraliki szklane, 2,7 mm</td><td>Produkty z zakresu nauk przyrodniczych</td><td>LS-79127</td><td></td></tr><tr><td>Koraliki szklane, myte kwasem, 425-600 &micro; m</td><td>Sigma</td><td>G877-500G</td><td></td></tr><tr><td>Koraliki szklane</td><td>VWR</td><td>76005-124</td><td></td></tr><tr><td>Kwas solny</td><td>VWR</td><td>BDH7204-1</td><td></td></tr><tr><td>Siedmiowodny siarczan żelaza (II)</td><td>Fisher Scientific</td><td>423731000</td><td></td></tr><tr><td>Silnik tłuczka do pelletu Kimble Kontes</td><td>DWK Nauki Przyrodnicze</td><td>749540-0000</td><td></td></tr><tr><td>Tłuczki do granulatu polipropylenowego Kimble Kontes i mikroprobówki, 0,5 ml</td><td>DWK Nauki Przyrodnicze</td><td>749520-0590</td><td></td></tr><tr><td>Zmotoryzowany mikroskop odwrócony Leica DMi8 z zmotoryzowanym stolikiem</td><td>Leica</td><td>11889113</td><td></td></tr><tr><td>Oprogramowanie Leica LAS X Premium</td><td></td> Siarczan magnezu <td>11640687</td><td></td></tr><tr><td>siedmiowodny</td><td>Fisher Scientific</td><td>AC124900010</td><td></td></tr><tr><td>Tetrahydrat chlorku manganu(II)</td><td>VWR</td><td>470301-706</td><td></td></tr><tr><td>Elastyczna laboratoryjna folia uszczelniająca PARAFILM M</td><td>Amcor</td><td>PM996</td><td></td></tr><tr><td>Peptone</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP1420-500</td><td></td></tr><tr><td>Szalki Petriego, okrągłe, 10 cm</td><td>VWR</td><td>25384-094</td><td></td></tr><tr><td>Szalki Petriego, okrągłe, 6 cm</td><td>VWR</td><td>25384-092</td><td></td></tr><tr><td>Szalki Petriego, kwadratowe, 10 x 10 cm</td><td>VWR</td><td>10799-140</td><td></td></tr><tr><td>Bufor fosforyzowany sól fizjologiczna (1X PBS)</td><td>Gold Bio</td><td>P-271-200</td><td></td></tr><tr><td>Taca do autoklawu polipropylenowego, płytka</td><td>Fisher Scientific</td><td>13-361-10</td><td></td></tr><tr><td>Wodorotlenek potasu</td><td>Fisher Scientific</td><td>AC134062500</td><td></td></tr><tr><td>Fosforan potasu dwuzasadowy</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP363-1</td><td></td></tr><tr><td>Fosforan potasu jednozasadowy</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP362-1</td><td></td></tr><tr><td>R 4.1.3/RStudio 2022.02.0 build 443</td><td>R Foundation</td><td>n/a</td><td></td></tr><tr><td>Szpatułka laboratoryjna typu scoop, metal</td><td>VWR</td><td>470149-438</td><td></td></tr><tr><td>Kubki MJR</td> z<td>węglika krzemu o ziarnistości 36</td><td>bez czarnego</td><td>, bardzo grubego ziarna z węglika krzemu. Dostępne w rozmiarach 0,5-5 funtów od tego dostawcy.</td></tr><tr><td>Dodecylosiarczan sodu</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP166-100</td><td></td></tr><tr><td>Wodorotlenek sodu</td><td>VWR</td><td>BDH7247-1</td><td></td></tr><tr><td>Fosforan sodu dwuzasadowy bezwodny</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP332-500</td><td></td></tr><tr><td>Chlorek sodu</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP358-1</td><td></td></tr><tr><td>Sacharoza</td><td>Fisher Scientific</td><td>AC419760010</td><td></td></tr><tr><td>Tri-potas cytrynian jednowodny</td><td>Fisher Scientific</td><td>AC611755000</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP151-100</td><td></td></tr><tr><td>Siarczan siedmiowodny</td><td>Fisher Scientific</td><td>AC205982500</td><td></td></tr></tbody></table>

wykorzystanie danych dotyczących pojedynczego robaka do ilościowego określenia niejednorodności w interakcjach caenorhabditis elegans z bakteriami

Using Single-Worm Data to Quantify Heterogeneity in Caenorhabditis elegans-Bacterial Interactions

Nicień Caenorhabditis elegans jest modelowym systemem interakcji gospodarz-mikrob i gospodarz-mikrobiom. W wielu dotychczasowych badaniach wykorzystuje się okresowe trawienie, a nie pojedyncze próbki robaków, do ilościowego określenia obciążenia bakteryjnego w tym organizmie. Argumentuje się, że duża zmienność międzyosobnicza obserwowana w kolonizacji bakteryjnej jelita C. elegans jest pouczająca, a metody trawienia okresowego odrzucają informacje, które są ważne dla dokładnego porównania między warunkami. Ponieważ opisanie zmienności nieodłącznie związanej z tymi próbkami wymaga dużej liczby osobników, ustanowiono wygodny protokół 96-dołkowej płytki do rozbijania i posiewu kolonii poszczególnych robaków.

Sterylizacja żywych nicieni za pomocą podchlorynu sodu 
Nicienie poddane bleachowaniu powierzchniowemu są skutecznie wolne od zewnętrznych bakterii do czasu powrotu ruchliwości i wznowienia wydalania. W zastosowanych tutaj warunkach obserwuje się szybką eliminację bakterii w buforze (Rysunek 1A-C, Rysunek uzupełniający 2, Wideo 1) bez zaburzenia bakterii związanych z jelitami u nicieni sparaliżowanych zimnem (Rysunek ...

Ten protokół opisuje 96-dołkowe zakłócenie pojedynczych bakteriologicznie skolonizowanych Caenorhabditis elegans po zimnym paraliżu i bieleniu powierzchni w celu usunięcia zewnętrznych bakterii. Otrzymaną zawiesinę umieszcza się na płytkach agarowych, aby umożliwić dokładne, średnioprzepustowe określenie ilościowe obciążenia bakteryjnego w dużej liczbie pojedynczych robaków.

Wykorzystanie danych dotyczących pojedynczego robaka do ilościowego określenia niejednorodności w interakcjach Caenorhabditis elegans z bakteriami

The nematode Caenorhabditis elegans is a model system for host-microbe and host-microbiome interactions. Many studies to date use batch digests rather ...

Protokół ten demonstruje mechaniczne rozerwanie eleganów morskich. W formacie 96-dołkowym umożliwiającym ilościowe określenie obciążenia bakteryjnego poszczególnych robaków o średniej przepustowości. Technika ta zwiększa szybkość i jednorodność zakłóceń mechanicznych w porównaniu z metodami opartymi na Pasel, umożliwiając naukowcom łatwe tworzenie większych zestawów danych wysokiej jakości pomiarów pojedynczych robaków.Ta technika obejmuje wiele ruchomych części i łatwo jest zgubić swoje miejsce. Przed rozpoczęciem upewnij się, że masz ustawione wszystkie materiały, oznaczone rury, zderzaki i płyty. Procedurę zademonstruje Megan Taylor, specjalistka ds. badań z mojego laboratorium.Zacznij od ponownego zawieszenia próbki robaka w jednym mililitrze M nine TX zero one w mikroprobówce wirówkowej. Zebrać dorosłe robaki przez odwirowanie i wyrzucić supernatant. Przy użyciu tych samych parametrów wirowania.Przepłucz robaki dwukrotnie jednym mililitrem M9TX01 i raz jednym mililitrem bufora robaków M9, aby zminimalizować bakterie zewnętrzne. Następnie ponownie zawiesić każdą próbkę w jednym mililitrze pożywki S plus dwa x zabite ciepło OP50 w probówce hodowlanej. Inkubuj probówki w temperaturze 25 stopni Celsjusza przez 20 do 30 minut, aby usunąć z jelita bakterie, które nie przylegają do reklamy.Po inkubacji oczyszczone robaki przepłukać dwukrotnie jednym mililitrem zimnego M9TX01 i wyrzucić super natant. Połóż rurki na lodzie na 10 minut, aby sparaliżować robaki. Następnie dodaj jeden mililitr lodowatego buforu robaków M nine z bezzapachowym wybielaczem do każdej tubki.Inkubuj probówki na lodzie przez co najmniej 10 minut, aby zabić bakterie zewnętrzne. Wyrzuć bufor wybielacza i włóż probówki z powrotem do lodu, aby zapobiec pompowaniu robaków. Następnie dodaj jeden mililitr zimnego M9TX01 do każdej probówki i wiruj przez pięć sekund.W mini wirówce. Umieścić probówki z powrotem w lodzie i usunąć supernatant. Powtórz ten krok raz.Do chemicznej przepuszczalności naskórka robaka. Przenieść probówki zawierające robaki w 20 mikrolitrach buforu do stojaka na probówki o temperaturze pokojowej. Następnie dodaj 100 mikrolitrów roztworu SDS/DTT do każdej ciepłej próbki.Inkubuj rurki przez maksymalnie osiem minut na ławce, aby częściowo rozbić naskórek dorosłych robaków. W tym momencie robaki umrą i osiądą na dnie rurki. Po inkubacji ostrożnie wyrzucić supernatant SDS/DTT.Następnie dodaj jeden mililitr M9TX01 do każdej probówki i krótko odwiruj, aby otulić robaki. Wyrzuć supernatant i ponownie zawieś robaki w jednym mililitrowym buforze robaków M nine z 0,1% Triton x-100. Aby przygotować się do mechanicznego rozerwania robaków, zaopatrz się w sterylną płytkę z 96 dołkami o głębokości dwóch mililitrów i silikonową osłonę płytki.Użyj sterylnej szpatułki, aby dodać niewielką ilość sterylnego węglika silikonu z siatką 36 do każdej studzienki, tak aby siatka ledwo zakrywała dno studzienki. Dodaj 180 mikrolitrów buforu robaków M nine do każdej studzienki. Oznacz kolumny i rzędy, a następnie luźno przykryj płytkę silikonową osłoną płyty.Następnie przenieś przepuszczalne robaki na małą szalkę Petriego z M9TX01 wypełnioną na głębokość jednego centymetra. Za pomocą mikroskopu preparacyjnego odpipetować pojedyncze robaki w objętości 20 mikrolitrów i przenieść je do indywidualnych dołków na płytce 96-dołkowej, aby wyrzucić wszelkie robaki przyklejone do pipety, odessać 20 mikrolitrów M9TX01 z czystego obszaru szalki Petriego i uwolnić go z powrotem do naczynia. Po przeniesieniu wszystkich robaków przykryj płytkę 96-dołkową arkuszem elastycznej folii sufitowej stroną z papierem skierowaną w dół na dołki na próbki.Umieść silikonową matę sufitową delikatnie na elastycznej folii sufitowej, nie wciskając osłony w studzienki. Umieść talerz w temperaturze czterech stopni Celsjusza na 30 do 60 minut, aby zapobiec przegrzaniu podczas zakłóceń. Po schłodzeniu płyty mocno dociśnij silikonową matę sufitową do dołków, aby je uszczelnić.Następnie zabezpiecz płytki w urządzeniu zaburzającym tkankę. Potrząsaj talerzami przez minutę z częstotliwością 30 herców. Następnie obróć płytki o 180 stopni i powtarzaj potrząsanie przez minutę.Postukaj mocno płytami o ławkę dwa lub trzy razy, aby usunąć piasek z elastycznej folii sufitowej. Odwirować zestaw płytek 2, 400 razy G przez dwie minuty, aby zebrać próbki na dnie studzienek. Następnie zdejmij silikonową pokrywę i zdejmij folię sufitową.Aby przygotować dziesięciokrotne seryjne rozcieńczenie trawień robaków, należy napełnić 180 mikrolitrów jednego X PBS w rzędach od B do D płytki 96-dołkowej. Używając pipetera wielodołkowego o pojemności 200 mikrolitrów, powoli wymieszaj trawienie ślimakowe przez pipetowanie. Przenieść maksymalną ilość płynu do rzędu A 96-dołkowej płytki zawierającej PBS.Za pomocą pipety wielokanałowej usuń 20 mikrolitrów z górnego rzędu i dozuj do rzędu B. Następnie wymieszaj. Powtórz ten krok dla rzędów od B do C, a następnie od C do D, aby uzyskać 1000-krotne rozcieńczenie W celu określenia ilościowego bakterii monokolonizowanych robaków. Umieścić 10 do 20 mikrolitrów każdego rozcieńczenia na stałych płytkach agarowych.W przypadku kolonizacji wielogatunkowej umieść 100 mikrolitrów każdego rozcieńczenia na 10-centymetrowych płytkach agarowych. Korzystając z tego protokołu, zaobserwowano skuteczną dezynfekcję zewnętrzną po wybieleniu powierzchni sparaliżowanych zimnem robaków, co widać po spadku liczby bakterii zewnętrznych w buforze. Bez wpływu na bakterie związane z jelitami.Ręczne zakłócanie działania robaków skutkowało większą różnorodnością. Ziarno z węglika krzemu było idealne do rozbijania z Tri Andex lub bez niego. W metodzie 96 dołków duże szklane kulki nie były odpowiednie dla techniki 96 dołków.Małe szklane kulki dawały spójne wyniki, ale zatkały rurę na końcu. Robaki skolonizowane w tej samej puli bakterii wykazywały dużą zmienność obciążenia jelit, gdy obserwowano je dla poszczególnych bakterii i wielogatunkowych społeczności bakteryjnych. Robaki skolonizowane bakteriami wykazującymi ekspresję GFP wykazywały niejednorodność w pomiarach poszczególnych robaków.Dla tego GFP szczep bakteryjny eksprymujący porównujący kolonizację dzikiego typu Bristol Len dwóch robaków. Dla DAF dwa mutanty IGF wykazały, że mutant DAF 16 wspiera większe populacje bakterii, podczas gdy DAF dwa jest odporny na kolonizację. Ta niejednorodność była charakterystyczna i spójna w różnych seriach tego samego eksperymentu.Stwierdzono, że ponowne próbkowanie danych w celu symulacji podsumowań partii zmieniło rozkład w porównaniu z danymi dotyczącymi poszczególnych robaków. Ekstrapolowana partia CFU na robaka była skoncentrowana wokół średniej arytmetycznej poszczególnych danych, co prowadziło do utraty zmienności biologicznej. Zamiast przystępować do trawienia żywej powierzchni, wybielacza i płukania, do dalszych eksperymentów można użyć robaków.Ruch zostanie szybko wznowiony, gdy robaki zostaną usunięte z zimna.

using-single-worm-data-to-quantify-heterogeneity-caenorhabditis

Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Źródło: Taylor, M. N., et.al. Wykorzystanie danych dotyczących pojedynczego robaka do ilościowego określenia niejednorodności interakcji Caenorhabditis elegans z bakteriami. J. Vis. Exp. (2022)Ten film pokazuje narażenie wolnych od zarazków, dopasowanych do wieku robaków Caenorhabditis elegans na szczep bakteryjny w celu kolonizacji jelit. Wyjaśnia selektywne usuwanie nieprzylegających i zewnętrznych bakterii, pozostawiając tylko żywe bakterie przylegające do nabłonka jelitowego w celu...

Ocena kolonizacji bakteryjnej jelit u C. elegans wolnych od zarazków

Źródło: Taylor, M. N. i wsp. Wykorzystanie danych dotyczących pojedynczego robaka do ilościowego określenia niejednorodności interakcji Caenorhabditis elegans z bakteriami. J. Vis. Exp. (2022)Ten film pokazuje ilościowe określenie zmienności obciążenia bakteryjnego jelit u poszczególnych Caenorhabditis elegans poprzez zakłócenia mechaniczne. Przedstawiono w nim etapy przygotowania próbki, rozerwania mechanicznego, seryjnego rozcieńczania i zliczania kolonii w celu oceny różnic w obciążeniu...

Mechaniczne zakłócenia poszczególnych robaków w celu oceny zmienności interakcji gospodarz-bakteria

Sorter robaków ułatwia badania genetyczne u Caenorhabditis elegans, sortując robaki według ekspresji fluorescencyjnych reporterów. W tym miejscu opisujemy nowe zastosowanie: sortowanie według kolonizacji przez patogen wykazujący ekspresję GFP i wykorzystujemy je do zbadania słabo poznanej roli rozpoznawania patogenu w inicjowaniu odpowiedzi immunologicznej.

Automatyczna separacja C. elegans skolonizowanych przez patogen bakteryjny

Tutaj prezentujemy nicienia Caenorhabditis elegans jako wszechstronny model gospodarza do badania interakcji mikrobiologicznych.

Nicienie Caenorhabditis elegans - wszechstronny model in vivo do badania interakcji gospodarz-mikroorganizm

W tym artykule opisany jest protokół o wysokiej przepustowości do szybkiego i niezawodnego określania poziomów ekspresji genów w pojedynczych lub zbiorczych próbkach C. elegans. Protokół ten nie wymaga izolacji RNA i wytwarza cDNA bezpośrednio z próbek. Może być używany razem z wysokoprzepustowymi, multipleksowanymi, nanofluidycznymi platformami qPCR w czasie rzeczywistym.

Wysokoprzepustowy ilościowy RT-PCR w pojedynczych i masowych próbkach C. elegans przy użyciu technologii nanofluidycznej

Aby zbadać interakcje chaperon-chaperon i chaperon-substrate, przeprowadzamy syntetyczne badania przesiewowe interakcji w Caenorhabditis elegans za pomocą interferencji RNA w połączeniu z łagodnymi mutacjami lub nadmierną ekspresją białek opiekuńczych i monitorujemy dysfunkcję białek specyficznych dla tkanek na poziomie organizmu.

Wykorzystanie Caenorhabditis elegans do badań przesiewowych pod kątem interakcji opiekuńczych specyficznych dla tkanek

Mikroby jelitowe mogą pozytywnie lub negatywnie wpływać na zdrowie swojego gospodarza poprzez specyficzne lub konserwatywne mechanizmy. Caenorhabditis elegans to wygodna platforma do badań przesiewowych pod kątem takich drobnoustrojów. Niniejszy protokół opisuje wysokoprzepustowe badania przesiewowe 48 izolatów bakteryjnych pod kątem wpływu na odporność nicieni na stres, wykorzystywane jako wskaźnik zdrowia robaków.

Wysokoprzepustowe badania przesiewowe izolatów drobnoustrojów mające wpływ na zdrowie Caenorhabditis elegans

Caenorhabditis elegans jest jednym z głównych gatunków modelowych w biologii, jednak prawie wszystkie badania są prowadzone pod nieobecność naturalnie związanych z nim mikrobów. Opisane tutaj metody pomogą lepiej zrozumieć różnorodność powiązanych mikroorganizmów jako podstawę przyszłych badań funkcjonalnych nad C. elegans.

Izolacja i charakterystyka naturalnej mikrobioty nicienia modelowego Caenorhabditis elegans

Mikrokosmosy kompostu wprowadzają do laboratorium różnorodność mikrobiologiczną występującą w naturze, aby ułatwić badania mikrobiomu u Caenorhabditis elegans. Poniżej znajdują się protokoły do przeprowadzania eksperymentów mikrokosmicznych, przy czym eksperymenty wykazują zdolność do modulowania różnorodności mikrobiologicznej środowiska w celu zbadania związków między różnorodnością mikrobiologiczną środowiska a składem mikrobiomu jelitowego robaków.

Mikrokosmosy kompostu jako zróżnicowane mikrobiologicznie, naturalne środowiska do badań nad mikrobiomem u Caenorhabditis elegans

Caenorhabditis elegans to potężny model do badania molekularnych determinantów kierujących interakcjami gospodarz-mikrobiom. Przedstawiamy wysokoprzepustowy potok profilujący poziomy kolonizacji mikrobiomu jelitowego u pojedynczych zwierząt wraz z kluczowymi aspektami fizjologii C. elegans.

Zastosowanie wermimetrii przepływowej do kwantyfikacji i analizy mikrobiomu jelitowego Caenorhabditis elegans

Poznaj metodę mechaniczną homogenizacji Caenorhabditis elegans w formacie 96-well do ilościowego określania obciążenia bakteryjnego w pojedynczych robakach. Ta technika umożliwia szybką analizę heterogeniczności kolonizacji jelitowej.

Wykorzystanie danych dotyczących pojedynczego robaka do ilościowego określenia niejednorodności w interakcjach Caenorhabditis elegans z bakteriami (Wideo) | JoVE Journal

Wykorzystanie danych dotyczących pojedynczego robaka do ilościowego określenia niejednorodności w interakcjach Caenorhabditis elegans z bakteriami

Przeglądaj więcej filmów