A comparação entre dois ou mais grupos distintos, como saudável vs. doença, é necessária para determinar o estado celular. As mitocôndrias estão no nexo da saúde celular devido ao seu papel no metabolismo celular e na produção de energia, bem como no controle da apoptose. Portanto, a avaliação direta de mitocôndrias isoladas e perturbações mitocondriais oferece a capacidade de determinar se a (dis)função específica da organela está ocorrendo. Os métodos descritos neste protocolo incluem o isolamento de mitocôndrias intactas e funcionais de células cultivadas HEK e fígado e medula espinhal de camundongos, mas podem ser facilmente adaptados para uso com outras células cultivadas ou tecidos animais. A função mitocondrial avaliada pelo TMRE e o uso de desacopladores e inibidores mitocondriais comuns em conjunto com um leitor de placas fluorescentes permitem que este protocolo não apenas seja versátil e acessível à maioria dos laboratórios de pesquisa, mas também ofereça alto rendimento.