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Research Article
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
As tabelas termogradientes tradicionais criam uma faixa de temperaturas em toda a superfície. A soldagem de reforços perpendiculares à superfície de uma mesa termogradiente controlará a temperatura em profundidade, aumentando as possíveis aplicações de pesquisa.
As tabelas termogradientes foram desenvolvidas pela primeira vez na década de 1950 principalmente para testar a germinação de sementes em uma faixa de temperaturas simultaneamente, sem o uso de uma série de incubadoras. Um gradiente de temperatura é estabelecido passivamente na superfície da mesa entre as extremidades aquecida e resfriada e é perdido rapidamente em distâncias acima da superfície. Como a temperatura é controlada apenas na superfície da mesa, os experimentos são restritos a recipientes rasos, como placas de Petri, colocados sobre a mesa. A soldagem contínua de tiras verticais de alumínio ou reforços perpendiculares à superfície de uma mesa permite o controle de temperatura em profundidade por meio do fluxo de calor por convecção. O solo nos canais entre os reforços foi mantido em um gradiente de temperaturas, permitindo uma maior diversidade de experimentação. O delineamento reforçado foi avaliado pela germinação de sementes de aveia, alface, tomate e melão. As temperaturas do solo foram monitoradas usando registradores de dados individuais alimentados por bateria posicionados na mesa. As luzes LED instaladas nas tampas ou nas laterais da mesa de gradiente criam uma câmara de temperatura controlada onde as mudas podem ser cultivadas em uma variedade de temperaturas. O design reforçado permitiu a determinação precisa das temperaturas ideais para uma taxa de germinação mais rápida e a maior porcentagem de germinação para cada espécie. As informações de germinação de experimentos de tabela de gradiente podem ajudar a prever a germinação de sementes e o crescimento de mudas sob as condições adversas do solo frequentemente encontradas durante a produção de culturas de campo. Os efeitos da temperatura na germinação das sementes, no crescimento das plântulas e na ecologia do solo podem ser testados sob condições controladas em laboratório usando uma mesa termogradiente reforçada.
Tabelas Thermogradient não são novos e a sua utilização tem sido relatado na literatura por várias décadas 1-6. Mesas iniciais foram desenvolvidos ostensivamente para testes de germinação de sementes de laboratório, muitas vezes em substrato de papel sobre uma ampla gama de temperaturas em um único experimento (Figura 1). Existem diversos modelos de tabelas thermogradient mas uma das mais comuns consiste de uma folha rectangular relativamente espessa de metal, frequentemente de alumínio pela sua resistência à corrosão, com um ciclo de tubo quadrado soldada à parte inferior em extremidades opostas. tubos de plástico ligar as tabelas de entrada e saída de tubos para controle de temperatura, banhos que bombeiam o líquido resfriado e aquecido através dos tubos em lados opostos por baixo da mesa de circulação. O tubo conduz mistura de fluido, normalmente um água-anticongelante (etileno-glicol), para evitar o congelamento, se o sistema está a ser operado perto ou abaixo das temperaturas de congelação. Outro projeto é para soldar bandas de metal em conjunto para crecomeu um reservatório de fluido em cada extremidade da tabela, com entradas e saídas para a circulação de soluções quentes e frios em cada extremidade. Os banhos de circulação pode ser posicionado sobre o chão debaixo da mesa ou sobre uma mesa separada justaposta. Mesas thermogradient elétricos com bobinas de aquecimento e / ou módulos de refrigeração Peltier foram construídos, mas de alto custo, os desafios que geram baixas temperaturas consistentes, e confiabilidade questões impediram o uso comercial generalizado 8.
Os modelos de fluido circulante passivamente criar um gradiente unidimensional através de condução térmica. Se a placa de alumínio é de forma uniforme e a espessura e devidamente isoladas, de modo uniforme o calor flui do quente para a extremidade fria de uma tabela que estabelece um gradiente de temperatura unidimensional contínuo, após a segunda lei da termodinâmica 7. O gradiente em toda a superfície é uma função do comprimento da tabela e as diferenças entre as temperaturas finais. A mesa e plumbing são normalmente alojados em um compartimento isolado com tampas de acesso. O gabinete isola a mesa do seu entorno, criando um gradiente uniforme em toda a superfície com pouca variação de temperatura. O recinto de isolamento pode ser suportada por pernas ou colocado sobre uma superfície plana tal como uma mesa ou bancada. Para aplicações em que é necessário um controlo de temperatura uniforme, sem um gradiente, uma tabela pode ser configurado para produzir condições isotérmicas se ambas as extremidades circular o fluido à mesma temperatura.
Quando a tabela de inclinação está a funcionar correctamente, placas de Petri, os sacos de plástico seladas, recipientes de fundo plano, etc., são colocadas na superfície e termo-equilibrar para as várias temperaturas (Figura 1). A temperatura experimental em cada recipiente depende espaços aéreos que possam existir entre o recipiente e a superfície da mesa e a espessura e as propriedades de isolamento de cada recipiente. A tabela gradiente mantém efetivamente te amostramperatures perto da superfície, mas o controle é perdido acima da superfície. A falta de controlo da temperatura vertical, limita os tipos de experiências possível sobre uma mesa gradiente tradicional.
chapas de alumínio ou placas de união foram adicionados ao desenho tradicional tabela gradiente para melhorar o controlo da temperatura acima da superfície da mesa. Reforços foram soldadas em intervalos perpendicular à superfície da mesa. Os reforços facilitar o fluxo de calor por convecção vertical acima da superfície da mesa plana. As amostras colocadas entre reforços, têm superfícies com temperatura regulável em três lados proporcionando um controlo mais eficaz da temperatura. Clegg e Eastin 2 colocada areia de quartzo em uma superfície de mesa gradiente para criar controle de temperatura em profundidade. Clegg e Eastin 2 também experiências com a colocação de isolamento no topo da tabela. Webb et al. 9 colocados tubos cheios de terra sobre uma mesa em um esforço para maneira uniforme temperatura controle.
O novo tavel de criação relatado aqui tem nove 7,6 cm (3 polegadas) reforços elevados (tiras de alumínio) que são soldadas à superfície ao longo do comprimento da mesa (Figura 2). luminárias LED que emitem fotossinteticamente ativa freqüências são instalados nos lados da mesa para apoiar o crescimento das plântulas quando a tabela é fechada. O recinto isolado para a mesa thermogradient nesga é construído de um branco placas de PVC que são água, urdidura, e resistente. O objetivo deste artigo é descrever o novo design da tabela gradiente gusseted e possíveis aplicações.
1. Preparação dos Banhos de circulação e Tabela
2. Preparação da Tabela de Experimentação
3. Utilizar o Quadro Thermogradient
Recipientes rasos, como placas de Petri, pode ser posicionado sobre uma mesa tradicional unidimensional gradiente de modo que os efeitos de várias temperaturas experimentais podem ser avaliadas simultaneamente (Figura 1). Para aumentar a diversidade de aplicações de pesquisa possível sobre uma mesa thermogradient, 7,6 cm (3 polegadas) cantoneiras de alumínio de altura foram costura soldada alternadamente em ambos os lados de modo que cada pala fica perpendicular à superfície de 10,9 cm (4,2 polegadas) de distância em contacto íntimo com a superfície (Figura 2). Embora uma larga gama de espaçamentos de reforço são possíveis, 10,9 cm foi seleccionado para acomodar caixas de plástico quadrados "sanduíche" ou de recipientes de tamanhos similares, muitas vezes utilizados para testar a germinação das espécies de sementes pequenas ou de outras amostras biológicas (Figura 3). Ao contrário de uma mesa de inclinação plana convencional, o projeto de reforço acomoda solos e outros materiais friáveis amorfos para tempera controladaexperimentos tura. Para remover o excesso de água, um furo de drenagem blindado e filtrada foi construído em um canto. Os calços ou "pés" em cada canto pode ser ajustado para inclinar a mesa para facilitar a drenagem por gravidade. Um pequeno intervalo entre as extremidades de lingueta e a parte externa da tabela permite que a água a fluir ao longo de um lado para o dreno canto.
As temperaturas do solo foram medidos no teor de humidade do solo 70-80% depois dos banhos foram circulante a uma temperatura constante, durante 24 horas com as tampas no lugar (Figura 4). A variação da temperatura medida depois de um período de equilíbrio de 12 h em quatro posições diferentes em toda a mesa foi de 0,4 ° C ou menos (Figura 4). Variação nas temperaturas perfil do solo medidos em três profundidades do solo foi maior nos extremos. A uma temperatura alvo de 13 ° C, registadores colocadas sobre a superfície de alumínio entre reforços registou uma média de 11,0 ± 0,0 ° C. madeireiros placed na superfície do solo em média de 13,5 ± 0,1 ° C. A temperatura do solo média geral em todos os três níveis para a temperatura alvo de 13 ° C foi de 12,3 ± 0,1 ° C. A uma temperatura alvo de 18 ° C, a temperatura média durante todo o perfil do solo foi de 19,1 ± 0,1 ° C. Variação na temperatura alvo de 23 ° C era maior do que a 18 ° C, com uma média de 23,8 ± 0,2 ° C. No outro extremo da temperatura, 29 ° C, a temperatura da superfície de alumínio tabela foi de 30,8 ± 0,2 ° C, enquanto a temperatura da superfície do solo foi de 25,7 ± 0,4 ° C. A temperatura média do solo em geral a 29 ° C foi de 28,2 ± 0,3 ° C (Figura 4).
espécies de sementes pode ser testado para as suas temperaturas ideais de germinação e crescimento de mudas em uma tabela thermogradient com reforços. Tomate e melão, ambas as culturas de estação quente considerados, germinadas em uma faixa de 14,1-40.2 ° C (Tabela 1, Figura 3). Matrizes de LED montado nas tampas de mesa e / ou emitem os lados do espectro fotossintética permitindo que as plantas crescem no solo a temperaturas experimentais solo quando a tabela é fechada (Figura 3). Crescimento das plântulas óptima para tomate ocorreu a 29,6 ° C com um percentagem de emergência de 100% e um tempo médio de aparecimento de 5,3 dias (Tabela 1, Figura 5). Emergência foi mais lento em outras temperaturas. Para o melão, a percentagem ideal surgimento foi de 96% eo tempo médio de emergência foi de 5,1 dias, tanto a 24,7 ° C (Tabela 1). Ambos alface e aveia são consideradas culturas de estação fria. Sementes de aveia germinadas numa gama de 5,1-40,2 ° C, o mais importante de todos sementes testadas (Tabela 1, Figura 5). Para aveia, a maior percentagem de emergência foi de 100% a 24,7 ° C e o aparecimento mais rápido foi de 3,4 dias a 29,6 ° C (Tabela 1, (Tabela 1).

Figura 1: Uma tabela thermogradient plano tradicional com as tampas removidas isolados, mas com uma tampa de acrílico interior cobrindo ½ a mesa a mesa plana testes de desenho tradicional efeitos da temperatura sobre amostras em recipientes rasos.. O controlo da temperatura do gradiente é rapidamente perdido a distâncias acima da superfície uma vez que não existe qualquer barreira à mistura de ar. Experimentos que exigiam uma temperatura constante em profundidade não são viáveis usando este projeto. Por favor clique aqui para ver a laversão rger desta figura.

Figura 2: Diagrama esquemático de uma placa thermogradient com reforços cantoneiras são soldadas longitudinalmente ponto de costura por cima da mesa perpendicular à superfície.. Um dreno em um canto remove o excesso de água. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 3:. Iluminado mesa thermogradient com reforços cheios de terra, sod, e recipientes para experimentos de germinação de sementes O gradiente nesta tabela é criada a partir de (final morna) esquerda para a direita (fim frio). Embora a concepção de reforço foi desenvolvido para utilização com o solo, recipientespode ser colocada entre os elementos de junção para experiências com espécimes pequenas. A planta luzes LED crescer pode ser montado nas tampas ou periferia e emitem frequências fotossinteticamente ativas e permitir que as plantas a ser cultivada no interior do recinto. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 4. As leituras de temperatura a partir de posições de solo diferentes em uma tabela thermogradient nesga. Loggers de temperatura foram colocados no solo através da mesa para a parede esquerda, centro-esquerda (20 cm da parede à esquerda), de centro-direita (40 cm da parede esquerda) e, no meio do caminho parede direita entre reforços. posicionamento inferior do logger de temperatura foi próximo à superfície tabela de alumínio 8 cm abaixo do topo do solo, enquanto colocação center foi approximatEly 4 cm abaixo do solo. loggers de temperatura colocados em cima do solo foram descobertos. Valores acima de barras indicam as temperaturas médias globais ± erro padrão da média (n = 72). Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 5:. Mudas de aveia e tomate cultivadas durante 14 dias em thermogradient tabelas ao longo de um intervalo de temperatura de 5 a 40 ° C A figura ilustra como a germinação e o crescimento de plântulas de várias espécies podem ser avaliadas no solo em simultâneo ao longo de um intervalo de temperaturas numa única experiência para simular condições de campo. Principais (esquerda e direita) imagens mostram a tabela de thermogradient quando visto verticalmente. Inferior (esquerda e direita) imagens mostram a mesa na orientação horizontal. alcohol termómetros foram colocadas no solo para controlar rapidamente a temperatura durante todo o experimento.
| Temperatura-alvo | A temperatura medida | Tomate | Melão | Alface | Aveia | ||||
| EM † | MTE †† | EM | MTE | EM | MTE | EM | MTE | ||
| ° C | ° C | % | dias | % | dias | % | dias | % | dias |
| 5 | 5.1 | 0 | 0.0 | 0 | 0.0 | 78 | 11,4 | 46 | 12,7 |
| 10 | 8,70 | 0.0 | 0 | 0.0 | 92 | 7,5 | 58 | 12,5 | |
| 15 | 14.1 | 100 | 10,8 | 16 | 13,8 | 68 | 5.9 | 96 | 7.2 |
| 20 | 19.8 | 100 | 7.2 | 84 | 7,5 | 66 | 6.5 | 100 | 5.4 |
| 25 | 24,7 | 100 | 6 | 96 | 5.1 | 22 | 8.1 | 100 | 3.7 |
| 30 | 29,6 | 100 | 5.3 | 92 | 5.5 | 4 | 12,5 | 98 | 3.4 |
| 35 | 36,1 | 94 | 7 | 92 | 4.4 | 0 | 0.0 | 94 | 4,5 |
| 40 | 40,2 | 72 | 7.8 | 88 | 5.1 | 0 | 0.0 | 10 | 8.2 |
| † surgimento de sucesso (EM) foi marcado quando mudas tinham pelo menos um cotilédones aberto. | |||||||||
| †† O tempo médio de aparecimento (MTE) foi calculada pela soma dos produtos das sementes Número que surgiram cada dia por o número do dia e dividindo-se pelo número total de sementes que surgiram para cada tratamento. |
Tabela 1: Germination de tomate, melão, alface e aveia Sementes em solo em oito temperaturas em uma tabela Thermogradient. Os números em negrito mostram os valores ideais para cada espécie e ilustram a dependência da temperatura de diferentes espécies de cultivo. O experimento foi conduzido por 14 dias em substrato e da mídia foi regada diariamente ou quando necessário para manter o solo visivelmente húmida. Os dados são baseados em 25 sementes para cada espécie.
Os autores não têm nada a divulgar.
As tabelas termogradientes tradicionais criam uma faixa de temperaturas em toda a superfície. A soldagem de reforços perpendiculares à superfície de uma mesa termogradiente controlará a temperatura em profundidade, aumentando as possíveis aplicações de pesquisa.
Agradecemos a Kent J. Bradford e seus alunos do Centro de Biotecnologia de Sementes da UC Davis por registrar os dados de emergência de mudas.
| Tabela termogradiente | Appalachian Machinge Inc | Mesa termogradiente reforçada feita sob medida (esquemas estão incluídos no manuscrito). A fabricação e soldagem de alumínio foram realizadas pela Appalachian Machinge Inc. 5304 State Rd 790, Dublin, VA 24084. | |
| Armário de placa de polímero isolado | TASCO LLC | O armário de placa de polímero isolado contendo a placa de alumínio foi construído pela TASCO LLC, 1440 Roanoke Street, Christiansburg, VA 24073 | |
| Blue Hawk Cavalete de Aço Dobrável | Ajustável Lowes Home Improvement | 162111 | Modelo #: 60142 Cavaletes de Aço Dobrável Ajustáveis |
| Circulando Banhos-maria refrigerados ou unidades comparáveis | Brookfield Engineering | TC-550SD | |
| Seeds (200 sementes) | Johnny's Selected Seeds | Sementes de aveia, alface, tomate, melão da Johnny's Selected Seeds 955 Benton Ave, Winslow, ME 04901 ou qualquer outra semente para teste de germinação, | |
| Profissional 550 Grow Light | SolarOasis | Tubo de PVC trançadoPro550 | |
| ID | United States Plastics Inc. | 60703 | Peças de 0,6 m de 200 cm de diâmetro externo, 130 mm (1/2") |
| Super Tech 50/50 Anticongelante/Refrigerante Pré-Mistura | Walmart | 1012574 | 4 litros de mistura de água destilada e anticongelante (etilenoglicol) |
| WatchDog Data Loggers | Parafilm M | Modelo 100 | Spectrum Technologies Inc |
| 4 cm de largura | Fisher Scientific | S37440 | |
| Container Acrílico 5 1/4"x5"x1 3/8" caixas de plástico | Hoffman Manufacturing Inc | Hoffman Manufacturing Inc. 16541 Green Bridge Road, Jefferson, OR | |
| 1" Parafuso com colarinho | Global Industrial | CS16H | Global Industrial, 11 Harbor Park Drive, Port Washington, NY |
| Grampo de Mangueira de Engrenagem de Verme com Colarinho | IndustrialGlobal | WGB513588 | 3/4" - 1-1/2" Diâmetro de Aperto. Pacote com 10 . |
| Isolamento de Tubo de Espuma Modelo Everbilt | Home Depot | ORP11812 | Internet # 204760805 Loja SKU # 1000031792 1 pol. x 6 pés. |
| Tapete Capilar Farmtek | 106223 | esteira capilar para estufa - 4' x 100' ou alternativamente folhas de jornal | |
| Sunshine Mix #3 | TerraLink | 3236320 | Fardo comprimido de 3,8 pés cúbicos, SKU: 3236320, Mídia germinativa |