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O cílio primário é fundamentalmente importante para a proliferação de células-tronco neurais/progenitoras e para a diferenciação neuronal durante a vida embrionária, pós-natal e adulta. Além disso, a maioria dos neurônios diferenciados possui cílios primários que abrigam receptores de sinalização, como receptores acoplados à proteína G, e moléculas de sinalização, como adenilil ciclases. O cílio primário determina a atividade de múltiplas vias de desenvolvimento, incluindo a via do ouriço sônico durante o desenvolvimento neuronal embrionário, e também funciona na promoção da sinalização subcelular compartimentada durante a função neuronal adulta. Sem surpresa, defeitos na biogênese e função primária do cílio têm sido associados a anomalias de desenvolvimento do cérebro, obesidade central e déficits de aprendizagem e memória. Assim, é imperativo estudar a biogênese primária do cílio e o tráfego ciliar no contexto de células-tronco neurais/progenitoras e neurônios diferenciados. No entanto, os métodos de cultura para neurônios primários requerem experiência considerável e não são passíveis de ciclos de congelamento e descongelamento. Neste protocolo, discutimos métodos de cultura para populações mistas de células-tronco neurais/progenitoras usando neuroesferas primárias. Os métodos de cultura baseados em neuroesferas fornecem os benefícios combinados do estudo de células-tronco neurais primárias / progenitoras: receptividade a múltiplas passagens e ciclos de congelamento e descongelamento, potencial de diferenciação em neurônios / glia e transfectabilidade. É importante ressaltar que determinamos que as células-tronco / progenitoras neurais derivadas da neuroesfera e os neurônios diferenciados são ciliados em cultura e localizam moléculas de sinalização relevantes para a função ciliar nesses compartimentos. Utilizando essas culturas, descrevemos ainda métodos para estudar a ciliogênese e o tráfego ciliar em células-tronco neurais / progenitoras e neurônios diferenciados. Esses métodos baseados na neuroesfera nos permitem estudar as vias celulares reguladas pelos cílios, incluindo o receptor acoplado à proteína G e a sinalização sônica do ouriço, no contexto de células-tronco neurais / progenitoras e neurônios diferenciados.