Split-and-piscina Síntese e Caracterização de Peptídeos Terciário Amide Biblioteca

Summary

Peptídeo amidas terciárias (PTA) são uma super família de peptidomiméticos que incluem mas não estão limitados a péptidos, peptóides e peptídeos N-metilados. Aqui nós descrevemos um método sintético que combina split-and-piscina e estratégias sub-monômero para sintetizar um talão biblioteca de um composto de PTAs.

Abstract

Peptidomimetics são excelentes fontes de proteínas ligantes. A natureza oligomérica destes compostos nos permite aceder a grandes bibliotecas sintéticos em fase sólida, utilizando química combinatória. Uma das classes mais bem estudados da peptidomimetics é peptoids. Peptóides são fáceis de sintetizar e têm mostrado ser resistentes à proteólise e célula-permeável. Ao longo da última década, muitos ligantes protéicos úteis foram identificados através de pesquisa de bibliotecas peptoid. No entanto, a maioria dos ligantes identificados a partir de bibliotecas peptoid não exibem uma elevada afinidade, com raras excepções. Isto pode ser devido, em parte, à falta de centros quirais e restrições conformacionais em moléculas peptoid. Recentemente, descrevemos uma nova rota sintética para acessar peptídeo amidas terciárias (PTAs). APCs são uma super família de peptidomiméticos que incluem mas não estão limitados a peptídeos, peptóides e peptídeos N-metilados. Com cadeias laterais em ambos α-carbono e principais átomos de nitrogênio da cadeia,a conformação, estas moléculas são grandemente limitado por impedimento estérico e alílico 1,3 estirpe. (Figura 1) O nosso estudo sugere que estas moléculas PTA são altamente estruturado em solução e pode ser utilizada para identificar ligandos de proteína. Acreditamos que estas moléculas podem ser uma fonte de futuro ligandos proteicos de alta afinidade. Aqui nós descrevemos o método sintético que combina o poder de ambos split-and-piscina e estratégias sub-monômero para sintetizar uma amostra de um talão de um composto (OBOC) biblioteca de PTAs.

Introduction

Os peptidomiméticos são compostos que imitam a estrutura dos péptidos naturais. Eles são concebidos para reter a bioactividade ao superar alguns dos problemas associados com os péptidos naturais, incluindo a permeabilidade celular e a estabilidade contra a proteólise ^1-3. Devido à natureza oligomérica destes compostos, grandes bibliotecas sintéticas pode ser facilmente acedido através de vias sintéticas monoméricas ou sub-monoméricos ^4-7. Uma das classes mais estudados da peptidomimetics é peptoids. Peptóides são oligómeros de glicinas N-alquilados que podem ser facilmente sintetizados utilizando uma estratégia de sub-monómero de ^{8, 9.} Muitos ligantes de proteínas úteis foram identificados com sucesso desde a triagem de grandes bibliotecas peptoid sintética contra alvos da proteína ^{1, 10-14.} No entanto, os "hits" identificados a partir de bibliotecas peptoid raramente arquivar muito elevada afinidade para proteínas alvo ^1,10-14,22. Uma major diferença entre peptóides e péptidos naturais é que a maioria dos peptóides geralmente não têm a capacidade de formar estruturas secundárias devido à falta de centros quirais e restrições conformacionais. Para resolver este problema, várias estratégias foram desenvolvidas ao longo da última década, em grande parte, com foco na modificação de cadeias laterais contidos os principais átomos de nitrogênio da cadeia de ^15-22. Recentemente, desenvolvemos uma nova via de síntese para introduzir as cadeias laterais de aminoácidos naturais em uma espinha dorsal peptoid para criar péptidos amidas terciárias ^23.

Peptídeo amidas terciárias (PTA) são uma super-família de peptidomiméticos que incluem mas não estão limitados a péptidos (R ₂ = H), peptóides _(R1 = H) e os péptidos N-metilados _(R1 ≠ H, _R2 = Me) . (Ver Figura 1) A via sintética emprega aminoácidos de ocorrência natural como fonte de quiralidade e cadeias laterais na45; de carbono, e as aminas primárias disponíveis comercialmente para proporcionar N-substituições. Por conseguinte, um espaço maior do que o químico de péptidos simples, peptóides ou péptidos N-metilados podem ser exploradas. Os espectros de dicroísmo circular demonstraram que as moléculas de PTA são altamente estruturado em solução. Caracterização de um dos complexos de proteína-PTA mostra claramente que os constrangimentos conformacionais de ATP são necessários para a ligação. Recentemente, nós também descobrimos que algumas das moléculas de PTA possuem melhorada a permeabilidade celular do que os seus homólogos peptoid e peptídicas. Acreditamos que essas bibliotecas PTA pode ser uma boa fonte de ligantes de alta afinidade para proteínas alvo. Neste artigo, vamos discutir a síntese de uma amostra de um talão de um composto (OBOC) biblioteca de PTA em detalhes, juntamente com alguns melhores condições para o acoplamento e clivagem destes compostos.

Protocol

1. Noções básicas de Split-and-piscina Síntese

A fim de gerar de forma eficiente um grande número de compostos em fase sólida, síntese de divisão-e-piscina é frequentemente utilizado como uma estratégia geral. Como mostrado na Figura 4, TentaGel grânulos são primeiro divididos em três porções. Cada porção é reagida com um reagente diferente, gerando o primeiro resíduo em grânulos. Após a primeira reacção, todas as três porções são reunidas em conjunto, misturados, e em seguida, novamente dividida em três porções. Cada parte irá novamente reagir com um reagente diferente, gerando o segundo resíduo em grânulos. Depois de duas etapas de divisão-e-piscina, nove compostos são gerados.

Em síntese sub-monómero, os grânulos são primeiro divididas em várias porções a reagir com diferentes ácidos bromo, na presença de reagente de acoplamento. Depois de lavar com o solvente, todos os grânulos vão ser analisadas em conjunto e misturados, em seguida, de novo dividido em várias porções, a reagir com diferentesaminas primárias. Depois de aminação, todos os grânulos são reunidas e lavadas exaustivamente, completando um total de monómeros em cada grânulo. Este processo pode ser repetido até que a diversidade desejada seja atingida.

2. Preparação de brometo de ácido a partir natural Aminoácidos

Em síntese sub-monómero, a síntese de cada monómero é dividido em duas fases separadas: 1. Acoplamento de brometo de ácido e 2 aminação com aminas primárias (Figura 2).. A fim de sintetizar um péptido amida terciária, brometos de ácidos quirais com as cadeias laterais do carbono alfa serão preparados a partir de aminoácidos naturais. Aqui nós descrevemos o método de transformar um aminoácido natural para o brometo de ácido correspondente com alta fidelidade de som. Usamos alanina como um exemplo; outros aminoácidos, incluindo serina, treonina, ácido aspártico, ácido glutâmico, asparagina, glutamina, glicina, valina, isoleucina, fenilalanina, também podem ser transformados em ácidos bromo sob condi semelhantens. Note-se que alguns dos aminoácidos com grupos funcionais, como o fenol, guanidina e amina precisam de ser protegidos antes da transformação. A instalação da reacção é mostrado na Figura 3.

Precauções de Segurança: Para são necessários os seguintes reações envolvendo HBr, NaNO ₂ e outros produtos químicos corrosivos / tóxicos, equipamentos de segurança adequados, como óculos de segurança, jaleco e luvas resistentes a produtos químicos. Todos os comentários deverão ser realizadas em um exaustor pelo químico experiente.

1. Adicionar 370 ml de água em 630 ml de solução de HBr a 48% para preparar um 1 L, solução de HBr a 30%. Adicione 500 ml de etileno glicol em um recipiente de banho 1 L; adicionar gelo seco para manter a temperatura a -10 ° C. Atenção: solução HBr 48% é fortemente ácido e corrosivo, manusear com cuidado. Leia o MSDS antes de usar.
2. Adicionar D-alanina (8,9 g, 0,1 mol) e KBr (11,9 g, 0,1 mol) a uma 250 ml de três tubuladuras balão de fundo redondo com uma barra de agitação magnética. Adicionam-se 100 ml, e o HBr a 30% preparada em tele etapa anterior. Colocar o frasco no banho de etileno glicol preparado no passo 2.1 e manter a temperatura a -10 ° C. Bolha de árgon através de uma agulha longa a partir do fundo do balão durante 10 minutos, como mostrado na Figura 3. Agita-se a solução com a barra de agitação magnética a 300 rpm.
3. Dissolve-se _NaNO2 (8,28 g, 0,12 mol) num copo de 100 ml com 20 ml de água. Adicionar a solução para a igualização de pressão funil de carga e selar a ampola de carga com um septo. Transformar lentamente na válvula do funil de escoamento e deixar que a solução de _NaNO2 cair para dentro do frasco. Controlar a válvula de ajuste da taxa de gotejamento de cerca de 2 gotas por segundo. Continue a agitação a 300 rpm e manter o árgon borbulhar do fundo do frasco. O frasco deve ser mantida em etileno glicol banho à temperatura de -10 ° C até que seja adicionado toda _NaNO2. Atenção: Esta etapa gera calor e gás durante a adição de _NaNO2 solução. Taxa de gotejamento deve ser cuidadosamente concontrolada e todo o sistema deve ser aberto através da saída de argônio.
4. Continue mexendo por mais 3 horas e deixe a temperatura esquentar de -10 ° C à temperatura ambiente. A solução resultante deve ser clara a amarelo claro; Se a cor é demasiado escura, aplicar vácuo para remover o excesso de óxido de azoto e possível _Br2 produzido durante a reacção.
5. Extrair o produto a partir da solução com 3 x 35 ml de éter dietílico utilizando um funil de extração. Combinar a fase orgânica e lavá-la com solução salina saturada. A fase orgânica também pode ser lavado com uma pequena quantidade de NaHCO ₃ antes de se lavar com uma solução salina para remover a cor se estiver escuro. Seca-se a fase orgânica sobre Na ₂ SO ₄ durante 6 horas.
6. Filtre o Na ₂ SO ₄ e evapora-se o solvente sob vácuo, o produto em bruto deve ser obtida como claro para óleo amarelo pálido. O produto bruto pode ser ainda purificado por destilação a 115 ° C, com 3 mm de Hg, ou pelacoluna de sílica com 3:1 hexano: acetato de etilo.
7. O produto puro é obtido na forma de óleo límpido, 6,6 g (rendimento de 74%), densidade = 1,69 g / mL, [α] D20 = +24 ° (metanol), RMN de ^1H (400 MHz, _CDCl3) δ 4,41 (q, J = 7,0 Hz, 1H), 1,86 (d, J = 7,0 Hz, 3H). No caso de (S)-2-bromopropanóico ácido _d-4 (preparado a partir de ₄ d-L-alanina), o produto puro é obtido na forma de óleo límpido, rendimento 78%, densidade = 1,72 g / mL, [α] D20 = -19 ° (metanol). ^1H NMR, nenhum sinal H significativa é observada. ESI-MS ^- [M-1] ^- = 155,1 (esperado 154,97). Para (S)-4-metilpentanóico, 2-bromo-ácido (preparada a partir de L-leucina, utilizando o mesmo procedimento) do produto puro é obtido na forma de óleo límpido, rendimento 89%, [α] D20 = +37 ° (metanol), ¹ H RMN (400 MHz, _CDCl3) δ 4,30 (t, J = 7,7 Hz, 1H), 1,94 (dd, J = 10,8, 3,9 Hz, 2H), 1,81 (tt, J = 13,2, 6,5 Hz, 1H), 0,96 (dd, J = 18,2, 6,6 Hz, 7H). No caso de (S)-2-bromo-3-pheácido nylpropanoic (preparado a partir de L-fenilalanina utilizando o mesmo procedimento) do produto puro é obtido como um óleo amarelo pálido, rendimento de 72%, [α] D20 = +17 ° (metanol), RMN de ^1H (400 MHz, _CDCl3) 7,38 δ - 7,19 (m, 5H), 4,42 (dd, J = 8,1, 7,3 Hz, 1H), 3,47 (dd, J = 14,2, 8,2 Hz, 1H), 3,25 (dd, J = 14,2, 7,2 Hz, 1H).

3. Marcação isotópica de alanina transaminase Usando

Na síntese de biblioteca combinatória, em especial na síntese de divisão-e-associação de um talão de um composto (OBOC) bibliotecas, a quantidade de composto que pode ser obtido a partir de cada uma das esferas é relativamente pequena. (Tipicamente, um pmol a 10 nmol). Além disso, a espectrometria de massa é utilizada para a identificação e caracterização do composto final, devido à sua alta sensibilidade. A fim de utilizar a espectrometria de massa para determinar a estereoquimica absoluta dos centros quirais dos produtos finais de PTA, enantiómeros de ácido bromo deve ser isotopically rotulados antes de usar. Aqui nós descrevemos o método de usar transaminase e D ₂ O rótulo de L-alanina.

1. Dissolve-se L-alanina (300 mg, 3,36 mmol) com 10 mL de D ₂ O, em um tubo de polietileno 50 ml. Adicionar α-cetoglutarato (10 mg, 0,068 mmol) como co-substrato. Aquecer-se o tubo a 37 ° C, e ajustar o PD para 8,5-8,7 usando uma soution 1 M NaOD. Nota: PD é determinada por tiras de teste de pH. Medidor de pH electro tradicional equipado com eletrodo de vidro seletivo para H ⁺ pode dar errado ler para D ^+.
2. Adicionar alanina transaminase (0,1 mg, EC 2.6.1.2 de coração de porco, Roche Diagnostics, Indianapolis, IN) para o pD 8,5-8,7, 37 ° C uma solução preparada a partir da etapa anterior. Colocar o tubo num banho a 37 ° C incubadora e incubar durante a noite com agitação moderada, de 10 a 30 rpm, é o preferido.
3. Após incubação durante a noite, ter de 0,5 ml da solução de D ₂ O e verificar o progresso da reacção por ^1H-RMN. Todos os sinais de protão de umlanine, δ 3,76 (q, J = 7,2 Hz, 1H), 1,46 (d, J = 7,3 Hz, 3H), ¹ H RMN 400 MHz, deve ser significativamente suprimida devido à deuteração. Mais de 98% dos protões devem ser trocadas para deutério, conforme descrito anteriormente ^23. Nota: D ₂ O pode ser parcialmente recuperada por destilação, se a reacção for realizada em larga escala (> 200 ml de D ₂ O). Normalmente, entre 60% ​​e 80% de D ₂ O pode ser destilado a partir da solução.
4. Congelar a solução acima com nitrogênio líquido e liofilização-lo usando um liofilizador obter pó branco L-alanina deuterada.

4. Síntese de peptoid Linker Região

A região de ligação não é necessária para a síntese da biblioteca de PTA. No entanto, a fim de evitar o elevado ruído de fundo na gama mais baixa de peso molecular (100-600) de espectroscopia de massa MALDI e para melhorar a ionização dos compostos, de um ligante peptoid com múltiplos resíduos polares é frequentemente utilizado. Este peptoid linker pode ser sintetizado através de procedimento de síntese peptoid padrão. Aqui teremos sintetizar um pentâmero de N-metoxietil glicina como ligante (como mostrado na Figura 5).

1. Inchar 90 mM grânulos TentaGel com ligante RAM (1 g, 0,27 mmol / g) em 10 ml de DMF durante 3 horas num reactor de seringa de 12 ml com agitação suave.
2. Drenar a DMF a partir do reactor e adicionar solução de piperidina a 10 ml de DMF 20% para desproteger o grupo Fmoc a partir da amida ligante Rink. Agitar os grânulos com uma solução de piperidina a 20% durante 30 min. Lavar com DMF 5x para remover todos piperidina.
3. Tome algumas esferas para fora da seringa e testá-lo com o teste de cloranil. Contas devem girar o marrom escuro (teste positivo para cloranil amina primária) se fmoc desprotegido com sucesso.
4. Prepare as seguintes soluções:. 1 de 20 ml, bromoacï solução ácido / DMF 2 M; 2 20 ml, solução 2 M de DIC / DMF.; 3. 10 ml, 1 M methoxylethylamine / solução de DMF.
5. Adicionar 5 ml de 2 M de solução de ácido bromoacético / DMF paraas contas, agitar suavemente. Em seguida, adicionam-se 5 ml de 2 M solução de DIC / DMF para os grânulos; vedar a seringa com o êmbolo e colocá-lo no agitador. Agitar durante 10 min.
6. Lave as contas com DMF completamente. Adicionar 2 ml de solução 1 M metoxietilamina / DMF preparada a partir do passo 4.4 para os grânulos. Selar a seringa com o êmbolo e agitar no agitador durante 30 min.
7. Lave as contas com DMF 5x. Confira algumas contas com o teste de cloranil, se positivas (esferas ficar azul), então continue para a próxima etapa. Caso contrário, repita o passo 4.6.
8. Repita os passos de 4,5-4,7, 4x para completar o pentâmero.

. 5 Split-e-piscina Síntese de PTA Biblioteca com (R) - e (S)-2-bromopropiónico Ácidos

Aqui descreve-se a síntese de uma biblioteca de PTA pequeno com uma diversidade teórica de 9261 compostos, usando a 1 g de grânulos do passo 4.8. Note-se que um TentaGel talão 90 mM contém aproximadamente 2,9 milhões de grânulos por grama; Por conseguinte, a redundância dea biblioteca pode ser um 2,9 x 10 ^6/9261 = 312 cópias. Usaremos ácido bromoacético, (R)-2-bromopropanóico e isotópica marcado (S)-2-bromopropanóico ácido _{d-4, tal} como os ácidos, e aminas 7 diferentes (A1 ~ A7, ver Figura 5 para detalhes) por aminação. Reactores de seringa e um colector de vácuo irá ser utilizado para realizar a síntese.

1. Adicionar 10 ml de 01:01 de DCM: DMF para a seringa do passo 4.8; usar uma pipeta de 1000 mL com uma ponteira truncado para dividir todas as esferas de 1 g uniformemente em três reatores 5 ml seringas. Classificá-los como B (ácido bromoacético), R ((R)-2-bromopropanóico) e S ((S)-2-bromopropanóico ácido _d-4). Lave todos os três seringas com DCM 3x, e lavar as seringas marcadas com R e S com THF anidro 3x, lavar seringa marcada com B 3x com DMF.
2. Seringa R e S. BTC acoplamento de ácido bromopropanóico.
   1. Prepare uma solução BTC / THF fresco. Adicionar umapproximately 200 mg de BTC para o frasco em um exaustor, selá-lo com a tampa. Pesar a quantidade de BTC no frasco. Calcula-se a quantidade de solvente necessária e adicionar THF anidro para dentro do frasco para fazer um ml de solução de 20 mg / BTC / THF.
   2. Prepare a ácidos bromo / mistura BTC. Adicionar (R)-2-bromopropanóico ácido (89 ul, 0,95 mmol) e (S)-2-bromopropanóico ácido _d-4 (89 mL, 0,95 mmol) em dois frascos pequenos separadamente. Para cada frasco, adicionar 5 ml de solução a 20 mg / mL de BTC / THF acima. Selar os dois frascos e colocá-los no freezer -20 ° C por 20 min.
   3. Adicionar 1125 mL, 2:1 THF / DIPEA (750 mL de THF, 375 mL de DIPEA, 2,2 mmol) à seringa, R e S separadamente. Misturar os grânulos com a ponta da pipeta. Deixe-os descansar por 5 min.
   4. Tomar dois arrefecida ácidos bromo / misturas BTC do passo 5.2.2, adicionar 2,4,6-trimetilpiridina (356 ul, 2,7 mmol) a cada frascos. Precipitados brancos irão formar-se imediatamente. Aplicar a suspensão correspondente diretamenteàs esferas alcalinizados (seringa R e S na etapa 5.2.3), logo que possível e, em seguida, colocá-los em um shaker a tremer sob 120 rpm durante 2 horas.
      Nota: A solução nos reactores de seringa deve ser uma suspensão amarelada clara durante todo o curso da reacção. A cor mais escura é uma indicação de calor excessivo libertado durante a adição inicial da solução de cloreto de ácido. Isso pode ser resolvido por mais de arrefecimento ou diluir o ácido bromo / mistura BTC.
3. Seringa B. Acoplamento ácido bromoacï com DIC
   1. Prepare uma frescos de 20 ml, uma solução de ácido bromoacético a 2 M / DMF. Prepare uma solução de 20 ml, 2 M de DIC / DMF.
   2. Adicionar 2 ml de solução de ácido bromoacï / DMF 2 M a seringa B, agitar suavemente. Adicionar 2 ml de solução 2 M DIC / DMF a seringa B, agitar suavemente.
   3. Coloque seringa B no mesmo shaker como seringa R e S , Agitá-lo para 2 horas. Note-se que a reacção de acoplamento do ácido bromoacético / DIC é feita dentro de 30 min; tempo de reacção prolongado é para a conveniência de síntese split-e-piscina.
4. Depois de 2 horas, tomar seringa R, S e B do shaker. Lave todos os três seringas exaustivamente com DCM 5x. Em seguida, lave com DMF 5x. Note-se que a seringa R e S não pode ser lavada com DMF, antes de ser lavada com DCM ou THF primeiro.
5. Piscina todas as esferas de seringas R, S e B em um reator de 12 ml seringa. Lave todas as contas com DMF 5x.
6. Adicionar 10 ml de 01:01 de DCM: DMF para a seringa; usar uma pipeta de 1000 mL com uma ponteira truncado para dividir todas as esferas uniformemente em 7 individuais 2 ml seringas, classificá-los como A1-A7.
7. Amination. Preparar 10 ml, 2 M de soluções de amina / DMF primárias para cada um dos 7 aminas listadas na Figura 5. Adicionar 5 ml de each solução de amina para a seringa correspondente A1-A7. Incubar todas as 7 seringas em uma incubadora a 60 ° C com agitação durante a noite.
8. Após a incubação, todos os grânulos de lavar cuidadosamente com DMF. Tome algumas das contas de cada seringa e verificar com teste de cloranil. Se as contas de ficar verde (positivo) dentro de 3 min, continue com o próximo passo. Se negativo, repita o passo 5.7 para as seringas negativos.
9. Repita os passos 5,1-5,8 2x para completar o trímero. Etapa opcional: Após cada ciclo, é recomendável verificar a qualidade síntese por espectroscopia de massa, como descrito abaixo. Todos os compostos 9261 são agora sintetizados em pérolas TentaGel como biblioteca OBOC.
10. Confirmação espectroscópica Missa de PTAs.
    PTAs são oligômeros altamente estruturadas e possuem muitas características comuns de peptídeos N-metilados. Um dos problemas comuns de síntese em fase sólida de péptidos N-metilado é a degradação do ácido durante a clivagem de TFA. Para suprimir a degradação de ácidos, a clivagem de moléculas como a ciclosporina a partir desuporte sólido é muitas vezes realizado sob baixa temperatura. Foram comparadas diferentes condições de clivagem para clivar diferentes moléculas de PTA do suporte sólido. Descobrimos que, em geral, baixa temperatura e concentração reduzida TFA poderia suprimir eficazmente a degradação de ácidos e fornecer compostos puros.
    1. Preparar 10 ml de solução 1:1 de TFA / DCM em um tubo de 15 ml. Selar o tubo e colocá-lo em um freezer -20 ° C por 20 min.
    2. Lave as contas que devem ser clivadas com DCM 5x. Agitar os grânulos em DCM durante 15 min e lava-se os grânulos novamente com DCM 5x.
    3. Escorra o DCM da seringa. Use de um microscópio de luz e uma pipeta com ponta truncada para transferir cada grânulo indivíduo em uma placa de 96 poços, um grânulo por poço.
    4. Cubra a placa de 96 poços com uma lamínula. Colocar a placa num congelador de -20 ° C durante 15 min.
    5. Leve a solução arrefecida 01:01 TFA / DCM a partir do passo 5.10.1 e adicionar 20 ul de cada um dos poços que contém um grânulo. Coloque o pedaço tampa traseira e put da placa de 96 poços em um agitador no -20 ° C frigorífico.
    6. Agitar durante 20 min. Pegue a placa de 96 poços para fora e retire a lamínula. Seque o TFA / DCM de cada poço por um sopro de ar ou argônio sobre ele. Se mais do que 10 grânulos são clivados, um speedvac pode ser usado para secar o TFA / DCM de toda a placa. Note-se que nesta altura, nem todos os compostos são clivados os grânulos, mas os compostos clivados deve ser mais do que suficiente para realizar a análise de espectroscopia de massa.
    7. Adicionar 20 ul 06:04 ACN: H ₂ O Solução para dissolver os compostos clivados a partir de cada poço. Manchar 0,6 ul de cada solução do composto em conjunto com 0,6 mL de matriz MALDI CHCA na placa de MALDI.
    8. Use espectrometria de massa MALDI para determinar o peso molecular e sequência (MS / MS) de cada composto.

6. Cloranil Teste

1. Preparar os seguintes reagentes fresco para cada teste. Solução A: 2% cloranil (CAS: 118-75-2) em DMF. SoluçãoB: 2% de acetaldeído (CAS: 75-07-0) em DMF.
2. Misturar 100 ml de solução A com 100 ml de solução B, antes do teste em um tubo de 1,5 ml; soltar as contas e agitar suavemente. Se os grânulos tornam-se azuis dentro de 5 minutos, que indica a presença de amina secundária na superfície dos grânulos. Aminas primárias dar uma cor marrom escuro em vez de virar azul.

Results

Aqui nós mostramos três espectros MALDI representativas de um trímero PTA com vinculador. Como mostrado na Figura 6A, quando clivada sob condições de temperatura ambiente, utilizando 50% de solução de TFA / DCM, degradação significativa é observada. Na Figura 6A, o pico 593 e 484 correspondem ao ligante e o trímero de PTA, respectivamente, mostram que a molécula inteira foi sintetizado com sucesso no talão mas degradados durante a clivagem. Quando clivada sob a condição de baixa tempera...

Discussion

Peptídeo amidas terciárias (PTAs) são uma superfamília de oligômeros peptidomiméticas. Além dos peptídeos bem estudadas, peptoids e peptídeos N-metilados, uma grande parte dos compostos que compõem a família permanece pouco estudado, majoritariamente devido à falta de método sintético para acessar gerais peptídeos N-alquilados. Aqui, descrevemos um método eficiente para sintetizar APCs com os blocos de construção quirais derivados de amino ácidos. Anteriormente, relataram usar uma nova rota sub-monômero para bibliotecas...

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
2,4,6 trimetilpiridina	ACROS	161950010	CAS:108-75-8
2-morfolinoetanamina	Sigma-Aldrich	06680	CAS:2038-03-1
Solução aquosa HBr a 48%	ALFA AESAR	AA14036AT	CAS:10035-10-6
Acetaldeído	Sigma-Aldrich	402788	CAS:75-07-0
Acetonitrila	Fisher	SR015AA-19PS	CAS: 75-05-8
Tetrahidrofurano anidro (THF)	EMD	EM-TX0277-6	CAS: 109-99-9
Benzilamina	Sigma-Aldrich	185701	CAS: 100-46-9
carbonato de bis (triclorometil) (BTC)	ACROS	258950050	CAS: 32315-10-9
Ácido bromoacético	ACROS	106570010	CAS: 79-08-3
Cloranil	Sigma-Aldrich	23290	CAS: 118-75-2
Ciclohexanometilamina	Sigma-Aldrich	101842	CAS: 3218-02-8
D2< / sub>O	Cambridge Isótopo	DLM-4-99.8-1000	CAS: 7789-20-0
D-Alanina	Anaspec	61387-100	CAS: 338-69-2
Diclorometano (DCM)	Fisher	BJ-NS300-20	CAS: 75-09-2
Dimetilformamida (DMF)	Fisher	BJ-076-4	CAS: 68-12-2
Etilenoglicol	Oakwood	44710	CAS: 107-21-1
Isopentalamina	Sigma-Aldrich	W321907	CAS: 107-85-7
KBr	ACROS	424070025	CAS: 7758-02-3
L-Alanina	Anaspec	61385-100	CAS: 56-41-7
3-metoxipropilamina	Sigma-Aldrich	M25007	CAS: 5332-73-0
2-metoxietilamina	Sigma-Aldrich	143693	CAS: 109-85-3
N- (3-aminopropil) -2-pirrolidinona	Sigma-Aldrich	136565	CAS: 7663-77-6;
N,N'-Diisopropilcarbodiimida (DIC)	ACROS	115211000	CAS:693-13-0
N,N-Diisopropiletilamina (DIPEA)	Sigma-Aldrich	D125806	CAS:7087-68-5
NaNO2	ACROS	424340010	CAS:7631-99-4
NAOD solução a 40% em água	ACROS	200058-506	CAS:7732-18-5
Piperidina	ALFA AESAR	A12442-AE	CAS: 110-89-4
Piperonilamina	Sigma-Aldrich	P49503	CAS: 2620-50-0
Propilamina	Sigma-Aldrich	240958	CAS: 107-10-8
Ácido trifluoroacético	Sigma-Aldrich	299537	CAS: 76-05-1
&alfa;-Ciano-4-hidroxicinâmico Ácido	Sigma-Aldrich	39468	CAS: 28166-41-8;
&alfa;-Cetoglutarato	ALFA AESAR	AAA10256-22	CAS: 328-50-7
Resina Tentagel com ligante RINK	Rapp-Polymere	S30023
Alanina transaminase	Roche	10105589001	AKA: Glutamato-Piruvato Transaminase (GPT)
Incubadora	New Brunswick Scientific	Innova44
NMR	Bruker	400 MHz
Espectrômetro de massa MALDI	Applied Biosystems	4800 MALDI-TOF/TOF
Liofilizador	SP Scientific	VirTis bancada K
Reator de seringa	INTAVIS	Coluna de reação	3 ml, 5 ml, 10 ml, 20 ml
Coletor de vácuo	Promega	A7231	Vac-Man