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A arquitetura de órgãos ramificados, como pulmões, rins e glândulas mamárias, surge através do processo de desenvolvimento da morfogênese ramificada, que é regulada por uma variedade de sinais solúveis e físicos no microambiente. Descrito aqui é um método criado para estudar o processo de morfogênese ramificada, formando tecidos epiteliais tridimensionais (3D) projetados de forma e tamanho definidos que estão completamente embutidos em uma matriz extracelular (ECM). Este método permite a formação de matrizes de tecidos idênticos e permite o controle de uma variedade de fatores ambientais, incluindo geometria do tecido, espaçamento e composição da MEC. Este método também pode ser combinado com técnicas amplamente utilizadas, como microscopia de força de tração (TFM), para obter mais informações sobre as interações entre as células e o ECM circundante. O protocolo pode ser usado para investigar uma variedade de processos celulares e teciduais além da morfogênese ramificada, incluindo a invasão do câncer.