O ensaio Casp3, conforme apresentado neste protocolo, deve ser simples e, se realizado conforme as instruções aqui, deve dar origem a uma relação sinal-ruído robusta. As etapas críticas deste protocolo incluem o uso de tampão PDT 1x fresco para todas as lavagens, duração suficiente das etapas de lavagem no tampão PDT após a incubação de embriões no anticorpo primário, manuseio cuidadoso de embriões e contabilidade meticulosa de todos os embriões dentro de tubos ou pipetas de transferência durante todas as etapas do protocolo.
Em nossa experiência, as seguintes são as razões mais comuns para a falta de sinal nos controles positivos: 1) 1x PBST é substituído por 1x PDT durante as etapas de lavagem, 2) 1x tampão PDT tem mais de um mês, 3) o anticorpo secundário errado foi usado, 4) embriões com mais de 32 hpf e/ou 5) mais de 40 embriões foram analisados em um tubo. Quando surgem resultados inconsistentes ou variabilidade nas amostras, isso geralmente ocorre porque 1) não foi tomado cuidado para garantir que todos os embriões permanecessem dentro do líquido o tempo todo durante o procedimento e/ou 2) os embriões não foram incubados sob balanço suficiente. Altos níveis de ruído de fundo são freqüentemente visualizados como uma névoa fluorescente geral surgindo em todo o tecido animal do embrião (ver Figura 4, "fluorescência de fundo"). Uma relação sinal-ruído ruim pode surgir quando 1) os embriões não foram lavados por tempo suficiente após o anticorpo primário e / ou 2) os embriões foram deixados em PFA ou metanol por mais tempo do que o recomendado. Se os embriões não permanecerem intactos até o final do ensaio: 1) as soluções não foram adicionadas gota a gota após a fixação com PFA e / ou 2) a velocidade do balancim durante as etapas de incubação foi definida muito alta.
A visualização de montagem total inerente ao ensaio Casp3 é útil para a localização espacial de células apoptóticas. No entanto, a especificidade do tecido é aproximada e provavelmente dependerá de técnicas de co-rotulagem (ver Figura 5) e / ou seccionamento de embriões para identificar a identidade exata das células submetidas à apoptose. No protocolo descrito aqui, a co-rotulagem é limitada pela exigência do anticorpo específico derivado de coelho usado em nosso ensaio. Não identificamos um anticorpo anti-Caspase 3 não derivado de coelho comercialmente disponível que rotule especificamente células apoptóticas por imunofluorescência de montagem total em embriões de peixe-zebra. Assim, anticorpos específicos de tipo de célula criados em coelhos não serão compatíveis com o ensaio Casp3 para experimentos de comarcação. Uma alternativa é realizar um ensaio TUNEL, que requer um anticorpo derivado de camundongo para marcar células apoptóticas6. No entanto, descobrimos que o ensaio TUNEL de montagem inteira realizado em embriões de peixe-zebra é muito sensível a uma série de variáveis na reação, incluindo a concentração da enzima TdT, a duração da incubação do embrião na enzima TdT e o número de embriões presentes por tubo (nossas observações não publicadas). Assim, é um desafio encontrar um equilíbrio de enzimas que dê uma interpretação consistente dos resultados. Portanto, uma alternativa preferível é analisar células apoptóticas em embriões de peixe-zebra transgênicos que expressam um fluoróforo (com anticorpos robustos disponíveis comercialmente) como GFP em um tipo específico de célula. Em seguida, os experimentos de co-rotulagem podem ser realizados usando um anticorpo primário anti-Gfp de camundongo seguido por um anticorpo secundário anti-camundongo com fluorescência verde. Veja a Figura 5 para um exemplo.
Embora o protocolo Casp3 forneça coloração robusta e confiável de células apoptóticas em embriões do estágio de 4 células até 32 hpf, ele tem aplicação limitada além de 32 hpf devido à incapacidade dos anticorpos de penetrar na pele de embriões mais velhos. Técnicas adicionais para permeabilizar os embriões, incluindo tratamento com colagenase, tripsina, acetona ou etanol, podem ser otimizadas para adaptar este ensaio à análise de embriões mais velhos. A coloração com AO, no entanto, pode ser realizada em peixes-zebra vivos até pelo menos 5 dias de idade9. Assim, o ensaio AO contorna a restrição do estágio embrionário e representa um ensaio rápido para analisar células apoptóticas (1-2 horas). Por outro lado, o ensaio Casp3 requer fixação noturna de embriões e leva de 2 a 4 dias para ser concluído. As desvantagens do ensaio AO incluem que a documentação fotográfica eficiente de embriões pode ser um desafio com várias amostras, uma vez que os embriões estão vivos e as células apoptóticas são rapidamente formadas e eliminadas. Isso pode ser especialmente problemático se os embriões precisarem ser montados para obter uma orientação específica para documentação. Além disso, descobrimos que a coloração AO diminui após a fixação com PFA, portanto, não é compatível com experimentos de comarcação envolvendo imunofluorescência.
A análise quantitativa da Caspase 3 ativada pode ser realizada utilizando programas de software que medem a intensidade de fluorescência de imagens documentadas. Quantificamos a apoptose induzida por IR no tecido neural, um método que descrevemos em detalhes em outro lugar10. Dependendo do experimento, a análise quantitativa da Caspase 3 ativada pode exigir manipulação adicional de embriões, como montagem plana, para obter orientação adequada para uma análise de tecido ideal. Além disso, a linearidade da análise dependerá da espessura do tecido que está sendo analisado. Por exemplo, analisamos a apoptose induzida por IR no tecido neural medindo a imunofluorescência da caspase 3 ativa no tecido neural raso da medula espinhal, em vez do tecido denso de neurônios do cérebro4,10.
Em nossa experiência, o ensaio Casp3 é o ensaio mais robusto e confiável disponível para analisar a apoptose em embriões de peixe-zebra entre o estágio de 4 células e 32 hpf quando a análise requer tempo suficiente para documentação. Quando anticorpos apropriados ou linhas transgênicas estão disponíveis para identificar células específicas, este ensaio também é altamente passível de co-rotulagem para identificar os tipos específicos de células submetidas à apoptose.