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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Este bioassay emprega um modelo de peixes predadores para avaliar a presença de metabólitos alimentação-de dissuasão a partir de extratos orgânicos de tecidos de organismos marinhos em concentrações naturais utilizando uma matriz alimentar comparável nutricionalmente.
A ecologia química marinha é uma disciplina jovem, tendo surgido da colaboração de químicos de produtos naturais e ecologistas marinhos na década de 1980 com o objetivo de examinar as funções ecológicas de metabólitos secundários dos tecidos de organismos marinhos. O resultado tem sido uma progressão de protocolos que refinaram cada vez mais a relevância ecológica da abordagem experimental. Aqui apresentamos a versão mais atualizada de um bioensaio de laboratório de alimentação de peixes que permite aos investigadores avaliar a atividade antipredatória de metabólitos secundários dos tecidos de organismos marinhos. Os metabolitos orgânicos de todas as polaridades são exaustivamente extraídos do tecido do organismo alvo e reconstituídos em concentrações naturais numa matriz alimentar nutricionalmente adequada. Pellets de alimentos experimentais são apresentados a um predador generalista em ensaios de alimentação em laboratório para avaliar a atividade antipredatória do extrato. O procedimento aqui descrito usa o bluehead, Thalassoma bifasciatum, para testar a palatabilidade de invertebrados marinhos do Caribe; no entanto, o design pode ser facilmente adaptado a outros sistemas. Os resultados obtidos usando este ensaio de laboratório são um prelúdio importante para experimentos de campo que dependem das respostas alimentares de um complemento completo de predadores potenciais. Além disso, este bioensaio pode ser usado para direcionar o isolamento de metabólitos dissuasores de alimentação por meio de fracionamento guiado por bioensaio. Este bioensaio de alimentação avançou nossa compreensão dos fatores que controlam a distribuição e abundância de invertebrados marinhos nos recifes de coral do Caribe e pode informar investigações em diversos campos de investigação, incluindo farmacologia, biotecnologia e ecologia evolutiva.
Ecologia química desenvolvido com a colaboração de químicos e ecologistas. Embora a especialidade da ecologia química terrestre tem sido em torno de algum tempo, o de ecologia química marinha é apenas algumas décadas de idade, mas tem fornecido importantes contribuições para a ecologia e comunidade estrutura evolutiva dos organismos marinhos 1-8. Aproveitando-se das tecnologias emergentes de mergulho e espectroscopia de RMN, químicos orgânicos rapidamente gerou um grande número de publicações que descrevem novos metabolitos de invertebrados marinhos bentônicos e algas na década de 1970 e 1980 9. Supondo-se que metabólitos secundários devem servir para alguma coisa, muitas dessas publicações atribuídas propriedades ecologicamente importantes para novos compostos sem evidência empírica. Mais ou menos ao mesmo tempo, os ecologistas também foram aproveitando o advento do mergulho e descreve as distribuições e abundâncias de animais bentônicos e plantas já conhecidas frosou métodos de amostragem relativamente ineficazes, como a dragagem. A hipótese dos pesquisadores foi que nada sésseis e de corpo mole deve ser quimicamente defendidas para evitar o consumo por predadores 10. Em um esforço para introduzir o empirismo ao que foi o trabalho de outra forma descritiva em abundância das espécies, alguns ecologistas começaram extrapolando defesas químicas a partir de ensaios de toxicidade 11. A maioria dos ensaios de toxicidade envolveu a exposição dos peixes inteiros ou em outros organismos para suspensões aquosas de extratos brutos da tecidos de invertebrados, com posterior determinação das concentrações de massa seca de extratos responsáveis por matar metade dos organismos de ensaio. No entanto, os ensaios de toxicidade não imitar a maneira pela qual os predadores potenciais percebem presas em condições naturais, e estudos posteriores não encontraram nenhuma relação entre a toxicidade e palatabilidade 12-13. É surpreendente que as publicações em revistas de prestígio utilizadas técnicas tendo pouca ou nenhuma ecological relevância 14-15 e, hoje, que esses estudos ainda são amplamente citado. Ele é ainda mais alarmante notar que estudos baseados em dados de toxicidade continuam a ser publicados 16-18. O método de bioensaio aqui descrito foi desenvolvido no final de 1980 para fornecer uma abordagem ecologicamente relevantes para os ecologistas marinhos químicos para avaliar as defesas químicas anti-predação. O método requer um modelo de predador para provar um extrato bruto do organismo alvo em uma concentração natural em uma matriz alimentar comparável nutricionalmente, fornecendo dados palatabilidade que são ecologicamente mais significativo do que os dados de toxicidade.
A abordagem geral para a avaliação da actividade anti-predação dos tecidos dos organismos marinhos inclui quatro critérios importantes: (1) um predador generalista apropriado devem ser usadas em ensaios de alimentação, (2) de todos os metabolitos orgânicos polaridades deve ser exaustivamente extraído do tecido do organismo alvo, (3) os metabolitos deve be misturados em um alimento nutricionalmente adequada experimental com a mesma concentração volumétrica como encontrado no organismo a partir do qual foram extraídos, e (4) o desenho experimental e abordagem estatística deve fornecer uma métrica significativa para indicar distastefulness relativa.
O procedimento descrito a seguir é projetado especificamente para avaliar as defesas químicas anti-predação de invertebrados marinhos do Caribe. Nós empregamos o bodião bluehead, Thalassoma bifasciatum, como um peixe predatório do modelo, porque esta espécie é comum em recifes de corais do Caribe e é conhecido por experimentar uma grande variedade de invertebrados bentônicos 19. De tecido do organismo alvo é extraído em primeiro lugar, em seguida, combinada com uma mistura alimentar, e finalmente oferecido para grupos de T. bifasciatum observar se eles rejeitam os alimentos tratados com extrato. Dados de ensaio usando este método forneceram importantes insights sobre a química defensiva de organismos marinhos 12,20-21, lhistória ife trade-offs 22-24 e 25-26 comunidade ecologia.
NOTA: Passo 3 do presente protocolo envolve indivíduos animais vertebrados. O procedimento foi concebido de modo que os animais recebam o tratamento mais humano possível e foi aprovado pelo cuidado e uso Comitê Institucional Animal (IACUC) da Universidade de North Carolina Wilmington.
1) extracção de tecidos
2) Preparação de Alimentos
3) A palatabilidadeBioensaios
4) Importância Avaliando
Aqui nós relatamos resultados deste ensaio biológico para seis espécies de esponjas do Caribe comuns (Figura 2). Estes dados foram inicialmente publicado em 1995 por Pawlik et al. 12 e demonstrar o poder dessa abordagem para examinar as diferenças de estratégias de defesa química entre taxa co-ocorrência. Os resultados foram relatados como uma média do número de peletes de alimento comido + erro padrão (SE) para cada espécie. Quase não há sedimentos foram consumidos em ensaios com extratos brutos de clathrodes Agelas, Amphimedon compressa e cauliformis Aplysina. Em contraste, os aglomerados feitos com extratos de Callyspongia vaginalis, Geodia gibberosa e Mycale laevis foram prontamente consumido no ensaio 12. Menos de seis pelotas foram comidos para as três primeiras espécies, para que eles eram considerados significativamente impedimento. Em contraste, os segundos três espécies não foram significativamente diferentes dos controlos, e eramconsiderado aceitável.

Figura 1:. Esquemática do procedimento de ensaio Em todas as fases, a rejeição de um sedimento de controlo indica que este conjunto de ensaio de peixe não cooperam ou saciados e não pode ser usado posteriormente. O protocolo começa por oferecer cada conjunto de peixes a pelota controle seguido por um sedimento tratado. Em seguida, se o sedimento tratado é aceita a amostra é classificada como aceito. Se o sedimento tratado é rejeitada, mas a pelota controle subseqüente for aceite, a amostra é classificada como rejeitada.

Figura 2: Consumo por Thalassoma bifasciatum de pelotas de alimentos (média + SE) contendo extratos brutos da esponjas em concentrações naturais, relatada primeiramente em 1995 por Pawlik 12 peixes consumidos todos os 10 grânulos de controlo em todos os casos. Após nome de cada espécie, o número de amostras em replicado é especificado (cada réplica da extracção separada de uma amostra geograficamente distintas do tecido da esponja). Para qualquer ensaio individual, extractos foram considerados dissuasor se o número de peletes consumido foi inferior ou igual a 6 (p = 0,057, teste modificado de exacto de Fisher), como indicado pela linha a tracejado no gráfico.
Os autores declaram que não têm interesses financeiros concorrentes.
Este bioassay emprega um modelo de peixes predadores para avaliar a presença de metabólitos alimentação-de dissuasão a partir de extratos orgânicos de tecidos de organismos marinhos em concentrações naturais utilizando uma matriz alimentar comparável nutricionalmente.
Agradecemos a James Maeda e Aaron Cooke pela ajuda nas filmagens e edição deste vídeo. O financiamento foi fornecido pela National Science Foundation (OCE-0550468, 1029515).
| Diclorometano | Fisher Scientific | D37-20 | |
| Metanol | Fisher Scientific | A41220 | |
| Cloreto de Cálcio Anidro | Fisher Scientific | C614-500 | |
| Cryocool Fluido de Transferência de Calor | Fisher Scientific | 20-548-146 | Para concentrador a vácuo |
| Sal de Sódio de Ácido Algínico Alta Viscosidade | MP Biomedicals | 154723 | |
| Anéis de manto de lula | N/A | N/A | Pode ser comprado em supermercado |
| Benzoato de denatônio | Aldrich | D5765 | |
| Tubo de centrífuga graduado de 50 ml | Fisher Scientific | 14-432-22 | |
| Frasco de cintilação de 20 ml | Fisher Scientific | 03-337-7 | |
| Pipetas Pasteur descartáveis | Fisher Scientific | 13-678-20D | |
| Lâmpadas de borracha para pipetas Pasteur | Fisher Scientific | 03-448-24 | |
| Lâmpadas vermelhas para entrega de pellets | Fisher Scientific | 03-448-27 | |
| Frasco de fundo redondo de 250 ml | Fisher Scientific | 10-067E | |
| Adaptador de frasco de cintilação para rotavap | Fisher Scientific | K747130-1324 | |
| Weightboats | Microespátula Fisher Scientific | 02-202B | |
| Seringa graduada | Fisher Scientific | 21-401-10 | |
| ml | Fisher Scientific | 14-817-53 | |
| Seringa graduada de 10 ml | Lâmina de barbearFisher Scientific | 14-817-54 | |
| Fisher Scientific | S17302 |