O peixe-zebra emergiu como um organismo modelo poderoso para o estudo do desenvolvimento intestinal1-5, da fisiologia6-11, de doenças12-16 e das interações entre hospedeiro e microrganismos17-25. Abordagens experimentais para o estudo da biologia intestinal frequentemente requerem a introdução in vivo de materiais selecionados na luz do intestino. No modelo de peixe-zebra larval, isso é tipicamente realizado imergindo os peixes em uma solução do material escolhido ou por injeção através da parede abdominal. Utilizando o método de imersão, é difícil monitorar ou controlar com precisão a rota ou o momento da entrega do material ao intestino. Por esse motivo, a exposição por imersão pode causar toxicidade indesejada e outros efeitos em tecidos extraintestinais, limitando a faixa potencial de quantidades de material que podem ser entregues ao intestino. Além disso, a quantidade de material ingerido durante a exposição por imersão pode variar significativamente entre larvas individuais26. Embora esses problemas não ocorram durante a injeção direta através da parede abdominal, a injeção adequada é difícil e causa danos teciduais que poderiam influenciar os resultados experimentais. Apresentamos um método de microsondagem em larvas de peixe-zebra. O objetivo deste método é fornecer uma maneira segura, eficaz e consistente de entregar material diretamente para a luz do intestino anterior em larvas de peixe-zebra com tempo controlado. A microsondagem utiliza equipamentos padrão de microinjeção de embriões e estereomicroscopia comuns na maioria dos laboratórios que realizam pesquisas com peixe-zebra. Uma vez que os peixes são adequadamente posicionados em metilcelulose, a sondagem pode ser realizada rapidamente a uma taxa de aproximadamente 7-10 peixes/min, e a sobrevivência pós-sondagem aproxima-se de 100%, dependendo do material administrado. Também demonstramos que a microsondagem pode permitir o carregamento da luz intestinal com altas concentrações de materiais que são letais para os peixes quando expostos por imersão. Para demonstrar a utilidade deste método, apresentamos um ensaio de microsondagem com dextrano fluorescente que pode ser usado para quantificar o trânsito da luz intestinal para espaços extraintestinais. Esse teste pode ser usado para verificar a execução correta do procedimento de microsondagem e também fornece um ensaio inovador em peixe-zebra para examinar a integridade da barreira epitelial intestinal sob diferentes condições experimentais (por exemplo, manipulação genética, tratamento com fármacos ou exposição a fatores ambientais). Além disso, mostramos como a sondagem pode ser usada para avaliar a motilidade intestinal mediante a administração de microesferas fluorescentes e o monitoramento subsequente de seu trânsito. A microsondagem pode ser aplicada para entregar diversos materiais, tais como microrganismos vivos, fatores microbianos secretados/toxinas, agentes farmacológicos e sondas fisiológicas. Com essas capacidades, o método de microsondagem em larvas de peixe-zebra tem o potencial de aprimorar uma ampla gama de áreas de pesquisa que utilizam o sistema modelo de peixe-zebra.