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Há evidências crescentes sugerindo o importante papel da inflamação e, subsequentemente, dos macrófagos no desenvolvimento e progressão da doença renal. Os macrófagos são células heterogêneas que têm sido implicadas na lesão renal. Os macrófagos podem ser classificados em dois fenótipos diferentes: macrófagos classicamente ativados (macrófagos M1), que liberam citocinas pró-inflamatórias e promovem fibrose; e macrófagos alternativamente ativados (macrófagos M2) que estão associados a funções imunorreguladoras e de remodelação tecidual. Esses fenótipos de macrófagos precisam ser discriminados e analisados para determinar sua contribuição para a lesão renal. No entanto, existem poucos estudos relatando informações fenotípicas e funcionais consistentes sobre os subtipos de macrófagos em modelos de doença renal inflamatória, especialmente em ratos. Esse fato pode estar relacionado aos marcadores limitados de macrófagos usados em ratos, ao contrário dos camundongos. Portanto, novas estratégias são necessárias para quantificar e caracterizar o conteúdo renal dessas células infiltrantes de forma confiável. Este manuscrito detalha um protocolo para digestão renal e posterior análise fenotípica e quantitativa de macrófagos de rins de ratos por citometria de fluxo. Resumidamente, os rins foram incubados com colagenase e os macrófagos totais foram identificados de acordo com a dupla presença de CD45 (antígeno comum dos leucócitos) e CD68 (marcador de macrófagos PAN) em células vivas. Isso foi seguido pela coloração superficial de CD86 (marcador M1) e CD163 (marcador M2). Macrófagos peritoneais de ratos foram usados como controle positivo para detecção de marcadores de macrófagos por citometria de fluxo. Nosso protocolo resultou em baixa mortalidade celular e permitiu a caracterização de diferentes marcadores de proteínas intracelulares e de superfície, limitando assim a perda de integridade celular observada em outros protocolos. Além disso, esse procedimento permite o uso de macrófagos para outras técnicas, incluindo classificação celular e estudos de expressão de mRNA ou proteína, entre outros.