Name: Zastosowanie barkodowania DNA do identyfikacji roślin leczniczych (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-11-01T13:20:00.000+00:00
Duration: 8 min 55 s
Description: Poznaj zastosowanie barkodowania DNA do identyfikacji roślin leczniczych na przykładzie Angelica sinensis. Ta metoda poprawia dokładność i efektywność autentykacji materiałów roślinnych.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Ta praca została wsparta przez projekt dotowania Uniwersytetu Tradycyjnej Medycyny Chińskiej w Chengdu (030040015).

1. Przygotowanie próbki
<ol>
	<li>W niniejszym badaniu jako materiał doświadczalny wykorzystano dwuletnią A. sinensis o niskiej temperaturze i długim nasłonecznieniu na wysokości 2800 m n.p.m. z hrabstwa Min w prowincji Gansu. Wybrano trzy rośliny, z których do eksperymentów wybrano więcej niż trzy korzenie. Najpierw opłucz korzenie wysterylizowaną wodą, a następnie wyczyść je rozpylaczem nasączonym alkoholem lub wacikami nasączonymi alkoholem, aby zapobiec zanieczyszczeniu, które mogłoby wpłynąć na dokładność wyników eksperymentów. Pokrój korzenie na kawałki mniejsze niż 5 mm za pomocą wysterylizowanego skalpela i wymieszaj do dalszej analizy. (<silna klasa="xfig">Rysunek 2). 
	UWAGA: Alternatywnie umieść korzenie w ciekłym azocie, aby się schrupły, co ułatwi ich łamanie. W zależności od kształtu, twardości i innych cech roślin leczniczych, użyj narzędzi, aby sobie z nimi poradzić.</li>
	<li>Przygotuj trzy probówki z próbkami eksperymentalnymi do równoległych eksperymentów. Oznacz każdą próbkę jako AS-1, AS-2 i AS-3. Weź około 100 mg świeżej lub 20 mg suchej masy tkanki (suszonej na powietrzu) i umieść ją w probówce wirówkowej o pojemności 2 ml.</li>
	<li>Umieść dwa koraliki ze stali nierdzewnej o średnicy 5 mm w probówkach wirówkowych o pojemności 2 ml. Przenieś probówki do wysokowydajnej rozdrabniacza do tkanek pracującego z częstotliwością 60 Hz przez 60 s.</li>
</ol>
2 Ekstrakcja DNA z próbki
UWAGA: W tym badaniu użyto zestawu do ekstrakcji DNA genomu roślinnego, który jest oparty na metodzie CCAB. Ekstrakcja DNA odbywa się zgodnie z instrukcją obsługi z pewnymi modyfikacjami, w tym dodaniem unikalnego buforu do izolacji jądrowej (NIB). Protokół poprawia czystość DNA, najpierw oddzielając zanieczyszczenia od tkanki, a następnie dodając początkowy etap izolacji jąder28,29,30.
<ol>
	<li>Dodać 800 μl wstępnie schłodzonego NIB i umieścić próbkę w mieszalniku wirowym, wibrując przez 5 minut.</li>
	<li>Umieścić w wirówce i przetwarzać w temperaturze 13 780 x g przez 10 minut. Usunąć supernatant.</li>
	<li>Powtórz kroki 2.1-2.2 przez dodatkowe 3 rundy. 
	UWAGA: NIB ekstrahuje DNA wyższej jakości, a jego preparat zawiera pewne niebezpieczne substancje chemiczne, z którymi należy obchodzić się w dygestorium, co utrudnia obsługę nowicjuszom. Ten krok nie jest jednak obowiązkowy. Użytkownicy mogą zdecydować się na zastosowanie się do tego zalecenia lub pominąć te kroki. Jego szczegółowy wzór znajduje się w tabeli 1.</li>
	<li>Dodać 600 μl buforu P1 i 5 μl RNazy A (10 mg/ml). Umieścić próbkę w mieszalniku wirowym i wirować do wymieszania. Próbki inkubować w łaźni wodnej w temperaturze 65 °C przez 1,5 godziny, odwracając probówki 2x3x podczas inkubacji.</li>
	<li>Dodać 200 μl buforu P2, dokładnie wymieszać, umieścić na lodzie na 15 min, a następnie odwirować przy 13 780 x g przez 10 min.</li>
	<li>Ostrożnie zassać supernatant do kolumny filtracyjnej AF, odwirować przy 13 780 x g przez 2 minuty i przenieść dolny filtrat zebrany w probówce zbiorczej do nowej probówki wirówkowej o pojemności 1,5 ml.</li>
	<li>Obliczyć objętość filtratu, dodać 1,5 raza objętość P3 i natychmiast wstrząsnąć, aby uzyskać mieszany roztwór.</li>
	<li>Dodać 650 μl przygotowanej mieszaniny do kolumny adsorpcyjnej kolumny adsorpcyjnej (AC) i inkubować przez 5 minut, a następnie odwirować przy 13,780 x g przez 30-60 s.</li>
	<li>Dodać filtrat otrzymany w kroku 2.8 ponownie do prądu przemiennego, odwirować i wyrzucić odpad płynny. Powtórz procedurę z pozostałym zmieszanym roztworem z kroku 2.7.</li>
	<li>Dodać 600 μl roztworu płuczącego WB, odwirować przy 13,780 x g przez 30 s, wyrzucić roztwór odpadowy i powtórzyć procedurę 1x.</li>
	<li>Umieścić kolumnę AC z powrotem w pustej probówce zbiorczej, odwirować przy 13 780 x g przez 2 minuty i pozostawić w temperaturze pokojowej w celu usunięcia pozostałości etanolu.</li>
	<li>Weź kolumnę adsorpcyjną AC i umieść ją w czystej probówce wirówkowej o pojemności 1,5 ml. Dodać 45 μl wysterylizowanej wody dejonizowanej (ddH2O) do środka membrany adsorbcyjnej, która została podgrzana do 65 °C. Pozostawić w temperaturze pokojowej na 5 minut. Wirować przy 13 780 x g przez 2 min.</li>
	<li>Dodać otrzymany roztwór z powrotem do kolumny i odwirować przy 13,780 x g przez 2 minuty w temperaturze pokojowej.</li>
	<li>Zebrać przefiltrowany roztwór. Użyj spektrofotometru, aby określić stężenie DNA; OD260 reprezentuje absorbancję kwasów nukleinowych. Zastosuj następujące kryteria oznaczania standardu jakości DNA: OD260 / OD280 = 1,80-2,00, normalny zakres; OD260/OD280>2.00; występuje duża ilość zanieczyszczenia RNA; OD260/OD280<1,80, są białka, fenole i inne zanieczyszczenia.</li>
</ol>
3 Wzmocnienie i wykrywanie fragmentów celu
UWAGA: Wybierz odpowiednie startery do amplifikacji na podstawie proponowanych regionów kodowania kreskowego DNA rośliny; warunki reakcji są pokazane w Tabeli 2.
<ol>
	<li>Ustawić warunki reakcji odpowiadające amplifikacji startera. Użyj 0,2 ml probówek wirówkowych wypełnionych 9,5 μl ddH2O, 12,5 μl 2x PCR Master Mix i po 1 μl startera do przodu, startera wstecznego i matrycy DNA o całkowitej objętości 25 μl. Przygotować kontrolę ujemną, zastępując szablon wodą.</li>
	<li>Dodaj 20 ml 1x buforu Tris Acetate-EDTA (TEA) i 0,2 g agarozy do podgrzania i przygotowania 1% żelu agarozowego, następnie dodaj 2 μl barwnika z żelu kwasu nukleinowego (10 000x) i dokładnie wymieszaj. Wlej mieszaninę do tacki do odlewania żelu i pozwól jej zestalić się, aby uzyskać żel agarozowy. Do żelu dodać 3 μl produktu PCR i 2 μl markera DNA 5000 pz.</li>
	<li>Ustaw napięcie na 120 V, prąd na 400 mA i elektroforezę na 40 minut. Użyj wszechstronnego systemu analizy obrazu żelu, aby wyświetlić żele i sprawdzić wyniki.</li>
</ol>
4. Zbieranie i analiza danych
UWAGA: Istnieje szeroki wybór oprogramowania do montażu i analizy sekwencji; używamy Codon code aligner V11.0.1 i MEGA11 jako przykładów do ilustracji.
<ol>
	<li>Użyj wyrównywacza, aby otworzyć plik sekwencjonowania, aby obserwować mapę pików i łączyć pliki map pików sekwencjonowania dwukierunkowego.
	<ol>
		<li>Wybierz pozycję Utwórz nowy projekt i kliknij przycisk OK, aby przejść do strony głównej oprogramowania. Wybierz opcję Dodaj próbki w menu Plik, wybierz plik do przetworzenia w formacie śledzenia sekwencji i zaimportuj go bezpośrednio do oprogramowania jako zaimportowany plik w sekcji Niezmontowane próbki.</li>
		<li>Wybierz pozycję Contig, a następnie w sekcji wybierz pozycję Zestaw zaawansowany, a następnie wybierz pozycję Złóż w grupach. Nowi użytkownicy, po wybraniu opcji Złóż w grupach, zobaczą to okno dialogowe: Wybierz pozycję Definiuj nazwy. Zmodyfikuj części Zdefiniuj nazwę próbki zgodnie z nazwą pliku i kliknij Złóż. Zostanie wyświetlona wyrównana sekwencja.</li>
		<li>Pobierz pełne sekwencje ITS2 zgodnie z analizą modelu opartego na ukrytym modelu Markowa (HMM). Użyj sekwencji 5.8s (CGAGGGCACGCCTGCCTGGGCGTCA) i 28s (CGACCCCAGGTCAGGGGGGGGCCACC) sekwencji31, aby przeszukać wyrównaną sekwencję od początku i usunąć regiony 5.8s i 28s.</li>
		<li>Wybierz pozycję Przejdź, a następnie w sekcji wybierz pozycję Sekwencja wyszukiwania i kliknij przycisk OK, aby uzyskać pasującą sekwencję. Wybierz Contig, wybierz Usuń w sekcji, aby usunąć regiony 5.8s i 28s oraz sekwencje o niskiej jakości, a następnie oprogramowanie wyświetli sekwencje łączenia do dopasowania.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Użyj sekwencji splicingu uzyskanych z trzech równoległych etapów eksperymentalnych do identyfikacji, wybierz wyszukiwanie BLAST przy użyciu bazy danych nukleotydów w The National Center for Biotechnology Information (NCBI) i wybierz narzędzie do identyfikacji gatunków i specyficzny starter ITS2 odpowiadające w bazie danych Globalnej Bazy Danych Genomu Farmakopei (GPGD). 
	UWAGA: NCBI32 i GPGD33 zawierają sekwencje nukleotydowe roślin leczniczych i zwierząt i są uznawane za autorytatywne bazy danych. Ich głównymi metodami identyfikacji są metody oparte na porównaniu sekwencji34 (BLAST). Procentowa identyczność z wyników identyczności służy do określenia, czy gatunek o największym podobieństwie jest rodzajem docelowym.</li>
	<li>Użyj MEGA11 do wyrównania sekwencji, analizuj i porównuj wewnątrzgatunkową i międzygatunkową zmienność sekwencji oraz skonstruuj filogenetyczne drzewo łączące sąsiadów.
	<ol>
		<li>Pobierz sekwencje trzech gatunków arcydzięgla i jednego gatunku Peucedanum praeruptorum jako grupy zewnętrznej z NCBI. Przeanalizuj te sekwencje wraz z uzyskaną sekwencją wyników.</li>
		<li>Kliknij Plik, wybierz Otwórz plik/sesję, aby zaimportować plik, a pojawi się okno dialogowe. Wybierz opcję Align > DNA i wybierz opcję Align by ClustalW, aby porównać sekwencje. Wybierz opcję Analiza filogenetyczna w obszarze Dane, a następnie wróć do strony głównej. Kliknij opcję Zbuduj/Przetestuj drzewo łączenia sąsiadów w FLOGENEZIE. Oprogramowanie generuje drzewo filogenetyczne.</li>
	</ol>
	</li>
</ol>

DNA Barcoding for Medicinal Plants: Identification and Phylogenetic Analysis

<ol><li>Chen, S. L., et al. Conservation and sustainable use of medicinal plants: Problems, progress, and prospects. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aChen%2C+SL+%22Chin+Med%22">Chin Med</a>. 11, 37(2016).</li>
<li>Han, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+authenticity+survey+of+herbal+medicines+from+markets+in+China+using+DNA+barcoding%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">An authenticity survey of herbal medicines from markets in China using DNA barcoding.</a> Sci Rep. 6, 18723(2016).</li>
<li>Zhang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integration+of+high-throughput+omics+technologies+in+medicinal+plant+research%3A+The+new+era+of+natural+drug+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">Integration of high-throughput omics technologies in medicinal plant research: The new era of natural drug discovery.</a> Front Plant Sci. 14, 1073848(2023).</li>
<li>Ji, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+the+authenticity+and+origin+of+panax+notoginseng%3A+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22J+AOAC+Int%22%5BJournal%5D)">Determination of the authenticity and origin of panax notoginseng: A review.</a> J AOAC Int. 105 (6), 1708-1718 (2022).</li>
<li>Parveen, I., Techen, N., Khan, I. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+species+in+the+aromatic+spice+family+apiaceae+using+DNA+mini-barcodes%5BTitle%5D)+AND+%22Planta+Med%22%5BJournal%5D)">Identification of species in the aromatic spice family apiaceae using DNA mini-barcodes.</a> Planta Med. 85 (2), 139-144 (2019).</li>
<li>Techen, N., Parveen, I., Pan, Z., Khan, I. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding+of+medicinal+plant+material+for+identification%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding of medicinal plant material for identification.</a> Curr Opin Biotechnol. 25, 103-110 (2014).</li>
<li>Xiong, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Market+access+for+Chinese+herbal+medicinal+products+in+Europe-a+ten-year+review+of+relevant+products%2C+policies%2C+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22Phytomedicine%22%5BJournal%5D)">Market access for Chinese herbal medicinal products in Europe-a ten-year review of relevant products, policies, and challenges.</a> Phytomedicine. 103, 154237(2022).</li>
<li>Virk, J. K., Gupta, V., Kumar, S., Singh, R., Bansal, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ashtawarga+plants+-+suffering+a+triple+standardization+syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22J+Tradit+Complement+Med%22%5BJournal%5D)">Ashtawarga plants - suffering a triple standardization syndrome.</a> J Tradit Complement Med. 7 (4), 392-399 (2017).</li>
<li>An, Y. L., Wei, W. L., Guo, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+analytical+technologies+in+the+discrimination+and+authentication+of+herbs+from+fritillaria%3A+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22Crit+Rev+Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Application of analytical technologies in the discrimination and authentication of herbs from fritillaria: A review.</a> Crit Rev Anal Chem. 54 (6), 1775-1796 (2024).</li>
<li>Li, M., Cao, H., But, P. P. H., Shaw, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+herbal+medicinal+materials+using+DNA+barcodes%5BTitle%5D)+AND+%22J+Systemat+Evolut%22%5BJournal%5D)">Identification of herbal medicinal materials using DNA barcodes.</a> J Systemat Evolut. 49 (3), 271-283 (2011).</li>
<li>Khan, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Herbal+spices+as+food+and+medicine%3A+Microscopic+authentication+of+commercial+herbal+spices%5BTitle%5D)+AND+%22Plants+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Herbal spices as food and medicine: Microscopic authentication of commercial herbal spices.</a> Plants (Basel). 13 (8), 1067(2024).</li>
<li>Techen, N., Crockett, S. L., Khan, I. A., Scheffler, B. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Authentication+of+medicinal+plants+using+molecular+biology+techniques+to+compliment+conventional+methods%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">Authentication of medicinal plants using molecular biology techniques to compliment conventional methods.</a> Curr Med Chem. 11 (11), 1391-1401 (2004).</li>
<li>Sasidharan, S., Chen, Y., Saravanan, D., Sundram, K. M., Yoga Latha, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraction%2C+isolation+and+characterization+of+bioactive+compounds+from+plants%27+extracts%5BTitle%5D)+AND+%22Afr+J+Tradit+Complement+Altern+Med%22%5BJournal%5D)">Extraction, isolation and characterization of bioactive compounds from plants' extracts.</a> Afr J Tradit Complement Altern Med. 8 (1), 1-10 (2011).</li>
<li>Wei, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+techniques+and+detection+methods+of+edible+fungi+species%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Chem%22%5BJournal%5D)">Identification techniques and detection methods of edible fungi species.</a> Food Chem. 374, 131803(2022).</li>
<li>Mehle, N., Trdan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Traditional+and+modern+methods+for+the+identification+of+thrips+%28thysanoptera%29+species%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pest+Sci%22%5BJournal%5D)">Traditional and modern methods for the identification of thrips (thysanoptera) species.</a> J Pest Sci. 85 (2), 179-190 (2012).</li>
<li>Hebert, P. D., Cywinska, A., Ball, S. L., Dewaard, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biological+identifications+through+DNA+barcodes%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">Biological identifications through DNA barcodes.</a> Proc Biol Sci. 270 (1512), 313-321 (2003).</li>
<li>Chen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Validation+of+the+its2+region+as+a+novel+DNA+barcode+for+identifying+medicinal+plant+species%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Validation of the its2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species.</a> PLoS One. 5 (1), e8613(2010).</li>
<li>Li, D. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+analysis+of+a+large+dataset+indicates+that+internal+transcribed+spacer+%28its%29+should+be+incorporated+into+the+core+barcode+for+seed+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Comparative analysis of a large dataset indicates that internal transcribed spacer (its) should be incorporated into the core barcode for seed plants.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 108 (49), 19641-19646 (2011).</li>
<li>Raskoti, B. B., Ale, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding+of+medicinal+orchids+in+asia%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding of medicinal orchids in asia.</a> Sci Rep. 11 (1), 23651(2021).</li>
<li>Chen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding+in+herbal+medicine%3A+Retrospective+and+prospective%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pharm+Anal%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding in herbal medicine: Retrospective and prospective.</a> J Pharm Anal. 13 (5), 431-441 (2023).</li>
<li>Pei, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole-genome+sequencing+in+medicinal+plants%3A+Current+progress+and+prospect%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+China+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">Whole-genome sequencing in medicinal plants: Current progress and prospect.</a> Sci China Life Sci. 67 (2), 258-273 (2024).</li>
<li>Zhu, S., Liu, Q., Qiu, S., Dai, J., Gao, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding%3A+An+efficient+technology+to+authenticate+plant+species+of+traditional+chinese+medicine+and+recent+advances%5BTitle%5D)+AND+%22Chin+Med%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding: An efficient technology to authenticate plant species of traditional chinese medicine and recent advances.</a> Chin Med. 17 (1), 112(2022).</li>
<li>Pang, X., Shi, L., Song, J., Chen, X., Chen, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+the+potential+DNA+barcode+its2+to+identify+herbal+materials%5BTitle%5D)+AND+%22J+Nat+Med%22%5BJournal%5D)">Use of the potential DNA barcode its2 to identify herbal materials.</a> J Nat Med. 67 (3), 571-575 (2013).</li>
<li>Ajmal Ali, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+changing+epitome+of+species+identification+-+DNA+barcoding%5BTitle%5D)+AND+%22Saudi+J+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">The changing epitome of species identification - DNA barcoding.</a> Saudi J Biol Sci. 21 (3), 204-231 (2014).</li>
<li>Peng, H., Chen, G., Ou, L. L., Luo, M., Zhang, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+a+new+efficient+scar+marker+for+authentication+of+Angelica+sinensis%2C+an+important+traditional+Chinese+medicine%5BTitle%5D)+AND+%22Scienceasia%22%5BJournal%5D)">Development of a new efficient scar marker for authentication of Angelica sinensis, an important traditional Chinese medicine.</a> Scienceasia. 47 (6), 751-757 (2021).</li>
<li>He, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Authentication+of+Angelica+anomala+av%C3%A9-lall+cultivars+through+DNA+barcodes%5BTitle%5D)+AND+%22Mitochondrial+DNA%22%5BJournal%5D)">Authentication of Angelica anomala avé-lall cultivars through DNA barcodes.</a> Mitochondrial DNA. 23 (2), 100-105 (2012).</li>
<li>Yuan, Q. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+species+and+materia+medica+within+Angelica+l.+%28umbelliferae%29+based+on+phylogeny+inferred+from+DNA+barcodes%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol+Resour%22%5BJournal%5D)">Identification of species and materia medica within Angelica l. (umbelliferae) based on phylogeny inferred from DNA barcodes.</a> Mol Ecol Resour. 15 (2), 358-371 (2015).</li>
<li>Xie, P. J., Ke, Y. T., Kuo, L. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modified+ctab+protocols+for+high-molecular-weight+DNA+extractions+from+ferns%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">Modified ctab protocols for high-molecular-weight DNA extractions from ferns.</a> Appl Plant Sci. 11 (3), e11526(2023).</li>
<li>Stefanova, P., Taseva, M., Georgieva, T., Gotcheva, V., Angelov, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+modified+ctab+method+for+DNA+extraction+from+soybean+and+meat+products%5BTitle%5D)+AND+%22Biotech+Biotechnol+Equipment%22%5BJournal%5D)">A modified ctab method for DNA extraction from soybean and meat products.</a> Biotech Biotechnol Equipment. 27 (3), 3803-3810 (2013).</li>
<li>Li, Z., Parris, S., Saski, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+plant+high-molecular-weight+DNA+extraction+method+suitable+for+single-molecule+technologies%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Meth%22%5BJournal%5D)">A simple plant high-molecular-weight DNA extraction method suitable for single-molecule technologies.</a> Plant Meth. 16, 38(2020).</li>
<li>Keller, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((5.8s-28s+rrna+interaction+and+hmm-based+its2+annotation%5BTitle%5D)+AND+%22Gene%22%5BJournal%5D)">5.8s-28s rrna interaction and hmm-based its2 annotation.</a> Gene. 430 (1-2), 50-57 (2009).</li>
<li>Morgulis, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Database+indexing+for+production+megablast+searches%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Database indexing for production megablast searches.</a> Bioinformatics. 24 (16), 1757-1764 (2008).</li>
<li>Liao, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+pharmacopoeia+genome+database+is+an+integrated+and+mineable+genomic+database+for+traditional+medicines+derived+from+eight+international+pharmacopoeias%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+China+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">Global pharmacopoeia genome database is an integrated and mineable genomic database for traditional medicines derived from eight international pharmacopoeias.</a> Sci China Life Sci. 65 (4), 809-817 (2022).</li>
<li>Ghahramanlu, A., Rezaei, M., Heidari, P., Balandari, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Species+survey+of+iranian+barberry+genotypes+using+ITS2+sequences+and+basic+local+alignment+search+tools%5BTitle%5D)+AND+%22Erwerbs-Obstbau%22%5BJournal%5D)">Species survey of iranian barberry genotypes using ITS2 sequences and basic local alignment search tools.</a> Erwerbs-Obstbau. 65, 2491-2499 (2023).</li>
<li>Han, K., Wang, M., Zhang, L., Wang, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+molecular+methods+in+the+identification+of+ingredients+in+Chinese+herbal+medicines%5BTitle%5D)+AND+%22Molecules%22%5BJournal%5D)">Application of molecular methods in the identification of ingredients in Chinese herbal medicines.</a> Molecules. 23 (10), 2728(2018).</li>
<li>Wang, X., Liu, Y., Wang, L., Han, J., Chen, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+nucleotide+signature+for+the+identification+of+Angelicae+sinensis+radix+%28danggui%29+and+its+products%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">A nucleotide signature for the identification of Angelicae sinensis radix (danggui) and its products.</a> Sci Rep. 6, 34940(2016).</li>
<li>Chen, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+based+identification+of+medicinal+materials+in+Chinese+patent+medicines%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">DNA based identification of medicinal materials in Chinese patent medicines.</a> Sci Rep. 2, 958(2012).</li>
<li>Hou, D. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+identification+of+corni+fructus+and+its+adulterants+by+ITS%2FITS2+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22Chin+J+Nat+Med%22%5BJournal%5D)">Molecular identification of corni fructus and its adulterants by ITS/ITS2 sequences.</a> Chin J Nat Med. 11 (2), 121-127 (2013).</li>
<li>Han, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+short+ITS2+sequence+serves+as+an+efficient+taxonomic+sequence+tag+in+comparison+with+the+full-length+its%5BTitle%5D)+AND+%22Biomed+Res+Int%22%5BJournal%5D)">The short ITS2 sequence serves as an efficient taxonomic sequence tag in comparison with the full-length its.</a> Biomed Res Int. 2013, 741476(2013).</li>
<li>Trujillo-Argueta, S., Del Castillo, R. F., Velasco-Murguía, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Testing+the+effectiveness+of+rbcla+DNA-barcoding+for+species+discrimination+in+tropical+montane+cloud+forest+vascular+plants+%28oaxaca%2C+mexico%29+using+blast%2C+genetic+distance%2C+and+tree-based+methods%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Testing the effectiveness of rbcla DNA-barcoding for species discrimination in tropical montane cloud forest vascular plants (oaxaca, mexico) using blast, genetic distance, and tree-based methods.</a> PeerJ. 10, e13771(2022).</li>
<li>Marizzi, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding+brooklyn+%28new+york%29%3A+A+first+assessment+of+biodiversity+in+marine+park+by+citizen+scientists%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding brooklyn (new york): A first assessment of biodiversity in marine park by citizen scientists.</a> PLoS One. 13 (7), e0199015(2018).</li>
<li>Antil, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding%2C+an+effective+tool+for+species+identification%3A+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biol+Rep%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding, an effective tool for species identification: A review.</a> Mol Biol Rep. 50 (1), 761-775 (2023).</li>
<li>Pang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Utility+of+the+trnh-psba+intergenic+spacer+region+and+its+combinations+as+plant+DNA+barcodes%3A+A+meta-analysis%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Utility of the trnh-psba intergenic spacer region and its combinations as plant DNA barcodes: A meta-analysis.</a> PLoS One. 7 (11), e48833(2012).</li>
<li>Tripathi, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+internal+transcribed+spacer+%28its%29+region+and+trnh-psba+%5Bcorrected%5D+are+suitable+candidate+loci+for+DNA+barcoding+of+tropical+tree+species+of+India%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">The internal transcribed spacer (its) region and trnh-psba [corrected] are suitable candidate loci for DNA barcoding of tropical tree species of India.</a> PLoS One. 8 (2), e57934(2013).</li>
<li>Zheng, X. S., An, W. L., Yao, H., Xu, J., Chen, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+authentication+of+the+poisonous+plant+Gelsemium+elegans+by+combining+filter-paper-based+DNA+extraction+and+rpa-lfd+detection%5BTitle%5D)+AND+%22Engineering%22%5BJournal%5D)">Rapid authentication of the poisonous plant Gelsemium elegans by combining filter-paper-based DNA extraction and rpa-lfd detection.</a> Engineering. 7 (1), 14-16 (2021).</li>
<li>Jiang, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Barcoding+melting+curve+analysis+for+rapid%2C+sensitive%2C+and+discriminating+authentication+of+saffron+%28Crocus+sativus+l.%29+from+its+adulterants%5BTitle%5D)+AND+%22Biomed+Res+Int%22%5BJournal%5D)">Barcoding melting curve analysis for rapid, sensitive, and discriminating authentication of saffron (Crocus sativus l.) from its adulterants.</a> Biomed Res Int. 2014, 809037(2014).</li>
</ol>

Autorzy deklarują, że badanie zostało przeprowadzone przy braku jakichkolwiek powiązań handlowych lub finansowych, które mogłyby być interpretowane jako potencjalny konflikt interesów.

Technologia identyfikacji molekularnej jest łatwiejsza do nauczenia i opanowania niż tradycyjne metody identyfikacji. Przezwycięża ograniczenia tradycyjnej identyfikacji ziół leczniczych, ponieważ nie ma na nią wpływu faza wzrostu rośliny i nie opiera się na subiektywnej ocenie ani akumulacji specjalistycznej wiedzy35. Inne gatunki są mylone z A. sinensis ze względu na podobną morfologię i części lecznicze, ale dzięki zastosowaniu kodów kreskowych DNA można go ostatecznie zidentyfikować36.
Kluczowe kroki w tym protokole obejmują kilka krytycznych kwestii. Po pierwsze, unikanie zanieczyszczenia podczas obchodzenia się z ziołami i ekstrakcji DNA jest niezbędne, aby zapobiec pogorszeniu wyników przez obce DNA lub zanieczyszczenia. Właściwe czyszczenie próbek jest konieczne w celu usunięcia zanieczyszczeń zewnętrznych, podczas gdy dokładne sproszkowanie usprawnia ekstrakcję DNA poprzez zwiększenie powierzchni interakcji odczynników. Ważne jest również, aby użyć odpowiedniej ilości próbki, aby zapewnić skuteczne wymieszanie z odczynnikami, co pozwala na lepszą cytolizę i uwolnienie DNA. Wreszcie, kontrolowanie czasu kąpieli wodnej ma kluczowe znaczenie, ponieważ nadmierne ogrzewanie może prowadzić do degradacji DNA, wpływając na jakość wyekstrahowanego DNA. Razem te kroki zapewniają pomyślną ekstrakcję wysokiej jakości DNA do analizy.
Rośliny lecznicze zawierają polisacharydy i polifenole, które wpływają na ekstrakcję i amplifikację DNA. Zastosowanie buforu do izolacji jądrowej zmniejsza działanie tych substancji i umożliwia lizę jąder, co skutkuje lepszą ekstrakcją gDNA o wysokiej czystości 28,29,30. Obecnie istnieją trzy podstawowe metody ekstrakcji DNA: metoda kolumny odśrodkowej, metoda CTAB i metoda SDS. Jednak w tym badaniu wybrano do eksperymentów metodę kolumny odśrodkowej ze względu na jej stabilność, prostotę, wydajność i zdolność do ekstrakcji wysokich stężeń DNA37, a ogrzewanie buforu elucyjnego może pomóc w elucji DNA o lepszej jakości. W tym badaniu wybrano starteryspecyficzne dla ITS2 17,38, krótka sekwencja ITS2 służy jako wydajny znacznik sekwencji taksonomicznej w porównaniu z innymi starterami39, które mają wysoką zmienność międzygatunkową i szerszy zakres identyfikacji. Możliwą przyczyną niepowodzenia amplifikacji jest degradacja DNA w niektórych próbkach; inną możliwością jest to, że zastosowana para uniwersalnych starterów ITS2 może nie działać dla niektórych gatunków lub przy użyciu alternatywnego zestawu uniwersalnych starterów40. Wynik BLAST został określony przy użyciu najwyższego procentowego wyniku tożsamości i najniższej wartości e. Identyfikacja gatunku została uznana za udaną, gdy najwyższy maksymalny procent tożsamości obejmował pojedynczy gatunek i uzyskał wynik >99%40,41, dla wyniku ≤99%, sprawdzając jakość pliku sekwencjonowania lub to, czy produkt PCR jest zanieczyszczony.
Podsumowując, kodowanie kreskowe DNA powinno odgrywać kluczową rolę w kontroli jakości tradycyjnego ziołolecznictwa i międzynarodowego handlu ziołami. Niniejszy artykuł zawiera kilka informacji na temat ekstrakcji DNA roślin oraz szczegółowy przewodnik na temat korzystania z technologii kodów kreskowych DNA do identyfikacji roślin leczniczych. Podkreśla kluczowe punkty, na które należy zwrócić uwagę podczas procesu eksperymentalnego. W związku z tym niniejszy artykuł zawiera odniesienia do podstawowej identyfikacji ziół i pomaga większej liczbie osób szybko opanować tę technologię. Jednak w szczególnych przypadkach, gdy skuteczność identyfikacji kodów kreskowych w jednym miejscu jest niewystarczająca, zależy to od biblioteki referencyjnej. Skonstruowanie biblioteki referencyjnej o dużym pokryciu gatunkowym byłoby ważnym krokiem w kierunku identyfikacji gatunków za pomocą kodów kreskowych DNA42, a wielu badaczy zaproponowało, że technologia kodów kreskowych z wieloma miejscami może poprawić wydajność43,44. Ponadto, wraz z rozwojem technologii molekularnej, Zheng i in. połączyli technologię kodowania kreskowego DNA z izotermiczną technologią amplifikacji DNA i wykrywaniem RPA-LFD w celu szybkiego uwierzytelnienia trujących roślin45, a także opracowano kilka gotowych zestawów46. Baza danych kodów kreskowych DNA jest stale ulepszana, co odgrywa ważną rolę w promowaniu uogólnienia, standaryzacji i internacjonalizacji metod identyfikacji ziołolecznictwa.

Rośliny lecznicze mają szeroki zakres działania farmakologicznego i są ważnymi substancjami w leczeniu i zapobieganiu chorobom. Zapotrzebowanie rynku na rośliny lecznicze w ziołolecznictwie i produktach farmaceutycznych jest ogromne i wciąż rośnie. Wraz z rosnącym rynkiem roślin leczniczych problem zafałszowań utrudnił rozwój roślin leczniczych. Obecnie zafałszowanie roślin leczniczych cierpi z następujących powodów: 1) podobna morfologia roślin leczniczych utrudnia ich prawidłową identyfikację i zastosowanie1,2,3,4,5, 2) rosnący popyt na rośliny lecznicze doprowadził do niewystarczającej podaży na rynku6,7, 3) rośliny lecznicze są drogie i mają zmienne ceny, a stosowanie tanich ziół zamiast ekonomicznie wartościowych materiałów doprowadziło do fałszerstw i spekulacji rynkowych8,9. Aby rozwiązać problemy związane z prawidłową identyfikacją i stosowaniem roślin leczniczych, potrzebna jest technologia, która pozwoli osobom niebędącym specjalistami zidentyfikować źródło10.
Istnieją ograniczenia w prawidłowym rozpoznawaniu i używaniu roślin leczniczych na podstawie samego wyglądu i zapachu11. W celu dokładniejszej identyfikacji i kontroli jakości stosuje się metody fizykochemiczne12. Na przykład chromatografia cienkowarstwowa (TLC) jest szybką metodą identyfikacji ziół leczniczych i jest zawarta w Farmakopei Chińskiej. Niemniej jednak wymaga standardów referencyjnych do identyfikacji roślin13. Wysokosprawna chromatografia cieczowa (HPLC) może wykonywać zarówno testy jakościowe, jak i ilościowe, dzięki czemu nadaje się do testowania jakości leków. Jednak ten instrument jest drogi i wymaga specjalistycznej wiedzy do obsługi14,15. Technologia kodów kreskowych DNA to szybka i dokładna technologia identyfikacji gatunków, która identyfikuje gatunki przy użyciu stabilnych sekwencji DNA do różnicowania roślin o podobnej morfologii. Hebert i in. zaproponowali technologię kodowania kreskowego DNA do identyfikacji gatunków, która wykorzystuje uznaną i stosunkowo krótką sekwencję DNA w obrębie genome16, Chen i in. zaproponowali ITS2 jako uniwersalną sekwencję do identyfikacji molekularnej roślin leczniczych i zidentyfikowali ponad 6600 roślin i stwierdzili wysoką zdolność identyfikacji17. Badania roślin leczniczych w oparciu o ITS2 i fragmenty genów chloroplastów wykazały zdolność do rozróżniania gatunków na poziomie gatunku, z zastosowaniami w dziedzinie ochrony zasobów, regulacji rynku i handlu międzynarodowego17,18,19. Zastosowanie kreskowego kodowania DNA może przezwyciężyć ograniczenia tradycyjnych metod identyfikacji, co jest pomocne w zapewnieniu jakości i bezpieczeństwa roślin leczniczych, zapobiegając nadużyciom zasobów i zamieszaniu20. Okazał się korzystny dla badania roślin leczniczych, wspierając rozwój przemysłu zielarskiego w zrównoważony sposób i dając gwarancję, że konsument używa właściwych leków21,22,23,24.
Artykuł przedstawia protokoły stosowania kodów kreskowych DNA do identyfikacji roślin leczniczych na przykładzie A. sinensis. Barkodowanie DNA wykorzystuje jeden lub więcej standaryzowanych krótkich markerów genetycznych w DNA organizmu, aby rozpoznać go jako należący do określonego gatunku. Obecne metody identyfikacji roślin leczniczych mają pewne ograniczenia. Tradycyjna identyfikacja morfologiczna opiera się w dużej mierze na rozległym doświadczeniu ekspertów, na które mogą mieć wpływ czynniki ludzkie, podczas gdy identyfikacja chemiczna jest podatna na problemy, takie jak zafałszowanie kluczowych związków. W przeciwieństwie do tego, kodowanie kreskowe DNA zapewnia dokładniejszy sposób identyfikacji gatunków, oferując takie korzyści, jak szybkość, wysoka odtwarzalność i stabilność. Co więcej, technologia ta umożliwia scentralizowane zarządzanie i udostępnianie istniejących danych sekwencji gatunków za pośrednictwem Internetu i platform informacyjnych, znacznie poprawiając wydajność i niezawodność identyfikacji gatunków11,12. Ze względu na podobną morfologię i części lecznicze, A. sinensis jest często mylony z innymi gatunkami i często jest nadużywany lub celowo zastępowany na rynku25. Yang i in. zidentyfikowali A. anomala za pomocą kodu kreskowego DNA, aby odróżnić ją od fałszywych leków26. Yuan i in. zebrali 23 gatunki arcydzięgla i użyli kodu kreskowego DNA, aby rozróżnić różne gatunki27. Postępując zgodnie z procedurami opisanymi w tym protokole, użytkownicy będą mogli uwierzytelnić roślinne materiały lecznicze od wstępnego przetwarzania do ostatecznego dopasowania sekwencji kodów kreskowych do bazy danych kodów kreskowych (<silna klasa = "xfig">Rysunek 1).

<table><tbody><tr><td>Zestaw do szybkiej ekstrakcji genomowego DNA roślin CTAB</td><td>Shanghai Huiling Biotechnology Co.</td><td>NG411M</td><td>Nadaje się do szybkiej ekstrakcji wysokiej jakości genomowego DNA z różnych tkanek szerokiej gamy roślin</td></tr><tr><td>Marker DNA DL5000</td><td>Nanjing vazyme Bio-technology Co.</td><td>MD102-02</td><td>Produkt gotowy do użycia, odpowiednią ilość tego produktu należy pobrać bezpośrednio do elektroforezy podczas uruchamiania żelu.</td></tr><tr><td>Elektroforeza</td><td>Beijing Liuyi Biotechnology Co.</td><td>DYY-6C</td><td>Zastosuj konstrukcję ekranu dotykowego, może wyświetlać ustawione napięcie, ustawiać prąd w tym samym czasie, wyjście równoległe</td></tr><tr><td>Kwas etylenodiaminotetraoctowy</td><td>BeijingpsaitongBiotechnologyCo., Ltd</td><td>E70015-100G</td><td>Odczynniki do tworzenia izolacji jądrowej</td></tr>.<tr><td>Goldview Barwnik żelu kwasu nukleinowego (10 000 razy)</td><td>Yisheng Biotechnology (Shanghai) Co., Ltd</td><td>10201ES03</td><td>Podczas stosowania elektroforezy w żelu agarozowym do wykrywania DNA, wiąże się on z DNA i wytwarza silny sygnał fluorescencyjny.</td></tr><tr><td>Szybkoobrotowa wirówka stołowa</td><td>Changsha High-tech Industrial Development Zone Xiangyi Centrifuge Instrument Co.</td><td>H1650</td><td>Ta kompaktowa i lekka wirówka zapewnia szybkie i wydajne oddzielanie próbek, zapewniając niezawodne bezpieczeństwo</td></tr><tr><td>Wysokowydajna szlifierka do tkanek</td><td>Shanghai Jingxin Industrial Development Co.</td><td>Tiss-48</td><td>Przyrząd wibracyjny o wysokiej częstotliwości do mielenia próbek</td></tr><tr><td>http://www.gpgenome.com/</td> <td>Institute of Chinese Materia Medica, China Academy of Chinese Medical</td><td></td> <td>Sciences-Baza danych HerbGenomics zawiera sekwencje genomu, zestawy genów, genomy organelli, dane genomu o niskim pokryciu i sekwencje kodów kreskowych DNA.</td></tr><tr><td>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/</td> <td>Amerykańska Narodowa Biblioteka Medyczna</td> <td>–</td> <td>Narodowe Centrum Informacji Biotechnologicznej rozwija naukę i zdrowie, zapewniając dostęp do informacji biomedycznych i genomicznych.</td></tr><tr><td>Kylin-Bell</td><td>Haimen Qilinbel Instrument Manufacturing Co.</td><td>VORTEX-5</td><td>Szybkie mieszanie w postaci wiru o dużej prędkości, szybkość mieszania, jednorodność, dokładność</td></tr><tr><td>LifeTouch</td><td>Hangzhou BORI Technology Co.</td><td>TC-96/G/H(b)B</td><td>Zastosowanie zaawansowanej technologii chłodzenia termoelektrycznego i nowo utworzonej technologii TAS w celu zwiększenia jej ogólnej wydajności</td></tr><tr><td>Wielofunkcyjny system analizy obrazu żelu</td><td>Południowo-zachodnie centrum operacyjne Shanghai Tianneng Life Science Co.</td><td>Tanon-Mini Space 2000</td><td>Przeprowadza szybkie eksperymenty z amplifikacją genów z funkcją gradientu do mapowania warunków amplifikacji i gradientowym zakresem temperatur do 30&deg; C</td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Pekin Solarbio Science& Technologia Co., Sp. z o.o.</td><td>S8210-100</td><td>Odczynniki do tworzenia do izolacji jądrowej</td></tr>.<tr><td>Nanodrop One</td><td>Gens Sp. z o.o.</td><td>ND ONE</td><td>Ilościowa identyfikacja próbek DNA, RNA i białek w ciągu kilku sekund za pomocą zaledwie 1-2 &mikro; L próbki</td></tr><tr><td>Poliwinylopirolidon</td><td>Shanghai yuanye Bio-Technology Co., Ltd</td><td>S30268-500g</td><td>Odczynniki do tworzenia do izolacji jądrowej.</td></tr><tr><td>Kostkarka do lodu w kształcie płatków śniegu</td><td>Shanghai Zhixin Experimental Instrument Technology Co.</td><td>ZX-60X</td><td>Przyjęcie metody wytwarzania lodu do wytłaczania obrotowego, szybka prędkość wytwarzania lodu i wysoka wydajność produkcji lodu</td></tr><tr><td>Koraliki ze stali nierdzewnej do homogenizatora tkanek</td><td>Beyotime Biotechnology.&nbsp;</td><td>F6623</td><td>Sprzęt do mielenia i mieszania tkanek i innych próbek za pomocą wibracji</td></tr><tr><td>Bufor Tris Acetate-EDTA</td><td>Beyotime Biotech Inc</td><td>ST716</td><td>TAE jest powszechnie stosowanym buforem do elektroforezy DNA, często stosowanym w elektroforezie żelu agarozowego.</td></tr><tr><td>Tris-HCl</td><td>Pekin Solarbio Science& Technologia Co., Sp. z o.o.</td><td>Odczynniki do tworzenia buforu izolacji jądrowej</td> <td>T8230</td>.</tr><tr><td>Czajnik do kąpieli wodnej</td><td>Shanghai Senxin Experimental Instrument Co.</td><td>DK-8D</td><td>Precyzyjny termostat i regulacja temperatury, dokładna i niezawodna kontrola temperatury</td></tr> <tr><td>i beta;-merkaptoetanol</td><td>Shanghai Eon Chemical Technology Co.</td><td>R054186-100ml&nbsp; &nbsp;</td><td>Odczynniki do tworzenia do izolacji jądrowej</td></tr></tbody></table>.

zastosowanie barkodowania dna do identyfikacji roślin leczniczych

Application of DNA Barcoding to Identify Medicinal Plants

Rośliny lecznicze są cennymi zasobami na całym świecie i są używane na całym świecie do utrzymania zdrowia i leczenia chorób; jednak obecność zafałszowań hamuje ich rozwój. Barcoding DNA, technika identyfikacji gatunków za pomocą standardowych regionów DNA, ułatwia szybką i dokładną identyfikację tradycyjnych roślin leczniczych. Proces kodowania kreskowego DNA obejmuje sześć podstawowych kroków: 1) przetwarzanie roślin leczniczych, 2) ekstrakcję wysokiej jakości całkowitego DNA z roślin leczniczych metodą kolumny odśrodkowej, 3) amplifikację wewnętrznego transkrybowanego obszaru DNA 2 (ITS2) za pomocą uniwersalnych starterów roślin i przeprowadzenie sekwencjonowania Sangera, 4) sekwencję łączenia i wyrównywania w celu uzyskania sekwencji docelowej, 5) dopasowanie sekwencji kodu kreskowego do biblioteki kodów kreskowych w celu identyfikacji, 6) wyrównanie sekwencji, porównanie zmienności wewnątrzgatunkowej i międzygatunkowej, skonstruowanie filogenetycznego drzewa łączenia sąsiadów. Jak pokazano w wynikach, uniwersalny podkład może wzmocnić obszar docelowy. Podstawowe narzędzie do wyszukiwania wyrównania lokalnego (BLAST) pokazuje, że zidentyfikowany procent wynosił 100%, a drzewo łączące sąsiadów pokazuje, że sekwencje splicingu były zgrupowane z kladem A. sinensis OR879715.1, a wartość wsparcia kladu wynosi 100. Protokół ten stanowi odniesienie do stosowania technologii kodowania kreskowego DNA jako skutecznej metody identyfikacji roślin leczniczych i domieszek.

Jakość próbki DNA
Zakres stosunków absorbancji OD260/OD280 wynosił 1,80-1,84. Ilość DNA zmierzona spektrofotometrycznie dla każdej próbki przekraczała 100 ng/µL (Tabela 3), co wskazuje na wysoką jakość ekstrakcji DNA z próbek. Świadczy to o braku zanieczyszczeń białkami, RNA lub odczynnikami podczas procesu ekstrakcji oraz o dobrej jakości i przydatności próbek do dalszej amplifikacji PCR.
Analiza PCR
Przeprowadzono elektroforezę żelową produktów PCR trzech równoległych próbek eksperymentalnych. Układ był następujący: marker, próbki 1-3 (AS-1, AS-2, AS-3) oraz kontrola negatywna (0), jak pokazano na Rysunku 3. Wielkości AS-1, AS-2 i AS-3 wynoszą wszystkie około 500 bp, z pojedynczymi, jasnymi i wyraźnymi prążkami, natomiast w próbce 0 nie stwierdzono obecności prążków, co wskazuje na amplifikację wyekstrahowanego DNA do 500 bp przy użyciu starterów ITS2.
Porównanie wyników sekwencjonowania w bazie danych
Wyniki sekwencjonowania zidentyfikowały A. sinensis ze 100% podobieństwem sekwencji poprzez połączenie wyników identyfikacji BLAST z bazy danych NCBI, co jest zgodne z wynikami identyfikacji gatunkowej z bazy danych GPGD (Tabela 4). Wynik BLAST określono na podstawie najwyższej wartości procentowej tożsamości oraz najniższej wartości e-value. Identyfikację gatunkową uznano za pomyślną, gdy najwyższa maksymalna wartość procentowa tożsamości obejmowała jeden gatunek i wynosiła &gt;99%. Jeśli wynik wynosi ≤ 99%, należy sprawdzić jakość pliku sekwencjonowania lub zweryfikować, czy produkt PCR nie jest zanieczyszczony.
Analiza identyfikacji gatunków w oparciu o drzewo filogenetyczne
Wyniki wykazały, że na skonstruowanym drzewie filogenetycznym NJ wszystkie cztery gatunki zostały zgrupowane w osobnych kladach, a P. praeruptorum jako grupa zewnętrzna została oddzielona od kladów Angelica. Sekwencje Splicing zostały zgrupowane z kladem A. sinensis OR879715.1, a wartość wsparcia kladu (bootstrap) wyniosła 100; dwa pozostałe gatunki, A. dahurica oraz A. cartilaginomarginata, zostały zgrupowane w osobnych kladach, co dowiodło, że sekwencje Splicing należą do A. sinensis (Rysunek 4).
<img alt="Schemat procesu sekwencjonowania DNA: ekstrakcja, amplifikacja, dopasowanie do bazy danych, analiza filogenetyczna." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66925/66925fig01.jpg" data-altupdatedat="1788304762000" data-alt="Rysunek 1"> 
Rysunek 1: Schemat identyfikacji gatunków roślin leczniczych. (A) Obróbka rośliny, ekstrakcja DNA i sekwencjonowanie rośliny leczniczej, (B) porównanie sekwencji gatunkowych z wykorzystaniem baz danych oraz (C) zastosowanie drzew filogenetycznych do walidacji taksonomicznej w celu potwierdzenia relacji filogenetycznych między gatunkami. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66925/66925fig01large.jpg" target="_blank">Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.</a>
<img alt="Kroki procesu ekstrakcji DNA, konfiguracja urządzenia do PCR, analiza elektroforetyczna, wykres wyników sekwencjonowania." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66925/66925fig02.jpg" data-altupdatedat="1788304762000" data-alt="Rysunek 2"> 
Rysunek 2: Schemat ekstrakcji DNA z roślin leczniczych. (A) Ekstrakcja DNA z roślin leczniczych obejmuje łącznie 6 etapów. (B) Amplifikacja w urządzeniu do PCR i proces cykli PCR. (C) Elektroforeza. (D) Sekwencjonowanie metodą Sangera i chromatogram sekwencjonowania. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66925/66925fig02large.jpg" target="_blank">Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.</a>
<img alt="Wynik elektroforezy w żelu agarozowym; drabina wielkości prążków DNA; wykres porównawczy masy cząsteczkowej." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66925/66925fig03.jpg" data-altupdatedat="1788304762000" data-alt="Rysunek 3"> 
Rysunek 3: Elektroforeza żelowa Angelica sinensis (Oliv.) Diels. Przy użyciu markera DNA DL5000 jako markera cząsteczkowego, próbkami były AS-1, AS-2 i AS-3, a grupą kontrolną była próba 0. Przeprowadzono elektroforezę żelową, a wyniki wykazały, że w próbkach AS-1, AS-2 i AS-3 pojawiły się prążki o wielkości 500 bp, natomiast w kontroli nie zaobserwowano prążków. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66925/66925fig03large.jpg" target="_blank">Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.</a>
<img alt="Schemat drzewa filogenetycznego; relacje między gatunkami; analiza sekwencji genetycznych; badanie ewolucyjne." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66925/66925fig04.jpg" data-altupdatedat="1788304762000" data-alt="Rycina 4"> 
Rycina 4: Drzewo filogenetyczne zbudowane metodą Neighbor-Joining na podstawie 13 sekwencji. Łącznie 10 sekwencji z czterech gatunków roślin pobrano z bazy danych NCBI, a następnie porównano sekwencje Splicing w celu analizy i porównania zmienności sekwencji wewnątrzgatunkowej i międzygatunkowej oraz w celu konstrukcji drzew filogenetycznych metodą neighbor-joining. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66925/66925fig04large.jpg" target="_blank">Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Nazwa materiału/sprzętu</td>
			<td>dawka</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Poliwinylo-pirolidon</td>
			<td>10 g</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris-HCl</td>
			<td>1 M  50 mL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kwas etylenodiaminotetraoctowy</td>
			<td>0.5 M 20 mL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaCl</td>
			<td>20.45 g</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>β-merkaptoetanol</td>
			<td>10 mL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>sterylizowana woda dejonizowana</td>
			<td>500 mL</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Tabela 1: Odczynniki do przygotowania buforu do izolacji jąder.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Kod kreskowy</td>
			<td>Starter</td>
			<td colspan="2">Sekwencja startera (5'-3')</td>
			<td colspan="3">Sekwencjonowanie amplifikacji PCR</td>
		</tr>
		<tr>
			<td rowspan="5">ITS2</td>
			<td rowspan="3">R:3R</td>
			<td colspan="2" rowspan="3">GACGCTTCTCCAGACTACAAT</td>
			<td>94°C</td>
			<td colspan="2">5 min</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>94°C</td>
			<td>30 s</td>
			<td rowspan="3">40 cykli</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>56°C</td>
			<td>30 s</td>
		</tr>
		<tr>
			<td rowspan="2">F:2F</td>
			<td colspan="2" rowspan="2">ATGCGATACTTGGTGTGAAT</td>
			<td>72°C</td>
			<td>45 s</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>72°C</td>
			<td colspan="2">10 min</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Tabela 2: Primery do kodowania DNA i warunki reakcji PCR.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>próbki</td>
			<td>Ekstrakcja DNA (ng/µL)</td>
			<td>OD260/OD280</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AS-1</td>
			<td>124</td>
			<td>1.84</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AS-2</td>
			<td>184</td>
			<td>1.81</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AS-3</td>
			<td>164</td>
			<td>1.82</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Tabela 3: Jakość wyekstrahowanego DNA z Angelica sinensis (Oliv.) Diels.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Próbki</td>
			<td>Długość sekwencji dopasowanej (bp)</td>
			<td>Długość sekwencji splicingowej (bp)</td>
			<td>GC(%)</td>
			<td>NCBI:procentowa tożsamość BLAST (%)</td>
			<td>GPGD: Procentowa identyfikacja gatunków (%)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AS-1</td>
			<td>500 bp</td>
			<td>229 bp</td>
			<td>55.50%</td>
			<td>100%</td>
			<td>100%</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AS-2</td>
			<td>504 bp</td>
			<td>229 bp</td>
			<td>55.50%</td>
			<td>100%</td>
			<td>100%</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AS-3</td>
			<td>499 bp</td>
			<td>229 pz</td>
			<td>55.50%</td>
			<td>100%</td>
			<td>100%</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Tabela 4: Porównanie wyników sekwencjonowania w bazie danych.

Niniejszy protokół opisuje użycie technologii kodów kreskowych DNA do uwierzytelniania materiałów leczniczych pochodzenia roślinnego, oraz rośliny leczniczej Angelica sinensis (Oliv.) Jako przykład wskazano Diels.

Zastosowanie barkodowania DNA do identyfikacji roślin leczniczych

Medicinal plants are valuable resources globally and are used worldwide to maintain health and treat disease; however, the presence of adulteration ...

Moje badania mają na celu wykorzystanie mocy technologii kodów kreskowych DNA w celu zwiększenia dokładności i skuteczności identyfikacji roślin medycznych, przyczyniając się w ten sposób do perswazji i zrównoważonego wykorzystania ich cennych zasobów naturalnych. Technologia kodów kreskowych DNA znalazła szersze zastosowania, takie jak kontrola jakości poprzez monitorowanie lub ocena ochrony gatunków i różnorodności biologicznej. Mielenie i amplifikacja o wysokiej przepustowości są połączone z transmisją DNA w celu identyfikacji gatunków, co połączyło zastosowanie identyfikacji ziół na podstawie barkodowania DNA i ujawniło błąd kodowania kreskowego DNA w przeszłości.Obecnie brakuje kompleksowych wytycznych dotyczących identyfikacji roślin leczniczych, a nasz proces może dostarczyć szczegółowych odniesień. Podstawowe pytanie badawcze dla naszego laboratorium w przyszłości, w którym ludzie integrują technologię kodów kreskowych DNA z technologiami w naszych dziedzinach w celu poszerzenia zastosowań i innowacji technologicznych. Na początek weź 100 miligramów świeżej tkanki lub 20 miligramów wysuszonej na powietrzu tkanki i umieść ją w dwumililitrowej probówce wirówkowej.Umieść dwa pięciomilimetrowe koraliki ze stali nierdzewnej w probówce wirówkowej i przenieś ją do wysokowydajnego młynka do tkanek, pracującego z częstotliwością 60 Hz przez 60 sekund. W celu ekstrakcji DNA dodać do próbki 800 mikrolitrów wstępnie schłodzonego buforu do izolacji jądrowej i umieścić ją w mieszalniku wirowym na pięć minut. Następnie umieść próbkę w wirówce i wiruj w temperaturze 13 780G przez 10 minut.Po odwirowaniu ostrożnie usunąć supernatant. Następnie dodaj 600 mikrolitrów buforu P1, a następnie pięć mikrolitrów RNazy A do próbki. Po wirowaniu inkubować próbki w łaźni wodnej w temperaturze 65 stopni Celsjusza przez 1,5 godziny, odwracając probówki dwa do trzech razy podczas inkubacji.Następnie dodaj 200 mikrolitrów buforu P2, dokładnie wymieszaj i umieść próbkę na lodzie na 15 minut. Następnie odwirować w temperaturze 13 780G przez 10 minut. Ostrożnie zassać supernatant do kolumny filtracyjnej AF i odwirować go przy 13,780G przez dwie minuty.Przenieś dolny filtrat do nowej 1,5-mililitrowej probówki wirówkowej. Po obliczeniu objętości filtratu dodać do próbki 1,5-krotność objętości buforu P3 i natychmiast wstrząsnąć, aby wymieszać próbkę. Dodać 650 mikrolitrów przygotowanej mieszaniny do kolumny absorpcyjnej i inkubować przez pięć minut.Następnie odwirować w temperaturze 13 780G przez 30 do 60 sekund. Ponownie dodać otrzymany filtrat do kolumny absorpcyjnej. Odwirować i wyrzucić odpadowy płyn.Przemyć kolumnę dwukrotnie 600 mikrolitrami roztworu płuczącego WB. Po odwirowaniu wyrzucić odpadową ciecz, a następnie umieścić kolumnę absorpcyjną w pustej probówce zbiorczej. Po odwirowaniu próbki w temperaturze 13,780G przez dwie minuty, pozostawić ją w temperaturze pokojowej w celu odparowania resztkowego etanolu. Przenieś kolumnę absorpcyjną do czystej 1,5 mililitrowej probówki wirówkowej i dodaj 45 mikrolitrów wysterylizowanej wody dejonizowanej podgrzanej do 65 stopni Celsjusza do środka membrany adsorpcyjnej.Pięć minut później odwiruj probówkę o sile 13 780 g przez dwie minuty w temperaturze pokojowej. Następnie użyj spektrofotometru. Oznaczyć stężenie DNA w przefiltrowanym roztworze.Współczynniki absorbancji OD260 do OD280 wahały się od 1,8 do 1,84, a ilość DNA przekraczała 100 nanogramów na mikrolitr, co potwierdza dobrą jakość wyekstrahowanego DNA Na początek wyekstrahuj DNA z tkanki roślinnej i określ stężenie DNA. Ustaw reakcję po dodaniu wszystkich wymaganych składników do probówki wirówkowej o pojemności 0,2 mililitra. Po amplifikacji startera załadować trzy mikrolitry produktu PCR i dwa mikrolitry markera DNA o liczbie 5 000 par zasad do dołków żelu agarozowego.Ustaw napięcie na 120 woltów, prąd na 400 miliamperów i uruchom elektroforezę na 40 minut. Korzystaj z wszechstronnego systemu analizy obrazu żelu, aby przeglądać i analizować wyniki żelu. Po przepuszczeniu próbki przez jednostkę sekwencjonowania wybierz opcję Utwórz nowy projekt i kliknij przycisk OK, aby przejść do strony głównej oprogramowania.W menu Plik wybierz opcję Importuj i dodaj próbki, wybierz plik formatu śledzenia sekwencji i zaimportuj go jako plik do przetworzenia w niezmontowanych próbkach. Wybierz Następnie przejdź do pozycji Zestaw zaawansowany i wybierz pozycję Złóż w grupach. Gdy pojawi się okno dialogowe z monitem o zdefiniowanie nazw, zmodyfikuj nazwę pliku w sekcji definiowania części o nazwie próbki i kliknij przycisk Złóż, aby wyświetlić sekwencję wyrównania.Wybierz pozycję Przejdź, a następnie wybierz pozycję Sekwencja wyszukiwania i kliknij przycisk OK, aby znaleźć pasującą sekwencję. Wybierz, a następnie wybierz usuń, aby usunąć regiony 5.8S i 28S wraz z sekwencjami o niskiej jakości. Wyeksportuj dane wyjściowe z połączonymi sekwencjami w celu dopasowania.Wybierz wyszukiwanie BLAST przy użyciu bazy danych nukleotydów w NCBI. Wybierz narzędzie do identyfikacji gatunku i specyficzny starter ITS2 odpowiadający globalnej bazie danych genomu Farmakopei, pobierz sekwencje trzech gatunków arcydzięgla i jednego gatunku Peucedanum praeruptorum jako grupę zewnętrzną z NCBI. Przeanalizuj te sekwencje wraz z uzyskanymi sekwencjami wynikowymi.Następnie kliknij Plik. Wybierz opcję Otwórz plik lub sesję, aby zaimportować plik, a pojawi się okno dialogowe. Wybierz linię, a następnie DNA i wybierz linię CLUSTALW w celu porównania sekwencji.Przejdź do filogenezy i kliknij Skonstruuj drzewo łączenia sąsiadów testowych, aby wygenerować drzewo filogenetyczne. Wyniki elektroforezy żelowej wykazały pojedyncze przezroczyste prążki około 500 par zasad dla próbek AS1, AS2 i AS3, bez prążków w kontroli ujemnej, co wskazuje na pomyślną amplifikację wyekstrahowanego DNA. Wyniki sekwencjonowania zidentyfikowały Angelica sinensis ze 100% podobieństwem sekwencji za pomocą BLAST, dopasowując wyniki z bazy danych GPGD.W analizie filogenetycznej sekwencje splicingowe grupowały się z Angelica sinensis OR879715.1, z wartością wsparcia bootstrap wynoszącą 100, co dowodzi identyfikacji jako Angelica sinensis.

application-of-dna-barcoding-to-identify-medicinal-plants

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetyka

Przedstawiamy tani i szybki protokół genotypowania molekularnego, który wykorzystuje specyficzne dla odmiany startery PCR celujące w różnice w sekwencji DNA w obrębie regionu spacerowego trnL-F chloroplastu, aby odróżnić odmiany Imperata cylindrica (trawa cogon), których nie można rozpoznać wyłącznie na podstawie morfologii. Odmiany te obejmują wpisaną na listę federalną roślinę inwazyjną, trawę cogon, oraz blisko spokrewnioną, powszechnie występującą odmianę ozdobną, I. cylindrica var.

Metoda genotypowania oparta na PCR do rozróżniania odmian dzikich i ozdobnych Imperata cylindrica

Fundamentalnym celem biologii komórki jest zdefiniowanie mechanizmów leżących u podstaw tożsamości organelli tworzących komórki eukariotyczne. W niniejszej pracy proponujemy metodę identyfikacji genów odpowiedzialnych za integralność morfologiczną i funkcjonalną organelli roślinnych, wykorzystując mikroskopię fluorescencyjną oraz narzędzia sekwencjonowania następnej generacji.

Przesiew mikroskopii fluorescencyjnej i sekwencjonowanie następnej generacji: użyteczne narzędzia do identyfikacji genów zaangażowanych w integralność organelli

Przedstawiono metodę identyfikacji gatunków materiału botanicznego poprzez bezpośrednią analizę w czasie rzeczywistym - spektrometria mas o wysokiej rozdzielczości i wielowymiarowa analiza statystyczna.

Szybka, wysokoprzepustowa identyfikacja gatunków materiału botanicznego za pomocą bezpośredniej analizy w czasie rzeczywistym Spektrometria mas o wysokiej rozdzielczości

Ten artykuł demonstruje szczegółowy protokół izolacji DNA i budowy biblioteki sekwencjonowania o wysokiej przepustowości z materiału zielnikowego, w tym ratowania wyjątkowo niskiej jakości DNA.

Solidna izolacja DNA i wysokoprzepustowa budowa biblioteki sekwencjonowania dla okazów zielnikowych

Prezentowany tutaj jest protokół do terenowej identyfikacji Matricaria chamomilla za pomocą przenośnego systemu qPCR. Ten łatwy do wykonania protokół jest idealny jako metoda potwierdzania tożsamości gatunku botanicznego w miejscach, w których dostęp do sprzętu laboratoryjnego i wiedzy specjalistycznej jest ograniczony, takich jak gospodarstwa rolne i magazyny.

Identyfikacja terenowa Matricaria chamomilla za pomocą przenośnego systemu qPCR

Produkty naturalne stanowią obiecujące punkty wyjścia dla rozwoju nowych leków i środków terapeutycznych. Jednak ze względu na dużą różnorodność chemiczną znalezienie nowych związków terapeutycznych z roślin jest trudnym i czasochłonnym zadaniem. Opisujemy uproszczone podejście do identyfikacji cząsteczek przeciwdrobnoustrojowych i antybiofilmu z ekstraktów i frakcji roślinnych.

Systematyczne podejście do identyfikacji nowych cząsteczek przeciwdrobnoustrojowych i przeciwbiofilmowych z ekstraktów i frakcji roślinnych w celu zapobiegania próchnicy zębów

Tutaj opisujemy prosty protokół do generowania profili odcisków palców DNA poprzez amplifikację locus VNTR D1S80 z DNA komórki nabłonkowej.

Zastosowanie odcisków palców DNA przy użyciu locus D1S80 w klasach laboratoryjnych

Obecny artykuł ma na celu dostarczenie szczegółowych i adekwatnych protokołów do izolacji grzybów endofitycznych związanych z roślinami, długoterminowego przechowywania izolatów, charakterystyki morfologicznej i całkowitej ekstrakcji DNA w celu późniejszej identyfikacji molekularnej i analiz metagenomicznych.

Izolacja, charakterystyka i całkowita ekstrakcja DNA w celu identyfikacji grzybów endofitycznych w roślinach mykoheterotroficznych

To badanie wykorzystuje dwuwymiarową, wysokowydajną technologię chromatografii cieczowej ze spektrometrią mas (2D-HPLC-MS) w połączeniu z sieciami molekularnymi, aby odkryć skomplikowany skład chemiczny tybetańskiej rośliny leczniczej Aconitum pendulum Busch (APB). W artykule przedstawiono szczegółowy protokół systematycznego badania i identyfikacji złożonych składników chemicznych leków ziołowych.

Technologia 2D-HPLC-MS połączona z siecią molekularną do identyfikacji składników w medycynie tybetańskiej Tojad wahadłowy

Opracowana metoda znakowania 13C6-Glucose w połączeniu z chromatografią cieczową o wysokiej rozdzielczości spektrometrią mas jest wszechstronna i stanowi podstawę do przyszłych badań nad pierwotnymi organami i szlakami zaangażowanymi w syntezę metabolitów wtórnych w roślinach leczniczych, jak również kompleksowe wykorzystanie tych wtórnych metabolitów.

13C6-Znakowanie glukozy związane z LC-MS: Identyfikacja pierwotnych organów roślinnych w syntezie metabolitów wtórnych

Poznaj zastosowanie barkodowania DNA do identyfikacji roślin leczniczych na przykładzie Angelica sinensis. Ta metoda poprawia dokładność i efektywność autentykacji materiałów roślinnych.

Zastosowanie barkodowania DNA do identyfikacji roślin leczniczych

Przeglądaj więcej filmów