A definição padrão-ouro de uma célula-tronco hematopoiética (HSC) é uma célula que, quando transferida para um receptor irradiado, terá a capacidade de restabelecer a produção de células sanguíneas durante a vida útil do receptor. Este protocolo explica como configurar um ensaio funcional para comparar as capacidades de HSC de duas populações diferentes de células, como medula óssea de camundongos de dois genótipos diferentes, e como analisar os camundongos receptores por citometria de fluxo. O protocolo usa equivalentes HSC em vez de classificação de células para padronização e discute as vantagens e desvantagens de ambas as abordagens. Além disso, discutimos diferentes variações do protocolo básico, incluindo transplantes em série, ensaios de diluição limitante, ensaios de homing e transplantes não competitivos, incluindo as vantagens e usos preferidos dessas abordagens variadas. Esses ensaios são centrais para o estudo da função do HSC e podem ser usados não apenas para a investigação de aspectos intrínsecos fundamentais do HSC da biologia, mas também para o desenvolvimento de ensaios pré-clínicos para transplante de medula óssea e expansão do HSC em cultura.