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Classificação é o processo de organizar organismos em grupos hierarquicamente inclusivos com base em suas semelhanças fenotípicas ou relações evolutivas. Uma espécie compreende uma ou mais cepas, e espécies intimamente relacionadas são agrupadas em gêneros. Os gêneros são posteriormente classificados em famílias, as famílias em ordens, as ordens em classes e assim por diante, até o nível de domínio, que é a categoria taxonômica mais ampla, derivada de uma combinação de dados fenotípicos e genotípicos.
A nomenclatura dos organismos segue o sistema binomial desenvolvido por Carl Linnaeus, no qual cada organismo recebe um nome de gênero e um epíteto específico, escritos em itálico. A nomeação de novos táxons microbianos é regida pelo Comitê Internacional de Sistemática de Procariontes (ICSP), que supervisiona o Código Internacional de Nomenclatura de Bactérias (também conhecido como Código Bacteriológico). Este código estabelece os procedimentos formais necessários para validação. Um novo nome de espécie deve ser acompanhado por uma descrição detalhada de suas características distintivas e pela deposição de culturas viáveis em pelo menos dois repositórios internacionais. Quando os organismos ainda não podem ser cultivados ou obtidos em forma pura, é atribuído um nome provisório com o prefixo "Candidatus". Por exemplo: *Candidatus Pelagibacter ubique* (uma espécie bacteriana amplamente distribuída e muito difícil de cultivar em laboratório), *Candidatus Heliomonas lunata* (uma espécie bacteriana que não pode ser cultivada como cultura pura em laboratório). Listas atualizadas e validadas de bactérias e arqueias podem ser encontradas em Lista de nomes procarióticos com posição na nomenclatura (http://www.bacterio.net) e Nomenclatura Procariótica Atualizada (http://www.dsmz.de).
O Manual de Sistemática Bacteriológica de Bergey é o sistema de classificação mais amplamente reconhecido para bactérias e arqueias. Desde sua criação em 1923, tem sido um recurso essencial para microbiologistas, oferecendo informações detalhadas, incluindo tabelas sistemáticas, figuras e ferramentas de identificação. Outro recurso importante é *The Prokaryotes*, que fornece uma ampla visão sobre a fisiologia, ecologia, filogenia e cultivo de organismos procariontes.
Coleções nacionais de culturas microbianas, como a American Type Culture Collection, a Belgian Coordinated Collection of Microorganisms, a Coleção do Institut Pasteur, entre muitas outras, desempenham um papel vital na sistemática microbiana. Esses repositórios armazenam culturas viáveis em condições que preservam sua integridade genética, garantindo acessibilidade para pesquisa e conservação da biodiversidade. Ao contrário de espécimes de museus tradicionais, essas culturas são mantidas em estado vivo, permitindo estudo e caracterização contínuos. Tais coleções também protegem cepas-tipo, que servem como pontos de referência para comparações taxonômicas futuras.
