Method Article

Criando e aplicando uma referência para facilitar a discussão e a classificação das proteínas em diversos grupos

DOI:

10.3791/56107

⸱

August 16th, 2017

1Department of Microbiology and Immunology, Arizona College of Osteopathic Medicine, Midwestern University

In This Article

Summary

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O objetivo do presente protocolo é desenvolver uma referência para proteínas divergentes em um grupo que carece de critérios coerentes de nomenclatura e classificação. Esta referência irá facilitar as análises e discussões do grupo como um todo e pode ser usada além de nomes estabelecidos.

Abstract

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Proteínas relacionadas que têm sido estudadas em laboratórios diferentes, usando diferentes organismos podem carecer de um sistema uniforme de nomenclatura e classificação, dificultando a discutir no grupo como um todo e colocar novas sequências no contexto apropriado. Desenvolver uma referência que prioriza recursos sequência importantes relacionadas com a estrutura e/ou atividade pode ser usada para além de nomes estabelecidos para adicionar alguma coerência a um grupo diverso de proteínas. Este papel utiliza a superfamília da cisteína-estabilizado alfa-hélice (CS-αβ) como um exemplo para mostrar como uma referência gerada no software de planilha pode clarificar as relações entre proteínas existentes na superfamília, bem como facilitar a adição de novos sequências. Ele também mostra como a referência pode ajudar a refinar os alinhamentos de sequência gerados no software comumente usado, o que afeta a validade das análises filogenéticas. O uso de uma referência provavelmente será mais útil para grupos de proteínas que incluem sequências altamente divergentes de um amplo espectro de táxons, com características que não são adequadamente capturadas por análises moleculares.

Introduction

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Nome de uma proteína deve refletir é características e relação com outras proteínas. Infelizmente, geralmente os nomes são atribuídos no momento da descoberta e, como a investigação continua, pode mudar o entendimento do contexto maior. Isso pode levar a vários nomes se uma proteína independente foi identificada por mais de um laboratório, para mudanças na nomenclatura ou nas características supostamente definitivo ao atribuir o nome e o nome já não suficientemente diferenciando a proteína dos outros.

Invertebrados defensinas fornecem um bom exemplo de degeneração na nomenclatura e classificação. As primeiras defensinas invertebradas foram ....

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Protocol

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1. determinar as características de definição do grupo de proteínas de interesse

  1. publicações anteriores de consulta para determinar se há um consenso sobre os recursos que são necessários para ser considerado parte do grupo. Tome nota de quaisquer inconsistências ou diferenças de opinião entre grupos de pesquisa e incluem características que podem servir para diferenciar um subgrupo de outro.
  2. Se a literatura anterior não resolver características definidoras, use sequências que são consideradas representativas do grupo como ponto de partida para identificar características conservadas.

2. Recolher sequências releva....

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Results

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Grupos de sequências na superfamília CS-αβ relatados na literatura são mostrados na Figura 4. Os pares de cisteína baseados a numeração para cada sequência de sugerem cinco grupos básicos (tabela 1, coluna do meio). Grupo 1 tem seis cisteínas que de bissulfeto de três títulos e inclui sequências de insetos, aracnídeos, moluscos, nematoides e fungos. Grupos 2, 3 e 4 têm 8 cisteínas que formam quatro ligações de bissulfeto. Grupo 2 inclui inset.......

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Discussion

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Os critérios para a nomeação de uma proteína dentro de um grupo devem ser claros, mas isso não é sempre o caso. Sequências que têm o CS-αβ dobre têm sido estudadas em muitos laboratórios usando uma variedade de organismos, resultando em diferentes sistemas de nomenclatura, bem como diferentes níveis de caracterização. A tentativa de impor uma completamente nova nomenclatura não é razoável e resultaria em uma grande quantidade de confusão quando consultar a literatura anterior. Uma sistema de numeração de referência pode .......

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Disclosures

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O autor não tem nada para divulgar.

Acknowledgements

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Investigação em curso tardigrade peptídeo antimicrobiano é suportada pelo intramural de financiamento do centro-oeste Universidade escritório de pesquisa e programas patrocinados (ORSP). O ORSP não tinha qualquer papel no projeto de estudo, coleta de dados, análise, interpretação ou preparação do manuscrito.

....

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Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
Página da BLASThttps://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
EditSeq (Lasergene suite)DNASTARhttps://www.dnastar.com/t-allproducts.aspx
Excel 2013Microsoft
FigTree  http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/
MEGAwww.megasoftware.net
MrBayeshttp://mrbayes.sourceforge.net/
banco de dadoshttp://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/
SCOP

References

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  1. Matsuyama, K., Natori, S. Purification of Three Antibacterial Proteins from the Culture Medium of NIH-Sape-4, an Embryonic Cell Line of Sarcophaga peregrina. J Biol Chem. 263 (32), 17112-17116 (1988).
  2. Lambert, J., et al.

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Tags

Protein ClassificationSpreadsheet SoftwareCysteine Stabilized Alpha Beta SuperfamilySequence AlignmentPhylogenetic AnalysisStructural FeaturesAmino Acid SpacingMEGA 6 SoftwareProtein NomenclatureDivergent Sequences

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