Name: Montaż bioreaktora do ciągłej hodowli złożonych zbiorowisk kałowych (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-25T14:30:00.000+00:00
Duration: 9 min 37 s
Description: Poznaj montaż minibioreaktora do ciągłej hodowli złożonych zbiorowisk kałowych w warunkach beztlenowych. Ta metoda umożliwia kontrolowane badanie procesów mikrobiomowych oraz szybkie prowadzenie równoległych eksperymentów.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Autorzy są wdzięczni Josee Gauthier za pomoc w sekwencjonowaniu genu 16S rRNA. Badania te były częściowo wspierane przez UF Health Cancer Center Funds (C.J.) i UF Department of Medicine Gatorade Fund (C.J.). R.Z.G. został wsparty ze środków UF Health Cancer Center. R.C.N. był wspierany przez National Institutes of Health TL1 Training Grant na Uniwersytecie Florydy (TL1TR001428, UL1TR001427), National Cancer Institute of the National Institutes of Health Team-Based Interdisciplinary Cancer Research Training Program T32CA257923 oraz UF Health Cancer Center. Badania przedstawione w tej publikacji były wspierane przez UF Health Cancer Center, wspierane częściowo przez środki stanowe przewidziane w Fla. Stat. § 381.915 oraz National Cancer Institute of the National Institutes of Health w ramach nagrody numer P30CA247796. Wyłączną odpowiedzialność za treść ponoszą autorzy i niekoniecznie reprezentują one oficjalne poglądy National Institutes of Health lub stanu Floryda. Fundatorzy nie odgrywali żadnej roli w projektowaniu, gromadzeniu i analizie badań; decyzja o publikacji; lub przygotowanie manuskryptu.

<ol><li>Sender, R., Fuchs, S., Milo, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Revised+estimates+for+the+number+of+human+and+bacteria+cells+in+the+body%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biol%22%5BJournal%5D)">Revised estimates for the number of human and bacteria cells in the body.</a> PLoS Biol. 14 (8), e1002533(2016).</li>
<li>Postler, T. S., Ghosh, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Understanding+the+holobiont%3A+how+microbial+metabolites+affect+human+health+and+shape+the+immune+system%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Metab%22%5BJournal%5D)">Understanding the holobiont: how microbial metabolites affect human health and shape the immune system.</a> Cell Metab. 26 (1), 110-130 (2017).</li>
<li>Rooks, M. G., Garrett, W. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gut+microbiota%2C+metabolites+and+host+immunity%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Immunol%22%5BJournal%5D)">Gut microbiota, metabolites and host immunity.</a> Nat Rev Immunol. 16 (6), 341-352 (2016).</li>
<li>Auchtung, J. M., Robinson, C. D., Farrell, K., Britton, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MiniBioReactor+Arrays+%28MBRAs%29+as+a+tool+for+studying+C.+difficile+physiology+in+the+presence+of+a+complex+community%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">MiniBioReactor Arrays (MBRAs) as a tool for studying C. difficile physiology in the presence of a complex community.</a> Methods Mol Biol. 1476, 235-258 (2016).</li>
<li>Han, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+metabolomics+pipeline+for+the+mechanistic+interrogation+of+the+gut+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A metabolomics pipeline for the mechanistic interrogation of the gut microbiome.</a> Nature. 595 (7867), 415-420 (2021).</li>
<li>Bilinski, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fresh+versus+frozen+stool+for+fecal+microbiota+transplantation-assessment+by+multimethod+approach+combining+culturing%2C+flow+cytometry%2C+and+next-generation+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Fresh versus frozen stool for fecal microbiota transplantation-assessment by multimethod approach combining culturing, flow cytometry, and next-generation sequencing.</a> Front Microbiol. 13, 872735(2022).</li>
<li>Li, X. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+stool+sample+preservation+methods+on+gut+microbiota+biodiversity%3A+New+original+data+and+systematic+review+with+meta-analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Spectr%22%5BJournal%5D)">Effects of stool sample preservation methods on gut microbiota biodiversity: New original data and systematic review with meta-analysis.</a> Microbiol Spectr. 11 (3), e0429722(2023).</li>
<li>Fouhy, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+effects+of+freezing+on+faecal+microbiota+as+determined+using+MiSeq+sequencing+and+culture-based+investigations%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">The effects of freezing on faecal microbiota as determined using MiSeq sequencing and culture-based investigations.</a> PLoS One. 10 (3), e0119355(2015).</li>
<li>Sun, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbiota-derived+metabolic+factors+reduce+Campylobacteriosis+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Gastroenterology%22%5BJournal%5D)">Microbiota-derived metabolic factors reduce Campylobacteriosis in mice.</a> Gastroenterology. 154 (6), 1751-1763.e2 (2018).</li>
<li>He, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Campylobacter+jejuni+promotes+colorectal+tumorigenesis+through+the+action+of+cytolethal+distending+toxin%5BTitle%5D)+AND+%22Gut%22%5BJournal%5D)">Campylobacter jejuni promotes colorectal tumorigenesis through the action of cytolethal distending toxin.</a> Gut. 68 (2), 289-300 (2019).</li>
<li>Newsome, R. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interaction+of+bacterial+genera+associated+with+therapeutic+response+to+immune+checkpoint+PD-1+blockade+in+a+United+States+cohort%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Med%22%5BJournal%5D)">Interaction of bacterial genera associated with therapeutic response to immune checkpoint PD-1 blockade in a United States cohort.</a> Genome Med. 14 (1), 35(2022).</li>
<li>Ziv, N., Brandt, N. J., Gresham, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+chemostats+in+microbial+systems+biology%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">The use of chemostats in microbial systems biology.</a> J Vis Exp. (80), e50168(2013).</li>
<li>Wille, J., Coenye, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biofilm+dispersion%3A+The+key+to+biofilm+eradication+or+opening+Pandora%27s+box%5BTitle%5D)+AND+%22Biofilm%22%5BJournal%5D)">Biofilm dispersion: The key to biofilm eradication or opening Pandora's box.</a> Biofilm. 2, 100027(2020).</li>
<li>Biagini, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Designs+and+methodologies+to+recreate+in+vitro+human+gut+microbiota+models%5BTitle%5D)+AND+%22Bio-des+Manuf%22%5BJournal%5D)">Designs and methodologies to recreate in vitro human gut microbiota models.</a> Bio-des Manuf. 6 (3), 298-318 (2023).</li>
<li>Qi, Y., Yu, L., Tian, F., Zhao, J., Zhai, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+models+to+study+human+gut-microbiota+interactions%3A+Applications%2C+advances%2C+and+limitations%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Res%22%5BJournal%5D)">In vitro models to study human gut-microbiota interactions: Applications, advances, and limitations.</a> Microbiol Res. 270, 127336(2023).</li>
<li>Gościniak, A., Eder, P., Walkowiak, J., Cielecka-Piontek, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Artificial+gastrointestinal+models+for+nutraceuticals+research-achievements+and+challenges%3A+A+practical+review%5BTitle%5D)+AND+%22Nutrients%22%5BJournal%5D)">Artificial gastrointestinal models for nutraceuticals research-achievements and challenges: A practical review.</a> Nutrients. 14 (13), 2560(2022).</li>
<li>Marrero, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gut-on-a-chip%3A+Mimicking+and+monitoring+the+human+intestine%5BTitle%5D)+AND+%22Biosens+Bioelectron%22%5BJournal%5D)">Gut-on-a-chip: Mimicking and monitoring the human intestine.</a> Biosens Bioelectron. 181, 113156(2021).</li>
</ol>

Autorzy nie pozostają w konflikcie interesów.

Opisany w tym protokole system mini-bioreaktorów umożliwia hodowlę niezależnych zbiorowisk kałowych do równoległych eksperymentów. Ta zdolność do badania społeczności drobnoustrojów w izolacji czynników gospodarza jest niezbędnym podejściem do zrozumienia wewnętrznej zdolności mikroorganizmów do przystosowania się do środowiska. Protokół ten można łatwo dostosować do hodowli określonych konsorcjów bakteryjnych, a w razie potrzeby nawet pojedynczych kultur izolowanych. Opisywana tutaj pożywka MEGA jest bogatym, beztlenowy...

Mikrobiota jelitowa to rozległa sieć mikroorganizmów, w tym bakterii, grzybów, archeonów i wirusów, które posiadają ogromny repertuar genetyczny i metaboliczny, znacznie przewyższający repertuar gospodarza ludzkiego1. Bogata zdolność metaboliczna mikrobiomu obejmuje metabolity powstające w wyniku bakteryjnego przetwarzania składników odżywczych z diety, metabolity gospodarza chemicznie zmodyfikowane przez bakterie oraz metabolity syntetyzowane wyłącznie przez mikrobiotę2. Mikrobiota jest zaangażowana w niemal wszystkie bioprocesy gospodarza, ale także w stany chorobowe, takie jak nieswoiste zapalenia jelit, nowotwory, zaburzenia metaboliczne, a nawet schorzenia neurologiczne2,3. Rozdzielenie wkładu mikrobioty od wkładu gospodarza jest niezbędne do zrozumienia roli konkretnych mikroorganizmów lub złożonych społeczności w zdrowiu i chorobie. Jednym z podejść umożliwiających taką analizę jest zastosowanie bioreaktorów mikrobiologicznych, które pozwalają na hodowlę różnorodnych społeczności mikrobiologicznych w warunkach dynamicznych. Na rynku dostępnych jest wiele bioreaktorów komercyjnych umożliwiających wzrost bakteryjnych społeczności fekalnych dla niemal każdego celu, w tym dla wielkoskalowej produkcji bioproduktów lub precyzyjnej kontroli konkretnych czynników odżywczych w celu badania procesów metabolicznych. Systemy te są jednak niezwykle kosztowne, wymagają szerokich przygotowań i nie pozwalają na równoległe badanie zróżnicowanych warunków eksperymentalnych. W ramach uproszczonego podejścia, które jest mniej kosztowne, bardziej adaptowalne i pozwala na prowadzenie wielu równoległych warunków, przedstawiamy tutaj protokół konfiguracji i użytkowania macierzy mini-bioreaktorów w przepływie ciągłym, zaadaptowany z pracy Auchtung i wsp.4.
Kompletna konfiguracja systemu mini-bioreaktora została przedstawiona na Ryc. 1A. System ten wykorzystuje macierze 6 studni reaktora, które są od siebie całkowicie niezależne i są ustawione w komorze beztlenowej pod przepływem perystaltycznym, co umożliwia ciągłe dostarczanie i usuwanie pożywki (Ryc. 1A). Każda macierz reaktora spoczywa na magnetycznym mieszadle 60-pozycyjnym, a dwie perystaltyczne pompy 48-kasetowe utrzymują dwudrożne dreny dla dopływu pożywki źródłowej i odpływu odpadów (Ryc. 1A). Komora beztlenowa jest wyposażona w monitor beztlenowy CAM-12 do pomiaru zawartości tlenu, skrzynkę katalityczną z funkcją grzania do usuwania tlenu oraz kolumnę do usuwania siarkowodoru w celu absorpcji nadmiaru gazu powstającego w wyniku metabolizmu bakteryjnego. Każda studnia reaktora jest wyposażona w wlot pożywki źródłowej, wylot odpadów oraz port do pobierania próbek, który umożliwia inokulację lub pobieranie próbek z każdej pojedynczej studni reaktora (Ryc. 1B).
Jak opisano, system bioreaktora umożliwia dynamiczną kontrolę temperatury, zużycia pożywki oraz dostępności składników odżywczych w celu wspierania hodowli i utrzymania społeczności fekalnych. Temperatura jest regulowana przez moduł katalityczny z funkcją grzania, co pozwala na szybkie wprowadzanie zmian temperatury w całej komorze beztlenowej. Zużycie pożywki jest regulowane przez szybkość przepływu pompy perystaltycznej, którą można modyfikować w celu zmiany wymiany pożywki w reaktorach. Wymianę pożywki można dostosować do typów społeczności hodowanych w reaktorach, na przykład adaptując ją dla wolno rosnących lub bardzo szybko rosnących szczepów docelowych. Wreszcie, dostępność składników odżywczych można dynamicznie modyfikować, dodając komponenty przez poszczególne porty pobierania próbek dla każdego otworu reaktora. Warunki statyczne, które mogą być modyfikowane na początku eksperymentu, ale nie podlegają dynamicznej kontroli w systemie, to rodzaj pożywki, zawartość tlenu oraz liczba jednoczesnych reaktorów. Badacze mogą wybrać dowolną pożywkę wyjściową; choć tutaj opisano jedną z nich, pomyślnie zastosowano nieskończenie wiele innych rodzajów pożywek wyjściowych. Reaktory można eksploatować w warunkach aerobowych lub mikroaerofilnych (w zależności od dostępności komory mikroaerofilnej). Wreszcie, w zależności od potrzeb eksperymentalnych badacza, można skonfigurować dowolną liczbę reaktorów. Choć reaktory występują w zestawach po sześć w obrębie macierzy, każdy reaktor działa niezależnie od pozostałych i każdy może być połączony z innym źródłem, jeśli jest to pożądane.
Ten modułowy system bioreaktora można całkowicie skonfigurować za około 25 000 USD (nie licząc komory beztlenowej ani komponentów specyficznych dla komory), przy czym jedyną częścią jednorazową są rurki, które można wymienić za mniej niż 100 USD na jeden cykl pracy systemu. System jest w przeważającej mierze zautomatyzowany, ale wymaga codziennego sprawdzania poziomu pożywki, ponieważ butle z pożywką źródłową muszą być wymieniane po opróżnieniu. Ponadto wszelkie pobieranie próbek musi być wykonywane ręcznie, a wszelkie dynamiczne zmiany warunków w systemie muszą być inicjowane ręcznie (na przykład zmiana temperatury). W stosunku do oryginalnego protokołu systemu opublikowanego przez Auchtung i wsp., wprowadzono kilka modyfikacji w celu poprawy ogólnej wydajności i użyteczności4. Po pierwsze, materiał do druku 3D matrycy bioreaktora został zmieniony na przezroczysty plastik typu ABS (ABS-like Translucent Clear Plastic), aby poprawić integralność strukturalną systemu podczas wielokrotnych cykli autoklawowania. Ponadto, zamiast rurek PTFE o średnicy zewnętrznej 1/8 cala (3,2 mm), zastosowano rurki E-LFL o średnicy wewnętrznej 2,06 mm i długości 100 ft ze względu na wytrzymalszy materiał, który jest bardziej odporny na zapadanie się, co mogłoby spowodować zatory w przepływie w systemie. Na koniec, aby zredukować ryzyko wysuwania się rurek z butli z pożywką źródłową, zastosowano dodatkowe złączki z adapterami męskimi z gwintem 1/4 -28 mm na karbowany koniec. Zgodnie z pracą Han i wsp., zaadaptowana receptura pożywki MEGA zapewnia nieokreśloną, złożoną i wysokobiałkową pożywkę, która umożliwia hodowlę wymagających mikroorganizmów beztlenowych5. Pożywka została zmodyfikowana w celu zastosowania alternatywnego przygotowania komponentu histydyna-hematyna, ponieważ oryginalny nie jest już dostępny w sprzedaży. Do doprowadzenia pH pożywki do wartości 7,0 lub dowolnego innego pożądanego pH stosuje się wodorotlenek sodu. Ogólnie rzecz biorąc, system ten jest ekonomiczny, przyjazny dla użytkownika, zoptymalizowany i stanowi doskonały punkt wyjścia do systemów hodowli w przepływie ciągłym.
W niniejszym protokole szczegółowo opisujemy konfigurację tego systemu macierzy mini-bioreaktorów, w tym materiały, sterylizację układu oraz jego późniejsze zastosowanie do hodowli próbek kału myszy z humanizowanym jelitem. Ogólnym celem tej metody jest zbudowanie adaptowalnego i kosztowo efektywnego systemu bioreaktorów, który może być wykorzystywany do hodowli społeczności drobnoustrojów w kontrolowanych warunkach. Szczegółowy schemat przebiegu montażu systemu mini-bioreaktorów przedstawiono na Rysunku 2 i odwołano się do niego w odpowiednich krokach protokołu. W naszym przykładzie szczepimy dwa reaktory tą samą próbką kału od myszy z humanizowanym jelitem i opisujemy strukturę społeczności mikrobiologicznej w warunkach ciągłego przepływu pożywki MEGA.
<img alt="Układ bioreaktora beztlenowego z monitorem CAM-12 i mieszadłem magnetycznym; usuwanie siarkowodoru." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/68035/68035fig1v2.jpg" data-altupdatedat="1788304762000" data-alt="Rysunek 1"> 
Rysunek 1: Schematyczny rysunek układu macierzy mini-bioreaktorów w komorze beztlenowej. (A) Pełny widok ukończonego układu macierzy mini-bioreaktorów w komorze beztlenowej. Macierz bioreaktorów 6-dołkowych znajduje się na 60-pozycyjnym mieszadle magnetycznym. Sieć złączy Luer-tee doprowadzająca medium jest podłączona do źródła po lewej stronie poprzez dwudziurkowy korek butelki. Dwie pompy perystaltyczne utrzymują rurki z dwoma zaciskami z sieci doprowadzającej i odpływowej odpowiednio po lewej i prawej stronie. Sieć złączy Luer-tee odpływowa odprowadza medium do butelki z odpadami po prawej stronie. Niezbędny sprzęt do obsługi komory beztlenowej, w tym monitor CAM-12, skrzynka z katalizatorem z funkcją grzania oraz kolumna do usuwania siarkowodoru, są rozmieszczone wewnątrz komory wokół systemu macierzy. (B) Widok z góry portów doprowadzających, pobierających i odpływowych podłączonych do jednego dołka reaktora z medium na odpowiedniej wysokości w reaktorze. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/68035/68035fig1v2large.jpg" target="_blank">Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tego rysunku.</a>
<img alt="Schemat montażu układu mikroprzepływowego z złączkami Luer i przewodami; konfiguracja do dystrybucji próbek płynów." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/68035/68035fig2v2.jpg" data-altupdatedat="1788304762000" data-alt="Rycina 2"> 
Rycina 2: Schematyczny przebieg procesu montażu matrycy minibioreaktorów. (A) Widok z góry matrycy minibioreaktorów, pokazujący orientację portów zasilających (source), odpływowych (waste) i wlotowych dla próbek (sample). (B) Widok z boku matrycy minibioreaktorów ilustrujący kroki 2.3-2.4 protokołu. Przewody PTFE 1/8 cala oraz złączka (1) są przymocowane i włożone do portów odpływowych i wlotowych dla próbek. Złączka (1) bez PTFE jest włożona do portu zasilającego. (C) Widok z boku matrycy minibioreaktorów ilustrujący kroki 2.5-2.6 protokołu. Złączka (2) jest przymocowana do portów zasilającego i odpływowego. Złączka (3) jest przymocowana do portu wlotowego dla próbek, a do niej od góry włożono złączkę (4). (D) Widok z boku matrycy minibioreaktorów ilustrujący kroki 2.9-2.11. Przewody E-LFL 2.06 mm są podłączone do portów zasilającego i odpływowego, a ich drugi koniec jest połączony z złączkami (5), a następnie (6). Następnie do złączki (6) podłączono przewód stopowy o odpowiedniej średnicy. Odwrotne połączenie jest powtarzane na końcu przewodu stopowego, gdzie złączka (6) łączy się z przewodem stopowym, a do niej przymocowana jest złączka (5). Na koniec przewód E-LFL 2.06 mm zostanie podłączony do złączki (5) w celu połączenia z siecią trójników Luer. (E) Widok z góry matrycy minibiorektorów prezentujący konfigurację sieci trójników Luer dla zasilania i odpływu opisaną w krokach 2.12-2.15. Przewody E-LFL 2.06 mm zakończone złączką (5) służą do połączenia każdego reaktora z kilkoma złączkami (7), z których ostatni otwór jest połączony z zakrętką butelki zasilającej lub odpływowej. (F) Widok z boku zestawu zakrętki butelki z dwoma otworami opisanego w krokach 2.16-2.17. Jeden otwór w zakrętce jest połączony z przewodem PTFE umieszczonym wewnątrz butelki. Do tego otworu włożono złączkę (1), następnie złączkę (2) oraz przewód E-LFL 2.06 mm połączony z złączką (5). Złączka ta jest przymocowana do sieci Luer zasilającej lub odpływowej. Do otworu niepołączonego z przewodem PTFE włożono złączkę (1), następnie złączkę (2), a przewód E-LFL 2.06 mm został połączony z inną złączką (5). Koniec ten jest zaklejony folią podczas sterylizacji w autoklawie w celu późniejszego przyłączenia sterylnego filtra strzykawkowego 0.22 µM. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/68035/68035fig2v2large.jpg" target="_blank">Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną wersję tej ryciny.</a>

<table><tbody><tr><td>1 ml BD Slip Tip Strzykawka, sterylna, jednorazowego użytku</td><td>Fisher Scientific 309659</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Gwint 1/4-28 mm do męskiego adaptera kolczastego (3,2 mm), 5 sztuk</td><td>Cole-Parmer</td><td>008NB32-KD5L</td><td>Aby zbudować 1 6-dołkową matrycę, potrzebujesz 2 opakowań</td></tr><tr><td>10M NaOH (wodorotlenek sodu)</td><td>Sigma</td><td>72068-100ML</td><td></td></tr><tr><td>2.0ml Rurka z nakrętką, NonKnrug, Skirted, Natural, E-Beam Sterylna probówka z dołączoną nasadką</td><td>Fisher Scientific</td><td>14-755-228</td><td></td></tr><tr><td>2mag MIXdrive 60 Napęd mieszający</td><td>2mag</td><td>40060</td><td>60-pozycyjna magnetyczna płyta mieszająca (opcjonalnie dodatek o wydajność grzewczą - kat# 40260)</td></tr> <tr><td>6-dołkowy układ reaktora, podobny do ABS Półprzezroczysty przezroczysty plastik</td><td>Protolabs Niestandardowe</td><td></td><td>Zobacz dodatkowe pliki dla pliku .stl do druku</td></tr><tr><td>3D Absolutny etanol (200 dowodów)</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP2818</td><td></td></tr><tr><td>Kwas octowy, lodowaty</td><td>Sigma</td><td>A6283</td><td></td></tr><tr><td>Adapter, nylon, męski luer do gwintu 1/4-28, 25/op.</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-45505-82</td><td>Aby zbudować 1 6-dołkową matrycę, potrzeba 6 (1 opakowanie)</td></tr><tr><td>Folia aluminiowa</td><td>Fisher Scientific</td><td>01-213-100</td><td></td></tr><tr><td>Komora beztlenowa</td><td>Coy Lab Products</td><td>Typ B</td><td></td></tr><tr><td>Bel-Art&nbsp; SP Scienceware Pchły Micro Spinbar Mieszadła magnetyczne (1/pk)</td><td>Fisher Scientific</td><td>22-261679</td><td>Aby zbudować 1 6-dołkową matrycę, potrzebujesz 6&nbsp;</td></tr><tr><td>Komora bezpieczeństwa biologicznego klasa 2</td><td>Kwas masłowy Nuaire</td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td>Sigma</td><td>B103500&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>CaCl2 &middot; 2H2O (dwuwodny chlorek wapnia)</td><td>Sigma</td><td>C7902</td><td></td></tr><tr><td>Chusteczki bakteriobójcze Clorox Healthcare z wybielaczem, bezzapachowe, 6 "x 5", opakowanie 150 chusteczek</td><td>Office Depot</td><td>129202</td><td></td></tr><tr><td>D-(-)-Fruktoza</td><td>Sigma</td><td>F0127-100G</td><td></td></tr><tr><td>D-(+)-Cellobiose</td><td>Sigma</td><td>C7252-100G</td><td></td></tr><tr><td>D-(+)-Glukoza</td><td>Sigma</td><td>G8270-100G</td><td></td></tr><tr><td>D-(+)-monohydrat maltozy</td><td>Sigma</td><td>M5885-100G</td><td></td></tr><tr><td>Drill America Plug Ręczny kran DWTP1/4-28</td><td>Home Depot</td><td>305699489</td><td></td></tr><tr><td>Sól fizjologiczna buforowana fosforanem Dulbecco, 1X bez Ca i Mg, sterylna</td><td>Genesee</td><td>25-508</td><td></td></tr><tr><td>Żeńska luer & times; 1/16&Prime; adapter zadzioru węża, nylon, 25 / opakowanie</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-45502-00</td><td>Aby zbudować 1 6-dołkową matrycę, potrzebujesz 24 (1 opakowanie)</td></tr><tr><td>Żeński luer & razy; 1/8 i Prime; adapter zadzioru węża, Nylon 25 / opakowanie</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-45502-04</td><td>Aby zbudować 1 6-dołkową matrycę, potrzebujesz 6 (1 opakowanie)</td></tr> <tr><td>Żeński luer i razy; 3/32 i Prime; adapter zadzioru węża, Nylon, 25 / opakowanie</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-45502-02</td><td>Aby zbudować 1 6-dołkową matrycę, potrzebujesz 6 (1 opakowanie)</td></tr><tr><td>Żeński trójnik luer, nylon, 25 / opakowanie</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-45502-56</td><td>Aby zbudować 1 6-dołkową matrycę, potrzebujesz 10 (1 opakowanie)</td></tr><tr><td>FeSO4 i middot; 7H2O (siarczan żelaza [II] siedmiowodny)</td><td>Sigma</td><td>F8633</td><td></td></tr><tr><td>Hematyna</td><td>Sigma</td><td>H3281</td><td></td></tr><tr><td>Histydyna</td><td>Sigma</td><td>H7750</td><td></td></tr><tr><td>Kwas izowalerianowy</td><td>Sigma 129542</td><td></td><td></td></tr><tr><td>K2HPO4 dwuzasadowy (wodorofosforan dipotasu)</td><td>Sigma</td><td>P2222-1KG</td><td></td></tr><tr><td>KH2PO4 monozasadowy (diwodorofosforan potasu)</td><td>Sigma</td><td>P0662-500G</td><td></td></tr><tr><td>Końcówki do pipet z dużą kryzą</td><td>Fisher Scientific</td><td>02-707-134</td><td></td></tr><tr><td>Chlorowodorek L-cysteiny</td><td>Sigma</td><td>C1276-10G</td><td></td></tr><tr><td>Męski luer z pierścieniem blokującym i czasami; 1/8 i Prime; adapter zadzioru węża, Nylon, 25 sztuk w opakowaniu</td><td>Cole-Parmer</td><td>EW-45505-04</td><td>Aby zbudować 1 6-dołkową matrycę, potrzebujesz 42 (2 opakowania)</td></tr><tr><td>Ekstrakt mięsny</td><td>Sigma</td><td>70164-500G</td><td></td></tr><tr><td>Med Vet International&nbsp; Igła Exel, 20G x 1", Podskórna, 100/pudełko, 26417</td><td>Fisher Scientific</td><td>50-209-2532</td><td></td></tr><tr><td>Menadione (Witamina K3)</td><td>Sigma</td><td>M5625</td><td></td></tr><tr><td>MgSO4&nbsp; &środkowa kropka; 7H2O (siedmiowodny siarczan magnezu)</td><td>Sigma</td><td>M1880-500G&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Milli-Q woda</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>NaCl (chlorek sodu)</td><td>Sigma</td><td>S9888-500G&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>NaHCO3 (wodorowęglan sodu)</td><td>Sigma</td><td>S5761-500G</td><td></td></tr><tr><td>Omnifi t Q-series dwuotworowa nakrętka na butelkę</td><td>Cole-Parmer</td><td>00945Q-2</td><td>Aby zbudować 1 6-dołkową matrycę, potrzebujesz 1</td></tr><tr>24-kanałowej pompy perystaltycznej<td>PMP IPC-N L 24CHNL 8RLR 115V</td><td>MasterFlex</td><td>ISM939C-115V</td><td>, wymagaj 1 dla źródła i 1 dla odpadów</td></tr><tr><td>Precision Seal i gumowa septa, biała, rurka szklana o średnicy zewnętrznej 7 mm (100/op)</td><td>Millipore Sigma</td><td>Z553905-100EA</td><td>Aby zbudować 1 6-dołkową matrycę, potrzebujesz 6 sept</td></tr><tr><td>kwasu propionowego</td><td>Sigma</td><td>P5561&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Przewód pompy, 2-stopniowy, Tygon S3 E-Lab, średnica wewnętrzna 1.02 mm; 12/PK</td><td>VWR</td><td>MFLX96460-28</td><td>Aby zbudować 1 6-odwiertową matrycę, potrzeba 6&nbsp; (1 opakowanie)</td></tr><tr><td>Rurka do pompy, 2-stopowa, Tygon S3 E-Lab, 1.14 mm ID; 12/PK</td><td>VWR</td><td>MFLX96460-30</td><td>Aby zbudować 1 6-dołkową matrycę, potrzebujesz 6 (1 opakowanie)</td></tr><tr><td>Puritan Cary-Blair Medium, 5 ml</td><td>Fisher Scientific</td><td>22-029-646</td><td></td></tr><tr><td>Okrągłe butelki do przechowywania mediów PYREX 2L, z nakrętką GL45</td><td>Fisher Scientific</td><td>06-414-1E</td><td></td></tr><tr><td>Żyletki</td><td>Genesee</td><td>12-640</td><td></td></tr><tr><td>Rezazuryna, sól sodowa</td><td>ACROS Organics firmy ThermoFisher</td><td>AC41890-0010</td><td></td></tr><tr><td>Skrobia rozpuszczalna</td><td>Sigma</td><td>S9765-100G</td><td></td></tr><tr><td>Mikroszpatułki ze stali nierdzewnej, ostrze przypominające łyżkę</td><td>Fisher Scientific</td><td>S50823</td><td></td></tr><tr><td>TBNG TYGON ELFL 2.06MMID 100'VWR</td><td></td> <td>MFLX06449-42</td><td>Aby zbudować 1 6-dołkową matrycę, potrzebujesz 205,5 cm</td></tr><tr><td>Suplement minerałów śladowych</td><td>ATCC</td><td>MD-TMS</td><td></td></tr><tr><td>Pepton tryptykazy (BBL)</td><td>Fisher Scientific</td><td>B11921</td><td></td></tr><tr><td>Rurka, PTFE, 1/8&PRIME; (3,2 mm) OD i czasy; 1,5 mm ID, 10 M</td><td>Cole-Parmer</td><td>008 T32-150-10</td><td>Aby zbudować 1 6-odwiertową matrycę, potrzebujesz 300 mm</td></tr><tr><td>Tween 80</td><td>Sigma</td><td>P1754&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>Suplement witaminowy</td><td>ATCC</td><td>MD-VS</td><td></td></tr><tr><td>Ekstrakt z drożdży (Bacto)</td><td>Fisher Scientific</td><td>DF0127-17-9</td><td></td></tr></tbody></table>

montaż bioreaktora do ciągłej hodowli złożonych zbiorowisk kałowych

Bioreactor Assembly for Continuous Culture of Complex Fecal Communities

Mikrobiota, zwłaszcza bakterie, reagują na różne czynniki środowiskowe, takie jak mikro i makroelementy, związki farmakologiczne i mediatory stanu zapalnego, które dynamicznie zmieniają skład społeczności i produkcję metaboliczną mikroorganizmów. Zrozumienie, w jaki sposób fizjologiczne warunki hodowli wpływają na zbiorowiska i różnorodność mikroorganizmów oraz ich zdolność metaboliczną, przyczyni się do zdobycia ważnej wiedzy na temat ich wpływu na zdrowie i choroby. W tym miejscu przedstawiamy protokół zaadaptowany z szablonu opublikowanego przez Auchtung i in. w celu stworzenia układów mini-bioreaktorów, które mogą hodować złożone społeczności kałowe, definiować konsorcja bakterii lub pojedyncze szczepy w precyzyjnych warunkach, w tym dostępności składników odżywczych, temperatury, natężenia przepływu, pH i zawartości tlenu. Opisujemy proces budowy systemu mini-bioreaktora, w tym adaptacje mające na celu poprawę ograniczeń w opublikowanym protokole. Omówiono również konfigurację systemu mini-bioreaktora w warunkach beztlenowych z wykorzystaniem pożywek MEGA (zaadaptowanych z Han i wsp.), które są bogatymi pożywkami wspomagającymi wzrost różnych bakterii. Opisujemy inokulację humanizowanych próbek kału myszy jelitowych do systemu mini-bioreaktora, a następnie ustanowienie złożonych kultur społecznościowych w systemie mini-bioreaktora, które mogą być hodowane w ciągłym przepływie z aseptycznym pobieraniem próbek w celu monitorowania składu społeczności. System ten można dostosować do zmian w diecie i innych modyfikacji kulturowych. Opisane tutaj techniki pozwalają na scharakteryzowanie różnorodnych, wybrednych społeczności kałowych w dynamicznych warunkach lub w odpowiedzi na perturbacje w izolacji od czynników pochodzących od gospodarza.

Próbki kału pobrano od myszy skolonizowanych ludzką zawiesiną fekalną 2 tygodnie po inokulacji i przechowywano w temperaturze -80 °C. System bioreaktora skonfigurowano z ciągłym przepływem pożywki MEGA dla dwóch powtórznych studni reaktora (Rysunek 3A). Zawiesinę fekalną przygotowano z odchodów myszy zgodnie z protokołem opisanym w kroku 6, a oba reaktory zaszczepiono przez port próbkowy zawiesiną fekalną od myszy respondenta. Po całonocnej inkubacji społeczn...

Ten protokół szczegółowo opisuje montaż układów mini-bioreaktorów, które mają być wykorzystane do hodowli złożonego przepływu złożonych zbiorowisk kałowych w warunkach beztlenowych. Omówiono również metody montażu, inokulacji i pobierania próbek z reaktorów do dalszej analizy.

Montaż bioreaktora do ciągłej hodowli złożonych zbiorowisk kałowych

The microbiota, especially bacteria, respond to various environmental exposures such as micro and macronutrients, pharmacological compounds, and ...

Badamy interakcje bakterii gospodarza oraz wpływ czynników wewnętrznych i zewnętrznych na zdrowie, koncentrując się na wpływie bakterii na rozwój, progresję i odpowiedź na leczenie. Badaliśmy inhibitory immunologicznych punktów kontrolnych anty-PD-1 w społecznościach bakteryjnych, stwierdzając, że metabolity bakteryjne zwiększają skuteczność terapii anty-PD-1.Izolowanie wpływu czynników gospodarza na mikrobiom in vivo jest trudne ze względu na wiele czynników. Układ mikrobioreaktorów umożliwia kontrolowane badanie określonych procesów, wyjaśniając ich bezpośredni wpływ na społeczności drobnoustrojów. Protokół ten oferuje opłacalną metodę hodowli zbiorowisk kałowych w kontrolowanych warunkach, umożliwiając jednocześnie naukowcom stosunkowo szybkie przeprowadzanie eksperymentów równolegle.[Instruktor] Na początek zdobądź wydrukowany w 3D sześcioodwiertowy układ reaktorów. Wytnij dwanaście 25-milimetrowych pasków z rurki PTFE 1/8 cala i użyj maszynki do golenia końcówek. Włóż jeden koniec każdego paska do otworu gwintu męskiego Luera ze złączką z gwintem od 25 do 28. Bezpiecznie przykręć złączki do wyznaczonych otworów odpływowych i próbnych w tablicy. Teraz włóż mikromieszadło do każdej studzienki reaktora. Wkręć męski gwint 1/4-28 w otwory źródłowe każdej studni reaktora. Przykręć żeńskie złączki adaptera węża Luer do złączek gwintowanych przyłączy odpływowych i źródłowych każdej studni reaktora. Następnie wkręć żeńskie złączki adaptera Luer X do 3-32/2-calowego adaptera kolców węża do złączek gwintowanych 1/4-28 dla portów próbki. Umieść gumową przegrodę na adapterach zadziorów węża i złóż górną część. Następnie przetnij dwa zestawy rurek E-LFL 2,06 milimetra do przewodów odpływowych i źródłowych. Użyj gorącej wody, aby zmiękczyć rurkę, aby ułatwić mocowanie. Podłącz rurkę do żeńskich złączek adaptera króćca węża Luer X do 1/8 cala dla przyłączy źródła i odpływu. Teraz przymocuj męski Luer za pomocą pierścienia blokującego X do adaptera króćca węża 1/8 cala, pasując do drugiego końca rurki. Wkręć w niego żeński adapter króćca węża Luer X do 1/16 cala. Podłącz rurkę dwustopniową o odpowiednim rozmiarze do odpowiedniego źródła i przyłączy odpływowych. Następnie przymocuj kolejny żeński adapter króćca węża Luer X do 1/16 cala do drugiego końca rurki. Po powtórzeniu tego dla wszystkich złączek źródłowych i odpływowych, włóż męski Luer z pierścieniem blokującym X do złączek adaptera kolców węża 1/8 cala do kawałka rurki E-LFL 2. Przymocuj jeden koniec do niezajętego żeńskiego adaptera króćca węża Luer X do 1/16 cala na końcu każdej sekcji rurki z dwoma przystankami dla wszystkich elementów. Po powtórzeniu tego dla wszystkich złączek źródłowych i odpływowych, podłącz rurkę E-LFL 2,06 milimetra do przewodów źródłowych pierwszej i drugiej studni reaktora, używając przeciwległych końców żeńskiego Luer T. Następnie przymocuj pięciocentymetrowy kawałek rurki za pomocą męskiego Luera z pierścieniem blokującym X do złączek adaptera 1/8 cala na każdym końcu do środkowego wylotu T, prowadząc do drugiego złącza T. Teraz podłącz rurkę źródłową E-LFL 2,06 milimetra do trzeciego reaktora po przeciwnej stronie drugiego T. Podłącz kolejny pięciocentymetrowy segment rurki z męskim Luerem z pierścieniem blokującym adapterem X na 1/8 cala na jednym końcu i żeńskim Luerem z pierścieniem blokującym X do adaptera 1/8 cala na drugim. Następnie przymocuj męski Luer z pierścieniem blokującym X do adaptera króćca węża 1/8 cala do jednego końca 25-centymetrowego odcinka rurki E-LFL 2.06 milimetra. Przymocuj żeński adapter zadzioru węża Luer X do 1/8 cala na drugim końcu i przykryj go folią aluminiową. Aby zmontować butelkę do zbierania odpadów, luźno przymocuj nakrętkę z dwoma otworami do dwulitrowej butelki. Włóż złączki z gwintem męskim 1/4-28 do obu otworów nasadki. Następnie przymocuj żeński adapter Luer z adapterem zadzioru węża 1/8 cala do złączki z gwintem zewnętrznym, która nie łączy się z wstępnie przymocowaną rurką PTFE w nasadce. Podłącz pięciocentymetrowy kawałek rurki E-LFL 2.06 milimetra do adaptera zadzioru węża na butelce. Przymocuj męski Luer z pierścieniem blokującym X do adaptera zadzioru węża 1/8 cala do drugiego końca rurki przed przykryciem jej folią. Na koniec przykryj całą nakrętkę butelki folią aluminiową przed autoklawowaniem w temperaturze 121 stopni Celsjusza i 15 psi przez 45 minut. Po zakończeniu autoklawowania dokręć złączki i uszczelki foliowe, a następnie umieść reaktory w komorze beztlenowej na 48 godzin przed użyciem. Ustaw układ reaktora wewnątrz komory beztlenowej na magnetycznej płycie mieszającej ustawionej na 1,600 obr./min. Następnie zamontuj rurkę z dwoma zaworami odcinkowymi zarówno dla przewodu źródłowego, jak i odpływowego w zaciskach odpowiednich pomp perystaltycznych. Zablokuj zaciski na miejscu, jeśli zostanie to zrobione na mniej niż 25 godzin przed użyciem. W przeciwnym razie pozostaw go luźnym, aby zmniejszyć zużycie rurki. Teraz zdejmij foliową nakrętkę z butelki źródłowej. Przykręć złączki do męskich złączek z gwintem Luer do 1/4-28, upewniając się, że te otwory są połączone z wewnętrznym przewodem PTFE. Zdejmij nakrętki foliowe i przymocuj filtr strzykawkowy o średnicy 0,22 mikrometra do pięciocentymetrowego przewodu wentylacyjnego zarówno butelki źródłowej, jak i butelki na odpady. Rozpocznij przepływ z umiarkowaną szybkością, aby rozpocząć napełnianie reaktora. Upewnij się, że rurka w talii wewnątrz każdej studzienki reaktora jest umieszczona niżej niż rurka źródłowa, aby zapobiec przepełnieniu lub całkowitemu opróżnieniu każdej studzienki. Gdy reaktory zaczną się napełniać, sprawdź, czy wszystkie studnie osiągają tę samą objętość i czy media spływają do linii talii przed opuszczeniem reaktorów w celu odgazowania na noc. Zacznij od przeniesienia materiałów doświadczalnych do komory beztlenowej na 24 godziny. Po obliczeniu ilości potrzebnego inokulum kału, przenieś zakonserwowane próbki kału w fiolkach kriogenicznych do komory beztlenowej i pozostaw do rozmrożenia przez 15 minut. Za pomocą końcówki do pipet o szerokim otworze przenieś materiał kałowy z fiolek kriogenicznych do stożkowej probówki o pojemności 50 mililitrów. Odwirować szczelnie zamkniętą probówkę o masie 200 g przez pięć minut, aby osadzić cząstki stałe. Przenieś probówki z powrotem do komory beztlenowej. Następnie usunąć supernatant. Użyj szpatułki laboratoryjnej do autoklawu, aby przenieść 5,7 grama kału do nowej 50-mililitrowej stożkowej probówki. Dodaj 17,1 mililitra sterylnego roztworu soli fizjologicznej beztlenowej do probówki i szczelnie zamknij. Teraz wiruj probówkę przez pięć minut przed odwirowaniem, jak pokazano wcześniej. Użyj 10% chusteczki laboratoryjnej z wybielaczem, aby sterylizować przegrody na wierzchu każdego reaktora przez co najmniej dwie minuty. Po powrocie próbek do komory beztlenowej odpipetować supernatant do nowych 50-mililitrowych stożkowych probówek. Teraz przenieś 3,8 mililitra supernatantu z zawiesiny kałowej do sześciu oddzielnych pięciomililitrowych strzykawek wyposażonych w igły o średnicy 16 cali i średnicy 1,5 cala. Usuń chusteczkę wybielacza z przegrody reaktora. Następnie włóż igłę przez przegrodę i powoli wstrzyknij 3,8 mililitra gnojowicy kałowej do każdego reaktora przed pozostawieniem reaktorów na noc. Po 16-18-godzinnej inkubacji rozpocząć przepływ do reaktora. Ustawić magnetyczną płytkę mieszającą na maksymalną prędkość natychmiast po wstrzyknięciu gnojowicy kałowej. Skład zbiorowisk mikrobiologicznych w obu replikowanych reaktorach zmieniał się w czasie, przy czym różne gatunki wykazywały różną względną liczebność w ciągu dni. Wybredne bakterie beztlenowe, takie jak Clostridium genera, były konsekwentnie wykrywane w każdym reaktorze we wszystkich punktach czasowych.

bioreactor-assembly-for-continuous-culture-complex-fecal

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Immunologia i infekcje

Laboratoryjne bioreaktory do fermentacji beztlenowej umożliwiają naukowcom badanie nowych metod optymalizacji istniejących zastosowań biotechnologii beztlenowej oraz ocenę potencjału produkcji metanu z różnych odpadów organicznych. Niniejszy artykuł przedstawia uogólniony model konstrukcji, zaszczepiania, eksploatacji i monitorowania laboratoryjnego bioreaktora beztlenowego z ciągłym mieszaniem.

Reaktor beztlenowego trawienia z ciągłym mieszaniem do konwersji odpadów organicznych w biogaz: konfiguracja systemu i podstawowa eksploatacja

Źródło: Ahmadi, S. i in. Model hodowli partii in vitro do szacowania efektów reżimów interwencyjnych na ludzką mikrobiotę kałową. J. Vis. Exp. (2019).Ten film demonstruje metodę modelowania fermentacji mikroorganizmów jelitowych poprzez inkubację próbek kału z fermentowalnym błonnikiem w warunkach beztlenowych w celu badania produkcji metabolitów przez mikrobiotę jelitową.

In vitro Model hodowli partiowej naśladujący fermentację kolonową przez ludzką mikrobiotę jelita

Regulacja składników odżywczych za pomocą ciągłego karmienia dostosowanego do wzrostu poprawia tempo wzrostu sferoid komórek ssaków w porównaniu do przerywanego karmienia partiami dla kultur w bioreaktorach z mieszaną zawiesiną.  Niniejsze badanie demonstruje metody wymagane do ustalenia prostych kultur karmionych o skorygowanej dawce.

Regulacja składników odżywczych poprzez ciągłe karmienie w celu ekspansji komórek ssaków w sferoidach na dużą skalę

Funkcjonalne zachowanie komórek w hodowli można poprawić poprzez hodowlę w bardziej podobnych do in vivo 3-wymiarowych środowiskach hodowli16-21. Niniejszy manuskrypt opisuje konfigurację i działanie systemu bioreaktora z pustymi włóknami do hodowli tkanek ssaków podobnych do in vivo.

Bioreaktory z pustych włókien do hodowli tkanek ssaków podobnych do in vivo

Nowatorski projekt reaktora, nazwany bioreaktorem o wysokiej gęstości (HDBR), jest prezentowany do hodowli i badania społeczności drobnoustrojów o dużej gęstości. W tym przypadku HDBR jest z powodzeniem stosowany w konfiguracji fotobioreaktora (PBR) do badania metabolizmu azotu przez mieszaną społeczność glonów o dużej gęstości.

Nowatorski bioreaktor do hodowli o dużej gęstości różnych zbiorowisk mikroorganizmów

Interakcje między gospodarzem a mikroorganizmem jelitowym zostały ocenione przy użyciu nowatorskiego podejścia łączącego syntetyczną społeczność doustną, trawienie in vitro przewodu pokarmowego i model nabłonka jelita cienkiego. Przedstawiamy metodę, którą można zaadaptować do oceny inwazji komórek patogenów i biofilmów wielogatunkowych, a nawet do badania przeżywalności preparatów probiotycznych.

Ocena żywotności konsorcjum bakterii syntetycznych na granicy faz gospodarz-mikroorganizm w jelitach in vitro

Tutaj prezentujemy protokół hodowli mikrobioty jelitowej jelita grubego in vitro, przy użyciu szeregu bioreaktorów, które symulują warunki fizjologiczne przewodu pokarmowego.

Zastosowanie zaawansowanej technologii hodowli in vitro do badania mikrobioty jelitowej człowieka

Tutaj prezentujemy protokół umożliwiający produkcję na dużą skalę komórek przylegających za pomocą całkowicie zamkniętego systemu opartego na rozpuszczalnych mikronośnikach klasy GMP. Hodowla ludzkich mezenchymalnych komórek macierzystych, komórek HEK293T i komórek Vero została zwalidowana i spełniła zarówno wymagania ilościowe, jak i kryteria jakościowe dla branży terapii komórkowej i genowej.

Produkcja ogniw na dużą skalę w oparciu o rozpuszczalne porowate mikronośniki klasy GMP

Tematem tego artykułu jest szczegółowe opisanie najlepszych praktyk tworzenia pożywek dla wymagających mikroorganizmów beztlenowych pozyskanych ze środowiska. Metody te pomagają w zarządzaniu kulturami beztlenowymi i mogą być stosowane do wspomagania wzrostu nieuchwytnych mikroorganizmów niehodowlanych, "mikrobiologicznej ciemnej materii".

Zestaw symulowanych formatów pożywek opartych na informacjach in situ do hodowli mikroorganizmów beztlenowych nabytych w środowisku

Minibioreactor Array (MBRA) to wysokowydajny, konfigurowalny system hodowli o ciągłym przepływie, który umożliwia hodowlę złożonych społeczności drobnoustrojów, wspierając równoległe eksperymenty w celu badania dynamiki mikrobiomu, interakcji terapeutycznych i reakcji drobnoustrojów na czynniki środowiskowe.

Zaktualizowany protokół montażu i użytkowania macierzy minibioreaktorów (MBRA)

Poznaj montaż minibioreaktora do ciągłej hodowli złożonych zbiorowisk kałowych w warunkach beztlenowych. Ta metoda umożliwia kontrolowane badanie procesów mikrobiomowych oraz szybkie prowadzenie równoległych eksperymentów.

Montaż bioreaktora do ciągłej hodowli złożonych zbiorowisk kałowych

Przeglądaj więcej filmów