Sítios de Ligação Conservados

Geralmente, sítios de ligação de ligantes estão localizados dentro de agregados de aminoácidos específicos ou domínios dedicados a um certo tipo de interação. As partes que são cruciais para a função de um domínio, tais como o ligante permanecem inalteradas durante a evolução, porque como uma regra as mutações que eliminam funções vitais são eliminadas pela seleção natural. Por exemplo, muitas proteínas nucleares, incluindo fatores de transcrição, contêm domínios FF que se ligam à RNA polimerase II.Estes domínios retiram seu nome dos dois aminoácidos de fenilalanina que eles contêm em hélices separadas.

Estes aminoácidos de fenilalanina, junto com uns poucos outros aminoácidos altamente conservados, formam o núcleo hidrófobos do sítio da ligação. Substituir estes aminoácidos iria interromper a formação desta estrutura específica, portanto, afetar a sua capacidade de ligar à RNA polimerase II os cientistas usam o traço evolucionário para encontrar regiões conservadas dos domínios. Isto é feito comparando o genoma e a sequência de proteínas de domínios semelhantes e identificando os aminoácidos que permanecem inalterados.

Análise subsequente destas sequências relacionadas permitem a identificação de clusters formados pelos aminoácidos conservados. Estes dados podem ser usados criar modelos 3D para determinar as formas das proteínas, assim como as estruturas ideais de seus sítios de ligação analisando sequências conservadas 00:01:35.000 00:01:37.610 e estruturas ajudam cientistas a entender relações evolutivas entre proteínas e também permite que eles possam predizer sítios de ligação de novas proteínas contendo clusters comparáveis.