Tok obliczeniowy do ilościowej identyfikacji RNA intergenowego/wewnątrzgenowego w embrionalnych komórkach macierzystych myszy

Nasza grupa bada epigenetykę wzmacniaczy oraz epitranskryptomikę, koncentrując się na opracowaniu dokładnej metody ilościowej identyfikacji RNA wzmacniających jako wskaźników aktywacji wzmacniacza. Ponieważ wzmacniacze wewnątrzgenowe były z transkrypcjami gospodarza, rozróżnienie sygnałów wzmacniaczy DER i ich precyzyjne określenie ilościowe jest trudne. Aby zacząć, otwórz terminal i wpisz polecenie przygotowania niezbędnych plików i referencji do identyfikacji wzmacniacza.

Wpisz polecenie w terminalu, aby wejść do katalogu roboczego. Następnie wykonaj polecenie, które kopiuje skrypty identyfikacji wzmacniacza do bieżącego katalogu. Następnie wykonaj odpowiednie polecenie, aby wygenerować pliki BED dla regionów promotorów, ciał genów i genów kodujących białka, używając adnotacji kodu gen.