Split-and-piscina Síntese e Caracterização de Peptídeos Terciário Amide Biblioteca

Summary

Peptídeo amidas terciárias (PTA) são uma super família de peptidomiméticos que incluem mas não estão limitados a péptidos, peptóides e peptídeos N-metilados. Aqui nós descrevemos um método sintético que combina split-and-piscina e estratégias sub-monômero para sintetizar um talão biblioteca de um composto de PTAs.

Abstract

Peptidomimetics são excelentes fontes de proteínas ligantes. A natureza oligomérica destes compostos nos permite aceder a grandes bibliotecas sintéticos em fase sólida, utilizando química combinatória. Uma das classes mais bem estudados da peptidomimetics é peptoids. Peptóides são fáceis de sintetizar e têm mostrado ser resistentes à proteólise e célula-permeável. Ao longo da última década, muitos ligantes protéicos úteis foram identificados através de pesquisa de bibliotecas peptoid. No entanto, a maioria dos ligantes identificados a partir de bibliotecas peptoid não exibem uma elevada afinidade, com raras excepções. Isto pode ser devido, em parte, à falta de centros quirais e restrições conformacionais em moléculas peptoid. Recentemente, descrevemos uma nova rota sintética para acessar peptídeo amidas terciárias (PTAs). APCs são uma super família de peptidomiméticos que incluem mas não estão limitados a peptídeos, peptóides e peptídeos N-metilados. Com cadeias laterais em ambos α-carbono e principais átomos de nitrogênio da cadeia,a conformação, estas moléculas são grandemente limitado por impedimento estérico e alílico 1,3 estirpe. (Figura 1) O nosso estudo sugere que estas moléculas PTA são altamente estruturado em solução e pode ser utilizada para identificar ligandos de proteína. Acreditamos que estas moléculas podem ser uma fonte de futuro ligandos proteicos de alta afinidade. Aqui nós descrevemos o método sintético que combina o poder de ambos split-and-piscina e estratégias sub-monômero para sintetizar uma amostra de um talão de um composto (OBOC) biblioteca de PTAs.

Introduction

Os peptidomiméticos são compostos que imitam a estrutura dos péptidos naturais. Eles são concebidos para reter a bioactividade ao superar alguns dos problemas associados com os péptidos naturais, incluindo a permeabilidade celular e a estabilidade contra a proteólise ^1-3. Devido à natureza oligomérica destes compostos, grandes bibliotecas sintéticas pode ser facilmente acedido através de vias sintéticas monoméricas ou sub-monoméricos ^4-7. Uma das classes mais estudados da peptidomimetics é peptoids. Peptóides são oligómeros de glicinas N-alquilados que podem ser facilmente sintetizados utilizando uma estratégia de sub-monómero de ^{8, 9.}

Protocol

1. Noções básicas de Split-and-piscina Síntese

A fim de gerar de forma eficiente um grande número de compostos em fase sólida, síntese de divisão-e-piscina é frequentemente utilizado como uma estratégia geral. Como mostrado na Figura 4, TentaGel grânulos são primeiro divididos em três porções. Cada porção é reagida com um reagente diferente, gerando o primeiro resíduo em grânulos. Após a primeira reacção, todas as três porções são reunidas em conjunto, misturados, e em seguida, novamente dividida em três porções. Cada parte irá novamente reagir com um reagente diferente, gerando o segundo resíduo em grânulos. Depois de duas....

Results

Aqui nós mostramos três espectros MALDI representativas de um trímero PTA com vinculador. Como mostrado na Figura 6A, quando clivada sob condições de temperatura ambiente, utilizando 50% de solução de TFA / DCM, degradação significativa é observada. Na Figura 6A, o pico 593 e 484 correspondem ao ligante e o trímero de PTA, respectivamente, mostram que a molécula inteira foi sintetizado com sucesso no talão mas degradados durante a clivagem. Quando clivada sob a condição de baixa tempera.......

Discussion

Peptídeo amidas terciárias (PTAs) são uma superfamília de oligômeros peptidomiméticas. Além dos peptídeos bem estudadas, peptoids e peptídeos N-metilados, uma grande parte dos compostos que compõem a família permanece pouco estudado, majoritariamente devido à falta de método sintético para acessar gerais peptídeos N-alquilados. Aqui, descrevemos um método eficiente para sintetizar APCs com os blocos de construção quirais derivados de amino ácidos. Anteriormente, relataram usar uma nova rota sub-monômero para bibliotecas.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
2,4,6 trimetilpiridina	ACROS	161950010	CAS:108-75-8
2-morfolinoetanamina	Sigma-Aldrich	06680	CAS:2038-03-1
Solução aquosa HBr a 48%	ALFA AESAR	AA14036AT	CAS:10035-10-6
Acetaldeído	Sigma-Aldrich	402788	CAS:75-07-0
Acetonitrila	Fisher	SR015AA-19PS	CAS: 75-05-8
Tetrahidrofurano anidro (THF)	EMD	EM-TX0277-6	CAS: 109-99-9
Benzilamina	Sigma-Aldrich	185701	CAS: 100-46-9
carbonato de bis (triclorometil) (BTC)	ACROS	258950050	CAS: 32315-10-9
Ácido bromoacético	ACROS	106570010	CAS: 79-08-3
Cloranil	Sigma-Aldrich	23290	CAS: 118-75-2
Ciclohexanometilamina	Sigma-Aldrich	101842	CAS: 3218-02-8
D2< / sub>O	Cambridge Isótopo	DLM-4-99.8-1000	CAS: 7789-20-0
D-Alanina	Anaspec	61387-100	CAS: 338-69-2
Diclorometano (DCM)	Fisher	BJ-NS300-20	CAS: 75-09-2
Dimetilformamida (DMF)	Fisher	BJ-076-4	CAS: 68-12-2
Etilenoglicol	Oakwood	44710	CAS: 107-21-1
Isopentalamina	Sigma-Aldrich	W321907	CAS: 107-85-7
KBr	ACROS	424070025	CAS: 7758-02-3
L-Alanina	Anaspec	61385-100	CAS: 56-41-7
3-metoxipropilamina	Sigma-Aldrich	M25007	CAS: 5332-73-0
2-metoxietilamina	Sigma-Aldrich	143693	CAS: 109-85-3
N- (3-aminopropil) -2-pirrolidinona	Sigma-Aldrich	136565	CAS: 7663-77-6;
N,N'-Diisopropilcarbodiimida (DIC)	ACROS	115211000	CAS:693-13-0
N,N-Diisopropiletilamina (DIPEA)	Sigma-Aldrich	D125806	CAS:7087-68-5
NaNO2	ACROS	424340010	CAS:7631-99-4
NAOD solução a 40% em água	ACROS	200058-506	CAS:7732-18-5
Piperidina	ALFA AESAR	A12442-AE	CAS: 110-89-4
Piperonilamina	Sigma-Aldrich	P49503	CAS: 2620-50-0
Propilamina	Sigma-Aldrich	240958	CAS: 107-10-8
Ácido trifluoroacético	Sigma-Aldrich	299537	CAS: 76-05-1
&alfa;-Ciano-4-hidroxicinâmico Ácido	Sigma-Aldrich	39468	CAS: 28166-41-8;
&alfa;-Cetoglutarato	ALFA AESAR	AAA10256-22	CAS: 328-50-7
Resina Tentagel com ligante RINK	Rapp-Polymere	S30023
Alanina transaminase	Roche	10105589001	AKA: Glutamato-Piruvato Transaminase (GPT)
Incubadora	New Brunswick Scientific	Innova44
NMR	Bruker	400 MHz
Espectrômetro de massa MALDI	Applied Biosystems	4800 MALDI-TOF/TOF
Liofilizador	SP Scientific	VirTis bancada K
Reator de seringa	INTAVIS	Coluna de reação	3 ml, 5 ml, 10 ml, 20 ml
Coletor de vácuo	Promega	A7231	Vac-Man