Heptahelical receptores acoplados à proteína (GPCRs) compreendem uma superfamília de proteínas de membrana altamente dinâmicos que medeiam sinais extracelulares importantes e diversas. No paradigma clássico, a activação do receptor é acoplada com alterações conformacionais induzidas pelo ligando. 1, 2 avanços recentes em biologia estrutural dos GPCRs têm fornecido uma visão significativa sobre os mecanismos moleculares da sinalização transmembrana. 3-5 No entanto, para compreender com maior precisão o químico mecanismo funcional e dinâmica estrutural de sinalização GPCR, um kit de ferramentas de abordagens é necessária para incorporar sondas moleculares e químicas informativos para interrogar complexos de sinalização ativos.
Para este fim, nós adaptamos um método para o site especificamente introduzir não ou minimamente sondas perturbadores em receptores expressos com base no aminoácido não natural mutagênese (SAU), utilizando tecnologia de supressão de âmbar códon anteriormente iniciada por Schultz e coworkers. 6 Nós optimizado a metodologia mutagénese UAA para alcançar uma expressão de alto rendimento e um sistema de mutagénese de proteínas, tais como os GPCRs, que são difíceis de expressar em células de mamífero do que outros sistemas mais heterólogos. Usando um supressor de engenharia ortogonal tRNA e evoluiu aminoacil-tRNA sintetase par para uma SAU específica, local especificamente introduzido UAAs em GPCRs alvo expressas. A incorporação bem sucedida de UAAs, p-acetil-L-fenilalanina (AcF), p-benzoil-L-fenilalanina (BZF), e p-azido-L-fenilalanina (AZF) foi demonstrada no nosso modelo GPCRs - rodopsina e humano receptor de quimiocina CC, CCR5. 7, 8
Em princípio, um UAA podem ser geneticamente codificado em qualquer posição dentro da seqüência de proteínas e esta propriedade é uma ferramenta bioquímica inestimável, pois permite que um único códon de varredura de um GPCR alvo. Nós nos focamos especificamente sobre a versatilidade da UAA, AZF, que tem um azi reativafazer metade. Além de servir como um (IR) da sonda original de infravermelhos, 8, 9 AZF pode também servir como um agente de ligação cruzada por fotoactivável reagir com aminas primárias ou hidrogénios alifáticos vizinhos. Além disso, o grupo azido biologicamente inertes podem participar como pega química seletiva em reações de rotulagem bioorthogonal. Aqui apresenta-se exemplos que ilustram as aplicações úteis de incorporação específica do local de AZF em GPCRs, tais como o fotocruzamento alvo para interceptar um complexo receptor-ligando, e a modificação dos GPCRs por marcação de epitopo bioorthogonal e estratégias de marcação fluorescente.
Fotoactiváveis reagentes foram utilizados para estudar sistemas biológicos desde os anos 1960. 10 Neste período, uma abundância de experiências de reticulação ligando-receptor foram relatados para estudar os complexos de GPCR, a maioria dos quais envolve a utilização de ligantes de fotoafinidade 11, 12 No entanto, estes. aplicações são tecnicamente limitados, uma vez que require a síntese de ligandos que possuem um grupo de reticulação 13-15. Além disso, com a porção de agente de ligação cruzada no ligando, isto é difícil de identificar a localização da ligação transversal na GPCR. Site-especificamente a introdução de grupos de fotorreticulação como UAAs em proteínas utilizando o codão âmbar tecnologia de supressão é um avanço valioso 16, 17. Desenvolvemos uma técnica de foto-reticulação para identificar a interface de ligação a um receptor que está envolvida na formação de um complexo receptor-ligando em vivo através da introdução de grupos de células em fotolábeis GPCRs. 18, 19 Aqui, descrevemos o protocolo experimental e método de análise de dados para aplicar esta tecnologia fotorreticulação alvo para identificar o local de ligação de um ligando de molécula pequena, maraviroc tritiada, em CCR5. Este método aproveita a quantificação exacta do identificador radioactivo no ligando, para além de manter a estrutura química nativa do ligando.
Técnicas baseadas em fluorescência apoiar a compreensão precisa da base estrutural da activação do receptor por sondando directamente o estado conformacional do receptor. 20, 21 No entanto, as técnicas que possuem a flexibilidade de introduzir marcadores fluorescentes em GPCRs local especificamente são limitados. Estamos interessados em empregar estratégias de modificação química bioorthogonal para facilitar a detecção de moléculas individuais (SMD) de GPCR complexos de sinalização. 22 O grupo azido podem participar químicas bioorthogonal como Staudinger-Bertozzi ligadura, 23, 24 azida-promovido-deformação sem cobre cicloadição alcino (SpAAC) 25 e azida-alcino cicloadição catalisada por cobre (CuAAC). 26 Nós nos focamos na reação ligadura Staudinger-Bertozzi, que envolve a reação específica entre uma azida e uma fosfina. Nós demonstramos a utilização de dois derivados diferentes de fosfina, conjugados com um péptido epitopo (péptido FLAG) ou uma etiqueta fluorescente(F luoresceína) para conseguir a modificação específica do local de GPCRs.
Nós já otimizada as condições para a rotulagem específica do site da rodopsina AZF variantes usando a estrutura de cristal de raio-X e simulações dinâmicas para escolher os locais alvo que são expostos solvente. 27, 28 Também ilustrou a viabilidade de alcançar rotulagem sem fundo por Staudinger- bertozzi ligadura. 29 Demonstramos aqui o procedimento geral empregue para alcançar marcação fluorescente de um receptor de detergente solubilizado que é imobilizado sobre uma matriz de imunoafinidade e posteriormente visualizados por fluorescência em gel. Além disso, nós demonstramos uma extensão útil sobre esta estratégia de rotulagem para identificar posições passíveis de rotulagem em um receptor de estrutura desconhecida, CCR5. Esta é levada a cabo usando uma estratégia de marcação péptido epitopo específico, que se baseia na modificação bioorthogonal de AZF-GPCR variantes em um formato semi-alto rendimento com base em células. 30 Estemétodo explora as propriedades de detecção multi-passo de um ELISA da superfície celular para monitorar eventos de rotulagem.
As metodologias que discutimos aqui são gerais e, em princípio, pode ser aplicado a qualquer GPCR incorporado com AZF usando o âmbar códon tecnologia de supressão. Nos protocolos apresentados aqui pormenorizadamente as etapas envolvidas na expressão das células de mamíferos de receptores incorporados com UAAs como AZF utilizando o método de mutagénese de aminoácido não natural e seus pedidos subsequentes para facilitar os estudos estruturais e dinâmicas de GPCRs.