Obliczeniowe przewidywanie preferencji aminokwasów potencjalnie wielospecyficznych domen wiążących peptydy zaangażowanych w interakcje białko-białko

Proponujemy protokół do obliczeniowego przewidywania preferencji aminokwasów w bardziej szczegółowych interakcjach białko-białko. Protokół ten można uznać za pierwszy krok w projektowaniu mediatorów tych interakcji. Jesteśmy zainteresowani wykorzystaniem tych mediatorów jako potencjalnych inhibitorów specyficznych interakcji, w technologii immunologicznej.

Nasz implementator służący do charakteryzowania preferencji aminokwasowych wśród konkretnych miejsc wiązania jest kosztowny i kłopotliwy. Nasz protokół to technologia wspierana biologicznie oparta na wydajności i operacjach seryjnych. Strategia ta ma potencjał do przetwarzania dużej liczby sekwencji linii, zapewniając całkowitą i spójną różnicę w preferencjach aminokwasów.