Artigo de método
* These authors contributed equally
Aqui nós apresentamos um protocolo para controlar individualmente os animais durante um longo período de tempo. Ele usa a visão computacional, métodos para identificar um conjunto de marcas construídos manualmente usando um grupo de lagostas como estudo de caso, simultaneamente, fornecendo informações sobre como a casa, manipulam e marcam as lagostas.
Apresentamos um protocolo relacionado a uma técnica de controle de vídeo baseada na limiarização de imagem que torna possível controlar individualmente os animais cohoused e subtração de fundo. Nós testamos a rotina de rastreamento com quatro cohoused lagostim (Nephrops norvegicus) sob condições de luz-escuridão durante 5 dias. As lagostas tinham sido marcadas individualmente. A instalação experimental e as técnicas de rastreamento utilizadas baseiam-se inteiramente sobre o software de código aberto. A comparação entre a saída de rastreamento com uma detecção manual indica que as lagostas eram corretamente detectado 69% das vezes. Entre as lagostas detectadas corretamente, suas marcas individuais foram corretamente identificados 89,5% das vezes. Considerando a taxa de quadros usados no protocolo e a taxa de circulação de lagostas, o desempenho de rastreamento o vídeo tem uma boa qualidade, e os resultados representativos suportam a validade do protocolo em produzir dados valiosos para as necessidades de pesquisa (individual ocupação de espaço ou padrões de atividade locomotora). O protocolo apresentado aqui pode ser facilmente personalizado e é, portanto, transferível para outras espécies, onde o acompanhamento individual de espécimes em um grupo pode ser valioso para responder às perguntas de pesquisa.
Nos últimos anos, rastreamento automatizado baseado em imagem forneceu conjuntos de dados altamente precisos que podem ser usados para explorar questões básicas em ecologia e comportamento de disciplinas1. Esses conjuntos de dados podem ser usados para a análise quantitativa do comportamento animal2,3. No entanto, cada metodologia de imagem usada para controlar os animais e avaliação de comportamento tem seus pontos fortes e limitações. Nos protocolos de rastreamento com base em imagem que usa a informação espacial de quadros anteriores em um filme para controlar animais
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As espécies utilizadas neste estudo não é uma espécie em extinção ou protegida. Experimentos de laboratório e de amostragem seguiram a legislação espanhola e o regulamento interno (ICM-CSIC) de institucional em matéria de bem-estar dos animal. Amostragem de animais foi realizada com a permissão da autoridade local (Governo Regional da Catalunha).
1. amostragem e manutenção animal
Nota: O seguinte protocolo baseia-se no pressuposto de que pesquisadores podem saborear s. norvegicus no campo durante a noite para evitar danos ao fotorreceptores23. Exposição de s. no....
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Nós construímos manualmente um subconjunto dos dados experimentais para validar a análise automatizada de vídeo. Um tamanho de amostra de 1.308 quadros com um nível de confiança de 99% (que é uma medida de segurança que mostra se a amostra reflete com precisão a população, dentro de sua margem de erro) e uma margem de erro de 4% (que é uma porcentagem que descreve como fechar o resposta a amostra deu é o valor real da população) foi aleatoriamente selecionado, e realizou-se uma anotação m.......
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Os resultados de desempenho e representante obtidos com o protocolo de controle de vídeo confirmaram sua validade para a investigação aplicada no domínio do comportamento animal, com um foco específico sobre modulação social e ritmos circadianos dos animais cohoused. A eficácia da detecção de animais (69%) e a precisão da discriminação marca (89,5%) juntamente com as características comportamentais (ou seja, taxa de circulação) das espécies-alvo usadas aqui sugerem que este protocolo é uma solução perfeita para ensaios e.......
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Os autores não têm nada para divulgar.
Os autores agradecem à Dr. Joan B. empresa que financiou a publicação deste trabalho. Também, os autores agradecem aos técnicos da zona de aquário experimental no Instituto de Ciências marinhas em Barcelona (ICM-CSIC) por sua ajuda durante o trabalho experimental.
Este trabalho foi financiado pelo projeto RITFIM (CTM2010-16274; investigador principal: J. Aguzzi) fundada pelo Ministério espanhol de ciência e inovação (MICINN) e a concessão de TIN2015-66951-C2-2-R do Ministério espanhol de economia e competitividade.
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| Nome | Empresa | Número de catálogo | Comentários |
|---|---|---|---|
| Tripé 475 | Manfrotto | A0673528 | Braço Articulado Descontinuado |
| 143 | Manfrotto | D0057824 | Câmera Descontinuada |
| USB 2.0 uEye LE | iDS | UI-1545LE-M | https://en.ids-imaging.com/store/products/cameras/usb-2-0-cameras/ueye-le.html |
| Lente Olho de Peixe C-mount f = 6 mm/F1.4 | Infaimon | Standard Optical | https://www.infaimon.com/es/estandar-6mm |
| Tanque de fibra de vidro 1500 x 700 x 300 mm3 | |||
| Black Tecido | |||
| estrutura de madeira | 5 tiras de madeira 50x50x250 mm | ||
| feltro de estrutura de madeira | 10 tiras de madeira 25x25x250 mm | ||
| parafusos de aço | quantos forem necessários para fixar estruturas de tiras de madeira | ||
| PC | CPU de 2 núcleos, 4 GB de RAM, 1 GB de gráficos, 500 GB HD | ||
| Armazenamento externo HDD | Capacidade de 2 TB desejável | ||
| iSPY Sotfware para PC com Windows | Software iSPY | ||
| https://www.ispyconnect.com/download.aspx Zoneminder Linux PC | Zoneminder | https://zoneminder.com/ | |
| OpenCV 2.4.13.6 Biblioteca | OpenCV | https://opencv.org/ | |
| Python 2.4 | Python | https://www.python.org/ | |
| Camping Icebox | |||
| Bandeja | |||
| Cianocrilato Gel | Para colar etiqueta' s | ||
| 1 folha de plástico PVC preto (1 mm de espessura) | Construção de etiquetas | ||
| 1 folha de plástico PVC branco (1 mm de espessura) | Construção de etiquetas | ||
| 4 Tags ' s Ø 40 mm | Feito com folha de plástico PVC preto e branco | ||
| 3 m Blue Strid Led Ligts (480 nm) | Impermeável como desejável | ||
| 3 m IR Strid Led Ligts (850 nm) | Impermeável como desejável | ||
| 6 m Tubos de metacrilato e Oslash; Cotovelo | Strid Led 4 Fechado | ||
| 45o Ø Construção de Toca de 63 mm | |||
| Tubo de PVC Flexível de 3 m Ø Construção | de Toca | ||
| 4 Tampa de Rosca de PVC Ø Construção de Toca de 63 mm | |||
| 4 O-ring Ø Construção de Toca de 63 mm | |||
| 4 Fêmea PVC soquete cola / rosca Ø 63 mm | Construção de toca | ||
| 10 m DC 12V Cabo | Mecanismo de Controle de Luz | ||
| Ligt Fonte de Alimentação DC 12 V 300 W | Mecanismo de Controle de Luz | ||
| MOSFET, RFD14N05L, N-Canal, 14 A, 50 V, 3 Pinos, IPAK (TO-251) | RS Componentes | 325-7580 | Mecanismo de Controle de Luz |
| Diodo, 1N4004-E3/54, 1A, 400V, DO-204AL, 2-Pines | Componentes RS | 628-9029 | Mecanismo de Controle de Luz |
| Porta-fusível | RS Componentes | 336-7851 | Mecanismo de Controle de Luz |
| Terminal de Energia de 2 Vias 3.81 mm | Componentes RS | 220-4658 | Mecanismo de Controle de Luz |
| Capacitor 220 µ F 200 V | RS Componentes | 440-6761 | Mecanismo de Controle de Luz |
| Resistência 2K2 7 W | Componentes RS | 485-3038 | Mecanismo de Controle de Luz |
| 6,3 x 32 mm2 3A | Componentes RS | 413-210 | Mecanismo de Controle de Luz |
| Arduino Uno Atmel Atmega 328 Placa MCU | RS Componentes 715-4081 | Mecanismo de Controle de Luz | |
| Placa Prototipe CEM3,3 orifício.,RE310S2 | Componentes RS | 728-8737 | Mecanismo de controle de luz |
| Conversor DC/DC,12 Vin,+/-5 Vout 100 mA 1 W | RS Components | 689-5179 | Mecanismo de controle de luz |
| 2 SERA T8 lâmpada fluorescente azul luar 36 watts | SERA | Descontinuado/Instalação isolada de luz |
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