Name: Pobieranie próbek środowiskowych mikroorganizmów fotosyntetycznych i ich wirusów: od terenu do laboratorium (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-07-03T14:30:00.000+00:00
Duration: 8 min 1 s
Description: Poznaj metody pobierania próbek środowiskowych cyjanofagów i ich gospodarzy w ekosystemach wodnych. Wykorzystaj sekwencjonowanie nowej generacji i mikroskopię elektronową do izolacji genotypów i analizy dynamiki wirus-gospodarz.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Badanie to zostało częściowo sfinansowane przez amerykańską Narodową Fundację Nauki (NSF) grant OISE nr 1856091 (PI-Ceballos) oraz grant NSF DBI nr 2119968 (PI-Ceballos). Autorzy doceniają wkład dr Chinnapong Wangnai i dr Chakrit Tachaapaikoon z Uniwersytetu Technologicznego Króla Mongkuta w Thonburi (Tajlandia), którzy zapewnili odpowiednio filmowanie i wsparcie terenowe w zakresie pobierania próbek środowiskowych. Autorzy dziękują również dr Jorge Armando Leiva Sanabria z Uniwersytetu Kostaryki - Guanacaste za pomoc w uzyskaniu pozwoleń na pobieranie próbek z parków narodowych w Kostaryce oraz pomoc w pobieraniu próbek z basenów geotermalnych. Autorzy dziękują również panu Enrique Marroquinowi, Jr. (Uniwersytet Kalifornijski w Merced) i pani Alexii Maceda (University of Maine, Orono, ME, USA), którzy pomogli w pobraniu próbek odpowiednio u wybrzeży południowej Kalifornii i jezior w północnej Minnesocie. Autorzy dziękują i doceniają wsparcie techniczne pani Socheata Hour, która obliczyła parametry infekcji dla zestawu danych φSBL14-SWII.

<ol><li>Zhang, D., You, F., He, Y., Te, S. H., Gin, K. Y. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+characterization+of+the+first+freshwater+cyanophage+infecting+Pseudanabaena%5BTitle%5D)+AND+%22J+Virol%22%5BJournal%5D)">Isolation and characterization of the first freshwater cyanophage infecting Pseudanabaena.</a> J Virol. 94 (17), 10-1128 (2020).</li>
<li>Dong, Z. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aDong%2C+Z+%22Isolation%2C+Characterization+and+Ecological+Dynamics+of+Tropical+Freshwater+Cyanophages%22">Isolation, Characterization and Ecological Dynamics of Tropical Freshwater Cyanophages</a>. , National University of Singapore. Doctoral dissertation (2022).</li>
<li>Sime-Ngando, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+bacteriophages%3A+viruses+of+microbes+in+aquatic+ecosystems%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Environmental bacteriophages: viruses of microbes in aquatic ecosystems.</a> Front Microbiol. 5, 355(2014).</li>
<li>Sigee, D. C. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSigee%2C+DC+%22Freshwater+microbiology%3A+biodiversity+and+dynamic+interactions+of+microorganisms+in+the+aquatic+environment%22">Freshwater microbiology: biodiversity and dynamic interactions of microorganisms in the aquatic environment</a>. , John Wiley & Sons. (2005).</li>
<li>Jacquet, S., Miki, T., Noble, R., Peduzzi, P., Wilhelm, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viruses+in+aquatic+ecosystems%3A+important+advancements+of+the+last+20+years+and+prospects+for+the+future+in+the+field+of+microbial+oceanography+and+limnology%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Oceanography+Limnol%22%5BJournal%5D)">Viruses in aquatic ecosystems: important advancements of the last 20 years and prospects for the future in the field of microbial oceanography and limnology.</a> Adv Oceanography Limnol. 1 (1), 97-141 (2010).</li>
<li>Tucker, S., Pollard, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+cyanophage+Ma-LBP+and+infection+of+the+cyanobacterium+Microcystis+aeruginosa+from+an+Australian+subtropical+lake+by+the+virus%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Identification of cyanophage Ma-LBP and infection of the cyanobacterium Microcystis aeruginosa from an Australian subtropical lake by the virus.</a> Appl Environ Microbiol. 71 (2), 629-635 (2005).</li>
<li>Bhardwaj, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cyanobacteria%3A+a+key+player+in+nutrient+cycling%5BTitle%5D)+AND+%22Cyanobacteria%22%5BJournal%5D)">Cyanobacteria: a key player in nutrient cycling.</a> Cyanobacteria. , 579-596 (2024).</li>
<li>Douterelo, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methodological+approaches+for+studying+the+microbial+ecology+of+drinking+water+distribution+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Water+Res%22%5BJournal%5D)">Methodological approaches for studying the microbial ecology of drinking water distribution systems.</a> Water Res. 65, 134-156 (2014).</li>
<li>Brandt, J. P., Flannigan, M. D., Maynard, D. G., Thompson, I. D., Volney, W. J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+introduction+to+Canada%27s+boreal+zone%3A+ecosystem+processes%2C+health%2C+sustainability%2C+and+environmental+issues%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Rev%22%5BJournal%5D)">An introduction to Canada's boreal zone: ecosystem processes, health, sustainability, and environmental issues.</a> Environ Rev. 21 (4), 207-226 (2013).</li>
<li>Ramanan, R., Kim, B. H., Cho, D. H., Oh, H. M., Kim, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Algae-bacteria+interactions%3A+evolution%2C+ecology+and+emerging+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnol+Adv%22%5BJournal%5D)">Algae-bacteria interactions: evolution, ecology and emerging applications.</a> Biotechnol Adv. 34 (1), 14-29 (2016).</li>
<li>Atkinson, C. L., Capps, K. A., Rugenski, A. T., Vanni, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Consumer-driven+nutrient+dynamics+in+freshwater+ecosystems%3A+From+individuals+to+ecosystems%5BTitle%5D)+AND+%22Biol+Rev%22%5BJournal%5D)">Consumer-driven nutrient dynamics in freshwater ecosystems: From individuals to ecosystems.</a> Biol Rev. 92 (4), 2003-2023 (2017).</li>
<li>Mojica, K. D., Brussaard, C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Factors+affecting+virus+dynamics+and+microbial+host-virus+interactions+in+marine+environments%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Factors affecting virus dynamics and microbial host-virus interactions in marine environments.</a> FEMS Microbiol Ecol. 89 (3), 495-515 (2014).</li>
<li>Graham, E. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbes+as+engines+of+ecosystem+function%3A+when+does+community+structure+enhance+predictions+of+ecosystem+processes%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Microbes as engines of ecosystem function: when does community structure enhance predictions of ecosystem processes.</a> Front Microbiol. 7, 214(2016).</li>
<li>Ceballos, R. M., Stacy, C. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantifying+relative+virulence%3A+when+%C2%B5+max+fails+and+AUC+alone+just+is+not+enough%5BTitle%5D)+AND+%22J+General+Virol%22%5BJournal%5D)">Quantifying relative virulence: when µ max fails and AUC alone just is not enough.</a> J General Virol. 102 (1), 001515(2021).</li>
<li>Hour, S., Pierce, A. J., Heng, S. Y., Plymale, R., Ceballos, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantifying+Resilience+in+Single-Host%2FSingle-Virus+Infections%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Quantifying Resilience in Single-Host/Single-Virus Infections.</a> Appl Microbiol. 5 (1), 18(2025).</li>
<li>Ceballos, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+virus+host-ranges+of+the+Fuselloviridae+of+hyperthermophilic+Archaea%3A+implications+for+evolution+in+extreme+environments%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Differential virus host-ranges of the Fuselloviridae of hyperthermophilic Archaea: implications for evolution in extreme environments.</a> Front Microbiol. 3, 295(2012).</li>
<li>Ceballos, R. M., Drummond, C. G., Stacy, C. L., Padilla-Crespo, E., Stedman, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Host-dependent+differences+in+replication+strategy+of+the+Sulfolobus+spindle-shaped+virus+strain+SSV9+%28aka%2C+SSVK1%29%3A+infection+profiles+in+hosts+of+the+family+Sulfolobaceae%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Host-dependent differences in replication strategy of the Sulfolobus spindle-shaped virus strain SSV9 (aka, SSVK1): infection profiles in hosts of the family Sulfolobaceae.</a> Front Microbiol. 11, 1218(2020).</li>
<li>Rippka, R., Deruelles, J., Waterbury, J. B., Herdman, M., Stanier, R. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Generic+assignments%2C+strain+histories+and+properties+of+pure+cultures+of+cyanobacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology%22%5BJournal%5D)">Generic assignments, strain histories and properties of pure cultures of cyanobacteria.</a> Microbiology. 111 (1), 1-61 (1979).</li>
<li>Kliphuis, A. M., Janssen, M., van den End, E. J., Martens, D. E., Wijffels, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Light+respiration+in+Chlorella+sorokiniana%5BTitle%5D)+AND+%22J+Appl+Phycol%22%5BJournal%5D)">Light respiration in Chlorella sorokiniana.</a> J Appl Phycol. 23, 935-947 (2011).</li>
<li>Lea-Smith, D. J., Vasudevan, R., Howe, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Generation+of+marked+and+markerless+mutants+in+model+cyanobacterial+species%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Generation of marked and markerless mutants in model cyanobacterial species.</a> J Vis Exp. (111), e54001(2016).</li>
<li>Noroozi, M., Amozegar, M. A., Rahimi, R., Shahzadeh Fazeli, S. A., Bakhshi Khaniki, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+isolation+and+preliminary+characterization+of+native+cyanobacterial+and+microalgal+strains+from+lagoons+contaminated+with+petroleum+oil+in+Khark+Island%5BTitle%5D)+AND+%22Biol+J+Microorg%22%5BJournal%5D)">The isolation and preliminary characterization of native cyanobacterial and microalgal strains from lagoons contaminated with petroleum oil in Khark Island.</a> Biol J Microorg. 5 (20), 33-41 (2017).</li>
<li>Nübel, U., Garcia-Pichel, F., Muyzer, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PCR+primers+to+amplify+16S+rRNA+genes+from+cyanobacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">PCR primers to amplify 16S rRNA genes from cyanobacteria.</a> Appl Environ Microbiol. 63 (8), 3327-3332 (1997).</li>
<li>Tragin, M., Lopes dos Santos, A., Christen, R., Vaulot, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diversity+and+ecology+of+green+microalgae+in+marine+systems%3A+an+overview+based+on+18S+rRNA+gene+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22Perspect.+Phycol%22%5BJournal%5D)">Diversity and ecology of green microalgae in marine systems: an overview based on 18S rRNA gene sequences.</a> Perspect. Phycol. 3 (3), 141-154 (2016).</li>
<li>Uchida, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+coupled+assay+system+for+the+lysis+of+cyanobacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Japanese+J+Water+Treatment+Biol%22%5BJournal%5D)">A coupled assay system for the lysis of cyanobacteria.</a> Japanese J Water Treatment Biol. 34 (1), 67-75 (1998).</li>
<li>Drummond, C. Characterization of Sulfolobus. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aDrummond%2C+C+%22Spindle-shaped+Virus+replication%22">Spindle-shaped Virus replication</a>. , Portland State University. (2010).</li>
<li>Flores, E., Wolk, C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Production%2C+by+filamentous%2C+nitrogen-fixing+cyanobacteria%2C+of+a+bacteriocin+and+of+other+antibiotics+that+kill+related+strains%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Production, by filamentous, nitrogen-fixing cyanobacteria, of a bacteriocin and of other antibiotics that kill related strains.</a> Arch Microbiol. 145, 215-219 (1986).</li>
<li>Wick, C., McCubbin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+purified+MS2+bacteriophage+by+the+physical+counting+methodology+used+in+the+integrated+virus+detection+system+%28IVDS%29%5BTitle%5D)+AND+%22Toxicol+Methods%22%5BJournal%5D)">Characterization of purified MS2 bacteriophage by the physical counting methodology used in the integrated virus detection system (IVDS).</a> Toxicol Methods. 9 (4), 245-252 (1999).</li>
<li>Marei, E. M., Elbaz, R., Hammad, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Induction+of+temperate+cyanophages+using+heavy+metal-copper%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Microbiol+Res+Rev%22%5BJournal%5D)">Induction of temperate cyanophages using heavy metal-copper.</a> Int J Microbiol Res Rev. 5 (5), 472(2013).</li>
<li>Bratchkova, A., Kroumov, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microalgae+as+producers+of+biologically+active+compounds+with+antibacterial%2C+antiviral%2C+antifungal%2C+antialgal%2C+antiprotozoal%2C+antiparasitic+and+anticancer+activity%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Microbiol+Bulgarica%22%5BJournal%5D)">Microalgae as producers of biologically active compounds with antibacterial, antiviral, antifungal, antialgal, antiprotozoal, antiparasitic and anticancer activity.</a> Acta Microbiol Bulgarica. 36 (3), 79-89 (2020).</li>
<li>Storms, Z. J., Teel, M. R., Mercurio, K., Sauvageau, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+virulence+index%3A+a+metric+for+quantitative+analysis+of+phage+virulence%5BTitle%5D)+AND+%22Phage%22%5BJournal%5D)">The virulence index: a metric for quantitative analysis of phage virulence.</a> Phage. 1 (1), 27-36 (2020).</li>
<li>Omata, T., Murata, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+characterization+of+three+types+of+membranes+from+the+cyanobacterium+%28blue-green+alga%29+Synechocystis+PCC+6714%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Isolation and characterization of three types of membranes from the cyanobacterium (blue-green alga) Synechocystis PCC 6714.</a> Arch Microbiol. 139, 113-116 (1984).</li>
<li>Wilson, W. H., Joint, I. R., Carr, N. G., Mann, N. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+molecular+characterization+of+five+marine+cyanophages+propagated+on+Synechococcus+sp.+strain+WH7803%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Isolation and molecular characterization of five marine cyanophages propagated on Synechococcus sp. strain WH7803.</a> Appl Environ Microbiol. 59 (11), 3736-3743 (1993).</li>
<li>Grasso, C. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+review+of+cyanophage-host+relationships%3A+Highlighting+cyanophages+as+a+potential+cyanobacteria+control+strategy%5BTitle%5D)+AND+%22Toxins%22%5BJournal%5D)">A review of cyanophage-host relationships: Highlighting cyanophages as a potential cyanobacteria control strategy.</a> Toxins. 14 (6), 385(2022).</li>
<li>Srivastava, A., Gupta, N., Mishra, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cyanophages%3A+interacting+mechanism+and+evolutionary+significance%5BTitle%5D)+AND+%22Cyanobacteria%22%5BJournal%5D)">Cyanophages: interacting mechanism and evolutionary significance.</a> Cyanobacteria. , 255-282 (2024).</li>
<li>Cai, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Abundant+and+cosmopolitan+lineage+of+cyanopodoviruses+lacking+a+DNA+polymerase+gene%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+J%22%5BJournal%5D)">Abundant and cosmopolitan lineage of cyanopodoviruses lacking a DNA polymerase gene.</a> ISME J. 17 (2), 252-262 (2023).</li>
<li>Komárek, J., Kaštovský, J., Mareš, J., Johansen, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Taxonomic+classification+of+cyanoprokaryotes+%28cyanobacterial+genera%29+2014%2C+using+a+polyphasic+approach%5BTitle%5D)+AND+%22Preslia%22%5BJournal%5D)">Taxonomic classification of cyanoprokaryotes (cyanobacterial genera) 2014, using a polyphasic approach.</a> Preslia. 86 (4), 295-335 (2014).</li>
</ol>

Autorzy deklarują brak konfliktu interesów.

Wirosfera jest rozległa i zróżnicowana, co wymaga różnych podejść eksperymentalnych do badania różnych systemów wirusowych. Obejmuje to różne strategie izolowania wirusów i ich gospodarzy z różnych środowisk oraz różne metody przetwarzania, aby zapewnić, że czyste kultury gospodarzy i ich wirusów mogą być produkowane z surowych próbek. Te czyste kultury mogą być stosowane w testach infekcji SVSH, zarówno na pożywkach stałych, jak i w kulturach płynnych, dzięki czemu można uzyskać cechy systemu i analizy ilościowe dynamik...

Scharakteryzowanie dynamiki infekcji i ewolucyjnych relacji między sinicami a ich gospodarzami jest kluczem do zrozumienia obecnego i przyszłego stanu ekosystemów morskich i słodkowodnych. Zaawansowane techniki sekwencjonowania o wysokiej przepustowości i nowoczesne metody analityczne umożliwiają szybkie sekwencjonowanie genomów cyjanofagów (i gospodarza) w celu zbadania relacji wirus-gospodarz 1,2. Jednak przepływy pracy rozpoczynają się od pobierania próbek środowiskowych w celu wyizolowania i zidentyfikowania wirusów i ich gospodarzy 3,4,5. Ze względu na różnorodność wirosfery nie ma jednego protokołu pobierania próbek i charakteryzowania wszystkich wirusów i bakteriofagów. Rzeczywiście, każdy system hosta wirusa ma swoje unikalne cechy. Niemniej jednak cele wyjściowe są podobne niezależnie od badanego systemu wirusowego: wyizolowanie wirusa; określić zakres hostów; wykazać produktywną infekcję u jednego lub więcej gospodarzy; Scharakteryzuj dynamikę infekcji wirusem, gospodarzem i wirusem-gospodarzem przy użyciu podejść jakościowych i ilościowych. Zaawansowana wiedza na temat systemu wirusowego może być badana poprzez zakłócanie systemu. Zmiana parametrów, takich jak wielokrotność infekcji (MOI)6, temperatura, pH, szczep gospodarza lub stosowanie leków w celu określenia, jak system reaguje, zapewnia dodatkowy wgląd w naturę dynamiki wirus-gospodarz. Bardziej zaawansowane manipulacje, takie jak ewolucja ukierunkowana, mogą dostarczyć dodatkowych informacji na temat potencjalnej trajektorii ewolucyjnej systemu oraz tego, jak koewolucyjne punkty końcowe mogą wpływać na większą społeczność mikrobiologiczną i ekosystem.
W tym badaniu przedstawiamy modelowy (ale łatwo adaptowalny) protokół pobierania próbek środowiskowych mikroorganizmów fotosyntetycznych, takich jak cyjanobakterie i mikroalgi, które odgrywają kluczową rolę w obiegu składników odżywczych i produkcji pierwotnej w ekosystemach morskich, słodkowodnych i innych ekosystemach wodnych 7,8,9,10,11 . Przebieg pracy koncentruje się na izolowaniu gospodarzy ze stref eufotycznych środowisk morskich i słodkowodnych oraz ich wirusów i bakteriofagów, które są kluczowymi czynnikami napędzającymi te ekosystemy12. Zarówno wirusy, jak i bakteriofagi wpływają zarówno na struktury populacji eukariotycznej, jak i prokariotycznej oraz silnie wpływają na różnorodność i produktywność ekosystemów13. W związku z tym celem jest zapewnienie protokołu próbkowania i przepływu pracy po próbkowaniu, który ułatwia wzbogacanie hostów i wirusów do badania: pojedynczego wirusa/jednego hosta, wielu wirusów/jednego hosta, pojedynczego wirusa/wielu hostów i dynamiki wielu wirusów/wielu hostów; -substraty omiczne leżące u podstaw dynamiki infekcji wirus-gospodarz; oraz potencjalne trajektorie koewolucyjne i ewolucyjne punkty końcowe, które mają wpływ na badany system wirus-gospodarz oraz na większy ekosystem, z którego wirusy i gospodarz zostali wyekstrahowani.
W szczególności opisujemy przebieg pracy związany z pobieraniem próbek środowiskowych, wstępnym przetwarzaniem próbek w terenie (tj. przed dotarciem do laboratorium), przetwarzaniem końcowym w celu izolacji bakteriofagów (i wirusów), wzbogacaniem mieszanych kultur mikroorganizmów w celu identyfikacji dopuszczalnych gospodarzy, opracowywaniem izolatów pojedynczej kolonii domniemanych gospodarzy, potwierdzaniem dobrej wiary Relacja wirus-gospodarz (tj. infekcja produkcyjna) i charakteryzowanie podstawowych właściwości infekcji (np. zjadliwość). Testy infekcji nie tylko pozwalają na obliczenie względnej zjadliwości (V, R)14 i odporności gospodarza (R,R)15, ale obejmują również etapy ekstrakcji próbek kultur w kluczowych punktach czasowych w celu zbadania substratów -omicznych, które leżą u podstaw obserwowanej fizjologii (tj. dynamiki interakcji wirus-gospodarz). Na koniec omawiamy potencjalne pułapki, rozwiązywanie problemów i rozwiązania, a także sposoby modyfikowania wybranych kroków w celu ukierunkowania na określone taksony. Przepływ pracy ma zastosowanie do systemów cyjanofag-cyjanobakterie, phycodnavirus-mikroalgi i termofilne systemy fuzelowirus-archeon 16,17, wykazując jego użyteczność w charakterystyce wirusów we wszystkich trzech domenach życia: bakteriach, eukaryi i archeonach.

<table><tbody><tr><td>Pompa transferowa ze stali nierdzewnej o mocy 1 KM&nbsp;</td><td>Utilitech, Charlotte, Karolina Północna, Stany Zjednoczone</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Probówki 1,5 ml</td><td>www.eppendorf.com</td><td>30123611</td><td></td></tr><tr><td>Koncentrator wirowy 10K NMWL Centricon Plus 70&nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>UFC701008</td><td></td></tr><tr><td>Kolby Erlenmeyera z przegrodą o pojemności 250 ml&nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>CLS4450250</td><td></td></tr><tr><td>Generator inwerterowy o mocy 3800 W&nbsp;</td><td>WEN Products, West Dundee, IL, Stany Zjednoczone</td><td>WEN 56380i</td><td></td></tr><tr><td>3K NMWL Amicon 15 mL&nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>UFC800308</td><td></td></tr><tr><td>Kolby Erlenmeyera z przegrodą o pojemności 500 ml&nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>CLS4450500</td><td></td></tr><tr><td>Dzbanki na wodę o pojemności 5 galonów&nbsp;</td><td>www.homedepot.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>80 stóp długości, 0,5 cala średnica, nylon&nbsp;</td><td>https://facomex.mx/producto/combo/</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Konsola środkowa Sailfish 2660 o głębokości 26 stóp z dwoma silnikami zaburtowymi Yamaha o mocy 150 KM&nbsp;</td><td>https://yamahaoutboards.com/</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Octan amonu (CH3CO2NH4)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>631618</td><td></td></tr><tr><td>Kwas borowy (H3BO3)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10043353</td><td></td></tr><tr><td>Chlorek wapnia dwuwodny (CaCl2. 2H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10035048</td><td></td></tr><tr><td>Wirówka 5920&nbsp; R</td><td>www.eppendorf.com</td><td>5948000107</td><td></td></tr><tr><td>Kwas cytrynowy (C6H8O7)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>77929</td><td></td></tr><tr><td>Azotan kobaltu(II) sześciowodny [Co(NO3)2.6H2O]</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10026229</td><td></td></tr><tr><td>Elastyczny wąż gumowy odporny na zawalanie&nbsp;</td><td>swanhose.com</td><td>CELTF58050</td><td></td></tr><tr><td>Pięciowodny siarczan miedzi(II) (CuSO4.5H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7758998</td><td></td></tr><tr><td>Probówki wirówkowe Corning 50 ml&nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>CLS430291</td><td></td></tr><tr><td>Fosforan dipotasowy (K2HPO4)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7758114</td><td></td></tr><tr><td>Kwas disodowy etylenodiaminotetraoctowy (Na2EDTA)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>6381926</td><td></td></tr><tr><td>DS-11 FX+_Microvolume oraz spektrofotometr i florometr</td><td>www.denovix.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Taśma klejąca&nbsp;</td><td>www.homedepot.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Rurki Eppendorfa</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>EP022364120</td><td></td></tr><tr><td>Etanol</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>64175</td><td></td></tr><tr><td>Kwas etylenodiaminotetraoctowy (EDTA)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>60004</td><td></td></tr><tr><td>Cytrynian żelazowo-amonowy (C6H8O7&middot; xFe3+&middot; yNH3)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>1185575</td><td></td></tr><tr><td>Rurki PVC Flex-plus niebieskie&nbsp;</td><td>www.carlonsales.com</td><td>12008-750</td><td></td></tr><tr><td>Innova S44i - Wytrząsarka do inkubatora sztaplowanego</td><td>www.eppendorf.com</td><td>2231001081</td><td></td></tr><tr><td>LVEM5 Stacjonarna mikroskopia elektronowa Microscope_Transmission elektronowa (TEM)</td><td>delongamerica.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Siarczan magnezu siedmiowodny (MgSO4,7 H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10034998</td><td></td></tr><tr><td>Chlorek manganu(II) czterowodny (MnCl2.4H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>13446349</td><td></td></tr><tr><td>Mushroom Anchor powlekany winylem/30 lbs</td><td>www.homedepot.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>szalki Petriego, polistyren</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>Zobacz materiał P5481 powiedział:</td><td></td></tr><tr><td>Kubek filtracyjny z membraną polieterosulfonową (PES) o średnicy 0,22 mm</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>Z358193-1CS</td><td></td></tr><tr><td>Kubek filtracyjny z membraną polieterosulfonową (PES) o średnicy 0,45 mm</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>Z370622-1CS</td><td></td></tr><tr><td>Ksantogenian etylu potasu (C2H5OCSSK)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>140896</td><td></td></tr><tr><td>Węglan sodu (Na2CO3)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>497198</td><td></td></tr><tr><td>Dodecylosiarczan sodu [CH3(CH2)11OSO3Na]</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>151213</td><td></td></tr><tr><td>Molibdenian sodu dwuwodny (Na2MoO4.2H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10102406</td><td></td></tr><tr><td>Azotan sodu (NaNO3)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7631994</td><td></td></tr><tr><td>Tris(hydroksymetylo)metylo]-2-aminoetanosulfonowy aci (TES) (C6H15NO6S)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7365448</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100&nbsp;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>Zobacz materiał T8787 TGL</td><td></td></tr><tr><td>Chlorowodorek Trizma (Tris-HCl)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>1185531</td><td></td></tr><tr><td>Pompa próżniowa/ciśnieniowa&nbsp;</td><td>Cole'a-Parmera; Vernon Hills, Illinois, Stany Zjednoczone</td><td>EW-79204-00</td><td></td></tr><tr><td>Rurki winylowe&nbsp;</td><td>www.homedepot.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Siarczan siedmiowodny (ZnSO4.7H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7446200</td><td></td></tr></tbody></table>

pobieranie próbek środowiskowych mikroorganizmów fotosyntetycznych i ich wirusów: od terenu do laboratorium

Environmental Sampling of Photosynthetic Microbes and Their Viruses: From Field to Lab

Pobieranie próbek środowiskowych mikroorganizmów fotosyntetyzujących i ich wirusów odgrywa kluczową rolę w zrozumieniu współczesnej różnorodności biologicznej mórz i wód słodkich oraz dynamiki ekosystemów, a także wpływu czynników związanych ze zmianą klimatu (np. wzrostu temperatury i zakwaszenia) na trajektorie ewolucyjne gatunków i składu społeczności. Niestety, różnorodność wirosfery nie sprzyja jednemu uniwersalnemu pobieraniu próbek i eksperymentalnemu przepływowi pracy. Rzeczywiście, każdy system wirusowy ma unikalne cechy, które wymagają modyfikacji standardowych protokołów w wirusologii, aby osiągnąć cele badawcze. Chociaż odkrycie i charakterystyka wirusa wymaga podejść specyficznych dla systemu docelowego, w przypadku wszystkich wirusów cele badawcze są podobne: wyizolować wirusa; określić zakres hostów; potwierdzić infekcję produkcyjną; i scharakteryzować wirusa, gospodarza i dynamikę wirus-gospodarz. Solidne opisy systemów wirus-gospodarz składają się w minimalnym stopniu z wyjaśnienia morfologii, fizjologii, biochemii i profili omicznych. Dalsze informacje można uzyskać, manipulując systemem poprzez zmianę czynników, takich jak liczba infekcji, temperatura, pH, przełącznik gospodarza, ukierunkowana ewolucja lub stosowanie leków w celu obserwacji odpowiedzi systemu wirus-gospodarz. Nasze laboratorium bada wirusy w różnych dziedzinach życia (archeony, bakterie i eukarya). W tym raporcie szczegółowo opisano metody pobierania próbek mikroorganizmów fotosyntetycznych ze strefy eufotycznej środowiska słodkowodnego i morskiego, ze szczególnym uwzględnieniem izolacji bakteriofagów (tj. cyjanofagów) sinic. Sinice są kluczowymi gatunkami o krytycznym znaczeniu dla produkcji pierwotnej i obiegu składników odżywczych w tych ekosystemach wodnych. Opisany przepływ pracy rozciąga się od pobierania próbek wody na różnych głębokościach do charakterystyki cech systemu wirus-gospodarz przy użyciu hodowli płynnych i stałych pożywek, zaawansowanych metod molekularnych/genetycznych i podejść analitycznych. Opisane metody można dostosować do wykrywania bakteriofagów i wirusów w systemach wirus-gospodarz w różnych dziedzinach życia.

Użycie przenośnego generatora elektrycznego z silnikiem benzynowym, pompy do przesyłu wody oraz odpornych na zgniecenie przewodów stanowi skuteczną metodę pobierania próbek wody z oceanów, jezior, zamarzniętych jezior i innych środowisk wodnych (np. lagun) z wybranych głębokości (Rycina 1, trzy górne rzędy). W przypadku wysokotemperaturowych wód kwasowych w gorących źródłach geotermalnych, basenach i kotłach błotnych, które mogą charakteryzować się pH &lt; 4 i temperaturą powyżej 90 °C, wyma...

W tym miejscu opisano metody pobierania próbek ze stref eufotowych ekosystemów morskich i słodkowodnych w celu wyizolowania cyjanofagów (i ich gospodarzy) oraz procesy po pobraniu próbek, które wzbogacają pojedyncze genotypy i charakteryzują dynamikę interakcji wirus-gospodarz.

Pobieranie próbek środowiskowych mikroorganizmów fotosyntetycznych i ich wirusów: od terenu do laboratorium

Environmental sampling of photosynthetic microorganisms and their viruses plays a critical role in understanding contemporary marine and freshwater ...

Celem tych projektów jest ilościowe określenie parametrów fizjologicznych w infekcjach wirusowych, a następnie przypisanie substratów omicznych do obserwowanego stanu fizjologicznego, co prowadzi do opracowania modeli lub praw w wirologii przewidujących zmiany w dynamice wirus-gospodarz. Dzięki postępom w sekwencjonowaniu wysokoprzepustowym i usprawnionym przepływom pracy bioinformatycznej, analizy multiomiczne są łatwo dostępne, co stwarza możliwość wyjaśnienia zjawisk fizjologicznych jako funkcji konkretnych substratów omicznych. Wykorzystując infekcje eksperymentalne, mikroskopię elektronową, ilościowe PCR, sekwencjonowanie nowej generacji oraz solidne potoki bioinformatyczne, analizy sieciowe mogą zidentyfikować zależności między zmiennymi omicznymi a fizjologicznymi, co umożliwia opracowanie modeli prognostycznych.Największym wyzwaniem jest generowanie czystych zapasów wirusów o pojedynczym genotypie z dokładnymi mianami, aby można było określić wielokrotność zakażenia (MOI) dla infekcji eksperymentalnych. Wyznaczanie miana pozostaje problematyczne w wirologii. Opracowaliśmy wskaźniki pozwalające obliczyć względną wirulencję między dwoma wirusami infekującymi jednego gospodarza lub jednym wirusem infekującym różnych gospodarzy w przypadku infekcji typu jeden gospodarz/jeden wirus.Zestandaryzowaliśmy schemat postępowania, który można zastosować w przypadku różnych systemów wirusowych.W pierwszej kolejności należy przeprowadzić pobieranie próbek środowiskowych na obszarach morskich wzdłuż wybrzeża Południowej Kalifornii. Do wylotu pompy należy przymocować odporny na zapadanie się, 10-stopowy gumowy wąż elastyczny. Wtyczkę zasilającą pompy transferowej należy podłączyć do generatora inwertera. Po złożeniu układu należy zapowietrzyć pompę transferową i przeprowadzić test w celu upewnienia się, że system pompowy jest sprawny. Jeden koniec 25-metrowej nylonowej liny morskiej o średnicy 1,25 centymetra należy przymocować do oczka 14-kilogramowej kotwicy grzybkowej.Użyj taśmy naprawczej, aby przymocować linę do niebieskiej rurki PVC co trzy metry. Gdy zostanie ustanowiony stały przepływ wody, odprowadź od jednej do dwóch objętości rurki z powrotem do oceanu, aby upewnić się, że przez pompę przepływa woda z pożądanej głębokości. Pobierz próbki wody do 20-litrowych kanistrów, aby przetransportować je do stacji terenowej.Przefiltruj próbkę wody przez zestaw z filiżanką filtrującą, a następnie połącz filiżankę z przenośną próżniową pompą membranową za pomocą przezroczystego wężyka winylowego. Przelej próbkę do filiżanki filtrującej i rozpocznij filtrację. Po zakończeniu procesu przelej filtrate do butelki na wodę i odpowiednio ją opisz.Następnie za pomocą skalpela wyciąć filtr z zespołu uchwytu filtra. Przeciąć go na pół i przenieść do 50-mililitrowej probówki do wirowania. Przenieść 50 mililitrów przefiltrowanej wody morskiej do tej samej probówki do wirowania.Aby zagęścić zmieszane próbki dla każdej głębokości pobrania w danej lokalizacji, należy odesłać do laboratorium ultrafiltrat wraz z filtrem 0,45 mikrometra zawierającym pozostałości komórkowe, a następnie poddać go wirowaniu. Przenieś 60 mililitrów filtratu do filtra wirowego. Wirować przy 6 000 g przez 10 do 20 minut w celu zagęszczenia próbki.Powtarzać wirowanie do momentu otrzymania 1,5 do 2 mililitrów koncentratu zawiesiny wirusów lub bakteriofagów. Przenieść otrzymany koncentrat do probówki Eppendorfa o pojemności dwóch mililitrów w celu dalszego obrazowania wirusów lub bakteriofagów z przetworzonej próbki środowiskowej za pomocą transmisyjnego mikroskopu elektronowego. Wysiać próbki środowiskowe na przygotowane płytki z agarem.Aby wyizolować pojedyncze kolonie domniemanych gospodarzy wirusów lub bakteriofagów, należy użyć sterylnej pętli do przeniesienia izolatu na nową płytkę. Następnie tą samą pętlą należy pobrać inną kolonię i przenieść ją do kolby stożkowej zawierającej pożywkę płynną. Przygotuj 10 kultur startowych w probówkach o pojemności 20 ml zawierających pięć mililitrów pożywki BG-11.Dodaj pięć mililitrów mieszaniny ultrafiltratu z miejsca pobrania próbek i BG-11. Wyizoluj pojedynczą kolonię z płytki z kulturą za pomocą sterylnego wymazika, a następnie zaszczep każdą probówkę z osobna, wrzucając jeden wymazik do każdej probówki. Po wykryciu wzrostu w kulturze startowej, powtórz procedurę posiewu kreskowym do momentu, aż na płytkach pojawi się tylko jeden fenotyp kolonii.Gdy cykle hodowli w kulturze płynnej i na pożywkach stałych doprowadzą do uzyskania fenotypu pojedynczej komórki, należy scharakteryzować morfotypy mikrobiologiczne za pomocą mikroskopii świetlnej. Aby wykryć aktywność wirusów, należy wyhodować trawniki potencjalnych gospodarzy z cyjanobakterii lub mikroalg z zapasów roboczych na płytkach z agarem BG-11. Po pojawieniu się pojedynczych plamek na płytkach po naniesieniu kropelkowym lub rozcieraniu zawiesiny wirusowej, należy użyć sterylnej pętli do pobrania materiału z pojedynczej plamki.Zawirować pętlę w 10-mililitrowej kulturze startowej gospodarza. Aby określić zakres gospodarzy, przygotować posiewy trawnikowe wielu potencjalnych gospodarzy wyizolowanych z próbek środowiskowych lub otrzymanych z innych laboratoriów bądź kolekcji kultur. Wyznaczyć krzywe wzrostu gospodarzy, wykonując pomiary gęstości optycznej przy 730 nanometrach w regularnych odstępach czasu z kultur zakażonych i niezakażonych.Czyste kultury mikroorganizmów fotosyntetyzujących wykazały odmienne morfologie w badaniu pod mikroskopem świetlnym. Na podstawie cech morfologicznych oraz sekwencjonowania 16S rRNA i następującej po nim analizy filogenetycznej, izolat zidentyfikowano jako gatunek cyjanobakterii z rodziny Merismopediaceae. Alternatywny izolat wykazujący owalne zielone komórki sugeruje obecność Synechococcus.Szczep SWII podobny do Synechocytis tworzy gęste, jednolite trawniki na agarze BG-11, co jest idealne do płytkowych testów plackowych. Infekcja phiSBL-14 spowodowała widoczne przejaśnienia w postaci placków w seryjnych rozcieńczeniach metodą nakładania na trawnik oraz zahamowała wzrost szczepu SWII w kulturze płynnej. Krzywe wzrostu wykazały, że szczep SWII zainfekowany stężoną zawiesiną phiSBL-14 wykazywał znacznie wolniejszy przyrost gęstości optycznej w porównaniu zarówno z rozcieńczoną zawiesiną fagową, jak i z niezinfekowaną kontrolą.Maksymalna specyficzna szybkość wzrostu była najwyższa w niezakażonych kulturach SWII. Transmisyjna mikroskopia elektronowa zakażonych kultur SWII ujawniła efekty cytopatyczne, w tym pogrubienie błony, obecność ziarnistości wewnętrznych oraz pęcherzykowanie błony, których nie zaobserwowano w niezakażonych kontrolach.

environmental-sampling-photosynthetic-microbes-their-viruses-from

Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Pobieranie próbek środowiskowych fotosyntetyzujących drobnoustrojów i ich wirusów: od terenu do laboratorium

Szybkość wymiany wirusów w systemach morskich i słodkowodnych można oszacować za pomocą techniki redukcji i ponownego pojawienia się. Uzyskane dane pozwalają badaczom wywnioskować tempo śmiertelności mikroorganizmów indukowanej przez wirusy w systemach wodnych.

Szacowanie szybkości produkcji wirusów w systemach wodnych

Tutaj prezentujemy kompleksowy protokół do oceny dostępności organicznych i nieorganicznych składników odżywczych oraz obfitości i struktury społeczności mikroorganizmów i wirusów w odległych środowiskach morskich.

Odkrywanie niewidzialnych graczy w oceanie - przewodnik terenowy po chemii wody i mikrobiologii morskiej

Tutaj prezentujemy fenomiczne podejścia do funkcjonalnej charakterystyki domniemanych genów fagowych. Techniki obejmują opracowany test zdolny do monitorowania metabolizmu anabolicznego gospodarza, płytki do oznaczania wielu fenotypów (MAP), oprócz uznanej metody metabolomiki, zdolnej do pomiaru wpływu na metabolizm kataboliczny.

Fenomika fagów: fizjologiczne podejścia do charakterystyki nowych białek wirusowych

Zrozumienie składu biologicznego pyłu zawieszonego w środowisku jest ważne dla badania jego znaczącego wpływu na zdrowie ludzi i rozprzestrzenianie się chorób. W tym przypadku zastosowaliśmy trzy rodzaje metod pobierania próbek bioaerozoli oraz analizę biologiczną drobnoustrojów unoszących się w powietrzu, aby lepiej zbadać społeczności drobnoustrojów unoszących się w powietrzu w różnych warunkach środowiskowych.

Analiza składu i rozmieszczenia bioaerozoli w różnych warunkach środowiskowych

Obywatelski projekt naukowy miał na celu rekrutację mieszkańców San Diego do pobierania próbek środowiskowych na obecność SARS-CoV-2. Stworzono wielojęzyczną platformę internetową do przesyłania danych za pomocą przyjaznego dla użytkownika interfejsu urządzenia mobilnego. System zarządzania informacjami laboratoryjnymi ułatwił gromadzenie tysięcy próbek zróżnicowanych geograficznie dzięki śledzeniu wyników w czasie rzeczywistym.

Wymazy ze środowiska miejskiego - rurociąg do pobierania próbek i wykrywania SARS-CoV-2 ze zbiorników środowiskowych

Ta publikacja opisuje projekt laboratoryjnych fotobioreaktorów (PBR) z konfigurowalnymi reżimami oświetlenia. Wzrost sinic lub mikroalg, wykorzystujących wodorowęglan jako źródło węgla, jest stale monitorowany poprzez pomiar objętościowej produkcji tlenu. Te PBR ułatwiają szybkie, powtarzalne porównania wzrostu laboratoryjnego przy niewielkiej interwencji użytkownika podczas eksperymentów.

Obsługa fotobioreaktorów laboratoryjnych z pomiarami wzrostu online i konfigurowalnymi reżimami oświetlenia

Stężenie wirusa z próbek wody i ścieków środowiskowych jest trudnym zadaniem, przeprowadzanym głównie w celu identyfikacji i kwantyfikacji wirusów. Chociaż opracowano i przetestowano kilka metod koncentracji wirusów, tutaj wykazujemy skuteczność ultrafiltracji i flokulacji mleka odtłuszczonego dla wirusów RNA z różnymi typami próbek.

Zagęszczenie cząstek wirusa w próbkach wody i ścieków środowiskowych przy użyciu flokulacji mleka odtłuszczonego i ultrafiltracji

Niezawodne i dokładne formy analizy DNA w terenie są kluczowe dla wielu branż. Niniejszy artykuł oferuje dwie metody analizy mikroorganizmów środowiskowych w terenie: 1) izolację DNA mikroorganizmów z próbek środowiskowych za pomocą zestawu terenowego do ekstrakcji biologicznej oraz 2) analizę DNA za pomocą jednostki qPCR w terenie.

Analiza DNA mikroorganizmów w terenie z wykorzystaniem zestawu do ekstrakcji biologicznej oraz jednostki qPCR

Niniejszy film przedstawia technikę izolacji DNA z gatunków mikroorganizmów zasiedlających jelito tylne termitów. Zaprezentowano również przygotowanie preparatu świeżego, który jest przydatny do wizualizacji mikrobioty jelitowej, a także przeprowadzono przegląd bogatego gatunkowo środowiska jelita.

Izolacja DNA z mikroorganizmów jelitowych termita (Zootermopsis angusticollis) oraz wizualizacja mikroorganizmów jelitowych

Niniejszy film dokumentuje metody pobierania próbek przybrzeżnych wód morskich oraz ich przetwarzania na potrzeby różnych zastosowań analitycznych, w tym zagęszczania biomasy, oczyszczania kwasów nukleinowych, oznaczania liczby komórek oraz analizy składników odżywczych i gazów śladowych.

Pobieranie i gromadzenie próbek wody morskiej

Poznaj metody pobierania próbek środowiskowych cyjanofagów i ich gospodarzy w ekosystemach wodnych. Wykorzystaj sekwencjonowanie nowej generacji i mikroskopię elektronową do izolacji genotypów i analizy dynamiki wirus-gospodarz.

Pobieranie próbek środowiskowych mikroorganizmów fotosyntetycznych i ich wirusów: od terenu do laboratorium

Przeglądaj więcej filmów