Arabidopsis thaliana é um organismo modelo comumente usado para entender e manipular vários processos celulares em plantas, e tem sido amplamente utilizado no estudo da formação de paredes celulares secundárias. A deposição da parede celular secundária ocorre após a fixação da parede celular primária, um processo realizado exclusivamente por células especializadas, como as que formam vasos e tecidos fibrosos. A maioria das paredes celulares secundárias é composta de celulose (40-50%), hemicelulose (25-30%) e lignina (20-30%). Várias mutações que afetam a biossíntese da parede celular secundária foram isoladas, e os mutantes correspondentes podem ou não exibir mudanças óbvias na composição bioquímica ou fenótipos visuais, uma vez que essas mutações podem ser mascaradas por respostas compensatórias. Os procedimentos de coloração têm sido historicamente usados para mostrar diferenças em uma base celular. Esses métodos são meios exclusivamente visuais de análise; no entanto, seu papel na análise rápida e crítica é de grande importância. O vermelho Congo e o branco calcofluor são corantes usados para detectar polissacarídeos, enquanto o Mäule e o floroglucinol são comumente usados para determinar diferenças na lignina, e o azul de toluidina O é usado para corar diferencialmente polissacarídeos e lignina. As técnicas aparentemente simples de seccionamento, coloração e imagem podem ser um desafio para iniciantes. Começando com a preparação de amostras usando o modelo de A. thaliana, este estudo detalha os protocolos de uma variedade de metodologias de coloração que podem ser facilmente implementadas para observação da organização celular e tecidual nas paredes celulares secundárias das plantas.