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Análise comparativa da expressão gênica global é uma ferramenta valiosa para identificar novos genes, contribuindo para fenótipos observados. Tais análises normalmente contam com avaliação quantitativa da abundância de transcrição em comparação entre experimental e amostras de controlo. Abordagens específicas, tais como qRT-PCR são relativamente rápida e exata para investigação de alterações de expressão de gene único. A sequenciação do ARN (RNASeq) oferece uma abordagem ampla, livre de hipótese para identificar alterações significativas na expressão gênica entre as amostras, tornando-se agora o padrão para tais investigações através de sistemas experimentais.
Zebrafish têm emergido como um modelo de destaque em várias áreas da doença. Originalmente desenvolvido para sua utilidade em estudos de biologia do desenvolvimento, devido a sua alta fecundidade e relativamente baixo custo de manutenção, utilização experimental de zebrafish evoluiu para incluir uma ampla gama de fenótipos de embrionárias para estágios adultos, bem como um ampla gama de molecular ensaios1,2,3. Com efeito, estas vantagens fazem estudos moleculares mecanicistas rápida e econômica, devido à facilidade de adquirir grandes quantidades de material combinado com a facilidade de manipulação genética e ambiental em todas as fases da vida. Além disso, a natureza transparente de zebrafish embriões e larvas tornam ideal para a geração de linhas de transgénicos repórter células e tecidos específicos permitindo visualização na vivo de populações de células discretas4. Exploração de tais linhas permite a análise da expressão de gene global em tipos específicos de célula isolada baseados na expressão do gene repórter.
Aqui nós apresentamos um protocolo completo para análise de expressão do gene global usando o RNASeq após a cultura de embriões de peixe-zebra. Manipulações genéticas experimentais, incluindo Morpholinos (MO)-knockdown com base transitória do gene ou genoma mediada por CRISPR edição, foram apresentadas em outro lugar5,6,7. Nós, portanto, concentrar-se em um protocolo detalhado para isolamento de RNA de embriões todo ou classificados células transgénicas repórter-expressando seguidas por simples análise computacional de RNASeq resultados usando ferramentas de caminho e gene ontology (GO) termos. Finalmente, nós incluímos uma estratégia para a validação das alterações de expressão do gene por transcriptase reversa quantitativo PCR (qRT-PCR). Estes protocolos são aplicáveis aos embriões de zebrafish, sujeitados a uma ampla gama de condições experimentais, incluindo comparação de mutantes genéticos ou condições ambientais.