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A diapausa fotoperiódica é uma adaptação importante que permite que os indivíduos escapem de ambientes sazonais hostis por meio de uma série de mudanças fisiológicas, principalmente a parada do desenvolvimento e a redução do metabolismo. O perfil de expressão gênica global via RNA-Seq pode fornecer informações importantes sobre os mecanismos transcricionais da diapausa fotoperiódica. O mosquito tigre asiático, Aedes albopictus, é um organismo notável para o estudo das bases transcricionais da diapausa devido à sua facilidade de criação, diapausa facilmente induzida e aos recursos genômicos disponíveis. Este manuscrito apresenta um fluxo de trabalho experimental geral para identificar diferenças transcricionais induzidas por diapausa em A. albopictus. Técnicas de criação, condições necessárias para induzir o desenvolvimento de diapausa e não diapausa, métodos para estimar a porcentagem de diapausa em uma população e extração de RNA e avaliação de integridade para mosquitos estão documentados. Um fluxo de trabalho para processar dados de RNA-Seq de sequenciadores Illumina culmina em uma lista de genes diferencialmente expressos. Os resultados representativos demonstram que este protocolo pode ser usado para identificar efetivamente genes regulados diferencialmente no nível transcricional em A. albopictus devido a diferenças fotoperiódicas. Com ajustes modestos, esse fluxo de trabalho pode ser prontamente adaptado para estudar as bases transcricionais da diapausa ou outras características importantes da história de vida em outros mosquitos.