Macrodissecção de tecido tumoral FFPE: uma técnica para obter tecido tumoral específico de amostras não coradas

Resumo

Fonte: Sugimoto, K. et al. Análise de todo o genoma da metilação do DNA no câncer gastrointestinal. J. Vis. Exp. (2020)

Este vídeo descreve um método para a macrodissecção manual de tecido canceroso a partir de amostras de tecido não coradas para obter um tecido cancerígeno específico. A seção de tecido pode ser processada posteriormente para obter DNA para estudos de todo o genoma sobre cânceres gastrointestinais.

Protocolo

1. Raspando os slides

1. Prepare o tampão de digestão/lise com 650 mL de água tratada com dietilpirocarbonato (DEPC), 100 mL de ácido etilenodiaminotetracético (EDTA), 50 ml de cloridrato de Tris (Tris-HCL) 2 M pH 8.8 e 200 mL de dodecil sulfato de sódio a 10% (SDS) (consulte a Tabela de Materiais).
2. Encha um tubo de polipropileno descartável de 1,5 mL com 80 μL de tampão de digestão/lise (consulte a Tabela de Materiais).
3. Coloque uma ponta de pipeta limpa no tampão.
4. Identifique os tecidos cancerígenos da área tumoral mais adequada para macrodissecção de acordo com a seção corada com H & E apropriada.
5. Macrodissecar o tecido canceroso com base na seção marcada com H & E.
   1. Pegue uma lâmina de barbear limpa e raspe suavemente o tecido cancerígeno da lâmina, tentando mantê-lo inteiro para que seja mais fácil de trabalhar.
   2. Retire a ponta da pipeta de um tubo de polipropileno descartável contendo tampão e use-a para transferir o tecido descartado para o frasco tampão (consulte a Tabela de Materiais).
      NOTA: A ponta molhada deve atrair o tecido, o que facilita a transferência.
6. Repita a etapa 1.5 com o restante dos slides.
7. Depois que todo o tecido estiver no tubo de polipropileno descartável, use a ponta para garantir que o tecido esteja totalmente submerso e não grudado na parede do tubo.
8. Adicione 20 μL de uma serina protease relacionada à subtilisina ao frasco e agite suavemente para misturar (consulte a Tabela de Materiais).
9. Coloque o frasco para injetáveis num bloco de calor a 55 °C durante, pelo menos, 4 h ou durante a noite. Certifique-se de fazer um vórtice leve após 2 h.

Materiais

Lista de materiais utilizados neste artigo

Nome	Empresa	Número de catálogo	Comentários
10% de dodecil sulfato de sódio (SDS)	Qualidade Biológica	351-032-721 EA
Água tratada com DEPC	Qualidade Biológica	351-068-131
Ácido etilenodiaminotetracético (EDTA)	Corning	46-034-CL
Cloridrato de Tris (Tris-HCL) 2 M pH 8,8	Qualidade Biológica	351-092-101
Proteinase K	Biolabs da Nova Inglaterra	Pág. 8107S
Tubo de polipropileno de uso único (Eppendorf)	Eppendorf	24533495