fibras descendentes longos para a medula espinhal são essenciais para a locomoção, a percepção da dor, e outros comportamentos. O padrão de terminação da fibra na medula espinal da maioria destes sistemas de fibra não foram cuidadosamente investigados em qualquer espécie. fibras serotoninérgicos, que se projectam para a espinal-medula, foram estudados em ratos e em secções histológicas marsupiais e o seu significado funcional foi deduzida com base no seu padrão de terminação da fibra na medula espinal. Com o desenvolvimento de clareza e técnicas cúbicos, é possível investigar este sistema de fibra e a sua distribuição na medula espinal, a qual é susceptível de revelar características anteriormente desconhecidos de vias supraespinhais serotoninérgicos. Aqui, nós fornecemos um protocolo detalhado para geração de imagens das fibras serotoninérgicos na medula espinhal de rato usando o CLAREZA combinados e técnicas cúbicos. O método envolve a perfusão de um rato com uma solução de hidrogel e clarificação do tecido com uma combinção de limpar reagentes. tecido da medula espinhal foi liberado em pouco menos de duas semanas, e a coloração de imunofluorescência subsequente contra a serotonina foi concluída em menos de dez dias. Com um microscópio de fluorescência multi-fotão, o tecido foi digitalizado e uma imagem 3D foi reconstruído usando software Osirix.