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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Com base na engenharia lentivirais in vitro de precursores neuronais, seu cotransplante em cérebros de tipo selvagem e avaliação morfométrica pareada de derivados de "teste" e "controle", este método permite a modelagem precisa do controle genético in vivo de neokortikalny morfologia do neurônio de forma simples e acessível.
O controle do gene da Citoarquitetura neuronal é atualmente o assunto da investigação intensiva. Descrito aqui é um método simples desenvolvido para estudar o controle genético in vivo da morfologia do neurônio da projeção neokortikalny. Este método é baseado em (1) Engenharia lentivirais in vitro de precursores neuronais como células de "teste" e "controle", (2) seu cotransplante em cérebros de tipo selvagem e (3) avaliação morfométrica pareada de seus derivados neuronais. Especificamente, os precursores paliais E 12.5 dos doadores panneuronal, geneticamente rotulados, são empregados para este fim. São projetados para tirar proveito dos promotores selecionados e da tecnologia tetON/OFF, e são transplantados à mão livre em ventrículos laterais neonatais. Mais tarde, após a criação de perfil de imunofluorescência de cérebros destinatários, silhuetas de neurônios transplantados são alimentados em software de código aberto NeurphologyJ, seus parâmetros morfométricos são extraídos, e o comprimento médio e índice de ramificação são calculados. Comparado a outros métodos, este oferece três vantagens principais: permite conseguir do controle fino da expressão do transgene a custos disponíveis, ele exige somente habilidades cirúrgicas básicas, e fornece resultados estatisticamente confiáveis em cima da análise de um limitado número de animais. Por causa de seu projeto, entretanto, não é adequado endereçar o controle não Cell-Autonomous do neuroarchitecture. Além disso, deve ser usado preferencialmente para investigar o controle da morfologia do neurite após a conclusão da migração neuronal. Em sua formulação atual, este método é afinado primorosamente para investigar o controle do gene da arquitetura neokortikalny glutamatérgico do neurônio. Aproveitando-se de linhas transgênicas expressando EGFP em outros tipos específicos de células neurais, pode ser re-purposed para abordar o controle genético de sua arquitetura.
Aqui nós descrevemos um método simples que nós desenvolvemos para dissecar in vivo o controle do gene da Citoarquitetura neuronal. Com base na engenharia in vitro de precursores neuronais, seu transplante em cérebro neonatal e avaliação morfométrica pareada de células de "teste" e "controle", permite desvendar as implicações funcionais dos genes de teste no controle fino da morfologia neuronal em um forma rápida e acessível. Para investigar o controle genético in vivo da arquitetura neuronal, três questões técnicas fundamentais devem ser abordadas: (1) alcançar uma expressão de gene-de-interesse (GOI) adequadamente padronizada e um controle quantitativo exato da mesma; (2) obtenção de uma visualização segmentada adequada de silhuetas neuronais distintas; (3) elicitar a significância estatística dos resultados, empregando um número limitado de animais.
Quando disponível, as linhas mutantes do rato que abriam transgenes controlados do tetraciclina (Tet) podem ser a melhor ferramenta para endereçar a primeira edição1. Alternativamente, a transgênese somática pode ser empregada. Nesses casos, o transgene é entregado através do Electroporation2 ou da transdução viral3. Em seguida, é mantido como um episome (por exemplo, em cima do Electroporation padrão4), ou está integrado no genoma (aleatòria, através da integrase retroviral5; ou em uma posição definida, através do recombinação homous-promovido crispr (slendr)6 ).
Em segundo lugar, a visualização da silhueta neuronal pode ser conseguida através de (a) rotulagem uniforme esparsa ou (b) rotulagem diferencial densa. Quanto à rotulagem esparsa, as metodologias avançadas do tipo Golgi podem ser empregadas7, minisets neuronais selecionados podem ser preenchidos por biocitina8, e a rotulagem de sal e pimenta pode ser obtida graças a um transgene escassamente expresso. Tal transgene pode exibir a transcrição variegada (thy-EGFP)9 ou pode ser ativada por recombinação estocástica (Morf)10. Quanto a (b), as estratégias de estado de arte incluem recombinação estocástica mediada por CRE dentro de uma matriz de transgenes de fluoroproteína multifloxed (Brainbow)11, bem como a integração genômica guiada por piggyBac-transposase de genes de fluoroproteína, anteriormente entregues via transgénese somática (CLoNE)12.
Quanto à terceira questão, o desfecho morfométrico é freqüentemente afetado por uma grande variabilidade aleatória, originando-se de diferenças entre animais e contingências de injeção celular. Devido a isso, um grande número de animais geralmente é empregado para atingir o poder estatístico necessário para avaliar a atividade morfométrica GOI.
As abordagens anteriormente descritas freqüentemente dependem de habilidades técnicas avançadas e exigem recursos financeiros evidentes, o que pode limitar sua difusão dentro da comunidade científica. Para contornar essas questões, concebemos um pipeline fácil e direto para dissecar o controle genético da neuroarquitetura in vivo de forma rápida e acessível. Isto é inspirado por um projeto similar do cotransplante desenvolvido previamente para a avaliação in vivo rápida da atividade a13do transgene.
Especificamente, pensa-se que o cotransplante de in vitro projetado "verde" precursores neurais ("teste" e "controle" células) em um "preto" receptor neonatal cérebro pode simultaneamente corrigir as três principais questões listadas acima. De fato, a engenharia lentivirais in vitro de precursores, em condições bem controladas, permite a manutenção da variabilidade da expressão neuronal transgênica no mínimo, muito abaixo do que geralmente está associado com manipulações somáticas in vivo (realizadas anteriormente 14 anos de , 15 e em nossos resultados inéditos). O controle exato resultante da expressão gênica é comparável com o obtido por modelos transgênicos controlados por Tet. No entanto, os custos deste procedimento são muito inferiores àqueles provenientes da manutenção de uma linha de rato transgénica. Em seguida, a injeção livre da pilha da mão é fácil e exige o treinamento mínimo. Além disso, a quantidade de precursores rotulados injetado em cada cérebro pode ser facilmente ajustada para alcançar um número cumulativo suficiente de precursores esparsamente distribuídos, ao mesmo tempo que mantém o número total de animais transplantados no mínimo. Por último, mas não menos importante, a coinjeção de precursores de "teste" e "controle" de forma diferente, com rótulo de fluoro, e posterior análise estatística pareada dos resultados neutram os efeitos da variabilidade experimental interanimal, permitindo o alcance de significância estatística dos resultados, mesmo após a análise de um número limitado de indivíduos13.
Ressalta-se que, embora rápido e barato, esse método tem duas limitações principais. Primeiramente, é projetada investigar o controle Cell-Autonomous do gene da arquitetura neuronal, e não é apropriado endereçar o controle ambiental. Em segundo lugar, como precursores neuronais transplantados chegar a sua localização final por um cronograma heterocrônico, este método é preferível para modelar neuroarchitectonics controle ocorrendo após a conclusão da migração.
Todos os métodos e procedimentos aqui descritos foram aprovados pelo SISSA organismo preposto Al Benessere animale (SISSA IACUC).
1. geração de pools de progenitor "verdes" projetados
2. criação dos instrumentos cirúrgicos e da área de operação
3. mistura celular e transplante intraventricular
4. análise de cérebros transplantados
Há cinco conjuntos de dados primários que fornecem informações úteis sobre os principais aspectos do procedimento, sendo a primeira (1) eficiência da transdução de precursores neurais e a cotransdução por vetores lentivirais. (2) um exemplo de características-chave dos promotores empregados para conduzir o "gene de teste". (3) um exemplo de células de engenharia prontas para transplante. (4) uns desenhos animados que incluem detalhes processuais chaves da microinjeção da pilha no cérebro neonatal. (5) uma sinopse de todo o oleoduto morfométrico.
Quanto a (1), avaliou-se a capacidade dos vetores de Lentivirus prototípicos entregues em diferentes Mois (2, 4, 8) para transduce efetivamente precursores neokortikalny. No primeiro ensaio, os precursores neurais originados de neocortices de tipo selvagem precoce foram infectados por um repórter lentivirais, abrigando a seqüência de codificação de mcherry (CDs) o controle do promotor ptα1 neuronogênico-linhagem-específico, em moi = 2, 4, 8, então permitido diferenciar. O co-immunoprofiling de suas progênies para mCherry e o marcador Pan-neuronal Tubb3 mostraram que os neurônios estiveram transados eficazmente nas freqüências de 64%, de 69%, e de 78%, respectivamente (Figura 1a). Em um segundo ensaio, os precursores neokortikalny foram coinfectados agudamente por dois repórteres lentivirais, expressando EGFP e mcherry, o controle do promotor pPgk1 constitutivo, em Mois = (2, 2), (4, 4), e (8, 8). Alguns dias mais tarde, o coimunoperfilamento de seus derivados mostrou que a razão entre ascélulas EGFP + mcherry+ e EGFP+mcherry± foi de 80%, 88% e 93%, respectivamente (Figura 1b). Esses dados sugerem que, após a entrega do protocolo de engenharia previsto para o presente estudo, (a) a grande maioria dos neurônios é transvitada, e (b) quase todos os neurônios transviados receberam o conjunto lentivirais completo necessário para sua caracterização.

Figura 1 : Eficiência da transdução de células precursor neural por vetores lentivirais. Os painéis relatam uma avaliação da eficiência pela qual as células precursoras e 12.5 neokortikalny são transacadas (ou cotransgemadas) após a entrega de repórteres lentivirais dedicados em diferentes multiplicidades de infecção (Mois). No caso anterior (a), as pilhas foram infectadas aguda com o LENTIVIRUS (LV) pTα1-MCHERRY em moi = 2, 4, 8, cultivados no meio proliferative por 2 dias, transferidos ao meio diferenciador, e permitidos diferenciar-se por 1 semana. Após a fixação no dia in vitro (DIV) 9, as culturas foram coimunoperfiladas para mCherry e o marcador Tubb3. os sinais de mCherry e de EGFP foram detectados por anti-RFP e por anticorpos preliminares do anti-EGFP e revelados por Alexa-594-e por Alexa-488-anticorpos secundários conjugados, respectivamente. Finalmente, foram calculadas as relações mCherry+Tubb3+/mCherryTubb3+ , médias e plotadas em relação aos Mois correspondentes. No último caso (B), as pilhas foram infectadas agudamente com uma mistura 1:1 de dois Lentivirus, codificando para o transgenes constitutivamente ativos de PPGK-mcherry e de PPGK-EGFP, em Mois diferentes (2, 4, 8 para cada vírus). As células foram cultivadas em meio proliferativo por 4 dias, tripsinizadas e, após fixação, perfiladas para a imunofluorescência de mcherry e EGFP como acima. Finalmente, foram calculadosos índices de mcherry + EGFP+/mcherryegfp+ , em média e plotados contra os Mois correspondentes. Barras de erro representam M.E.V. por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Como para (2), os testes padrões da atividade de pTα1 e de pSyn podem ser inferidos com base nos perfis da expressão de genes do fluoroprotein seu controle. Neste exemplo, esse controle é direto em caso de mCherry (Figura 2a) e indireto [ou seja, mediado por uma interface de segunda geração Teton(figura 2e)], no caso do EGFP (Figura 2b, C, D). Ambos os promotores são especificamente ativos dentro de Tubb3+ neurônios pós-mitóticos (Figura 2b, C, D), mas ptα1 também dispara em um subconjunto de 67+ intermitotic (Neuronogenic) precursores (Figura 2a). Aqui, para fornecer uma ideia de variabilidade limitada da atividade do promotor quando as células são projetadas de acordo com essas condições padrão (Figura 2e), os níveis de expressão de EGFP orientados para Ptα1 e psyn dentro de neurônios Tubb3+ foram quantificados por Photoshop CS6 plugin histograma. Em seguida, os dados brutos foram normalizados contra medianas e plotados contra promotores (Figura 2F). Notavelmente, os níveis de fluorescência de uma única célula foram densamente agrupados em torno de medianas: primeiro e terceiro quartis igualaram 0,86 e 1,16, assim como 0,89 e 1,12 nos casos de pTα1 e pSyn, respectivamente.

Figura 2 : Criação de perfis de promotores específicos do tipo precursor neural adequados para impulsionar a superexpressão do GOI. Os painéis referem-se à caracterização dos promotores de tubulin Alpha 1 (pTα1) e Synapsin (pSyn), especificamente ativos dentro de toda a linhagem neuronal e neurônios pós-mitóticos, respectivamente. O teste foi executado em precursores neokortikalny colhidos em diferentes idades embrionárias (En), infectadas aguda com misturas lentivirais dedicadas [ptα1-mcherry em (A); ptα1-rtta, Tret-EGFP em (B); psyn-rtta, Tret-EGFP in (C, D); 2μg /ml Doxy ab initio], e cultivadas em meio proliferativo (A), proliferativa (2 dias) seguida por meio diferenciador (B, C), ou diferencial (D) médio. Em cima da fixação no dia in vitro (div) n, os neurônios células foram identificados por αtubb3 e por precursores intermitotic pela imunofluorescência de αki67; mCherry e EGFP foram detectados como mostrado na Figura 1. Os sinais foram revelados como mostrado na Figura 1. Barras de escala: 100 μm em (A, B) e 50 μm em (C, D). São mostradas (E) misturas lentivirais dedicadas utilizadas neste estudo com referências aos painéis de figura. Mostrado é um (F) um gráfico de dispersão de pTα1-e sinal de EGFP orientado por psyn em células Tubb3+ referidas em (B) e (D), respectivamente. Encaixotado são as pilhas que caem entre 25th e 75th percentis; os bigodes referem-se a 10º e 90º percentis. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Quanto a (3), 3 dias após a transdução lentivirais, as neuroesferas "verdes" de mtaptEGFP/+ expressam a proteína fluorescente vermelha do promotor de Pgk1p, mcherry (esferas do "controle") ou não (esferas do "teste") (Figura 3a, B). Todas as esferas são dissociadas para células individuais, garantindo que não haja fendas de aglomerados, e as suspensões correspondentes são misturadas 1:1. A mistura resultante (Figura 3C) é colocada no gelo e usada dentro de 20 min para o transplante.

Figura 3 : Exemplo de teste ("apenas verde") e controle ("verde-vermelho") DIV2 neuroesferas e suspensão celular pronto para transplante. (A, B) Estas esferas foram obtidas de mtaptEGFP/+e 12,5 precursores neokortikalny, infectados acutamente por misturas lentivirais "pCAG_lacZ, Pgk1p_tTA, TREt_GOI" (A) e "Pgk1p_mCherry, Pgk1p_tTA, TREt_PLAP" (B), respectivamente, cada LV em moi = 8, e mantido em meio proliferativo. (C) a suspensão celular foi obtida por meio da dissociação das neuroesferas "teste" e "controle" (a, B) para as células únicas e misturando-as 1:1. Barras de escala: 200 μm em (A, B) e 100 μm em (C). Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Quanto a (4), o procedimento para a injeção da pilha no cérebro neonatal inclui três etapas chaves. O capilar, colocado no plano médio-parasagittal, é entrado na cavidade ventricular lateral através da parede cortical frontal (figura 4a). Em seguida, para evitar danos da Eminência gangliónica, o capilar é girado 30 ° dentro do plano horizontal, de modo que a ponta aponta medialmente/caudally (Figura 4B). Por último, a suspensão celular é delicadamente ejetado na cavidade ventricular lateral, onde forma uma "nuvem" de fácil diferenciação, azul claro (Figura 4C).

Figura 4 : Esquemas do procedimento de três etapas empregados para a injeção da pilha no cérebro neonatal. (A) o capilar é entrado no ventrículo lateral através da parede neokortikalny frontal. Então, (B) é girado medialward, para impedir dano da Eminência ganglionic. Finalmente (C), a suspensão da pilha é injetada delicadamente no ventrículo lateral, onde dá forma a uma nuvem azul clara. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Quanto a (5), o procedimento analítico inclui quatro etapas principais. Primeiro, seções confocais ópticas de campos ricos em neurônios transplantados são achatado, de acordo com a modalidade de projeção Z MAX, gerando arquivos RGB. TIFF. Aqui, como exemplo, apenas os neurônios "teste verde" e os neurônios de "controle amarelo", originários de precursores cotransplantados, podem ser facilmente distinguidos (deve-se notar que mCherry pode alternativamente ser usado para rotular os neurônios de "teste") (Figura 5a). Então, uma versão idealizada, esqueletizado da câmera lucida da imagem é gerada por um software gráfico adequado (ver passo 4.2.6) (Figura 5b) por um operador cego de canal vermelho. A cegueira da canaleta vermelha é da importância primordial a fim impedir todo o viés não intencional na avaliação de dados. Em seguida, as silhuetas single-neuronal são alimentadas no software de NeurphologyJ como retratos e valores preto e branco dos três parâmetros preliminares "número total de exitpoints" (attachment_points), "número total de valores-limite" (valores-limite) e "total comprimento do neurite "(neurite_length) são coletadas (Figura 5C). Finalmente, os parâmetros secundários de cada neurônio são calculados, avaliados em média e estatisticamente pelo software Excel (Figura 5D).

Figura 5 : Fluxograma representativo da Análise morfométrica de cérebros transplantados. Os painéis superiores da fileira mostram: (a) uma imagem máxima de z-Projection. TIFF do neocortex medial, fixa 10 dias após a transplantação projetada da pilha (verde = mtapt-conduzido, EGFP-restrito Neuron; vermelho = mcherry, rotulando constitutivamente pilhas do "controle"; azul = DAPI), o sinal do canal verde, e (B) sua composição esqueletizado da lucida da e-câmera. Barras de escala: 50 μm. A linha inferior inclui: (C) parâmetros morfométricos primários extraídos de esqueletos neuronais pela análise de software do neurphologyj (neurite_length como Σli, attachment_points comosaída N e Endpoints como Nend) e (D) parâmetros secundários calculados em sua base. Este número foi modificado de Chiola et al.21. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Os autores não têm nada a revelar.
Com base na engenharia lentivirais in vitro de precursores neuronais, seu cotransplante em cérebros de tipo selvagem e avaliação morfométrica pareada de derivados de "teste" e "controle", este método permite a modelagem precisa do controle genético in vivo de neokortikalny morfologia do neurônio de forma simples e acessível.
Agradecemos a Mihn Duc do pela sua contribuição para a criação precoce deste procedimento.
| Seringa de 0,3 mL | BD | 320840 | armazenada no RT |
| 0,45 μ m filtro estéril | Millex-HV | SLHU033RS loja na | |
| RT 12 placa multipoços | Falcon | 353043 loja na RT | |
| 1X PBS | Gibco | 14190-094 | loja na RT |
| 24 placa multipoços | Falcon | 351147 | loja na RT |
| anticorpo anti-EGFP, frango policlonal, RRID:AB_371416 | Tebubio | GTX13970 loja em -20 ° Anticorpo | |
| anti-RFP C, monoclonal de rato, RRID:AB_10795839 | Anticorpos Loja online | ABIN334653 | em -20 ° Anticorpo |
| anti-Tubb3 C, monoclonal de camundongo, RRID:AB_2313773 | Covance | MMS-435P | armazena a -20 ° C |
| Kit de conjuntos de tubos aspiradores para pipetas microcapilares calibradas | Loja Sigma | A5177-5EA | na RT |
| Lâmpada de luz azul | Nightsea | BLS2 | na RT |
| Capilares de borosilicato | Kwik-Fil | TW150-4 | loja na RT |
| BSA | Sigma | A9647 | loja em -20 ° C |
| Bü câmara rker | Sigma | BR719520 | 0,0025 mm2, 0,100 mm |
| Meio de crio-inclusão (Killik) | Bio-Optica | 05-9801 | loja em RT |
| DAPI | Sigma | D9542 | loja em -20 ° C |
| Molde de embutir descartável | Bio-Optica | 07MP7070 | loja em RT |
| DMEM/F-12 | Gibco | 31331-028 | loja em +4 ° C |
| Dnase I | Roche | 10104159001 | loja em -20 ° C |
| Doxiciclina | Sigma | D1822 | loja em -20 ° C |
| Fórceps Dumont #3c | Fine Science Tools | 11231-20 | ,loja na RT |
| Dumont, fórceps # 5 | ,Fine Science Tools | 11251-20 | ,loja na RT |
| EGF | Gibco | PHG0311 | loja em -20 176; Loja C |
| EGTA | Sigma | E3889 | na RT |
| FGF | Gibco | PHG0261 | loja em -20 ° C |
| Tesoura fina - Sharp | Fine Science Tools | 14060-09 | loja na RT |
| Fungizone (Anfotericina B) | Gibco | 15290018 | loja em -20 176; C |
| Glucose | Sigma | G8270 | loja na RT |
| GlutaMAX Suplemento | Gibco | 35050061 | loja na RT |
| Goat anti-frango Alexa 488 | Invitrogen | A11039 | loja em -20 ° C |
| Cabra anti-rato Alexa 594 | Invitrogen | A11007 | loja em -20 ° C |
| Heparin Solution | Stem Cell Technologies | 07980 | loja em -20 ° C |
| N2 Suplemento | Gibco | 17502048 | loja em -20 ° C |
| Fibras ópticas | Leica | CLS150X | |
| extrator P1000 | Sutter Instruments | P-1000 modelo | |
| Parafilm | Bemis | PM-996 | loja na RT |
| Pen Strep | Sigma | P0781 | loja em -20 ° C |
| Placa de Petri | Falcon | 353003 | loja em RT |
| PFA | Sigma | 158127 | loja em RT |
| Plasmid # 363 [LV_TREt_ (IRES) PLAP] | construído in house< / em> | store em -20 176; C | |
| Plasmid # 386 [LV_pTa1_mCherry] | construído in house< / em> | store em -20 176; C | |
| Plasmídeo # 401 [LV_pTa1_rtTA (M2)] | construído < em> em casa < / em > | loja em -20 176; C | |
| Plasmídeo # 408 [LV_Ppgk1p_rtTA (M2)] | construído in house< / em> | store em -20 176; | |
| Plasmídeo C # 484 [LV_lacZ] | Addgene | 12108 | armazena em -20 176; C |
| Plasmid # 529 [LV_Pgk1p_mCherry] | construído in house< / em> | store em -20 176; C | |
| Plasmídeo # 730 [LV_pSyn_rtTA (M2)] | construído in house< / em> | store em -20 176; C | |
| Bisturi | Braun | BB515 | loja na RT |
| Steromicroscope | Leica | MZ6 | loja na RT |
| Trypan blue | Gibco | 15250-061 | loja na RT |
| Trypsin | Gibco | 15400-054 | loja em -20 ° C |
| Inibidor de tripsina | Sigma | T6522 | armazenar em -20 ° O |