Artigo de método

Identificação de A Bela Adormecida Inserções de transposões em tumores sólidos utilizando Linker mediada por PCR

DOI:

10.3791/50156

1 de fevereiro de 2013

Neste artigo

Resumo

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Um método de identificação de condutores desconhecidos da carcinogénese, utilizando uma abordagem imparcial é descrito. O método utiliza o A Bela Adormecida Transposon como um mutagéneo aleatória dirigida a tecidos específicos. Mapeamento genómico de inserções de transposões que conduzem a formação de tumores identifica novos oncogenes e genes supressores tumorais

Resumo

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Genômica, proteômica análises, transcriptomic, e epigenômico de tumores humanos indicam que existem milhares de anomalias dentro de cada genoma do câncer em comparação com o tecido normal combinado. Com base nessas análises, é evidente que há muitos condutores não descobertas genéticas do câncer 1. Infelizmente esses drivers estão escondidos dentro de um número muito maior de anomalias de passageiros no genoma que não contribuem diretamente para a formação de tumor. Outro aspecto do genoma do cancro é que existe uma grande heterogeneidade genética considerável dentro semelhantes tipos de tumores. Cada tumor pode abrigar mutações diferentes que proporcionam uma vantagem seletiva para a formação do tumor 2. Realizando uma tela para a frente imparcial genética em ratos fornece as ferramentas para gerar tumores e analisar sua composição genética, além de reduzir o fundo de mutações de passageiros. The Sleeping Beauty (SB) sistema transposon é um tal método 3. O sistema utiliza o SB móvel vectors (transposons) que pode ser inserido por todo o genoma da enzima transposase. As mutações são limitados a um tipo de célula específico através da utilização de um alelo de transposase condicional que é activado pela recombinase Cre. Existem muitas linhas de ratinhos que expressa recombinase Cre em tecidos específicos. Ao cruzar uma dessas linhas para o alelo transposase condicional (por exemplo, pára--Lox Lox-SB11), o sistema de SB é activado apenas nas células que expressam Cre recombinase. A recombinase Cre vontade extirpar uma cassete de batente, que bloqueia a expressão do alelo de transposase, activando assim a mutagénese transposon dentro do tipo de célula designada. Uma tela de SB é iniciada por meio de cruzamento três estirpes de ratinhos transgénicos de modo a que os ratinhos experimentais portadores de um alelo transposase condicional, um concatamer de transposões, e um tecido específico de alelo recombinase Cre. Estes ratos são autorizados a idade até se formarem tumores e tornam-se moribundos. Os ratos são entãoDNA genómico necropsiados e é isolado a partir de tumores. Em seguida, o ADN genómico é submetido a linker mediada-PCR (LM-PCR), que resulta em amplificação de loci genómicos contendo um transposon SB. LM-PCR realizada sobre um único tumor vai resultar em centenas de amplicons distintas, representando as centenas de loci genómicos contendo inserções de transposões em um único tumor 4. As inserções de transposões, em todos os tumores são analisados ​​e locais de inserção comuns (CIS) são identificadas usando um método estatístico adequado 5. Genes dentro da CEI são altamente susceptíveis de ser oncogenes ou genes supressores de tumores, e são considerados genes de cancro candidatas. As vantagens de utilizar o sistema de SB para identificar genes candidatos cancerosas são: 1) o transposão pode ser facilmente localizado no genoma, porque a sua sequência é conhecida, 2) a transposição pode ser dirigido para quase qualquer tipo de célula e 3) o transposon seja capaz de introdução simultânea de ganho e perda de função-mutações 6. O following protocolo descreve a forma de conceber e realizar uma tela para a frente utilizando a genética SB sistema transposon para identificar genes candidatos cancro (Figura 1).

Protocolo

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. Reprodução e Envelhecimento de Animais Transgênicos

  1. Selecione as linhagens de camundongos transgênicos adequadas para a sua experiência. Uma experiência típica vai usar três linhas transgénicas, um rato transposase condicional, um rato portador de um dos transposões concatamer, e um rato expressando recombinase Cre nas células crê serem as células de origem para o cancro desejado. Se o cancro a ser modelada tem uma mutação conhecida num grande percentagem dos pacientes, pode ser desejável incluir essa mutação no início. Exemplos desses "predisponentes" mutações incluem Kras ativados, dominantes TP53 negativas ou um alelo Pten ....

Acesso restrito. Inicie sessão ou comece um teste para visualizar este conteúdo.

Resultados

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Após o regime de reprodução tiver sido estabelecida, os criadores devem produzir uma ninhada a cada 19-21 dias. Tamanho da ninhada pode variar entre 5 e 12 filhotes, dependendo da idade dos reprodutores e a base genética. Além disso, certifique-se de que o genótipo da ninhada segue genética mendeliana como uma forma para confirmar que o sistema de criação de animais é tanto correcta e bem sucedida.

Para a experiência de ser bem sucedido, a incidência do tumor nos animais experimentais deve s.......

Acesso restrito. Inicie sessão ou comece um teste para visualizar este conteúdo.

Discussão

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Uma tela para a frente genética utilizando o sistema Sleeping Beauty transposon fornece um método para identificar mutações que causam câncer. Ao seleccionar o promotor adequado para controlar a recombinase Cre para além de quaisquer mutações de predisposição, a tela SB identificará conhecidos e novos genes de cancro candidatas.

O sucesso de uma tela de SB é largamente dependente dos ratos seleccionados para criar a tela. Para o transposon, recomendamos o uso de duas difere.......

Acesso restrito. Inicie sessão ou comece um teste para visualizar este conteúdo.

Divulgações

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Os autores não têm nada a revelar.

Agradecimentos

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Os autores gostariam de agradecer Branden Moriarity, David Largaespada, e Vincent Keng da Universidade de Minnesota, e Adam Dupuy da Universidade de Iowa para a sua assistência no desenvolvimento do protocolo descrito acima.

....

Acesso restrito. Inicie sessão ou comece um teste para visualizar este conteúdo.

Materiais

Lista de materiais utilizados neste artigo
NomeEmpresaNúmero de catálogoComentários
Nome do reagente Companhia Número de catálogo Comentários (opcional)
Seal-Claro Câmara de Indução Cérebro Árvore Científico EZ-177
Criotubo Bioexpress C-3355-2
Formol tamponado 10% Sigma Aldrich HT501128-4L
Solução Protein Precipitation Qiagen 158910
Tampão de lise celular Qiagen 158906
Proteinase K Qiagen 158920
RNase A Qiagen 158924
Tampão TE Promega V6232
BfaI New England Biolabs R0568S
NlaIII New England Biolabs R0125S
MinElute placas de 96 poços Qiagen 28051
QIAvac colector de vácuo 96 Qiagen 19504
Multi-microplaca Genie, 120V Scientific Industries, Inc. SI-4000
DNA-ligase de T4 com tampão de ligação 5x Invitrogen 15224-041
BamHI New England Biolabs R0136S
DNTPs 25mM Bioexpress C-5014-200
Taq Platinum Invitrogen 10966-034
FastStart DNA polimerase Taq Roche 12032929001
Agarose Promega V3121
Tampão TAE Promega V4271
Tampão TE Promega V6232
O brometo de etídio Promega H5041

Referências

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Fearon, E. R., Vogelstein, B., et al. A genetic model for colorectal tumorigenesis. Cell. 61, 759-767 (1990).
  2. Wood, L. D., et al. The Genomic Landscapes of Human Breast and Colorectal Cancers. Science. 318, 1108-1113 (2007).
  3. Ivics, Z., Hackett, P. B., Plasterk, R. H.,....

Acesso restrito. Inicie sessão ou comece um teste para visualizar este conteúdo.

Reimpressões e permissões

Solicitar permissão para reutilizar o texto ou as figuras deste artigo JoVE

Solicitar permissão

Etiquetas

Triagem Gen tica DiretaIsolamento de DNA TumoralDigest o de DNARea o de Liga oAmplifica o por PCRSequenciamento IlluminaS tios de Inser o Comuns

Artigos relacionados