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A necessidade de quantificar proteínas no formalin-fixas, parafina amostras de biópsia de tecido (FFPE) existe em muitos campos clínicos. Por exemplo, quantificação de proteínas biomarcador em espécimes de biópsia de rotina é usada para elucidar o prognóstico e informar o tratamento para pacientes de câncer1. No entanto, métodos atuais são tipicamente subjetivos e faltam de validação.
Imuno-histoquímica (IHC) é usado rotineiramente em laboratórios de patologia e geralmente depende de um anticorpo primário dirigidas a proteína do alvo e um anticorpo secundário conjugado com um rótulo enzimático, tais como a peroxidase de rábano2. IHC convencional é sensível, pode fazer uso de minuto amostras e preserva a integridade morfológica de amostras de tecido, permitindo a avaliação da expressão da proteína dentro de seu contexto histológico relevante. No entanto, porque o cromogênico sinal gerado pelo IHC é subtrativo, sofre de uma faixa relativamente estreita dinâmica e oferece um potencial limitado de multiplexação de3,2,4. Espectrometria de massa de ionização/dessorção do laser assistida por matriz (MALDI-MSI) de imagem preserva a integridade morfológica. No entanto, esta tecnologia em desenvolvimento é associada com a modesta resolução morfológica e requer calibração significativa e normalização, prejudicando sua viabilidade para uso clínico rotineiro5,6,7. Técnicas alternativas para quantificar proteínas em amostras de tecido incluem immunoblotting8, espectrometria de massa9,10,11e enzima-lig da imunoabsorção ensaio (ELISA)12, cada de que começa com um homogeneizado lisado de tecido de amostra. Amostras de tecido primário são heterogêneas em que eles contêm uma infinidade de tipos de células. Portanto, técnicas que impliquem a homogeneização das amostras não permite a quantificação de uma proteína em uma população de célula específica de interesse, tais como células cancerosas.
Como IHC, se é aplicável às pequenas FFPE amostras e permite a manutenção da integridade histológicas13. No entanto, graças à natureza aditiva de sinais de fluorescência, se é passível de aplicação de vários anticorpos primários e etiquetas fluorescentes. Assim, uma proteína de interesse pode ser quantificada relativamente dentro de células específicas ou compartimentos celulares (por exemplo, núcleo e citoplasma) definidos usando outros anticorpos. Sinais de fluorescência também têm a vantagem de uma maior gama dinâmica13,14. A superioridade, reprodutibilidade e multiplexação potencial de se aplicado a amostras FFPE tem sido demonstrada13,14,15.
Neste documento descrevemos o uso de quantitativo immunoblotting utilizando linhagens celulares estabelecidas como padrão ouro para apurar a natureza quantitativa de se juntamente com a análise de imagem computadorizada na determinação da abundância relativa de uma proteína de interesse em cortes histológicos de amostras de tecido FFPE. Nós aplicamos esse método com êxito em uma abordagem multiplex para quantificar proteínas biomarcador em amostras de biópsia clínico16,17,18.