Sítios de Ligação Conservados

Geralmente, sítios de ligação de ligantes estão localizados dentro de agregados de aminoácidos específicos ou domínios dedicados a um certo tipo de interação. As partes que são cruciais para a função de um domínio, tais como o ligante permanecem inalteradas durante a evolução, porque como uma regra as mutações que eliminam funções vitais são eliminadas pela seleção natural. Por exemplo, muitas proteínas nucleares, incluindo fatores de transcrição, contêm domínios FF que se ligam à RNA polimerase II.Estes domínios retiram seu nome dos dois aminoácidos de fenilalanina que eles contêm em hélices separadas.

Estes aminoácidos de fenilalanina, junto com uns poucos outros aminoácidos altamente conservados, formam o núcleo hidrófobos do sítio da ligação. Substituir estes aminoácidos iria interromper a formação desta estrutura específica, portanto, afetar a sua capacidade de ligar à RNA polimerase II os cientistas usam o traço evolucionário para encontrar regiões conservadas dos domínios. Isto é feito comparando o genoma e a sequência de proteínas de domínios semelhantes e identificando os aminoácidos que permanecem inalterados.

Análise subsequente destas sequências relacionadas permitem a id