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In vivo, ativação, proliferação e função de todas as células do sistema imunológico ocorrem num ambiente tridimensional (3D), por exemplo, nos gânglios linfáticos ou tecidos. Até à data, a maioria em vitro sistemas depende de bidimensional (2D) as superfícies, tais como placas de cultura de células ou lamelas. Otimamente imitar condições fisiológicas em vitro, utilizamos uma matriz de colagénio 3D simples. Colágeno é um dos principais componentes da matriz extracelular (ECM) e tem sido amplamente utilizado para constituir as matrizes 3D. Para geração de imagens 3D, a tecnologia de microscopia de luz-folha recentemente desenvolvidos (também referida como microscopia de iluminação único plano) é caracterizada com aquisição de alta velocidade, profundidade de grande penetração, branqueamento baixa e fotocitotoxicidade. Além disso, a microscopia de luz-folha é particularmente vantajosa para medição de longo prazo. Aqui descrevemos um protocolo otimizado como configurar e manipular células do sistema imunológico humanas, por exemplo, primário humanos linfócitos T citotóxicos (CTL) e na matriz de colagénio 3D para uso com a microscopia de luz-folha para a imagem latente de célula viva células assassinas naturais (NK) e amostras fixas. O procedimento de aquisição de imagem e análise de migração celular são apresentados. Especial atenção é dada para destacar os passos críticos e factores para a preparação da amostra e análise de dados. Este protocolo pode ser empregado para outros tipos de suspensão de células em uma matriz de colagénio 3D e não está limitado às células do sistema imunológico.