Implantes dentários e seus componentes protéticos são propensos a colonização bacteriana e formação de biofilmes. O uso de materiais que fornece baixa adesão microbiana pode reduzir a prevalência e a progressão das doenças peri-implante. Tendo em conta o ambiente oral complexidade e oral biofilme heterogeneidade, microscopia, são necessárias técnicas que pode permitir uma análise de biofilme das superfícies dos dentes e materiais dentários. Este artigo descreve uma série de protocolos implementados para comparar a formação de biofilme oral em titânio e materiais cerâmicos para pilares protéticos, bem como os métodos envolvidos em análises de biofilmes oral a nível morfológico e celular. O modelo in situ para avaliar a formação de biofilme oral em titânio e zircônio materiais para pilares de prótese dentária, conforme descrito neste estudo fornece uma boa conservação de biofilme a 48 h, mostrando assim a adequação metodológica. Microscopia do multiphoton permite a análise de um representante da área do biofilme formado sobre os materiais de teste. Além disso, o uso de fluorophores e o processamento das imagens usando microscopia do multiphoton permite a análise da viabilidade bacteriana em uma população muito heterogénea de microorganismos. A preparação de espécimes biológicos para microscopia eletrônica promove a preservação estrutural do biofilme, imagens com boa resolução e sem artefatos.