Os elementos mais comuns em moléculas orgânicas, carbono, hidrogénio, oxigénio, nitrogénio, enxofre e fósforo, só estão disponíveis no ecossistema em quantidades limitadas. Portanto, esses nutrientes devem ser reciclados através de componentes bióticos e abióticos do ecossistema, em processos geralmente chamados de ciclos biogeoquímicos.
A matéria que compõe organismos vivos, como água, carbono, nitrogénio, enxofre e fósforo, existem em quantidades limitadas dentro do ecossistema e devem ser conservadas e recicladas. Esta matéria pode tomar uma variedade de formas químicas e passar longos períodos de tempo na atmosfera, em cima ou por baixo da terra, e em ambientes aquáticos. Um componente-chave na quebra e reciclagem de nutrientes no ecossistema é a decomposição, que é influenciada pela temperatura, humidade e disponibilidade de nutrientes. Por exemplo, o material orgânico é decomposto muito mais rapidamente em florestas tropicais em comparação com ambientes temperados, que têm temperaturas mais baixas e climas mais sazonais.
As atividades humanas também podem desempenhar um papel importante na alteração do equilíbrio dos ciclos biogeoquímicos. Por exemplo, em 2011, o Lago Erie experienciou o maior aumento de algas prejudiciais da sua história registada. Isso foi resultado da adição agrícola de fósforo ao longo de muitos anos, juntamente com alterações nos padrões climáticos locais. Os níveis excessivos de nutrientes––chamados eutrofização––promoveram o crescimento de duas espécies tóxicas de cianobactérias, Microcystis e Anabaena.
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