NOTA: O fluxo geral para o ensaio de actividade metabólica está delineado na Figura 2. Cada passo desse fluxo de trabalho é posteriormente detalhada nos próximos parágrafos. Tabelas detalhadas de reagentes e equipamentos são dadas na Tabela de Materiais.

Figura 2: fluxo de trabalho para a metabólica Probe Assay. As células são semeadas e crescidas até uma densidade adequada. Um passo de indução de CYP pode ser necessária, dependendo da actividade da enzima ensaiada. O substrato e inibidor sonda é adicionada à cultura de células. Após um período de incubação, o meio é recolhido para análise e as células são lisadas para a quantificação de proteína. O meio é processado para análise do produto metabólico do substrato de sonda por espectrometria de massa ou luminometria.ad / 55502 / 55502fig2large.jpg" target = '_ blank'> Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Cultura 1. celular

Figura 3: Transmissão de luz Micrography de uma célula hepática Cultura Line. A linha de células descrito neste protocolo 5 tipicamente diferenciar com uma divisão de 50% entre cholangiocytes e hepatócitos em cultura (100x). Barra de escala = 100 pm. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
- Cultura linha celular hepática
NOTA: A linha de células hepáticas disponível comercialmente foi usado como um exemplo de células metabolicamente competentes. A linha celular foi derivada de um carcinoma hepatocelular causada por infecção viral 7. Na confluência, esta linha de células se diferenciam em células de hepatócitos cholangiocyte- e semelhantes (Figura 3) e mais pormenores podem ser encontrados em Guillouzo 7. A inclusão de DMSO a 2% para o meio de cultura apoia a diferenciação de esta linha de células e expressão de uma variedade de CYP. - Retirar os frascos criogénicos com células a partir do azoto líquido e colocar em gelo seco durante o transporte. Transferir o criotubo para um banho de água pré-aquecido a 37 ° C durante 1-2 minutos, e esterilizar o exterior de um frasco com etanol a 70% antes de colocar em uma câmara de fluxo laminar.
- Apesar de trabalhar sob condições estéreis, abriu-se cuidadosamente o frasco criogénico para libertar o excesso de pressão e pipetar o conteúdo do criotubo para um tubo de 10 ml, cheio com 9 mL de meio E de Williams pré-aquecido a 37 ° C.
- Centrifugar a solução durante 10 min a 400 xg à temperatura ambiente, descartar o sobrenadante e ressuspender as células em 5 mL demeio de degelo proprietária pré-aquecido a 37 ° C, suplementada com glutamina ou um suplemento de glutamina (concentração final 2 mM) (Williams suplemento E + glutamina + suplementos descongelação).
- Contagem de células viáveis utilizando uma alíquota de 500 uL com um contador de células ou qualquer outra técnica de contagem de células adequada.
- Semear as células em uma placa revestida com colagio de 24 pos a uma densidade de 0,6 x 10 6 culas vieis / poço num volume final de 0,5 mL de meio de degelo.
- Colocar a placa (s) em uma incubadora a 37 ° C com um 5% / 95% de CO2 / ar e 100% de humidade relativa.
- 24 h ap a sementeira das células, substituir o meio com 0,5 ml de meio de trabalho pré-aquecido manutenção / metabolismo (Williams suplemento E + glutamina + suplemento metabolismo (este meio já contém DMSO)). Alterar o meio a cada dois dias.
- Após alguns dias em cultura as células formam uma estrutura trabecular sub-confluentes (Figura 3). O metabólica idealactividade é tipicamente observada entre o dia 7 e 10 e é mais baixo no dia 4.

Figura 4: Corte Transversal de células das vias respiratórias Alcian Blue manchados crescidas na interface ar-líquido 8.
Ciliado, produtoras de muco e de células basais são claramente visíveis. Barra de escala = 250 pm.
- Culturas das vias aéreas epiteliais diferenciadas
NOTA: O protocolo é mostrado com um epitélio das vias respiratórias primário totalmente diferenciada disponível comercialmente cultivadas na interface ar-líquido sobre uma inserção 8 (Figura 4). A cultura do tecido mantém um fenótipo mucociliar e da polaridade celular 8. As células podem ser de origem nasal ou brônquica. Aqui, usar células nasais humanas. As células são entregues a um formato de placa de cultura com 24insere na interface ar-líquido. Para facilitar o transporte e evitar o derramamento forma as inserções são enviados com a secção base incorporado em uma matriz de agarose misturado com meio de cultura. - Após a entrega das células, esterilizar as placas contendo as inserções 24 com uma solução de etanol a 70% antes de colocar em uma câmara de fluxo laminar limpo.
- Prepara-se uma placa de 24 poços estéril por adição de pré-aquecido a 700 pL de meio de cultura proprietária.
- Usando pinças estéreis transferir as inserções de células para a nova placa pré-carregado com meio de desalojar suavemente a inserção a partir da matriz de agarose.
- Colocar a placa (s) em uma incubadora a 37 ° C com um 5% / 95% de CO2 / ar e 100% de humidade relativa.
- A cada 2 dias transferir as inserções para uma nova estéril placa de 24 poços pré-carregado com 700 uL de meio de cultura de células das vias respiratórias proprietária quente.
- Avaliar a integridade do tecido das vias aéreas utilizando modos, tais como a resistência trans-epitelial (TEER), oucílios bater frequência (CBF), utilizando um microscópio equipado com um sistema de imagem de vídeo ao vivo 9. A medição de TEER e CBF é descrito em Kuehn 10.
2. CYP Atividade Quantificação em culturas de células
NOTA: Como uma regra geral, os solventes, tais como DMSO e metanol pode ser usado para preparar soluções de reserva para as diferentes sondas metabólicas e inibidores apresentados neste documento. No entanto, recomenda-se manter a concentração final de DMSO no meio de cultura a um mínimo (1% ou inferior) uma vez que elevadas concentrações pode inibir enzimas metabólicas. Quando possível, é também recomendado para uso sem vermelho de fenol e meio isento de soro durante a incubação com sondas metabólicas desde vermelho de fenol pode interferir com a actividade da enzima CYP e Fase II e componente do soro tal como a albumina pode diminuir a disponibilidade da sonda. Nem sempre é possível respeitar estritamente estes diretrizes. Por exemplo, meio de cultura de células das vias respiratórias é proprietária e contém fenol vermelho. A linha de células hepáticas Proprietary meio metabolismo 7 já contém DMSO acima de 1%, uma vez que é necessário para que as células se adoptar o fenótipo de hepatócitos semelhante.
NOTA: Finalmente, aqui, o termo específico sonda / inibidor é usado, mas esta terminologia tem de ser considerado com cautela. De facto, é muito raro que uma sonda metabólico ser um substrato exclusiva enzima. As sondas descritas aqui, no entanto, têm uma afinidade elevada para o seu alvo de enzima e, portanto, são considerados como marcadores de confiança de actividade.
- Metabólicas sondas, indutores e inibidores
- As sondas que utilizam os métodos baseados Espectrometria de Massa
NOTA: As sondas e inibidores descritos nesta secção são adequadas para testar a actividade de CYP2As 11, CYP1A2 12,Ref "> 13, CYP2B6 7, 14, CYP2F1 15, 16, e CYP2E1 17 por espectrometria de UPLC-massa. As sondas, inibidores e CYP correspondente são descritas no Quadro 1, com números de referência correspondentes. Tabela 1 também lista o produto metabólico do CYP actividade que é quantificada por espectrometria de massa. todo o trabalho envolvendo cultura de tecidos e soluções para utilização em cultura de tecidos deve ser realizada num capuz de cultura de tecido estéril. uma solução de reserva pode ser preparado em DMSO para todos os substratos de sonda. - Antes do experimento preparar duas séries de inserções celulares ou poços, usar uma série para a experiência de inibição, o outro para a sonda metabólica única. Prepara-se uma terceira série de células como um controlo em branco forma. Eles podem ser separados em placas ou nas mesmas placas com um mínimo de três réplicas. Um exemplo de placa de estabelecerpara fora é apresentada na Figura 5.
- No dia da expericia, substitui o meio de cultura de células com 450 uL de meio fresco.
- Prepara-se por uma capa estéril numa concentração das seguintes soluções utilizando o meio de cultura de células de 10x. Misture sonda 10x CYP, inibidor de CYP 10x, 10x e inibidor de CYP mais 10x sonda.
NOTA: As soluções de estoque principal de inibidor e a sonda podem ser preparados em DMSO 100% (por exemplo, 1000X stocks) e ainda mais diluído em meio para se obter uma solução 10x, a fim de evitar uma concentração de DMSO final em excesso de 1%, com a cultura de células . As concentrações finais de 1x que estão destinadas para a incubação com as células estão apresentados na Tabela 1. - Filtra-se a solução diferente 10x sonda com um filtro de seringa de 0,2.
- Adicionar 50 uL de meio contendo o inibidor de CYP 10x para a série de células preparadas para o ensaio de inibição e a pré-incubar durante 30 min.
- REColoque a forma de células na série de inibição com 450? L de meio fresco e adicionar 50? L de meio contendo tanto 10x inibidor de CYP e o substrato 10x sonda.
- Adicionar a outras células 50 uL do meio com o substrato sonda 10x e adicionar uma quantidade equivalente de veículo diluído em meio (por exemplo, DMSO) para os controlos de células em branco, como mostrado na Figura 5.
- Incubar as células durante 0-5 minutos (tempo 0, controlo do fundo) e 16 h na incubadora celular.
NOTA: O tempo de incubação foi utilizado com sucesso com as células das vias respiratórias e linha celular hepática; no entanto frescos hepatócitos primários têm uma alta competência metabólica, enquanto se aguarda a qualidade da preparação de células e a composição genética do doador, por conseguinte, tempos mais curtos (por exemplo, 2-4 h) pode ser adequado. É sempre recomendável para executar um experimento de curso de tempo ao testar diferentes linhas celulares ou tipos de células. - No final do período de incubação, collect o meio em tubos etiquetados separados para a quantificação do produto metabólico das sondas. Congelar o meio para processamento futuro.
- Lisar as células para a quantificação de proteína.
NOTA: Qualquer kit de quantificação de proteína padrão e o protocolo é adequado para este passo. BCA é uma opção adequada. Este passo é opcional, se as células têm de ser utilizado em outro ensaio.
- tratamento médio
NOTA: O meio recolhido a partir da fase de incubação contém o produto químico sonda pai, bem como dos seus produtos metabólicos. Para medir a actividade de CYP específico apenas o produto da reacção catalisada pela CYP de interesse deve ser quantificada. Fase I produtos do metabolismo são muitas vezes processados em conjunto com o metabolismo de fase II (conjugação) e, portanto, não pode ser detectado como tal. Assim, a fim de obter a quantificação mais precisa de uma actividade de CYP, um passo desconjugação é necessário para remover quaisquerFase II modificação metabolismo. Uma vez que a conjugação de Fase I metabolitos muitas vezes envolve a glucuronidação ou sulfatação, desconjugação é alcançado por tratamento das amostras por glucuronidases e sulfatases 18. Glucuronidase e atividade de sulfatase é dependente com maior actividade glucuronidase pH ser conseguida a pH 4,5-5,0 e sulfatase actividade sendo mais elevada a um pH de 6,0-6,5. Portanto, este passo requer o ajustamento do pH. No método aqui descrito, medimos o pH utilizando tiras de pH, por razões práticas uma vez que as sondas mais medidores de pH não se encaixam em um tubo de microcentrífuga de 1,5 mL. tiras de pH comercialmente disponíveis podem ser encontradas com uma resolução tão baixo como 0,3 a 0,2 unidades de pH. - Transferir 250 uL de meio de incubação para um microtubo de 1.5 ml e adicionar solução estoque padrão interno de 4-metilumbeliferona para atingir uma concentração final de 100 nM.
- Ajustar o pH do meio para 4,5-5,0 por adição de HCl 1M. Adicionar 1 mL de HCl a uma vez e verificar pHpipetando 2 uL de meio sobre uma tira de pH. Atingir um pH de 5,0 seria normalmente não requerem mais de 5-10 mL de HCl 1M.
- Adicionar 150 unidades (1,8 ul de um estoque de 85.000 unidades / ml) de β-glucuronidase / arilsulfatase de Helix pomatia e incubar durante 1 h a 37 ° C. Parar a reacção por adição de 250 mL de metanol frio (-20 ° C). Armazenar as amostras a -20 ° C ou ainda processo.
- Evapora-se o solvente, utilizando uma centrifugadora de vácuo a 45 ° C. Reconstituir as amostras com 500 uL de acetonitrilo a 30%: Solução de água. As amostras estão prontas para análise por espectrometria de massa e pode ser armazenado a -20 ° C em frascos amber glass.
- Espectrometria de Massa quantificação com base
Nota: Todas as UPLC e espectrômetro de massa configurações estão detalhadas no dedicado Tabela Suplementar 1. Para uma análise quantitativa, estabelecendo uma curva de calibração é necessária. o calibration curva é obtida através da execução de uma série de diluições do composto conhecido para ser quantificado. Neste caso, as curvas de calibração foram gerados ao longo de 10 concentrações diferentes (Tabela 2), pelo menos seis dos quais deve estar dentro de 20% do intervalo linear 19. O mais baixo nível de detecção é determinada como a concentração mais baixa que dá um sinal maior do que, ou igual a 3 x a média do sinal de fundo. O nível mais baixo de quantificação é determinado como a menor concentração de amostra que dá um sinal de uma maior ou igual a 10 vezes o sinal de fundo média ambos os quais são determinados ao longo de pelo menos 3 ensaios independentes, com amostras em triplicado. - Prepara-se uma diluição em série de um metabolito sintético no meio de cultura de tecidos de acordo com a Tabela 2, incluindo o padrão interno. Um volume final de 250 mL por diluição padrão é adequada.
- Evapora-se as diluições em série de padrão, tal como descrito em rEP 2.1.2.4 e ressuspender em um volume de 30% de acetonitrilo: água equivalente ao volume do meio de evaporação antes (por exemplo, 250 pL de 30% de acetonitrilo: água se a solução padrão de partida foi de 250? L de meio).
- Adicionar 250 ul de cada padrão de diluição em série para um frasco de vidro âmbar UPLC para injecção no amostrador automático UPLC-MS.
- Adicionar as amostras de teste (250 uL) para frascos âmbar UPLC e colocá-los no amostrador automático UPLC.
- Randomize todos os frascos.
NOTA: A configuração espectrómetro de massa foi utilizado um espectretro de massa triplo quadrupolo ion trap / linear híbrido acoplado a uma UPLC detalhado na Tabela Suplementar 1. Outras plataformas teria software e configuração diferente, mas que siga os passos semelhantes para realizar a quantificação. - Executar o UPLC-MS utilizando as definições detalhadas na Tabela Suplementar 1, dependendo da sonda específica para quantificar.
- Usaro "Quantificar - Construir Modo de quantificao" ferramenta em ferramentas de quantificação espectrómetro de massa (Tabela de Materiais) para gerar a curva de calibração a partir do padrão sintético adquirido e do padrão interno.
- Use "Assistente Quantificação" para seleccionar o lote de amostra e as amostras para quantificar e executar o "Método de Quantificação". O software espectrómetro de massa quantificação exibe uma folha de cálculo com os valores de quantificação do composto alvo em cada amostra de teste.
- As sondas que utilizam métodos de luminescência baseado
NOTA: sondas Luminogenic para medir uma variedade de actividades CYP estão comercialmente disponíveis; no entanto, nem todos são adequados para ensaios baseados em células. Aqui, um protocolo é apresentada para medir a atividade do CYP1A1 / CYP1B1. CYP1A1 / 1B1 foi escolhido para ilustrar a forma de ensaiar a actividade de CYP indutíveis e para dar um exemplo de como sondas luminogenic pode ser usado como um alternativo para métodos baseados em espectrometria de massa. A Tabela 3 resume as concentrações e tempo de incubação foi utilizado para as células das vias respiratórias e a linha de células hepáticas; no entanto, aqueles que podem ter de ser adaptados para outros tipos de células. Outras sondas luminogenic estão comercialmente disponíveis e podem ser utilizados como substratos para uma variedade de CYP. - Preparar células suficientes para incluir um controlo não induzido, um teste induzida, e um teste + induzida inibidor. Um exemplo de uma disposição da placa está mostrado na Figura 5B.
- Para induzir a CYP1A1 / 1B1, incubar as células com uma concentração final de 10 nM a TCDD em meio durante um período de 72 h (períodos mais curtos de 24 a 48 h, pode também ser adequados).
CUIDADO: TCDD é um agente cancerígeno e teratogênico. Usar equipamento de protecção adequado, rever o fornecedor MSDS e realizar uma avaliação de risco antes de usar. - Após este período, remover o meio, lavar os poços com PBS 3 vezes, e adicionar um pouco de meio fresco.
- Prior a incubação das células com a sonda repórter luminogenic, pré-incubar o subconjunto designado de células induzidas durante 30 minutos com uma concentração final de 10 uM CYP1A1 / 1B1 inibidor, α-naftoflavona, em meio.
- Adicionar a sonda luminogenic LUC-CEE (luciferina 6'-cloro-etil éter) a uma concentração final de 50 uM para as células não-induzidas, induzidas e induzidas + inibidor.
- Incuba-se durante 4 h numa incubadora de cultura de células. No final do tempo de incubação de recolher o meio, para a quantificação da sonda luminogenic.
- Transferir 25 uL de meio de cultura para uma placa de 96 cavidades opaca branca e adicionar 25 uL de reagente de detecção luciferina fornecidas pelo fabricante. Incubar durante 20 minutos à temperatura ambiente. Leia a placa imediatamente, usando um luminómetro.
- Lavam-se as células com PBS e lise para a quantificação de proteína total.
NOTA: Este passo é opcional, se as células vivas são retidos para experiências futuras. Eut é importante notar, contudo, que os indutores, tais como TCDD são tóxicos e pode danificar as células.

Tabela 1: Lista de metabólicas sondas, os produtos e os inibidores com a sua enzima correspondente. peso molecular e as concentrações recomendadas usadas com as vias respiratórias e células hepáticas são também indicados. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 5: sugerida de 24 poços disposição da placa para efectuar um ensaio de CYP. (A) O esquema recomendado para CYP constitutivamente expressos inclui uma série de cavidades para a forma em branco, A sonda metabólica, e o inibidor metabólico sonda plus. Este layout pode ser multiplicado pelo número de pontos no tempo que estão sendo testados. (B) O esquema exemplo para os CYP indutíveis inclui uma série de bem para um meio em branco, uma sonda metabólica apenas um controlo, as células induzidas (por exemplo, com TCDD) incubadas com as sondas e incubadas com as sondas e um inibidor.

Tabela 2: Diluição de padrões sintéticos utilizados para as curvas de calibração e LODs respectiva e limites de quantificação. A gama de diluição para utilizar podem variar de acordo com a plataforma de espectrometria de massa e sensibilidade. Aqui, usamos um triplo espectrômetro de massa ion trap quadrupolo / linear híbrida ligada a uma UPLC. Por favor clique aqui para ver uma versão maior destafigura.

Tabela 3: Luminogenic sonda, indutor e como inibidor de CYP1A1 / 1B1 Ensaio. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.