Name: Mapowanie modyfikacji histonów i miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych w neuroendokrynnych liniach komórkowych raka płuc z wykorzystaniem CUT and RUN (Wideo) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-03T12:30:00.000+00:00
Duration: 11 min 50 s
Description: Poznaj metodę CUT&RUN-seq do mapowania modyfikacji histonów H3K4me3, H3K4me1 i czynnika transkrypcyjnego E2F7 w neuroendokrynnych liniach komórkowych raka płuc. Technika ta umożliwia identyfikację regulacyjnych elementów DNA z niskim zapotrzebowaniem na materiał.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Badania te zostały wsparte przez NCI K08CA241309 (kierownik: Hui-Zi Chen), nagrodę ACS IRG (promotor: Hui-Zi Chen) oraz nagrodę American Lung Association Lung Cancer Discovery Award (kierownik: Hui-Zi Chen). Sekwencjonowanie przeprowadzono w Linda T. and John A. Mellowes Center for Genomic Sciences and Precision Medicine. Dziękujemy również wszystkim członkom laboratorium za ich spostrzeżenia i wsparcie dla tych prac.

<ol><li>Kimura, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+modifications+for+human+epigenome+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Hum+Genet%22%5BJournal%5D)">Histone modifications for human epigenome analysis.</a> J Hum Genet. 58 (7), 439-445 (2013).</li>
<li>Millan-Zambrano, G., Burton, A., Bannister, A. J., Schneider, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+post-translational+modifications-cause+and+consequence+of+genome+function%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Histone post-translational modifications-cause and consequence of genome function.</a> Nat Rev Genet. 23 (9), 563-580 (2022).</li>
<li>Seligson, D. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+histone+modification+patterns+predict+risk+of+prostate+cancer+recurrence%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Global histone modification patterns predict risk of prostate cancer recurrence.</a> Nature. 435 (7046), 1262-1266 (2005).</li>
<li>Wang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((STAT3+facilitates+super+enhancer+formation+to+promote+fibroblast-to-myofibroblast+differentiation+by+the+analysis+of+ATAC-seq%2C+RNA-seq+and+ChIP-seq%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cell+Mol+Med%22%5BJournal%5D)">STAT3 facilitates super enhancer formation to promote fibroblast-to-myofibroblast differentiation by the analysis of ATAC-seq, RNA-seq and ChIP-seq.</a> J Cell Mol Med. 29 (11), e70639(2025).</li>
<li>Zhao, Z., Shilatifard, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenetic+modifications+of+histones+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Epigenetic modifications of histones in cancer.</a> Genome Biol. 20 (1), 245(2019).</li>
<li>Takumida, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+epigenome+and+transcriptome+analyses+reveal+transcriptional+programs+differentially+regulated+by+ASCL1+and+NEUROD1+in+small+cell+lung+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Integrative epigenome and transcriptome analyses reveal transcriptional programs differentially regulated by ASCL1 and NEUROD1 in small cell lung cancer.</a> Oncogene. 44 (34), 3113-3125 (2025).</li>
<li>Sivakumar, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+analysis+of+a+large+real-world+cohort+of+small+cell+lung+cancer+identifies+distinct+genetic+subtypes+and+insights+into+histologic+transformation%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discov%22%5BJournal%5D)">Integrative analysis of a large real-world cohort of small cell lung cancer identifies distinct genetic subtypes and insights into histologic transformation.</a> Cancer Discov. 13 (7), 1572-1591 (2023).</li>
<li>Rudin, C. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Author+correction%3A+Molecular+subtypes+of+small+cell+lung+cancer%3A+A+synthesis+of+human+and+mouse+model+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Cancer%22%5BJournal%5D)">Author correction: Molecular subtypes of small cell lung cancer: A synthesis of human and mouse model data.</a> Nat Rev Cancer. 19 (7), 415(2019).</li>
<li>Rhee, H. S., Pugh, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+genome-wide+protein-DNA+interactions+detected+at+single-nucleotide+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Comprehensive genome-wide protein-DNA interactions detected at single-nucleotide resolution.</a> Cell. 147 (6), 1408-1419 (2011).</li>
<li>Teytelman, L., Thurtle, D. M., Rine, J., van Oudenaarden, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+expressed+loci+are+vulnerable+to+misleading+ChIP+localization+of+multiple+unrelated+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Highly expressed loci are vulnerable to misleading ChIP localization of multiple unrelated proteins.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (46), 18602-18607 (2013).</li>
<li>Skene, P. J., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+efficient+targeted+nuclease+strategy+for+high-resolution+mapping+of+DNA+binding+sites%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">An efficient targeted nuclease strategy for high-resolution mapping of DNA binding sites.</a> Elife. 6, e21856(2017).</li>
<li>Skene, P. J., Henikoff, J. G., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeted+in+situ+genome-wide+profiling+with+high+efficiency+for+low+cell+numbers%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Targeted in situ genome-wide profiling with high efficiency for low cell numbers.</a> Nat Protoc. 13 (5), 1006-1019 (2018).</li>
<li>Meers, M. P., Bryson, T. D., Henikoff, J. G., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+CUT%26RUN+chromatin+profiling+tools%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Improved CUT&RUN chromatin profiling tools.</a> Elife. 8, e46314(2019).</li>
<li>Custers, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cleavage+under+targets+%26+release+using+nuclease+%28CUT%26RUN%29+protocols+for+the+study+of+genetic+and+epigenetic+regulation+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Cleavage under targets & release using nuclease (CUT&RUN) protocols for the study of genetic and epigenetic regulation in cancer.</a> Methods Mol Biol. 2944, 207-225 (2025).</li>
<li>Hainer, S. J., Boskovic, A., McCannell, K. N., Rando, O. J., Fazzio, T. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Profiling+of+pluripotency+factors+in+single+cells+and+early+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Profiling of pluripotency factors in single cells and early embryos.</a> Cell. 177 (5), 1319-1329.e11 (2019).</li>
<li>Marroquin-Rivera, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Immune-related+transcriptomic+and+epigenetic+reconfiguration+in+BV2+cells+after+lipopolysaccharide+exposure%3A+An+in+vitro+omics+integrative+study%5BTitle%5D)+AND+%22Inflamm+Res%22%5BJournal%5D)">Immune-related transcriptomic and epigenetic reconfiguration in BV2 cells after lipopolysaccharide exposure: An in vitro omics integrative study.</a> Inflamm Res. 73 (2), 211-225 (2024).</li>
<li>Huang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deciphering+the+role+of+histone+modifications+in+memory+and+exhausted+CD8+T+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Deciphering the role of histone modifications in memory and exhausted CD8 T cells.</a> Sci Rep. 15 (1), 17359(2025).</li>
<li>De Sarkar, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nucleosome+patterns+in+circulating+tumor+DNA+reveal+transcriptional+regulation+of+advanced+prostate+cancer+phenotypes%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discov%22%5BJournal%5D)">Nucleosome patterns in circulating tumor DNA reveal transcriptional regulation of advanced prostate cancer phenotypes.</a> Cancer Discov. 13 (3), 632-653 (2023).</li>
<li>Roberti, A., Fraga, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenomic+profiling+of+histone+posttranslational+modifications+in+frozen+cancer+tissue+using+CUT%26RUN%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Epigenomic profiling of histone posttranslational modifications in frozen cancer tissue using CUT&RUN.</a> Methods Mol Biol. 2930, 229-243 (2025).</li>
<li>Black, J. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Master+regulators+and+cofactors+of+human+neuronal+cell+fate+specification+identified+by+CRISPR+gene+activation+screens%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Master regulators and cofactors of human neuronal cell fate specification identified by CRISPR gene activation screens.</a> Cell Rep. 33 (9), 108460(2020).</li>
<li>Augert, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Small+cell+lung+cancer+exhibits+frequent+inactivating+mutations+in+the+histone+methyltransferase+KMT2D%2FMLL2%3A+CALGB+151111+%28Alliance%29%5BTitle%5D)+AND+%22J+Thorac+Oncol%22%5BJournal%5D)">Small cell lung cancer exhibits frequent inactivating mutations in the histone methyltransferase KMT2D/MLL2: CALGB 151111 (Alliance).</a> J Thorac Oncol. 12 (4), 704-713 (2017).</li>
<li>Kaya-Okur, H. S., Janssens, D. H., Henikoff, J. G., Ahmad, K., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+low-cost+chromatin+profiling+with+CUT%26Tag%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Efficient low-cost chromatin profiling with CUT&Tag.</a> Nat Protoc. 15 (10), 3264-3283 (2020).</li>
<li>Yang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((H3K9me3+involved+in+FOXL2+regulation+of+SerpinE2+expression+to+affect+steroid+hormone+synthesis+in+follicular+granulosa+cells%5BTitle%5D)+AND+%22FASEB+J%22%5BJournal%5D)">H3K9me3 involved in FOXL2 regulation of SerpinE2 expression to affect steroid hormone synthesis in follicular granulosa cells.</a> FASEB J. 39 (12), e70730(2025).</li>
<li>Panday, A., Elango, R., Willis, N. A., Scully, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+modified+CUT%26RUN-seq+technique+for+qPCR+analysis+of+chromatin-protein+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">A modified CUT&RUN-seq technique for qPCR analysis of chromatin-protein interactions.</a> STAR Protoc. 3 (3), 101529(2022).</li>
<li>Lardo, S. M., Hainer, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+factor+localization+on+chromatin+using+ultra-low+input+cleavage+under+targets+and+release+using+nuclease%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Single-cell factor localization on chromatin using ultra-low input cleavage under targets and release using nuclease.</a> J Vis Exp. (180), e63536(2022).</li>
<li>Hsieh, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Resolving+the+3D+landscape+of+transcription-linked+mammalian+chromatin+folding%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Resolving the 3D landscape of transcription-linked mammalian chromatin folding.</a> Mol Cell. 78 (3), 539-553.e8 (2020).</li>
<li>Mumbach, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HiChIP%3A+Efficient+and+sensitive+analysis+of+protein-directed+genome+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">HiChIP: Efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture.</a> Nat Methods. 13 (11), 919-922 (2016).</li>
</ol>

Autorzy deklarują brak konkurencyjnych interesów.

Zaburzenia epigenetyczne i LDTF są kluczowymi czynnikami biologii nowotworów SCLC6. Określenie genomowego rozkładu specyficznych modyfikacji histonowych i białek wiążących DNA w SCLC może ujawnić potencjalne mechanizmy nabytej oporności terapeutycznej i plastyczności fenotypowej. CUT&RUN-seq to potężna metoda mapowania interakcji białek histon-DNA oraz nie-histonowych z wysokorozdzielczością14 z komórek i tkanek. Protokół ten stanowi skuteczną i niskokosztową alternatywę dl...

Modyfikacje posttranslacyjne histonów (PTM) oraz czynniki transkrypcyjne (TF) są centralnymi regulatorami ekspresji genów. PTM histonowe, takie jak acetylacja, metylacja, fosforylacja i ubikwitynacja, głównie na ich ogonach N-końcowych, wpływają na strukturę chromatyny 1,2. W nowotworach histonowe PTM często są dysregulowane, co prowadzi do nieprawidłowej aktywacji onkogenów lub wyciszenia genów supresorów nowotworowych3. TF wiążą specyficzne sekwencje DNA na promotorach lub wzmacniaczach, aby aktywować lub tłumić docelowe geny, często rekrutując enzymy modyfikujące histony koordynujące przebudowę chromatyny4. Enzymy, które zapisują, usuwają lub odczytują znaki histonowe, takie jak acetylotransferazy histonowe (HAT), deacetylazy histonowe (HDAC) i metylotransferazy (HMT), często są mutowane lub zaburzone w nowotworach, co czyni je atrakcyjnymi celami terapeutycznymi5.
W SCLC zmiany epigenetyczne oraz czynniki transkrypcyjne definiujące linię (LDTF) są kluczowymi czynnikami biologii nowotworów6. W przeciwieństwie do mutacji genetycznych, zmiany epigenetyczne, w tym metylacja DNA i modyfikacje histonów, regulują ekspresję genów bez zmiany podstawowej sekwencji DNA. Te modyfikacje mogą wyciszyć geny supresorów nowotworów lub aktywować onkogeny, napędzając agresywne zachowanie SCLC. Na przykład metylotransferaza histonowa KMT2D jest często mutowana z częstotliwością zmian 12,9% w dużej rzeczywistej kohorcie pacjentów SCLC7 i odpowiada za monometylację lizyny H3 (H3K4me1), objaw związany z aktywnymi obszarami wzmacniającymi genom. SCLC to choroba molekularnie heterogeniczna. SCLC klasyfikuje się na podtypy molekularne na podstawie różnicowej ekspresji czterech LDTF: homologu achaete-scute 1 (ASCL1), czynnika różnicowania neurogennego 1 (NEUROD1), białka yes powiązanego 1 (YAP1) oraz homeoboksa POU klasy 2 3 (POU2F3). Podtypy neuroendokrynne (NE), w tym ASCL1 i NEUROD1, stanowią około 70-80% przypadków SCLC8. Dlatego badanie rozkładu i profili różnych histonowych PTM oraz miejsc wiązania TF w różnych podtypach SCLC może wyjaśnić programy genowe specyficzne dla podtypu, które są podatne na interwencję terapeutyczną.
Tradycyjną metodą identyfikacji histonowych PTM oraz miejsc wiązania białek regulacyjnych specyficznych dla sekwencji na poziomie całego genomu jest sekwencjonowanie immunoprecypitacji chromatyny (ChIP-seq)9. Jednak ChIP-seq wymaga dużej liczby komórek wejściowych i często zapewnia wysokie tło w całym genomie. W rezultacie ChIP-seq wymaga wysokiego poziomu wzbogacenia docelowego białka, aby odróżnić prawdziwy sygnał od szumu oraz wymaga głębokiego sekwencjonowania dla efektywnej analizy danych. Dodatkowo, sieci formaldehydowe stosowane w ChIP-seq mogą maskować epitopy i generować fałszywie dodatnie miejsca wiązania10. Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease and then next-generation sequencing (CUT&RUN-seq) to wysokorozdzielcza alternatywa do mapowania histonowych PTM i miejsc wiązania TF in situ w komórkach nienaruszonych. W tej metodzie komórki permeabilizowane są inkubowane przeciwciałem skierowanym na interesujące białko związane z chromatyną, po czym następuje wiązanie białka fuzyjnego A(G)-mikrokokowej nukleazy (MNazy). Następnie indukowane jest ukierunkowane trawienie DNA po obu stronach interesującego białka w warunkach wysokiego i niskosolnego, uwalniając specyficzne fragmenty DNA do oczyszczania. Oczyszczone fragmenty DNA są wykorzystywane do tworzenia bibliotek sekwencjonowania z kodami kreskowymi, które można łączyć do sekwencjonowania o wysokiej przepustowości 11,12,13,14. W porównaniu do ChIP-seq, CUT&RUN wymaga znacznie mniejszej liczby komórek wejściowych, generuje mniej szumów tła, unika artefaktów sieciowania i wymaga mniejszej liczby odczytów sekwencjonowania – co czyni go szczególnie odpowiednim do badania dynamicznych stanów chromatyny w nowotworach w sposób opłacalny.
Technologia CUT&RUN została opracowana do badania lokalizacji genomowych białek oddziałujących na chromatynę, w tym modyfikacji histonów, miejsc wiązania TF oraz kompleksów związanych z chromatyną, co ujawnia epigenetyczne krajobrazy regulacyjne11,12. Technika ta umożliwiła szczegółowe analizy architektury wzmacniacza-promotora, regulacji sieci transkrypcyjnej oraz dynamiki stanu chromatyny podczas rozwoju i postępu choroby15. W badaniach nad rakiem CUT&RUN umożliwia precyzyjne mapowanie znaków histonowych16,17 oraz zajętości onkogennych czynników transkrypcyjnych, pomagając zidentyfikować programy regulacyjne specyficzne dla linii geneatycznych oraz potencjalne cele terapeutyczne15,16. Ponadto CUT&RUN może być wykonywany in situ w komórkach, w tym CD8+ Tcell 17, a także na próbkach tkanek18,19.
Aby wykryć genomową lokalizację PTM i miejsc wiązania czynników transkrypcyjnej E2F7 w podtypach SCLC, zastosowaliśmy CUT&RUN-seq do czterech modeli linii komórkowych SCLC NE: H146 i DMS79 (podtyp ASCL1), a także H446 i H82 (podtyp NEUROD1), z mutacjami KMT2D lub bez. Sprofilowaliśmy znak histonowy H3K4me1, modyfikację związaną z wzmacniaczem głównie katalizowaną przez KMT2D, oraz E2F7, który wykazano jako kofaktor ASCL120. Znak histonowy H3K4me3, związany z aktywnymi promotorami, pełnił funkcję kontroli dodatniej, natomiast IgG stanowił kontrolę ujemną.
Przedstawiamy tutaj szczegółowy protokół CUT&RUN-seq dla linii komórkowych SCLC NE, oparty na następujących elementach: komercyjnie dostępnym zestawie CUT&RUN (patrz Tabela materiałów), oryginalnej pracy Skene i Henikoffa 11,12,13 oraz naszych własnych optymalizacjach laboratoryjnych.

<table><tbody><tr><td><silny>odczynnik</silny></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>RPMI-1640 media&nbsp;</td><td>Gibco ThermoFisher Scientific</td><td>11875093</td><td>Pożywka hodowla komórkowa</td></tr><tr><td>Serum bydła płodu (FBS)</td><td>Neuromika</td><td>FBS002-HI</td><td>Składnik pożywki hodowli komórkowej</td></tr><tr><td>1% penicylina-sstreptomycyna &nbsp;</td><td>Gibco ThermoFisher Scientific</td><td>15140122</td><td>Antybiotyki, aby zapobiec zakażeniu hodowli komórkowych bakteryjnie</td></tr><tr><td>Roztwór Trypan Blue 0,4%</td><td>Gibco ThermoFisher Scientific</td><td>15250061</td><td>Trypan Blue Staining został użyty do oceny przepuszczalności za pomocą zautomatyzowanego licznika komórek.</td></tr><tr><td>Roche cOmplete, koktajl inhibitorów Proease bez EDTA</td><td>Roche</td><td>11873580001</td><td>Inhibitor proteazy. Składniki bufora płukania</td></tr><tr><td>5% Digitonin&nbsp;</td><td>EpiCypher</td><td>21-1004</td><td>Komponenty buforowe&nbsp; a przepis na bufor można znaleźć w arkuszu buforowym</td></tr><tr><td>Bufor aktywacyjny kulek</td><td>EpiCypher</td><td>21-1001</td><td>Komponenty buforowe&nbsp; a przepis na bufor można znaleźć w arkuszu buforowym</td></tr><tr><td>Koraliki Concanavalin A (ConA)</td><td>EpiCypher</td><td>21-1401</td><td>Mikrosfery paramagnetyczne sprzężone z ConA to magnetyczne kulki pokryte lektyną, które umożliwiają wiązanie błony lipidowej</td></tr><tr><td>CUT& RUN Kit&nbsp;</td><td>CUTANA ChIC EpiCypher</td><td>14-1048</td><td>Odczynniki dla CUT& Generowanie DNA w RUN</td></tr><tr><td>Zestaw do oczyszczania DNA</td><td>CUTANA&nbsp; EpiCypher</td><td>14-0050</td><td>Wyodrębnić DNA z uwolnionych fragmentów docelowego DNA w supernantcie w reactIon</td></tr><tr><td>CUT& RUN Library Prep Kit</td><td>CUTANA EpiCypher</td><td>14-001</td><td>Wygeneruj CUT& Biblioteki sekwencjonowania nowej generacji (NGS) RUN</td></tr><tr><td>&nbsp; Oczyszczanie DNA Magnetyczne Koraliki</td><td>Agencourt AMPure XP Beckman Coulter</td><td>A63880</td><td>Czyszczenie produktów PCR i wybór rozmiarów (np. usunięcie dimera i podkładu z adaptera)</td></tr><tr><td>E. coli Spike-in DNA</td><td>EpiCypher</td><td>18-1401</td><td>Używany jako egzogenny spike-in do kalibracji odczytów sekwencjonowania na serii próbek&mdash; na przykład choroby leczone kontra nieleczone</td></tr><tr><td>pAG-MNase</td><td>EpiCypher</td><td>&nbsp; 15-1016</td><td>Po wiązaniu się z pierwotnym przeciwciałem enzym rozszczepia docelowy fragment DNA po obu stronach związanego białka, gdy zostanie aktywowany przez wapń</td></tr><tr><td>PBS PH7.4 1x</td><td>Gibco (Thermo Fisher Scientific)</td><td>10010-049</td><td>Komórki płuczące</td></tr><tr><td>Bufor przed płukaniem</td><td>EpiCypher</td><td>21-1002</td><td>Komponenty buforowe&nbsp; a przepis na bufor można znaleźć w arkuszu buforowym</td></tr><tr><td>dsDNA Wysoka czułość&nbsp; Zestaw do testowania</td><td>QubitTM Thermo Fisher Scientific</td><td>Q32854</td><td>CUT& Ilościowość DNA RUN</td></tr><tr><td>Bufor Stop</td><td>EpiCypher</td><td>21-1003</td><td>Komponenty buforowe&nbsp; a przepis na bufor można znaleźć w arkuszu buforowym</td></tr><tr><td>Zestaw DNA o wysokiej czułości&nbsp;</td><td>Agilent Technoligies</td><td>5067-4626</td><td>CUT& Analiza quatyfikacji DNA i NGS w RUN oraz rozkładu rozmiarów fragmentów</td></tr><tr><td><silny>materiałowy</silny></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Rurki PCR o pojemności 0,2 mL z 8 paskami</td><td>EpiCypher</td><td>10-0009k</td><td>Lampy dla CUT& Reakcje RUN, kompatybilne z lampami 0,2 ml Magnetic Separation Rack</td></tr><tr><td>Slajdy LUNA 8-kanałowe</td><td>Logos BioSystems INC</td><td>L72001</td><td>Slajdy do liczenia komórek i Sprawdzanie żywotności i integralności komórek</td></tr><tr><td>Wielokanałowy rezerwuar odczynnikowy</td><td>Fisher Scientific</td><td>14-387-072</td><td>Pojemnik buforowy do mycia</td></tr><tr><td>DynaMagTM-2 (szafa separacji magnetycznej), lampy 1,5 mL</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>12321D</td><td>Kulki ConA były izolowane od bufora magazynowego za pomocą magnetycznego stojaka separacyjnego, a następnie aktywowane przez ponowną zawiesinę w buforze aktywacyjnym w rurce mikrowirówki o pojemności 1,5 mL.</td></tr><tr><td>Magnetyczny Rack Separacyjny, lampy 0,2 mL</td><td>EpiCypher</td><td>10-0008</td><td>Stand to separate&nbsp; Komórki wiążące kulki, przeciwciała, pAG/MNazę z reakcji oraz bufory płuczące</td></tr><tr><td>Eppendor Research plus pipeta 8-kanałowa, 0,5-10 uL&nbsp;</td><td>Eppendorf</td><td>3125000010</td><td>Próbki probówek 8-paskowych aspiracji&nbsp; Aby przyspieszyć przepływ pracy, porównywalny wielokanałowy pipettor</td></tr><tr><td>Eppendorf Refrence 2 8-kanałowa pipeta, 30-300 uL</td><td>Eppendorf</td><td>4926000050</td><td>Aspiracja i kroki płukania przyspieszają przepływ pracy, porównywalny wielokanałowy pipettor</td></tr><tr><td><silny>Sprzęt</mocny></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Mieszacz Scientific Industries Vortex-Genie 2, o zmiennej prędkości, 120V</td><td>Fisher Scientific</td><td>50-728-002</td><td>Min-centrifuga i wirowanie</td></tr><tr><td>LUNA FX7 Automatyczny licznik komórek</td><td>Logos BioSystems INC</td><td>L70001</td><td>Licznik komórek</td></tr><tr><td>Mieszacz nutacyjny</td><td>VWR</td><td>82007-202</td><td>Kroki inkubacji kulek (inkubacja przeciwciał przez noc, reakcja trawienia pAG-MNazy).</td></tr><tr><td>Eppendorf 6331 Nexus Gradient MasterCycler Termiczny Cycler</td><td>Eppendorf</td><td>6331</td><td>CUT& Budowa bibliotek RUN nowej generacji</td></tr><tr><td>Fluorometr Qubit 4</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Q33226</td><td>Ilościowa identyfikacja DNA.</td></tr><tr><td>Agilent 2100 Bioanalyzer</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2939A</td><td>Analiza wielkości fragmentów, stężenia dla CUT& RUN DNA i CUT& CUT& Biblioteki RUN,&nbsp; porównywalny instrument do elektroforezy kapilarnej (np. Agilent TapeStation)</td></tr><tr><td>Agilent TapeStation</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2992AA</td><td>Analiza wielkości fragmentów, stężenia dla CUT& RUN DNA i CUT& CUT& Biblioteki RUN</td></tr><tr><td>System Illumina NovaSeq 6000</td><td>&nbsp; Illumina, San Diego, CA, USA</td><td></td><td>Sekwencjonowanie połączonych CUT & RUN libraries&nbsp;</td></tr></tbody></table>

mapowanie modyfikacji histonów i miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych w neuroendokrynnych liniach komórkowych raka płuc z wykorzystaniem cut&run

Genome-Wide Mapping of Histone Modifications and Transcription Factor Binding Sites in Neuroendocrine Small Cell Lung Cancer Cell Lines Using CUT&amp;RUN

Białka remodelujące chromatynę oraz czynniki transkrypcyjne (TF) odgrywają kluczową rolę w biologii nowotworów drobnokomórkowego raka płuc (SCLC). Charakterystyka całego genomu modyfikacji posttranslacyjnych histonów (PTM) oraz miejsc wiązania TF jest kluczowa dla identyfikacji regulatorowych elementów DNA i szlaków genowych, które doprowadzą do głębszego mechanistycznego zrozumienia SCLC i wyznaczą cele do interwencji terapeutycznej. Rozszczepienie pod celami i uwalnianie z użyciem nukleazy, a następnie sekwencjonowanie nowej generacji (CUT&RUN-seq) to potężna metoda mapowania specyficznych modyfikacji histonów oraz określania profili wiązania DNA szerokiego zakresu białek in situ w genomie komórkowym. W CUT&RUN NUKLEAZA MIKROKOKOWA (MNaza) połączona z białkiem A/G jest rekrutowana za pomocą przeciwciał do miejsc genomowych białek związanych z chromatyną, gdzie fragmenty DNA są uwalniane z chromatyny objętej po aktywacji i rozszczepieniu MNazy. To lokalne trawienie generuje małe, specyficzne dla locus fragmenty DNA odpowiednie do sekwencjonowania. 
Przedstawiamy tutaj szczegółowy protokół profilowania modyfikacji histonowych H3K4me3 (związanych z aktywnymi lub otwartymi promotorami) oraz H3K4me1 (związanych z aktywnymi wzmacniaczami), a także czynnika transkrypcyjnego E2F7 w SCLC. Protokół ten został zoptymalizowany pod kątem neuroendokrynnych (NE) modeli komórek SCLC, które zazwyczaj charakteryzują się dużymi jądrami, rzadką cytoplazmą oraz wzrostem jako nieprzylegające agregaty w zawiesinach.

Typowe lub "klasyczne" linie komórkowe SCLC NE charakteryzują się dużymi jądrami, skąpą cytoplazmą oraz wzrostem jako nieprzylegające agregaty lub zwarte sferoidy w zawiesie. Linie komórkowe o wysokiej wartości ASCL1, takie jak NCI-H146 i DMS79, oraz linie komórkowe o wysokiej wartości NEUROD1, takie jak NCI-H82 i H446, wykazują klasyczny fenotyp SCLC: komórki małych i średnich z niewielką cytoplazmą, drobno ziarnistą chromatyną i tendencją do wzrostu głównie jako nieprzylegające agregaty lub zwarte sferoidy. Chociaż mod...

Opisano zoptymalizowany protokół rozszczepienia pod celami i uwalnianie z użyciem nukleazy, a następnie sekwencjonowanie nowej generacji (CUT&RUN-seq) dla neuroendokrynnych linii komórkowych raka płuc z drobnymi komórkami. Umożliwia mapowanie różnych modyfikacji histonów oraz miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych (np. E2F7) na poziomie genomu w celu badania deregulacji epigenetycznej i transkrypcyjnej w patobiologii SCLC.

Mapowanie modyfikacji histonów i miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych w neuroendokrynnych liniach komórkowych raka płuc z wykorzystaniem CUT&RUN

Chromatin remodeling proteins and transcription factors (TFs) play critical roles in the tumor biology of small cell lung cancer (SCLC). Genome-wide ...

Celem naszych badań jest więc identyfikacja interakcji między czynnikami transkrypcyjnymi definiującymi linię a białkami remodelującymi chromatynę w różnych typach drobnokomórkowego raka płuca, regulując krajobrazy transkrypcyjne oraz to, jak te interakcje mogą wpływać na procesy chorobowe, w tym inicjowanie i postęp nowotworów. Naszym celem jest przeprowadzenie eksperymentów takich jak CUT&RUN, czyli technika sekwencjonowania nowej generacji, która może profilować lub identyfikować na skalę globalną lokalizacje genomowe, w których występują te różnicowo zmodyfikowane histony i DNA czynniki transkrypcyjne. Ostatecznie mamy nadzieję zidentyfikować nowe ścieżki regulowane epigenetycznie, które mogą być terapeutycznie możliwe do zastosowania w opracowywaniu nowych terapii dla pacjentów z tą bardzo agresywną formą raka płuc.Na początek usuń hodowlane komórki neuroendokrynne raka płuc drobnokomórkowego z inkubatora o temperaturze 37 stopni Celsjusza i zbadaj je pod mikroskopem, aby upewnić się o ich jakości. Następnie przeniesiono zawiesiny do stożkowej rurki o pojemności 50 mililitrów i wiruj ją w 1 200 g przez pięć minut w temperaturze pokojowej. Aspiruj medium z stożkowej rurki, używając próżni w okapie i płucz powstały pellet komórkowy 20 mililitrami PBS.Ponownie wiruj probówkę w 1 200 g przez pięć minut i zasysaj PBS. Dodaj Accutazę w zależności od wielkości pelletu i inkubuj przez trzy do pięciu minut w temperaturze 37 stopni Celsjusza, aby strawić granulki komórkowe. Następnie zakończ trawienie, dodając pięć mililitrów PBS o 10% FBS i mieszając w celu uzyskania zawiesiny pojedynczej komórki.Po ponownym wirowaniu ogniw, jak wcześniej pokazano, ponownie zawiesij granulek w pięciu mililitrach PBS. Policz komórki startowe i potwierdź ich żywotność oraz integralność za pomocą automatycznego licznika komórek. Oblicz łączną liczbę potrzebnych komórek i dodaj 20% nadwyżki, aby uwzględnić błędy pipetowania.Przenieś obliczoną liczbę ogniw do probówek o pojemności 1,5 mililitra i wiruj je w 600 g przez trzy minuty w temperaturze pokojowej. Ponownie zawiesijcie komórki w buforze płukania z gęstością pięciokrotnie 10, do mocy pięciu komórek na reakcję, co daje łącznie sześć reakcji. Stosuj 100 mikrolitrów buforu na reakcję i delikatnie, ale dokładnie pipetować, aby zapewnić równomierną zawiesinę.Ponownie wiruj ogniwa, usuwaj supernatant i powtarzaj mycie. Należy zastosować 100 mikrolitrów wypranych komórek do każdej rurki zestawu ośmiu pasków zawierającego 10 mikrolitrów aktywowanych kulek Concanavalin A. Delikatnie pipetuj, żeby wymieszać zawartość.Inkubuj zawiesinę z komórek kulek przez 10 minut w temperaturze pokojowej, aby umożliwić wiązanie komórek z kulkami, a następnie szybko obróć rurki w mini wirówce, aby zebrać zawiesinę bez pozwalania kulkom na osadzanie się. Umieść lampy na stojaku z magnesami rur 0,2 mililitra. Pozwól zawiesinie się rozdrożyć, a następnie podaj pipetę, aby usunąć nadmiar.Następnie wyjmij rurki z magnesu. Natychmiast dodaj 50 mikrolitrów buforu przeciwciał lodowatych do każdej reakcji i delikatnie pipetuj, aby ponownie zawiesować kulki. Odpowiednio oznacz osiem rurek z paskami.Do każdej probówki reagującej dodaj po 0,5 mikrograma przeciwciał H3K4me3, H3K4me1 i immunoglobuliny oraz 0,6 mikrograma poliklonalnych przeciwciał E2F7 z różnych źródeł do każdej probówki. Delikatnie pipetuj, aby dokładnie wymieszać zawartość każdej probówki i inkubuj ją przez noc na nutatorze w temperaturze czterech stopni Celsjusza z podniesionymi kapslami rurek. Usuń osiem rurek pasków z nutatora i wykonaj szybkie obrócenie, aby zebrać ciecz na dnie każdej rurki.Teraz umieść rurki na stojaku magnetycznym, aż zawiesina się rozproszy. Następnie ostrożnie pipetuj, aby usunąć i wyrzucić supernatant. Trzymając rurki na stojaku magnetycznym, przemyj każdą probówkę dwukrotnie 200 mikrolitrami buforu przepuszczalnego z zimnych komórek i użyj pipety wielokanałowej do usuwania supernatantu po każdym płukaniu.Następnie zdejmij rurki ze stojaka magnetycznego. Natychmiast dodaj 50 mikrolitrów przepuszczalnego buforu z zimnymi komórkami do każdej reakcji i delikatnie pipetuj, aby ponownie zawiesić komórki i kulki. Następnie do każdej reakcji dodaj 2,5 mikrolitra białka AG-mikrokokowej nukleazy i dobrze wymieszaj przez delikatne pipetowanie.Po 10-minutowej inkubacji w temperaturze pokojowej wykonaj szybkie obrócenie rurek. Umieść je z powrotem na stojaku magnetycznym, aż zawiesina się rozproszy, a następnie usuń supernatant. Po dwukrotnym umyciu kulek buforem permeabilizacyjnym zimnych komórek, delikatnie zawiesić je w 50 mikrolitrach przepuszczalnego buforu komórkowego.Podczas przechowywania probarek na lodzie dodaj jeden mikrolitr 100 milimolowych chlorków wapnia do każdej reakcji w pasku ośmiu probówek z poprzedniego etapu. Delikatnie pipetuj, aby kulki całkowicie zawiesować i ułatwić trawienie. Inkubuj rurki na nutatorze w temperaturze czterech stopni Celsjusza przez dwie godziny, utrzymując pokrywki w uniesionych przez cały okres inkubacji.Teraz w nowej probówce o pojemności 1,5 mililitra przygotuj mieszankę buforu stop, łącząc 33 mikrolitry bufora stopowego z jednym mikrolitrem impulsu escherichia coli w DNA o stężeniu 0,5 nanograma na reakcję. Delikatnie przemieszaj roztwór, aby wymieszać roztwór. Po dwugodzinnej inkubacji dodaj 33 mikrolitry przygotowanej mieszaniny buforu stopowego do każdej probówki i dokładnie wymieszaj.Inkubuj probówki reakcyjne w termocyklerze w temperaturze 37 stopni Celsjusza przez 10 minut. Po szybkim obrócie umieść rurki na stojaku magnesów, aż roztwór stanie się przezroczysty. Ostrożnie przelej około 85 mikrolitrów supernatantu zawierającego DNA uwalniające CUT&RUN do świeżych rurek o pojemności 1,5 mililitra.Oczyść odzyskane DNA, ocenić jego ilość i wykonać dystrybucję wielkości fragmentów w celu kontroli jakości. Następnie przejdź do przygotowania biblioteki CUT&RUN, ilościfikacji, pulowania bibliotek indeksowanych oraz sekwencjonowania następnej generacji z parą i zakończenia. Linie komórkowe o wysokiej liczbie komórek homolognych achaet-scute, DMS79 i H146 oraz linie o wysokim poziomie Neurogenic Differentiation Factor 1, H82 rosły jako nieprzylegające agregaty lub zwarte sferoidy w zawiesinach, podczas gdy H446 wykazywał morfologię mieszaną, z około 80% komórkami inherentnymi i 20% zawiesiną.Analiza fragmentów DNA metodą CUT&RUN wykazała, że znak histonowy wzmacniający H3K4me1 dał najwyższe ilości DNA we wszystkich liniach komórkowych, następnie H3K4me3, przy czym E2F7 i IgG dały najniższe wartości. Dla wyodrębnionego CUT&RUN DNA, rozkład wielkości fragmentów dla H3K4me1 i H3K4me3 wykazał wyraźne piki dla mononukleosomu i dinukleosomu wraz z DNA genomowym. Dla porównania, nie wykryto wyraźnych pików dla E2F7 ani kontroli IgG.Pomimo niskiego wejścia DNA, biblioteki sekwencjonowania nowej generacji zostały pomyślnie zbudowane dla wszystkich celów CUT&RUN, w tym E2F7 i IgG. Analiza map cieplnych w komórkach mutantów typu dzikiego DMS79 i heterozygotycznych H146 wykazała, że sygnały H3K4me3 i E2F7 były wzbogacone w pobliżu miejsc rozpoczęcia transkrypcji, podczas gdy sygnały H3K4me1 były szerzej rozproszone. Wizualizacja przeglądarki genomu w losowo wybranym regionie chromatyny wykazała wyraźne szczyty dla H3K4me3, H3K4me1 i E2F7, podczas gdy IgG nie wykazało wzbogacenia.Tradycyjnie naukowcy i badacze stosowali immunoprecipitację chromatyny, a następnie sekwencjonowanie lub ChIP-seq, aby odpowiadać na pytania podobne do tych, które my zadajemy. Jednak ChIP-seq wymaga dość dużej ilości materiałów wejściowych, co nie zawsze jest wykonalne, w zależności od używanego modelu. CUT&RUN natomiast wymaga znacznie mniej materiału wejściowego, nawet 50 000 komórek, i wymaga mniej odczytów sekwencjonowania o wysokiej przepustowości, co oznacza, że jest tańszy i generuje znacznie mniej tła przy generowaniu danych.CUT&RUN to technika, którą można zastosować nie tylko do komórek w hodowli 2D, ale także do innych modeli przedklinicznych, takich jak organoidy pochodzące od pacjentów i ksenotransplantty. Może być również używany do profilowania krajobrazu chromatyny w tkankach, zarówno w tkankach zdrowych, jak i chorych. Jest to niezwykle przydatna technologia lub technika dla badaczy raka, ale może być też bardzo przydatna dla badaczy spoza badań nad rakiem, którzy zajmują się badaniem różnych chorób u ludzi.Protokół ten pozwala na mapowanie modyfikacji histonów oraz trwałych profili różnorodnych białek in situ w genomie komórkowym. Dostarczanie histonowych PTM oraz wiązania TF między podtypami SCLC może ujawnić geny i elementy regulacyjne specyficzne dla podtypu, takie jak wzmacniacze i superwzmacniacze.

genome-wide-mapping-histone-modifications-transcription-factor

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Badania nad rakiem

W przeciwieństwie do danych o sekwencjach DNA, dane epigenomiczne nie są łatwo poddawane wyszukiwaniom tekstowym. Poniżej przedstawiono procedury korzystania z ulepszonej wersji GeNemo, internetowego narzędzia bioinformatycznego, do przeprowadzania opartych na wzorcach poszukiwań podobieństw w danych epigenomicznych, porównując dostępne internetowe bazy danych, w tym Encyklopedię Elementów DNA, z danymi użytkownika.

Wyszukiwanie danych epigenomicznych w oparciu o wzorce za pomocą GeNemo

Tutaj opisujemy zoptymalizowany protokół sekwencjonowania ChIP o wysokiej przepustowości oraz potok analiz obliczeniowych do określania wzorców stanu chromatyny w całym genomie z zamrożonych tkanek nowotworowych i linii komórkowych.

Zintegrowana platforma do mapowania stanów chromatyny w całym genomie przy użyciu wysokoprzepustowego sekwencjonowania ChIP w tkankach nowotworowych

Mechanizmy epigenetyczne są często zmieniane w glejaku. Immunoprecypitacja chromatyny może być wykorzystana do badania konsekwencji zmian genetycznych w glejaku, które wynikają ze zmian w modyfikacjach histonów, które regulują strukturę chromatyny i transkrypcję genów. Protokół ten opisuje natywną immunoprecypitację chromatyny na neurosferach mysiego guza mózgu.

Natywna immunoprecypitacja chromatyny przy użyciu mysich neurosfer guza mózgu

Domeny wewnętrznie nieuporządkowane są ważne dla funkcji czynnika transkrypcyjnego fuzji onkogennej. Aby terapeutycznie ukierunkować te białka, konieczne jest bardziej szczegółowe zrozumienie mechanizmów regulacyjnych stosowanych przez te domeny. Tutaj używamy transkryptomiki do mapowania ważnych cech strukturalnych wewnętrznie nieuporządkowanej domeny EWS w mięsaku Ewinga.

Mapowanie zależności struktura-funkcja zaburzonych onkogennych czynników transkrypcyjnych za pomocą analizy transkryptomicznej

Ten artykuł opisuje półautomatyczny, mikroskalowany protokół ChIP-Seq regionów DNA związanych z specyficzną modyfikacją histonu (H3K27ac) przy użyciu platformy ChIP do obsługi cieczy, a następnie przygotowanie biblioteki za pomocą tagmentacji. Procedura obejmuje ocenę kontrolną pod względem jakościowym i ilościowym i może być dostosowana do innych modyfikacji histonów lub czynników transkrypcyjnych.

Półautomatyczna procedura ChIP-Seq do badań epigenetycznych na dużą skalę

Tutaj autorzy prezentują użyteczność MULTI-seq do fenotypowania i kolejnych sparowanych scRNA-seq i scATAC-seq w charakterystyce transkryptomicznej i dostępności chromatyny w siatkówce.

Multipleksowana analiza ekspresji genów siatkówki i dostępności chromatyny przy użyciu scRNA-Seq i scATAC-Seq

CUT&amp;RUN i jego warianty mogą być używane do określania obecności białek na chromatynie. Protokół ten opisuje, w jaki sposób określić lokalizację białka na chromatynie za pomocą jednokomórkowego uliCUT&amp;RUN.

Lokalizacja czynnika jednokomórkowego na chromatynie przy użyciu ultra-niskiego rozszczepienia wejściowego pod celami i uwalniania za pomocą nukleazy

Wzrost liczby biomarkerów molekularnych do testowania w leczeniu leczenia niepłaskonabłonkowym niedrobnokomórkowym rakiem płuca (NS-NSCLC) skłonił do opracowania szybkich i niezawodnych metod wykrywania molekularnego. Opisujemy przebieg pracy do oceny zmian genomowych u pacjentów z NS-NSCLC przy użyciu podejścia ultraszybkiego sekwencjonowania nowej generacji (NGS).

Ultraszybkie sekwencjonowanie nowej generacji oparte na amplikonie w niepłaskonabłonkowym niedrobnokomórkowym raku płuca

Badacze nowi w dziedzinie epigenetyki uznają CUT&amp;Tag za znacznie łatwiejszą alternatywę dla testów ChIP. Projekt CUT&amp;Tag przyniósł ogromne korzyści badaniom epigenetycznym na rzadkich i pierwotnych populacjach komórek, uzyskując wysokiej jakości dane z bardzo niewielu komórek. Protokół ten opisuje wykonywanie testów H3K4me1 CUT&amp;Tag na mysich mioblastach wyizolowanych z mięśni kończyn tylnych myszy.

Wykorzystanie testu rozszczepienia pod tarczami i znakowania (CUT&Tag) w badaniach mioblastów myszy

To badanie przedstawia przestrzenny protokół Trekker–CUT&amp;Tag multiome, łączący bezpośrednie przestrzenne kodowanie sekcji tkanki z analizą wielodostępu pojedynczych komórek. To podejście umożliwia przestrzennie rozdzielone profilowanie pojedynczych komórek ekspresji genów i modyfikacji histonu H3K27ac jednocześnie, oferując mechanizmy wglądu w regulację genów w kontekście mikroanatomii tkanki.

Przestrzennie rozdzielone, zintegrowane profilowaniu wieloomowe z pojedynczymi komórkami transkryptomu i epigenomicznych celów w zamrożonych sekcjach tkankowych

Poznaj metodę CUT&RUN-seq do mapowania modyfikacji histonów H3K4me3, H3K4me1 i czynnika transkrypcyjnego E2F7 w neuroendokrynnych liniach komórkowych raka płuc. Technika ta umożliwia identyfikację regulacyjnych elementów DNA z niskim zapotrzebowaniem na materiał.

Mapowanie modyfikacji histonów i miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych w neuroendokrynnych liniach komórkowych raka płuc z wykorzystaniem CUT and RUN (Wideo) | JoVE Journal

Mapowanie modyfikacji histonów i miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych w neuroendokrynnych liniach komórkowych raka płuc z wykorzystaniem CUT&RUN

Przeglądaj więcej filmów