A autofagia é uma via de degradação lisossômica essencial para a homeostase, função e diferenciação celular. Sob condições de estresse, a autofagia é induzida e tem como alvo várias cargas, como citosol a granel, organelas danificadas e proteínas mal dobradas, para degradação em lisossomos. As moléculas de nutrientes resultantes são recicladas de volta ao citosol para nova síntese de proteínas e produção de ATP. A regulação positiva da autofagia tem efeitos benéficos contra a patogênese de muitas doenças, e estratégias farmacológicas e fisiológicas para ativar a autofagia têm sido relatadas. O exercício aeróbico é recentemente identificado como um indutor de autofagia eficiente em vários órgãos em camundongos, incluindo músculos, fígado, coração e cérebro. Aqui mostramos procedimentos para induzir autofagia in vivo por meio de exercícios forçados em esteira ou corrida voluntária de rodas. Também demonstramos métodos microscópicos e bioquímicos para analisar quantitativamente os níveis de autofagia em tecidos de camundongos, usando as proteínas marcadoras LC3 e p62 que são transportadas e degradadas em lisossomos junto com autofagossomos.