Compreender o papel dos fatores que regulam a homeostase epitelial intestinal e a resposta à lesão e regeneração é importante. A literatura atual descreve várias abordagens metodológicas diferentes para obter imagens de tecidos intestinais para validação de dados. Neste artigo, delineamos um protocolo comum relacionado à derivação e processamento de tecidos intestinais de camundongos. A fixação adequada dos tecidos intestinais e as técnicas de rolo suíço que melhoram a morfologia epitelial intestinal são discutidas. O processamento pós-ressecção e a reorientação dos tecidos intestinais incorporados são críticos na obtenção de blocos embebidos em parafina que exibem características estruturais intestinais intactas após a secção. A técnica de rolamento suíço auxilia na avaliação histológica dos cortes intestinais ou colônicos completos examinados. A capacidade de diferenciar as características estruturais intestinais pode ser vital em medições quantitativas de inflamação intestinal e tumorigênese ao longo de todo o comprimento. Finalmente, as seções embebidas em parafina são ideais para processamento robusto usando métodos de detecção imuno-histoquímica e imunofluorescente. Cortes imuno-histoquímicos não fluorescentes fornecem uma imagem vibrante do tecido detalhando diferentes características estruturais celulares, mas não fornecem flexibilidade para experimentos de co-localização intracelular. Múltiplos canais fluorescentes podem ser utilizados adequadamente com detecção imunofluorescente para experimentos de co-localização, dando suporte a estudos mecanicistas.