Izolacja jąder z komórek progenitorowych serca myszy w celu profilowania epigenomu i ekspresji genów w rozdzielczości pojedynczej komórki

Głównym celem tego protokołu jest zbadanie interakcji czynników genetycznych i środowiskowych w kontekście rozwoju serca i ich udziału we wrodzonych wadach serca. Podejścia oparte na pojedynczych jądrach, takie jak sekwencja RNA pojedynczych jąder i ataksja pojedynczych jąder, stają się kluczowymi metodami badania heterogeniczności komórkowej w zdrowiu i chorobie podczas rozwoju serca. Jednym z ograniczeń tych eksperymentów jest to, że cała próbka musi być uruchomiona jednocześnie.

Podczas pracy ze wszystkimi warunkami eksperymentalnymi, zebranie wystarczającej ilości świeżego materiału dla wszystkich warunków jednocześnie może być wyzwaniem. Chociaż w ostatnich latach nastąpił znaczny postęp w tej dziedzinie w dziedzinie pojedynczej komórki, główną trudnością jest przetwarzanie świeżych próbek. Unikanie trudności jest niezwykle korzystne w identyfikacji mechanizmu molekularnego leżącego u podstaw wrodzonej wady wad serca.