Ao contrário de ovários de Drosophila adultos, pupal ovários são relativamente difíceis de acessar e examinar devido a suas pequenas tamanho, translucidez e encerra dentro de um caso de pupa. O desafio de dissecação pupal ovários também reside na sua localização física dentro a pupa: os ovários estão rodeados por células de gordura corporal dentro do abdômen pupal, e essas células de gordura deve ser removidas para permitir a adequada anticorpos. Para superar estes desafios, este protocolo utiliza personalizadas pipetas Pasteur para extrair células de gordura corporal do abdome pupal. Além disso, uma lamela septada é usada no lugar de um tubo de microcentrifugadora durante o processo de coloração para melhorar a visibilidade das pupas. No entanto, apesar de estas e outras vantagens das ferramentas utilizadas no presente protocolo, execução bem sucedida destas técnicas ainda pode envolver vários dias de prática devido ao pequeno tamanho dos ovários pupal. As técnicas descritas neste protocolo poderiam ser aplicadas para experimentos de curso do tempo em que os ovários são analisados em vários estágios de desenvolvimento pupal.