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A microscopia de fluorescência de folha clara (LSFM), em combinação com protocolos de limpeza química, tornou-se o padrão-ouro para analisar estruturas marcadas de forma fluorescente em grandes espécimes biológicos e está em baixa resolução celular. Enquanto isso, o refinamento constante dos protocolos subjacentes e a maior disponibilidade de sistemas comerciais especializados permitem investigar a microestrutura de órgãos de ratos inteiros e até mesmo permitir a caracterização do comportamento celular em várias abordagens de imagens de células vivas. Aqui, descrevemos um protocolo para a visualização espacial de montagem total e a quantificação da população de leucócitos CD45 + em corações inflamados de ratos. O método emprega uma cepa de rato transgênica (CD11c.DTR) que recentemente mostrou ser um modelo robusto e induzível para o estudo do desenvolvimento de miocardite fulminante fatal, caracterizada por arritmias cardíacas letais. Este protocolo inclui a indução de miocardite, intravíteColoração de células mediada por anticorpos, preparação de órgãos e LSFM com posterior processamento de imagem assistida por computador. Embora apresentado como um método altamente adaptado para nossa questão científica particular, o protocolo representa o modelo de um sistema facilmente ajustável que também pode alvejar estruturas fluorescentes completamente diferentes em outros órgãos e mesmo em outras espécies.