Name: Izolacja i identyfikacja szczepów bakteryjnych ze skóry lądowych (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-06-17T13:40:00.000+00:00
Duration: 5 min 19 s
Description: Naucz się izolować i identyfikować szczepy bakteryjne ze skóry salamander lądowych z rodzaju Speleomantes. Protokół zapewnia zachowanie integralności mikrobiomu podczas pobierania, transportu i przechowywania próbek.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Dziękujemy za wsparcie finansowe od Uniwersytetu L'Aquila w ramach projektów "Progetti di Ateneo per la Ricerca di base 2024 UNIVAQ: Ekotoksykologia zagrożonych europejskich salamander jaskiniowych" oraz "Analisi delle divergenze inter- e intraspecifiche del microbiota dei pletodontidi europei - FFORIC24.35" przez Biodiversa+, Europejskie Partnerstwo na rzecz Bioróżnorodności, w ramach Sub-BioMon - Opracowywanie i testowanie podejść do monitorowania podziemnych projekt bioróżnorodność w krasie w ramach wspólnego zaproszenia BiodivMon na lata 2022–2023 oraz Krajowego Planu Odbudowy i Zwiększania Odporności (KRR), Misja 4, Komponent 2, Inwestycja 1.1, Zaproszenie do składania ofert nr 1409 opublikowane 14.9.2022 r. przez włoskie Ministerstwo Szkolnictwa Wyższego i Badań Naukowych (MUR), finansowane przez Unię Europejską - NextGenerationEU- Kod projektu: P2022CYF9L, Tytuł projektu Czy fakultatywne gatunki jaskiniowe są czynnikami powodującymi przedostawanie się metali do środowisk podziemnych? (METALCAVE) - KUBEK E53D23015380001.

Ten protokół przedstawia najlepsze praktyki pozyskiwania i obchodzenia się z próbkami skóry Speleomantes dla mikrobiologicznego podejścia do hodowli szczepów bakterii. Materiał przydatny w kolejnych krokach jest wymieniony w Tabeli materiałów. Protokół jest zgodny z wytycznymi dotyczącymi opieki nad zwierzętami zawartymi w art. 11 DPR 357/97 za zgodą włoskiego Ministerstwa Środowiska (PNM 74554 z 22.04.2024 r.).
1. Przygotowanie mediów
<ol>
	<li>Oblicz i zważ ilość składników w proszku (zapoznaj się z instrukcjami producenta, aby uzyskać informacje na temat ilości proszku używanego do LBA, TSYEA, TSA, NA lub innych mediów).</li>
	<li>Postępuj zgodnie z instrukcjami producenta, aby rozpuścić składniki w wodzie destylowanej. W zależności od podłoża i zakupionego produktu mogą być wymagane etapy gotowania.</li>
	<li>Doprowadź podłoże do końcowej objętości, gdy składniki całkowicie się rozpuszczą i kontroluj pH. Jeśli wartość jest wyższa lub niższa niż oczekiwana, dostosuj ją, korzystając z rozwiązań sugerowanych w instrukcjach producenta. Roztwory HCl i NaOH są powszechnie stosowane odpowiednio do obniżania i zwiększania pH.</li>
	<li>Dodać agar (2% w/v), podgrzewać do 95 °C i gotować przez około 1 minutę, aby rozpuścić agar przed autoklawowaniem.</li>
	<li>Wysterylizuj pożywkę przez autoklawowanie, postępując zgodnie z instrukcjami producenta. Typowe procesy autoklawowania obejmują 121-134 °C przez 15-30 minut obróbki.</li>
	<li>Po autoklawowaniu schłodzić podłoże agarowe do około 45-50°C i wlać je do sterylnych szalek Petriego pod uprzednio wysterylizowanym kapturem z przepływem laminarnym</li>
	<li>Po zestaleniu oznacz płytki zgodnie z rodzajem podłoża i datą przygotowania.</li>
</ol>
2. Pobieranie próbek
<ol>
	<li>Opłucz skórę salamandry (rodzaj Speleomantes) w sterylnej wodzie destylowanej, aby usunąć przejściowe zbiorowiska drobnoustrojów.</li>
	<li>Zbierz wymazy ze skóry za pomocą sterylnych wacików z bawełnianą końcówką w probówce. Delikatnie pocieraj wacikami powierzchnię skóry, aby pobrać próbki drobnoustrojów bez szkody dla osoby.
	<ol>
		<li>Przełóż wacik nasączony sterylną wodą destylowaną z każdej strony całego ciała, w tym wszystkich kończyn, pięć razy (pięć ruchów w przód iw tył), aby pobrać próbki od osób. 
		UWAGA: Suplementacja dodatkami nie jest zalecana, ponieważ może to zaszkodzić osobom.</li>
		<li>Umieść waciki w probówkach zawierających roztwór soli fizjologicznej (0,9% NaCl) uzupełniony glicerolem (20%).</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Wymieszaj próbkę z roztworem, popychając wacik w kierunku ścianek probówki, jednocześnie ściskając probówkę i dokładnie obracając wacik (10 razy zgodnie z ruchem wskazówek zegara i 10 razy przeciwnie do ruchu wskazówek zegara).</li>
	<li>Po wymieszaniu zamknij wacik wewnątrz probówki i przenieś próbki mikrobiologiczne do laboratorium, utrzymując próbkę w temperaturze 4 °C do czasu analizy mikrobiologicznej. 
	UWAGA: Wszystkie czynności są wykonywane przy użyciu nowego sterylnego materiału i rękawic dla każdej osoby, aby uniknąć zanieczyszczenia i narażenia operatora na zanieczyszczenia biologiczne i chemiczne.</li>
</ol>
3. Inokulacja i inkubacja
<ol>
	<li>Próbkę mikrobiologiczną należy dokładnie wymieszać przed przetworzeniem.</li>
	<li>Przygotować seryjne rozcieńczenia próbki skórnej roztworem soli fizjologicznej (0,9% NaCl), w zakresie od 10-1 do 10-6.</li>
	<li>Zaszczepić 100 μl próbki w stanie nieobecnym i seryjnie rozcieńczyć przygotowane płytki agarowe. Za pomocą sterylnej pętli w kształcie litery L rozprowadź próbkę po powierzchni podłoża agarowego, rozprowadzając ją równomiernie bez wywierania nadmiernego nacisku, aby uniknąć uszkodzenia agaru.</li>
	<li>Odwrócić zaszczepione płytki w inkubatorze w temperaturze 20-25 °C przez 3-5 dni. Ten zakres temperatur sprzyja rozwojowi wielu środowiskowych bakterii mezofilnych i psychotropowych, które zasiedlają skórę. 
	UWAGA: Wszystkie kroki są wykonywane przy użyciu sterylnego materiału pod uprzednio wysterylizowanym kapturem laminarnym. Dla każdej jednostki doświadczalnej przygotowuje się pięć niezależnych powtórzeń. Ponieważ gęstość początkowa jest nieznana i nieprzewidywalna, zawsze pomocne jest uwzględnienie szerokiego zakresu rozcieńczeń.</li>
</ol>
4. Oczyszczanie i identyfikacja szczepu
<ol>
	<li>Wybierz kolonie bakterii o odrębnej morfologii do dalszej analizy po inkubacji.
	<ol>
		<li>Po pierwsze, wybierz dobrze odizolowane kolonie, aby uniknąć zanieczyszczenia lub nakładania się oraz unikać zatłoczonych obszarów, w których kolonie mogą się łączyć. Ponadto należy wybierać kolonie o różnym wyglądzie (np. kolorze, rozmiarze, kształcie, krawędzi, powierzchni lub fakturze), aby zapewnić pobieranie próbek potencjalnie różnych gatunków lub szczepów. 
		UWAGA: Ten krok ma kluczowe znaczenie dla wyboru różnych szczepów bakterii nadających się do uprawy w mikrobiocie skóry.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Subkultura wybranych kolonii.
	<ol>
		<li>Przenieść dobrze odizolowaną kolonię oryginalnej płytki agarowej w aseptyki na świeżą płytkę agarową za pomocą pętli zaszczepiającej. Smuguj kolonię, aby ją wyizolować, a następnie odpowiednio ją wysiaduj.</li>
		<li>Powtórz ten krok kilka razy na świeżych płytkach agarowych, aby uzyskać czyste kultury z każdego izolatu bakteryjnego, aż wyizolowane kolonie będą wyglądać podobnie. Powtórz subkulturację przy użyciu pożywek selektywnych i ogólnych. 
		UWAGA: Połączenie aseptycznej obsługi, badania wizualnego i mikroskopowego oraz identyfikacji molekularnej zapewnia szczep wolny od zanieczyszczeń.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Sprawdź czystość kultur drobnoustrojów poprzez obserwacje mikroskopowe (obiektywy od 5x do 100x), powinowactwo do barwienia metodą Grama (utrwalanie kolonii, barwienie i obserwacja) oraz testy biochemiczne (np. katalaza, oksydaza, ureaza i test fermentacji cukru)21,25. 
	UWAGA: Czyste kultury powinny wykazywać jednolitą morfologię kolonii, spójne cechy mikroskopowe i cechy biochemiczne.</li>
	<li>Wykonaj identyfikację molekularną.
	<ol>
		<li>Wyodrębnij DNA z oczyszczonych kolonii bakteryjnych i wykonaj sekwencjonowanie genu 16S rRNA w celu identyfikacji gatunku bakterii. Wykonaj amplifikację PCR genu 16S rRNA przy użyciu uniwersalnych starterów bakteryjnych, a następnie sekwencjonowanie i porównanie ze znanymi sekwencjami w bazach danych, takich jak GenBank26.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Założenie hodowli w biobanku.
	<ol>
		<li>Przetestuj akseniczne (lub czyste) kultury pod kątem sterylności, zaszczepiając je w nieselektywnej pożywce i sprawdzając brak wzrostu zanieczyszczeń. Przechowuj kultury akseniczne do użytku średnio- i długoterminowego. 
		UWAGA: Standardowe metody obejmują smugowanie kolonii na skosach agaru w pożywce selektywnej i przechowywanie w temperaturze pokojowej, zawieszenie kultury w roztworach podstawowych przygotowanych z mieszaniną pożywki selektywnej i glicerolu (20:80 lub 50:50) lub liofilizację kultur bulionowych (liofilizacja) i zamrożenie w temperaturze -80 °C.</li>
	</ol>
	</li>
</ol>

Autorzy nie mają nic do ujawnienia.

Opracowaliśmy protokół najlepszych praktyk w celu uzyskania społeczności bakterii hodowlanych z mikrobioty skóry i zademonstrowaliśmy to na Speleomantes italicus. Jak wykazano w powyższym wniosku, należy podjąć kilka kroków, aby zapewnić skuteczną izolację mikrobiologiczną ze skóry. Pobranie, przy użyciu delikatnej techniki wymazowej i sterylnych materiałów, jest bardzo ważne, aby zebrać wystarczającą ilość materiału mikrobiologicznego i uniknąć zanieczyszczenia. Transport i przechowywanie w temperaturz...

Wszystkie organizmy posiadają różne symbionty mikrobiologiczne na swoich powierzchniach nabłonków, tkankach i organach1. Skóra jest głównym interfejsem między gospodarzem a jego środowiskiem, zapewniając siedlisko dla różnych mikroorganizmów2. Skóra jest największym organem kręgowców i stanowi barierę dla agresji mechanicznej, chemicznej i mikrobiologicznej3. Jednak to szerokie narażenie skóry na warunki środowiskowe prawdopodobnie sprawia, że jest to najbardziej krytyczna granica ekologiczna, która pośredniczy w interakcji organizmu z zewnętrznymi czynnikami biotycznymi i abiotycznymi4.
Mikrobiota skóry była intensywnie badana w ciągu ostatniej dekady, a związek między tą społecznością drobnoustrojów a jej gospodarzem został dogłębnie zbadany5,6,7,8,9,10. Bioróżnorodność mikrobioty skóry jest w dużej mierze determinowana przez typ gospodarza (tj. zbiorowisko specyficzne dla gatunku), ale inne czynniki środowiskowe mogą sprzyjać większej różnorodności międzygatunkowej11. Mikrobiota skóry ma skład charakterystyczny dla innych zwierząt. Wiadomo, że mają wzajemny związek z mikroorganizmami skóry, będąc w stanie biosyntetyzować związki przeciwdrobnoustrojowe lub chronić swojego gospodarza przed pojawiającymi się chorobami zakaźnymi12.
Izolacja bakterii ze skóry jest zwykle osiągana po wykonaniu różnych kroków. Pierwszym krokiem jest uzyskanie reprezentatywnego pobrania próbki poprzez pobranie wymazu i unikanie zanieczyszczenia zewnętrznego. Próbki drobnoustrojów zawiesza się w sterylnym roztworze soli fizjologicznej lub buforze. Uzupełnienie cieczy zawiesinowych środkami ochronnymi (np. glicerolem) może poprawić integralność społeczności bakteryjnej podczas transferu laboratoryjnego13,14. Po przeniesieniu do laboratorium próbki mogą być przetwarzane natychmiast lub po krótkim czasie, aby zachować integralność społeczności drobnoustrojów. Klasyczne podejście mikrobiologiczne polega na przetwarzaniu próbek przez seryjne rozcieńczanie w celu zmniejszenia gęstości mikrobiologicznej i zapewnienia lepszej separacji kolonii na płytkach Petriego. Rozcieńczenia próbki i serii są następnie rozcieńczane na niespecyficznych, nieselektywnych podłożach, takich jak agar Luria-Bertani (LBA)15, soja tryptyczna (TSA)16, Ekstrakt drożdżowy tryptonowy Agar (TYEA)17,18,19, lub Składnik odżywczy (NA)20 które wspomagają rozwój szerokiej gamy bakterii. Stosuje się nieselektywne wzbogacanie podczas pobierania próbek i przetwarzania, ponieważ konieczne jest hodowanie szerokiej gamy drobnoustrojów. Metody smugowe lub płytkowe rozprowadzają zawiesinę mikrobiologiczną równomiernie na powierzchni agaru21. Równomierny rozkład pozwala różnym gatunkom drobnoustrojów obecnym w próbce tworzyć odrębne kolonie. Po inkubacji w temperaturze 20-37 °C przez 2-7 dni kolonie drobnoustrojów są liczone i rozróżniane na podstawie morfologii. Charakterystykę morfologiczną kolonii bakteryjnej przeprowadzono na podstawie pigmentacji, formy, wysokości, marginesu, krycia i powierzchni. Dobrze wyizolowane kolonie w najwyższych rozcieńczeniach są subhodowane na świeże płytki agarowe w celu oczyszczenia kultur drobnoustrojów. Czystość kolonii jest zapewniona w oparciu o jednorodność komórek i powinowactwo do barwienia metodą Grama. Można również przeprowadzić kilka testów biochemicznych lub molekularnych, aby sprawdzić czystość kolonii22. Czyste kultury wyizolowanych szczepów mogą być przechowywane na skosach agarowych w temperaturze 4 °C do krótkotrwałego użytku lub konserwowane długoterminowo w temperaturze -80°C w krioprotektantach (np. stosunek glicerolu do podłoża 20:80 lub 50:50)23.
W tym protokole przedstawiamy najlepsze praktyki izolowania bakterii z mikrobioty skóry salamander jaskiniowych Speleomantes, wyłącznie lądowych, które mogą żyć zarówno w środowisku powierzchniowym, jak i podziemnym24. Biorąc pod uwagę brak powszechnie stosowanych protokołów w literaturze, badanie to miało na celu opracowanie najlepszych praktyk w zakresie pobierania próbek i przechowywania próbek mikrobioty skórnej od tych lądowych. Aby przetestować ten protokół, użyliśmy włoskiej salamandry jaskiniowej (Speleomantes italicus) jako modelu, pobierając próbki od 12 osobników z populacji jaskiniowej znajdującej się w Abruzji (Włochy). Osobniki zbierano ręcznie i wielokrotnie pobierano od nich wymazy (co najmniej 5 razy) po stronie grzbietowej, brzusznej i bokach. Zużyte waciki nasączono sterylną wodą destylowaną. Waciki zanurzono następnie w fizjologicznym 0,9% roztworze soli fizjologicznej z suplementacją glicerolu i bez niej. Po przeniesieniu do laboratorium konserwacja próbki była testowana w różnych warunkach: niekontrolowana temperatura pokojowa, 4 °C i -20 °C przez 10 dni. Zbiorowiska drobnoustrojów zdolnych do hodowli porównano przy użyciu metod opartych na kulturach na pożywkach generycznych i półselektywnych (LBA, TSYEA, TSA, NA).

<table><tbody><tr><td>Agar Lauria-Bertani</td><td>Merk Millipore</td><td>L3027</td><td></td></tr><tr><td>Agar sojowy tryptyczny</td><td>Merk Millipore</td><td>22091</td><td></td></tr><tr><td>Ekstrakt z drożdży tryptonowych sojowych Agar</td><td>Merk Millipore</td><td>17221</td><td></td></tr><tr><td>Agar odżywczy</td><td>Merk Millipore</td><td>70148</td><td></td></tr><tr><td>Roztwór glicerolu</td><td>Merk Millipore</td><td>49781</td><td></td></tr></tbody></table>

izolacja i identyfikacja szczepów bakteryjnych ze skóry lądowych

Isolation and Identification of Bacterial Strains from Skin of Terrestrial Amphibians

Mikrobiota jest istotnym elementem organizmów wyższych, a mikrobiota skórna znacząco przyczynia się do obrony organizmu przed czynnikami zewnętrznymi. Nie ma standardowej metody pobierania próbek od społeczności mikroorganizmów skóry Speleomantes (Amphibia: Plethodontidae) w ramach podejścia opartego na hodowli drobnoustrojów. Aby rozwiązać ten problem, opracowaliśmy praktyczny protokół izolowania bakterii ze skóry poszczególnych osób oraz najlepsze praktyki w zakresie obchodzenia się z próbkami i ich przechowywania. Kroki są proste: waciki są przechowywane w fizjologicznym roztworze soli fizjologicznej uzupełnionym glicerolem po pobraniu próbki. Po przeniesieniu do laboratorium wymazówki można przechowywać w temperaturze +4 °C przez maksymalnie 10 dni, aby zapewnić integralność społeczności drobnoustrojów. Badanie to dostarcza interesujących informacji na temat badań mikrobioty skórnej gatunków lądowych, takich jak te należące do rodzaju Speleomantes. Podejście to przyczynia się do wdrażania, monitorowania i ochrony zagrożonych gatunków i może przyczynić się do poszerzenia wiedzy na temat funkcji mikrobioty w zdrowiu i ekologii. Protokół ten może mieć również szersze znaczenie dla badań nad mikrobiomem w wielu scenariuszach ochrony dzikiej przyrody.

Schemat podejścia eksperymentalnego przedstawiono na Rysunku 1.
<img alt="Wymaz skóry, rozcieńczanie na płytkach z agarem, schemat izolacji szczepów; proces badania mikrobiologicznego." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67862/67862fig01.jpg" data-altupdatedat="1788304762000" data-alt="Rycina 1"> 
Rycina 1: Schemat pobierania, obsługi i przetwarzania próbek skóry płazów.</stron...

To jest metoda pobierania próbek i izolowania bakterii hodowlanych z mikrobioty skórnej europejskich salamander pletodontycznych (rodzaj Speleomantes). W tym miejscu przedstawiamy protokół pobierania próbek skóry salamandry za pomocą wymazów i przetwarzania ich przy użyciu metod hodowlanych. Opisujemy pobieranie próbek, izolację i założenie hodowli aksenicznej z charakterystyką szczepu bakteryjnego.

Izolacja i identyfikacja szczepów bakteryjnych ze skóry lądowych

The microbiota is a vital element of higher organisms, with the cutaneous microbiota significantly contributing to the organism&#39;s defense against ...

Badania te miały na celu opracowanie skutecznego protokołu pobierania mikrobioty skóry od dzikich lądowych oraz zapewnienie integralności mikrobiologicznej podczas przechowywania i obchodzenia się z nimi.Kluczowe wyzwania obejmują zapobieganie zanieczyszczeniu próbek, utrzymanie żywotności mikrobiologicznej podczas przechowywania oraz hodowlę powolnego wzrostu, aby w pełni ocenić różnorodność mikrobioty skóry.Ustalono, że sól fizjologiczna wzbogacona glicerolem zachowuje integralność mikrobioty skóry podczas przechowywania i obchodzenia się z nimi, zapewnia spójną hodowlę bakterii i ulepsza strategie ochrony mikrobiologicznej na potrzeby badań ekologicznych i biotechnologicznych.Protokół ten rozwiązuje problem braku ustandaryzowanych metod pobierania próbek, zachowuje i przetwarza bakterie skórne nadające się do hodowli oraz zapewnia integralność społeczności.[Narrator] Na początek wysterylizuj pożywkę przez autoklawowanie w temperaturze od 121 do 134 stopni Celsjusza przez 15 do 30 minut. Po sterylizacji w autoklawie pozwól pożywce agarowej ostygnąć do około 45 do 50 stopni Celsjusza. Pod uprzednio wysterylizowanym okapem z przepływem laminarnym wlej schłodzone podłoże do sterylnych szalek Petriego. Gdy agar zastygnie, oznacz szalki Petriego rodzajem pożywki i datą przygotowania. Wymieszaj próbkę uzyskaną w terenie z roztworem, dociskając wacik do ścianek probówki, jednocześnie ściskając probówkę i dokładnie obracając wacik, 10 razy zgodnie z ruchem wskazówek zegara i 10 razy przeciwnie do ruchu wskazówek zegara. Dokładnie wymieszać próbkę mikrobiologiczną przed przetwarzaniem. Przygotować seryjne rozcieńczenie próbki skórnej roztworem soli w zakresie od 10 do potęgi -1 do 10 do potęgi -6. Zaszczepić 100 mikrolitrów nierozcieńczonej próbki i seryjnie rozcieńczyć przygotowane płytki agarowe. Za pomocą sterylnej pętli w kształcie litery L rozprowadź próbkę po powierzchni podłoża agarowego, zapewniając równomierne rozprowadzenie bez wywierania nadmiernego nacisku. Odwróć zaszczepione płytki i umieść je w inkubatorze ustawionym na 20 do 25 stopni Celsjusza na trzy do pięciu dni, aby wspomóc wzrost bakterii mezofilnych i psychotropowych na skórze. Po inkubacji wybierz kolonie bakterii o odrębnej morfologii do dalszej analizy. Upewnij się, że kolonie są dobrze odizolowane i wykazują różny wygląd, taki jak różnice w kolorze, rozmiarze, kształcie, krawędzi, powierzchni lub fakturze. Aby przeprowadzić subkulturę wybranych kolonii, przenieś dobrze odizolowaną kolonię z oryginalnej płytki agarowej na świeżą płytkę agarową za pomocą pętli zaszczepiającej w warunkach aseptycznych. Smuguj kolonię, aby ją odizolować. A następnie odpowiednio go inkubuj. Skoordynowana procedura pobierania próbek od osobnika speleomantes italicus przy użyciu sterylnych narzędzi w warunkach polowych jest pokazana tutaj. Pobieranie próbek zostało przeprowadzone przez dwóch operatorów przy użyciu sterylnych rękawiczek i wacików, aby zminimalizować stres u i zapewnić precyzję podczas obsługi. Wymaz został natychmiast przeniesiony do roztworu soli fizjologicznej z 20% glicerolem w celu zachowania integralności mikrobiologicznej podczas transportu do laboratorium. Przedstawiono porównanie gęstości zbiorowisk drobnoustrojów przechowywanych w roztworze soli z dodatkiem glicerolu i bez niego. Obciążenie bakteryjne w magazynie soli fizjologicznej bez glicerolu było istotnie niższe niż w grupie kontrolnej i soli fizjologicznej z glicerolem. Społeczność mikrobiologiczna przechowywana w soli fizjologicznej z glicerolem wykazywała podobne obciążenie bakteryjne jak kontrola, co wskazuje na zachowanie integralności mikrobiologicznej. Najlepsze zachowanie społeczności mikrobiologicznej zaobserwowano w soli fizjologicznej z glicerolem przechowywanym w temperaturze czterech stopni Celsjusza, wykazując najbardziej stabilne obciążenie bakteryjne w czasie. Przechowywanie w samej soli fizjologicznej w temperaturze pokojowej powodowało najwyższy wzrost bakterii, co wskazuje na zanieczyszczenie mikrobiologiczne lub selektywne promowanie niektórych grup bakterii. Zamrożenie w temperaturze minus 20 stopni Celsjusza zmniejszyło obciążenie bakteryjne, co sugeruje, że niskie temperatury negatywnie wpłynęły na przeżycie drobnoustrojów.

isolation-identification-bacterial-strains-from-skin-terrestrial

Research

JoVE Journal

Medicine

Medycyna

Źródło: Ghadigaonkar, D. i Rath, A. Izolacja i identyfikacja bakterii opornych na antybiotyki na bazie wody oraz charakterystyka molekularna ich genów oporności na antybiotyki. J. Vis. Exp. (2023)Ten film pokazuje izolację i przygotowanie bakterii opornych na antybiotyki z próbki wody przy użyciu selektywnych pożywek. DNA jest ekstrahowane z bakterii opornych na antybiotyki i amplifikowane w celu identyfikacji genów oporności bakterii na antybiotyki.

Izolacja bakterii opornych na antybiotyki z próbki wody do analizy molekularnej

Źródło: Bernut, A. i in., Rozszyfrowanie i obrazowanie patogenezy oraz układania korzeni Mycobacterium abscessus w embrionach danio pręgowanego. J. Vis. Exp. (2015).Ten film pokazuje protokół izolowania i ilościowego określania ropnia Mycobacterium z zakażonego zarodka danio pręgowanego. Procedura obejmuje eutanazję zarodków, lizę tkanek oraz homogenizację w celu uwolnienia bakterii, a następnie wirowanie i ponowną zawiesinę w buforze powierzchniowo czynnym. Na koniec zawiesina bakteryjna jest...

Izolacja i hodowla bakterii z zarodków danio dano w celu oceny obciążenia infekcją

Source: Berthold, A., et al. Cultivation Methods of Spirochetes from Borrelia burgdorferi Sensu Lato Complex and Relapsing Fever Borrelia. J. Vis. Exp.(2022)This video demonstrates the cultivation of pathogenic spirochetes from infected skin tissue to model dermal infection. It highlights their localization in the dermis, interaction with the extracellular matrix, and survival during selective culture conditions.

Cultivation of Pathogenic Spirochetes to Investigate Skin Infection

Kokultura amemalu to system hodowli komórkowej wykorzystujący przylegające ameby do selektywnego wzrostu wewnątrzkomórkowych patogenów, które są odporne na komórki fagocytarne, takie jak ameby i makrofagi. Stanowi zatem kluczowe narzędzie do odkrywania nowych czynników zakaźnych. Wzbogacenie amebalu pozwala na odkrycie nowych gatunków ameb i ich specyficznych bakterii wewnątrzkomórkowych.

Odkrycie nowych patogenów wewnątrzkomórkowych za pomocą kokultury amebalnej i metod wzbogacania amebalu

Zakażenie Batrachochytrium dendrobatidis u można wyeliminować za pomocą zmniejszonego stężenia (0,0025%) i krótszego czasu trwania (pięciominutowe kąpiele przez sześć dni) itrakonazolu niż jest to zwykle stosowane. Mniejszą śmiertelność i mniej negatywnych skutków ubocznych zaobserwowano przy użyciu tego zmodyfikowanego protokołu leczenia.

Zmniejszone stężenie itrakonazolu i czas jego trwania są skuteczne w leczeniu zakażenia Batrachochytrium dendrobatidis u

Określamy ilościowo śmierć komórek naskórka u żab z chytridiomykozą, używając dwóch metod. Po pierwsze, używamy końcowego znakowania końca nacięcia dUTP za pośrednictwem transferazy końcowej (TUNEL) in situ, aby określić różnice między klinicznie zakażonymi i niezakażonymi zwierzętami. Po drugie, przeprowadzamy analizę szeregów czasowych apoptozy nad infekcją za pomocą analizy białka kaspazy 3/7.

Wykorzystanie końcowego znakowania końca dUTP Nick za pośrednictwem transferazy końcowej (TUNEL) i testów kaspazy 3/7 do pomiaru śmierci komórek naskórka u żab z chytridiomykozą

Prezentowany tutaj jest protokół izolacji i amplifikacji tlenowych i fakultatywnych beztlenowych mysich bakterii komensalnych spojówek przy użyciu unikalnego wymazu z oka i etapu wzbogacania opartego na hodowli z późniejszą identyfikacją za pomocą metod mikrobiologicznych i spektrometrii mas MALDI-TOF.

Izolacja komensalna spojówek i identyfikacja u myszy

Przedstawiamy proces izolacji, rozmnażania i charakteryzowania bakterii rozkładających węglowodory z siedlisk wodnych. W protokole opisano izolację bakterii, identyfikację metodą 16S rRNA oraz badanie ich potencjału degradacji węglowodorów. Ten artykuł pomoże naukowcom w scharakteryzowaniu różnorodności biologicznej drobnoustrojów w próbkach środowiskowych, a w szczególności w badaniach przesiewowych pod kątem drobnoustrojów o potencjale bioremediacji.

Izolacja, rozmnażanie i identyfikacja gatunków bakterii o właściwościach metabolizowania węglowodorów z siedlisk wodnych

Tutaj prezentujemy szczegółowy protokół izolacji i identyfikacji bakterii opornych na antybiotyki z wody oraz molekularną charakterystykę ich genów oporności na antybiotyki (ARG). Zastosowanie technik opartych na kulturach i nieopartych na kulturach (analiza metagenomiczna) dostarcza pełnych informacji na temat całkowitej różnorodności bakterii i całkowitej puli różnych ARG obecnych w wodach słodkich z Bombaju w Indiach.

Izolacja i identyfikacja wodnych bakterii opornych na antybiotyki oraz charakterystyka molekularna ich genów oporności na antybiotyki

Opisujemy prosty test immunoenzymatyczny służący do pomiaru produkcji cytokin prozapalnych, takich jak IL-1 beta, u pacjentów prezentujących fenotypy autozapalne. Poprzez aktywację komórek w hodowlach krwi pełnej za pomocą wzorców molekularnych związanych z patogenami, a konkretnie lipopolisacharydu, wydzielanie cytokin można w wygodny sposób ocenić w nadsączach krwi pełnej.

Dokładny i prosty pomiar cytokiny prozapalnej IL-1&beta; z wykorzystaniem testu stymulacji krwi pełnej

Naucz się izolować i identyfikować szczepy bakteryjne ze skóry salamander lądowych z rodzaju Speleomantes. Protokół zapewnia zachowanie integralności mikrobiomu podczas pobierania, transportu i przechowywania próbek.

Izolacja i identyfikacja szczepów bakteryjnych ze skóry lądowych

Przeglądaj więcej filmów