Przewidywanie farmakologii sieciowej i eksperymentalna walidacja mechanizmu działania Trichosanthes-Fritillaria thunbergii przeciwko gruczolakorakowi płuc

Tradycyjna medycyna chińska, Porozmawiamy o cechach wieloskładnika celu. To jest bardzo podstawowe pole dla badań sieciowych i biologicznych. Przeprowadziliśmy demonstrację technologii, która obniży próg.

Farmakologia sieciowa jest systematyczną technologią analityczną, buduje narzędzia interakcji pracy sieciowej wielu czynników. Może skutecznie przewidzieć pojedynczą ścieżkę Tradycyjnej Medycyny Chińskiej w Dane Network Pharmacological pochodzą z bazy danych, chociaż nie może przewidzieć związku z lekami, białkami, a to i tak musi zostać zweryfikowane przez kolejne eksperymenty. Aby rozpocząć, otwórz bazę danych HERB i użyj Gua Liu i Zhebimu jako słów kluczowych, aby uzyskać składniki tych dwóch leków.

Pobierz listę i kanoniczną strukturę SMILES powiązanych składników obu leków. Teraz określ, czy otrzymany składnik jest aktywny, włączając składniki o biodostępności po podaniu doustnym i wartościach podobnych do leku w bazie danych grupy HERB. Jeśli składnik nie ma biodostępności po podaniu doustnym i wartości podobnych do leku, wprowadź go do szwajcarskiej bazy danych ADME, aby uzyskać informacje o każdym składniku.

Uwzględnij składniki o wysokim wchłanianiu IG i co najmniej dwóch wartościach podobnych do leku jako składniki aktywne. Aby przewidzieć cel aktywnych składników, otwórz bazę danych HERB. Wyszukaj i skopiuj kanoniczne struktury SMILES aktywnych składników.

Następnie otwórz podejście zespołu podobieństwa i wklej kanoniczne struktury SMILES aktywnych komponentów w polu wyszukiwania. Kliknij na try SEA', aby uzyskać klucz docelowy, nazwę docelową, wartość P i maksymalny TC każdego aktywnego komponentu. Skopiuj dane do arkusza kalkulacyjnego i użyj funkcji filtrowania plików arkusza kalkulacyjnego, aby przefiltrować cele aktywnych komponentów według klucza docelowego.

Skopiuj wszystkie cele do arkusza kalkulacyjnego i usuń duplikaty, aby uzyskać cele leków. Teraz otwórz bazę danych kart genowych i online dziedziczenie mendlowskie u człowieka, aby przewidzieć cele choroby. Użyj Gruczolakorak płuc'jako słowo kluczowe, aby uzyskać cele chorobowe gruczolakoraka płuc.

Pobierz arkusze kalkulacyjne z celami choroby i usuń powtarzające się cele, aby uzyskać cele gruczolakoraka płuc. Skonstruuj sieć docelową choroby składnika leku, kopiując cele związane z gruczolakorakiem płuc i cele leków do tej samej kolumny w nowym arkuszu kalkulacyjnym. Użyj funkcji identyfikacji duplikatów danych na pasku narzędzi, aby uzyskać cele przecięcia celów związanych z gruczolakorakiem płuc i celów związanych z aktywnym komponentem Trichosanthes Fritillaria Thunbergia.

Otwórz Cytoscape 3.8.0. Kliknij plik na pasku menu i wybierz import. Po nim sieć z pliku.

Aby zaimportować plik arkusza kalkulacyjnego, zoptymalizuj rozmiar i kolor węzłów sieci za pomocą paska stylów w lewym panelu sterowania. Użyj funkcji analizuj sieć do analizy topologii sieci. Kliknij narzędzia na pasku menu i wybierz analizuj sieć.

W panelu tabeli kliknij stopień na pasku tytułu, aby ułożyć komponenty według stopnia w kolejności malejącej. Weź 10 najważniejszych składników i celów jako główne aktywne składniki i podstawowe cele. Skonstruowanie sieci PPI i badanie przesiewowe białek rdzeniowych.

Otwórz bazę danych ciągów i wklej listę w formacie tekstowym potencjalnych celów Trichosanthes Fritillaria Thunbergia, przeciwko gruczolakorakom płuc w oknie dialogowym listy. Następnie wybierz homosapiens w organizmach. Kliknij przycisk wyszukiwania i wybierz przycisk Kontynuuj, gdy wyniki będą dostępne, kliknij ustawienia I zaznacz opcję wysoki poziom ufności 0,700 W ustawieniach podstawowych, w obszarze minimalny wymagany wynik interakcji, zaznacz wysokie rozłączone węzły w sieci, w ustawieniach zaawansowanych.

Następnie kliknij przycisk aktualizacji. Następnie kliknij eksporty w pasku tytułu i pobierz krótki tekst tabelaryczny relacji PPI w formacie TSV. Otwórz Cytoscape 3.8.0.

Kliknij plik, wybierz, zaimportuj, a następnie sieć z pliku, aby zaimportować plik w formacie TSV do analizy wizualnej. Użyj funkcji analizatora sieci, aby przeprowadzić analizę topologiczną. Zoptymalizuj rozmiar i kolor węzłów sieci za pomocą paska stylów w lewym panelu sterowania.

Przeprowadź analizę wzbogacenia KEGG, otwierając platformę Medscape, wklejając listę potencjalnych celów terapeutycznych w formacie tekstowym do okna dialogowego, a następnie klikając przycisk prześlij. Zaznacz Homo sapiens zarówno w danych wejściowych jako gatunek", jak i analizie jako gatunek", a następnie kliknij przycisk analizy niestandardowej. Wybierz opcję wzbogacanie.

Zaznacz tylko ścieżkę KEGG, a następnie kliknij na analizę wzbogacenia. Gdy pasek postępu osiągnie 100%kliknij pomarańczowy przycisk na stronie raportu z analizy, aby wyświetlić wyniki wzbogacania. Kliknij wszystko w jednym pliku zip", aby pobrać wynik wzbogacania, a następnie otwórz plik csv _FINAL_GO w folderze Enrichment_GO, aby uzyskać wynik.

Otwórz R-Software i wpisz pakiet instalacyjny GG plot two'i bibliotekę GG Plot two'w R Do instalacji pakietu GG plot two R. Naciśnij Enter, aby uruchomić program KEGG Visualization. Aby wykryć żywotność komórek, trawić logarytmiczne komórki fazy wzrostu A 549 za pomocą jednego mililitra 0,25% trypsyny przez jedną minutę w temperaturze 37 stopni Celsjusza.

Dodaj jeden mililitr DMEM Complete Medium, aby zneutralizować trypsynę i delikatnie ją przedmuchnąć, aby przyspieszyć wydalanie komórek. Następnie odwirować mieszaninę, aby uzyskać osad komórkowy i ponownie zawiesić otrzymane komórki za pomocą DMEM Complete Medium. Dodaj zawiesinę komórek do hemocytometru i policz za pomocą automatycznego licznika komórek, rozcieńczyć ją pięć razy 10 do czwartej komórki na mililitr, używając kompletnej pożywki DMEM Teraz rozpuść jeden gram ekstraktu wodnego Trichosanthes Fritillaria Thunbergia w 10 mililitrach PBS i przefiltruj go przez filtr 0,22 mikrometra.

Rozcieńczyć mieszaninę do różnych stężeń za pomocą PBS. Umieść 100 mikrolitrów rozcieńczonych komórek w każdym dołku na 96-dołkowej płytce. Po przyleganiu komórek dodaj jeden mikrolitr ekstraktów wodnych Trichosanthes Fritillaria Thunbergia o różnych stężeniach, aby dostosować stężenie każdej studzienki.

Wyrzuć oryginalną pożywkę po 24 godzinach hodowli i dodaj 100 mikrolitrów DMEM. Podłoże podstawowe do dalszej inkubacji przez dwie godziny w temperaturze 37 stopni Celsjusza i 5% dwutlenku węgla. Pod koniec inkubacji dodaj 20 mikrolitrów roztworu MTS i inkubuj komórki przez kolejną godzinę.

Przenieś inkubowaną mieszaninę na inną płytkę. Za pomocą czytnika mikropłytek zmierz chłonność przy długości fali 490 nanometrów i oblicz żywotność komórek. Rozcieńczyć logarytmiczną fazę wzrostu A 549 komórek pięć razy 10 do piątych komórek na mililitr.

Dodaj dwa mililitry zawiesiny komórkowej do płytki sześciodołkowej i hoduj przez 12 godzin. Po uzyskaniu różnych rozcieńczeń PBS ekstraktu wodnego Trichosanthes Fritillaria Thunbergia, jak wykazano wcześniej, dodać 20 mikrolitrów roztworu PBS do ślepej próby kontrolnej i 20 mikrolitrów różnych rozcieńczeń ekstraktu wodnego Trichosanthes Fritillaria Thunbergia do różnych grup stężeń. Po 24 godzinach od interwencji wyrzucić supernatant i trzykrotnie oczyścić komórki PBS.

Dodaj 250 mikrolitrów buforu RIPA do każdej studzienki i poddaj komórki lizie przez 30 minut. Zebrać lizat do odwirowania i uzyskać supernatant. Przedstawiono sieć docelowych interakcji składnika leku Trichosanthes Fritillaria Thunbergia z gruczolakorakiem płuc.

W sieci interakcji, 10 najlepszych otrzymanych składników aktywnych to kluczowe składniki aktywne działania Trichosanthes Fritillaria Thunbergia w leczeniu gruczolakoraka płuc. Sieć PPI obejmowała 122 funkcjonalne białka i 210 relacji interakcji. 10 najważniejszych białek rdzeniowych bierze udział głównie w neowaskularyzacji, proliferacji komórek, apoptozie i transporcie błony komórkowej.

Spośród 20 najważniejszych szlaków uszeregowanych przez KEGG, szlak sygnałowy PI3K-AKT, szlak sygnałowy Rap1, szlak sygnałowy fosfolipazy-D i szlak sygnałowy MAPK1 są ściśle związane z rakiem płuc, wśród których szlak PI3K-AKT zajął pierwsze miejsce. Ekstrakty Trichosanthes Fritillaria Thunbergia w stężeniach powyżej 400 mikrogramów na mililitr mogły hamować proliferację komórek, a efekt hamowania na komórki A-549 w stężeniach do 800 mikrogramów na mililitr był bliski połowie stężenia hamującego. Interwencja ekstraktów Trichosanthes Fritillaria Thunbergia nie spowodowała istotnych zmian w ekspresji białka AKT w żadnej z grup.

Jednak ekspresja p-AKT seryny-473 była zahamowana i wykazywała efekt zależny od dawki. Krytyczne składniki Trichosanthes Fritillaria Thunbergia były molekularnie dokowane z kluczowymi białkami szlaku PI3K AKT, a wyniki sugerowały, że energie wiązania Diosmetiny i Kaempferolu z AKT1 były mniejsze niż minus siedem, co wskazuje na silną aktywność wiązania. Najważniejszą rzeczą jest osiągnięcie składników aktywnych zgodnie z celami Tradycyjnej Medycyny Chińskiej.

A także cele, których celem jest rdzeń Network Pharmacological.