Segmentação automática de matéria cinzenta Cortical de imagens de T1-Weighted MRI

Summary

Este protocolo descreve o processo de aplicação de sete ferramentas diferentes segmentação automatizada de varreduras de T1-weighted MRI estruturais para delinear as regiões de substância cinzenta que podem ser usadas para a quantificação do volume de matéria cinzenta.

Abstract

Dentro da pesquisa de neuroimagem, uma série de estudos recentes têm discutido o impacto das diferenças between-estudo volumétrico conclusões que são pensados para resultar do uso de ferramentas de segmentação diferentes para gerar volumes de cérebro. Aqui, o processamento de gasodutos para sete ferramentas automatizadas que podem ser usadas para segmentar a massa cinzenta dentro do cérebro são apresentados. O protocolo prevê uma etapa inicial a pesquisadores com o objetivo de encontrar o método mais preciso para gerar volumes de matéria cinzenta de T1-weighted MRI scans. Passos para realizar o controle de qualidade visual detalhado também estão incluídos no manuscrito. Este protocolo abrange uma gama de potenciais ferramentas de segmentação e incentiva os usuários a comparar o desempenho dessas ferramentas dentro de um subconjunto de seus dados antes de selecionar um para aplicar a uma coorte completa. Além disso, o protocolo pode ser mais generalizado para a segmentação de outras regiões do cérebro.

Introduction

Neuroimagem é amplamente utilizado em ambos os casos clínicos e configurações de pesquisa. Há um movimento atual para melhorar a reprodutibilidade dos estudos que quantificam o volume cerebral de exames de ressonância magnética (RM); assim, é importante que os investigadores compartilham experiências do uso de ferramentas disponíveis de MRI para segmentar ressonâncias em volumes regionais, para melhorar a padronização e otimização de métodos¹. Este protocolo fornece um guia passo a passo para usar sete ferramentas diferentes para segmentar a matéria cinzenta cortical (CGM; matéria cinzenta que exclui as regiões subcorticais) de T1-weighted MRI ....

Protocol

Nota: Certifique-se que todas as imagens são em formato NifTI. Conversão para NifTI não é coberto aqui.

1. segmentação através do SPM 8: Unificação de segmento

Nota: Este procedimento é realizado através do GUI SPM8 que opera dentro de Matlab. O guia de SPM8 fornece mais detalhes e pode ser encontrada em: http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/doc/spm8_manual.pdf.

1. Certifique-se que SPM8 é instalado e definido no caminho do software.
2. Segmentação de SPM é executada usando uma GUI. Para abrir o SPM, abra uma janela de comando e digite 'spm' na linha de comando.
3. Pressione 'PET & VBM' ....

Results

Cérebro médio volumes de 20 participantes de controle, juntamente com informações demográficas, é mostrado na tabela 1. Isto age como um guia para valores esperados ao usar estas ferramentas. Os resultados devem ser analisados no contexto da imagem original T1.nii. Todas as regiões da GM devem ser inspecionadas conforme os passos descritos na seção 8. Ao executar o QC visual, é importante comparar diretamente as regiões da GM para a verificação de T1 por visualizá-las sob.......

Discussion

Recentemente, pesquisas têm demonstrado que a utilização de diferentes métodos volumétricos pode ter implicações importantes para estudos de neuroimagem^1,2. Por protocolos de publicação que ajudam os usuários novatos guia em como aplicar ferramentas diferentes de neuroimagem, bem como como executar QC sobre a saída de resultados por essas ferramentas, pesquisadores podem selecionar o melhor método para aplicar ao seu dataset.

Enquanto .......