Method Article

Orientações e experiência usando a imagem latente biomarcador Explorer (IBEX) para Radiomics

DOI:

10.3791/57132

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January 8th, 2018

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1Department of Radiation Physics, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, 2UTHealth Graduate School of Biomedical Sciences, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, 3Department of Imaging Physics, The University of Texas MD Anderson Cancer Center

In This Article

Summary

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Descrevemos o IBEX, uma ferramenta de código aberto projetada para estudos de radiomics de imagiologia médica e como usar esta ferramenta. Além disso, alguns trabalhos publicados que utilizaram IBEX para análise de incerteza e construção do modelo são exibidos.

Abstract

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Imagem latente biomarcador Explorer (IBEX) é uma ferramenta open source para imagiologia médica radiomics trabalho. O objetivo deste trabalho é descrever como usar a interface de utilizador gráfica do IBEX (GUI) e para demonstrar como o IBEX calculados recursos têm sido utilizados em estudos clínicos. IBEX permite a importação de imagens DICOM com Pinnacle arquivos ou arquivos de estrutura de terapia de radiação de DICOM. Uma vez que as imagens são importadas, IBEX tem ferramentas dentro do GUI de seleção de dados para manipular a visualização das imagens, valores de medida voxel e distâncias e criar e editar contornos. IBEX vem com 27 opções de recurso pré-processamento e 132 para projetar conjuntos de recursos. Cada categoria de pré-processamento e recurso possui parâmetros que podem ser alterados. A saída do IBEX é uma planilha que contém: 1) cada característica do conjunto calculado para cada contorno de um conjunto de dados, imagem 2) obter informações sobre cada contorno em um conjunto de dados e 3) um resumo do pré-processamento de recursos e recursos usados com seus selecionados parâmetros. Características, calculadas a partir da IBEX têm sido utilizadas em estudos para testar a variabilidade das características sob diferentes condições de imagem e em modelos de sobrevivência para melhorar os modelos clínicos atuais.

Introduction

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Na medicina, o diagnóstico da doença do paciente normalmente incorpora um grande número de exames de diagnóstico, como raios-x, ultra-sonografia, tomografia computadorizada (CT), ressonância magnética (MRI), e varreduras de tomografia por emissão de pósitrons (PET) para ajudar a determinar o curso de atendimento ao paciente. Enquanto os médicos usam essas imagens para avaliar qualitativamente o diagnóstico do paciente, pode haver características quantitativas adicionais que podem ser extraídas para orientar o tratamento do paciente. A lógica é que esses recursos podem representar proteômica e genômicos padrões expressados na escala macroscópica1

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Protocol

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1. Instale o IBEX

Nota: Para instalar uma versão de código-fonte vá para o passo 1.1. Como alternativa, para instalar uma versão stand-alone vá para a etapa 1.2.

  1. Versão de código-fonte
    1. Ir para a versão de código-fonte do IBEX site3. Baixe os arquivos "IBEX_Source.zip" e "How_to_use.pdf". Olha no arquivo "How_to_use.pdf" para encontrar os pré-requisitos para usar a versão mais recente do IBEX.
      Nota: IBEX só funciona em versões de 32 bits e 64 bits Matlab 2011a e 2014b, respectivamente.
    2. Uma vez que o download for concluído, descompacte o "IBEX_Source.zip" e adicione a....

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Results

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A saída do IBEX é uma planilha (ver Figura 4) que contém 3 guias. Na guia "Resultados" contém os valores de recurso para cada ROI no conjunto de dados(Figura 4). Na guia "Dados informação." contém informações sobre as imagens tiradas de cada ROI no conjunto de dados (Figura 4B). Na guia "Recurso informação." contém uma lista abrangente de recursos usados com os parâm.......

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Discussion

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IBEX é uma poderosa ferramenta de pesquisa de radiomics de imagem médica. -Tem até agora sido usado principalmente para fins de Oncologia radiação em estudos realizados pelo grupo de radiomics MD Anderson. IBEX permite a manipulação de ROIs e cálculo de recursos dentro de 5 categorias de recurso principal. A versão de código fonte do IBEX permite ao usuário para aplicativos de design que já não são parte do IBEX, tais como características de matriz de zona cinzenta de nível.

As principais etap.......

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Disclosures

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Os autores têm sem interesses financeiros concorrentes para divulgar.

Acknowledgements

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Rachel Ger é financiado pela Rosalie B. Hite Graduate Fellowship e American Legião auxiliar Fellowship. Carlos Cardoso foi financiado pela sociedade George M. Stancel PhD em ciências biomédicas. O desenvolvimento da IBEX foi financiado pela ICN (R03 CA178495).

....

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Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
ExcelMicrosoft OfficeQualquer versão do Excel deve funcionar.
MatlabMathWorksUse IBEX apenas no Matlab 2011a de 32 bits ou no Matlab 2014b de 64 bits.

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Lambin, P., et al. Radiomics: extracting more information from medical images using advanced feature analysis. EJC. 48, 441-446 (2012).
  2. Zhang, L., et al. IBEX: an open infrastructure software platform to facilitate collaborati....

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