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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Aqui apresentamos um protocolo para coleta e análise da cinemática tridimensional da locomoção quadrupedal em roedores para estudos pré-clínicos.
A utilidade dos sistemas de análise de movimento cinemática tridimensional (3D) é limitada em roedores. Parte da razão para essa inadequação é o uso de algoritmos complexos e modelagem matemática que acompanham os procedimentos de coleta e análise de dados em 3D. Este trabalho fornece uma metodologia detalhada simples, fácil de usar, passo a passo para a análise cinemática da marcha em 3D durante a locomoção em esteira em ratos saudáveis e neurotraumáticos usando um sistema de captura de movimento de seis câmeras. Também são fornecidos detalhes sobre 1) calibração do sistema em um set-up experimental personalizado para a locomoção quadrupedal, 2) coleta de dados para locomoção em esteira em ratos adultos usando marcadores posicionados em todos os quatro membros, 3) opções disponíveis para rastreamento de vídeo e processamento, e 4) base de geração de dados 3D cinemáticos e visualização e quantificação de dados usando o built-in software de coleta de dados. Finalmente, sugere-se que a utilidade deste sistema de captação de movimento seja expandida para estudar uma variedade de comportamentos motores antes e depois do NEUROTRAUMA.
Em roedores, os déficits de locomotor de membros anteriores e posteriores após distúrbios neurológicos são comumente avaliados por meio de sistemas de Pontuação subjetiva1. Sistemas automatizados2,3,4,5 foram adotados para a análise da marcha, mas sofrem de desvantagens, porque os resultados primários são baseados em análise de pegada e não conseguem capturar crucial variáveis cinemáticas segmentares e articulares que, de outra forma, podem revelar cinemática verdadeira dos movimentos dos membros2. Como a maioria dos parâmetros da marcha está correlacionada, é necessário um conjunto de parâmetros de marcha para compreender as compensações adotadas pelos ratos para avaliar completamente os déficits motores.
Na última década, vários sistemas de análise de movimento 3D6 foram desenvolvidos para pesquisa biomédica em humanos. Estes sistemas foram bem sucedidos e provados ser eficazes em capturar deficits na locomoção em adultos humanos saudáveis assim como a cinemática alterada da caminhada6,7. Em roedores, os sistemas de movimento cinemático 3D atualmente disponíveis adotam algoritmos complexos e modelagem para o comportamento do movimento e utilizam técnicas deanálise de dados sofisticadas8,9,10,11 , que eventualmente limitam a sua versatilidade. Além disso, os métodos utilizados para a coleta de dados com a maioria dos sistemas de captura de movimento 3D não são adequadamente explicados na literatura. Faltam detalhes sobre os procedimentos de coleta e análise de dados, limitações e técnicas envolvidas na utilização efetiva do sistema.
Consequentemente, uma das noções comuns entre os pesquisadores é que as avaliações cinemáticas de rastreamento de movimento 3D são procedimentos bastante trabalhosa e demorados que necessitam de expertise técnica e análise de dados elaborada. A intenção deste trabalho é dividir os protocolos de coleta e análise de dados e descrever a metodologia por meio de um processo passo a passo para que seja objetivo, fácil de aprender e possa ser sistematicamente abordado. Hoje, há uma ênfase emergente na avaliação do comportamento motor funcional de forma mais abrangente e sistemática após lesões neurológicas e intervenções em estudos pré-clínicos.
No Reino da locomoção quadrupedal, apresentado aqui é o uso de um sistema de seguimento do movimento 3D que possa fornecer a informação adicional tal como a postura do corpo, a rotação da pata com respeito aos machados do corpo, inter-relações das junções, e informação mais exata em relação à coordenação, enquanto visualiza simultaneamente todo o animal de todos os aviões. Isso, por sua vez, pode revelar diferenças críticas no comportamento motor dentro e entre ratos saudáveis e feridos através de múltiplos desfechos. Com uma análise cinemática mais refinada que é exata e objetiva, o risco de inferir erradamente efeitos de uma intervenção é minimizado. Os dados gerados deste software de captura de movimento são visualizados quadro a quadro para a qualidade do movimento e podem ser rastreados automaticamente, e a coleta ou Quantificação de dados não requer nenhum algoritmo ou modelagem adicional. O objetivo deste trabalho é fornecer detalhes metodológicos e considerações envolvidas na coleta de dados e na análise da cinemática da marcha 3D durante a locomoção em esteira rolante em ratos saudáveis e com lesão medular. Este protocolo é pretendido para o uso por investigadores pré-clínicos que utilizam modelos neurológicos do rato nos experimentos.
Este estudo foi realizado de acordo com as recomendações do guia nacional de saúde para o cuidado e uso de animais de laboratório. O protocolo foi aprovado pelo Comitê de pesquisa animal do Chanceler da Universidade de Stony Brook.
1. set-up do sistema de captura de movimento
2. calibração do sistema de captura de movimento
3. treinar e preparar o animal para locomoção em esteira
4. captura de movimento
5. rastreamento de movimento
6. análise cinemática
Este protocolo demonstra uma metodologia para a coleta e análise de dados 3D cinemáticos quantitativos para locomoção em esteira em roedores utilizando um software simples e embutido. Os resultados mostram que o protocolo é viável na coleta e análise da cinemática da locomoção quadrupedal em ratos saudáveis e com lesão medular. Pesquisadores com experiência de manuseio de ratos devem colocar marcadores em ratos e, em seguida, calibrar e usar o sistema de captura de movimento sem problemas críticos. Os dados são facilmente gerados sem o uso de algoritmos complexos.
Aqui, o protocolo foi implementado em ratos saudáveis e medulares feridos (C5 direito hemisection). Para a finalidade deste manuscrito, somente os resultados representativos são mostrados. Globalmente, várias cinemática do movimento do segmento articular e dos membros foram facilmente obtidas a partir das coordenadas 3D de cada marcador. Diferenças críticas entre marcha anormal e ciclos de marcha saudáveis foram facilmente detectadas com múltiplos desfechos, incluindo (mas não se limitando a) medidas de altura da etapa, velocidade articular, ângulo articular (Figura 9), durações de fase do ciclo de etapa para todos os quatro membros, e coordenação dos Membros (Figura 10). A análise de dados qualitativos na forma de parcelas e diagramas de vara pode orientar a determinação das ferramentas quantitativas utilizadas para implementar para os resultados finais dessa abordagem de análise (Figura 11).
Em um rato saudável representativo, o perfil angular do cotovelo demonstrou picos suaves e únicos com ciclos de marcha adjacentes consistentes que apresentaram uma amplitude de movimento completa (Figura 9). A fase alternada da postura e as durações da fase do balanço dos traços sugeriram a coordenação consistente do intralimb. No contraste, o perfil do ângulo do cotovelo de um rato ferido da medula espinal representativa demonstrou os picos distorcidos múltiplos, que eram menos consistentes e de escalas menores do movimento. Além do que as alterações na fase alongada da postura e encurtaram durações da fase do balanço, havia uma deficiência na coordenação do intralimb para o RFL.
Nos dados representativos apresentados plotados para coordenação, verificou-se que as parcelas de coordenação (Figura 10) geradas a partir de ratos sadios representativos mostraram uma coordenação rítmica bem definida e alternada em Membros ipsilaterais durante a marcha ciclos (padrão em forma de L) e em-fase D-em forma de padrão com membros contralaterais. Em comparação, um rato representativo da medula espinal-ferido (hemisection direito C5) mostrou a coordenação não-alterna e não-rítmica deficiente em Membros ipsilateral e uma coordenação rítmica alterna incomun (teste padrão em forma de L) em um do contralateral emparelhamentos de Membros (Figura 10). Dado o déficit observável no botão direito no vídeo de movimento gravado, isso sugere que o RFL e LHL foram incapazes de suportar o peso total sem o apoio de LFL ou RHL em um determinado momento. Esta tendência sugere um mecanismo compensatório para lidar com a velocidade de marcha forçada em uma esteira.
Dados quantificáveis foram facilmente gerados a partir do uso do sistema 3D, mas isso envolveu o acesso a abas separadas e selecionando a partir de uma infinidade de opções disponíveis dentro do software. Há trabalho atual sobre o desenvolvimento de um modelo automatizado que irá gerar dados quantitativos e qualitativos em um único relatório para os resultados mais óbvios de interesse (sem a necessidade de gerar individualmente diferentes resultados), como é feito rotineiramente com sistema de cinemática utilizado para estudos clínicos. Assim, vários pontos de extremidade podem ser compilados e exportados em um formato de relatório que pode ser facilmente visualizado imediatamente após uma avaliação.

Figura 1 : Set-up experimental. (A) esquema de uma set-up de coleta de dados cinemático de seis câmeras para uma tarefa de caminhada em esteira rolante. Um conjunto de três câmeras é colocado em ambos os lados da esteira para capturar (frame-by-frame) esquerda e direita marcador movimentos durante a locomoção. (B) diagrama que descreve a colocação do marcador sobre pontos de referência ósseos nos membros anteriores e posteriores do roedor para capturar cinemática da locomoção quadrupedal. Um total de 11 marcadores é colocado em cada lado do rato. As regiões sombreadas mostram a área onde o rato é raspado. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 2 : Marcadores para calibração. (A) atribuições de conjunto de marcadores para o sistema de calibração de varinha, usando dois quadros de calibração: l-frame e Wand (B) o sistema de coordenadas é definido pelo l-frame, onde a origem do l-frame (interseção de duas pernas do quadro) é definida como (0,0). Os dois membros do L-frame, L-frame short, e L-frame longo definem os x-e y-eixos, respectivamente, e o z-axis é definido como perpendicular ao plano XY. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 3 : Tipos de marcadores. (A) fotografia do tronco inferior do rato mostrando os dois tipos de marcadores utilizados. B A fotografia demonstra um marcador retroreflective coloc na crista ilíaca com a fita frente e verso que é projetada aderir à pele (CIRCLED o vermelho). C A fotografia demonstra a colocação de um marcador da pena sobre a junção junção Metatarsophalangeal direita (vermelho CIRCLED). Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 4 : Rastreamento de movimento. (A) a imagem mostra a relação de seguimento do movimento onde os marcadores múltiplos podem ser seguidos simultaneamente usando as funções da "trilha automaticamente" e da "trilha usando a harmonização padrão". (B) a vista ampliada de um marcador retroreflective é detectada como um ponto circular branco brilhante na função da "trilha automaticamente" durante a atribuição do marcador. O software reconhece este ponto como um ponto circular azul brilhante. O ponto vermelho é eventualmente reconhecido como o centro do marcador prescrito. Um ponto vermelho centralizado dentro do marcador circular diminui as chances de erros experimentais durante o rastreamento de dados. O desvio do centro sugere que as medições e análises subsequentes são susceptíveis de ser imprecisas. C Vista ampliada de um marcador retroreflective selecionado para a harmonização do teste padrão. Com base no tamanho, na forma e na cor do marcador selecionado, o software identifica automaticamente os marcadores que correspondem à descrição nos quadros de vídeo subsequentes. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 5 : Opções básicas e avançadas de rastreamento. (A) os vídeos podem ser processados dentro do software clicando com o botão direito do mouse no vídeo durante a análise para que os marcadores obscuros ou obscuros sejam visualizados claramente para permitir o rastreamento automático. Para fins de demonstração, dois tipos de configurações de processamento de imagem são mostrados que são ajustados para acomodar diferentes condições de iluminação ambiente durante a coleta de dados para facilitar o rastreamento. (B) um quadro de vídeo representativo antes do processamento de imagens. (C) para o processamento de imagem básico (tipo de processamento I), as configurações de brilho e contraste são ajustadas para uma visão mais clara. (D) usando as configurações avançadas de processamento de imagem (tipo de processamento II), o marcador da articulação metatarsophalângica direita (marcador preto) é invertido e pode ser rastreado automaticamente. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 6 : Atribuições de fase. O ciclo de marcha para cada membro pode ser dividido em fases discretas de acordo com o delineamento experimental. Para fins de demonstração, são mostradas três fases do ciclo da marcha. (A) a fase de postura é definida como o primeiro quadro em que o membro contata a superfície da esteira. (B) a fase de oscilação é definida como o primeiro quadro em que o membro sai da superfície da esteira (C) a fase média do balanço é o primeiro quadro após o afastamento do membro onde a pata começa a descer. Em (D), um ciclo completo da marcha é definido desde o início da postura inicial até a atribuição da fase de postura do próximo ciclo da marcha. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 7 : Opções avançadas para análise de fase de etapas. Esta opção permite uma visão aprofundada das atribuições de acompanhamento e fase, bem como a capacidade de alterar as atribuições de fase. (A) caixa de seleção do marcador para visualizar e selecionar o marcador desejado. (B) janela de seleção de coordenadas: destacando a coordenada de interesse (neste caso, as coordenadas z) aparecerá como vermelho na janela do diagrama principal. (C) janela de seleção de fase: as fases atribuídas para um membro podem ser visualizadas em relação aos marcadores e coordenadas selecionadas em (a) e (B). As fases também podem ser editadas através desta janela. (D) janela do diagrama: as coordenadas para um marcador específico podem ser comparadas simultaneamente durante as fases individuais do ciclo da marcha. O verde e o amarelo representam as fases da postura e do balanço respectivamente para o hindmembro direito durante a locomoção quadrupedal. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 8 : Amostra de dados cinemáticos 3D. (A) os vários resultados de cada marcador de articulação podem ser visualizados pictorialmente a partir do conjunto de dados de coordenadas 3D após o rastreamento de vídeo (B), dado representativo para os ciclos de postura e de fase de oscilação para cada membro torácico e membro posterior durante quadrupedal andando em um rato. As cores representam as fases de postura e swing de ciclos consecutivos de passos. O vermelho e o verde correspondem às fases direita da postura do membro esquerdo e posterior, respectivamente. O azul e a cerceta correspondem às fases esquerdas da posição do membro esquerdo e posterior, respectivamente. O amarelo corresponde à fase de oscilação de cada membro. (C) vários grupos de dados (marcadores ou resultados discretos) podem ser comparados simultaneamente com facilidade. Os dados de velocidade de coordenadas z dos marcadores da articulação do joelho esquerdo e direito são selecionados arbitrariamente para demonstrar a velocidade vertical do marcador da articulação do joelho da superfície da esteira. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 9 : Dados cinemáticos angulares articulares representativos de ratos com lesão medular da medula espinhal saudáveis e cervicais durante a locomoção da esteira. (A) o perfil do ângulo da articulação do cotovelo em um rato representativo saudável demonstra os picos lisos, únicos de traços do ângulo comum com os ciclos adjacentes consistentes da marcha que exibem a escala completa do movimento. As barras vermelhas e amarelas denotam as fases da postura e do balanço respectivamente do ciclo de etapa do membro torácico. (B) ao contrário, os traços em um rato representativo da medula espinal ferido são relativamente mais distorcidos e mostram picos múltiplos inconsistentes com uma escala menor total do movimento comum. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 10 : Dados representativos da coordenação do membro de um rato ferido da medula espinal saudável e cervical durante a locomoção da escada rolante. (A) os valores da coordenada z dos marcadores metacarpofalângeo (MCP) e metatarsophalângica (MTP) que descrevem medidas de altura da etapa são plotados em seis combinações diferentes entre membros de aproximadamente 10 etapas durante a caminhada quadrupedal. São mostrados a demonstração representativa de todos os seis pares possíveis da coordenação do membro. (B) um rato saudável apresenta uma coordenação rítmica clara e alternada (padrão em forma de L) para todos os pares (i, II, III, IV). Quando os membros estão em fase (v, vi), os pares de coordenação seguem um padrão em forma de D. (C) em um rato ferido da medula espinal cervical, anote (i) a coordenação pobre entre os dois membros dianteiros, (III) emparelhamento ipsilateral direito e (IV) a coordenação incomun para um dos pares contralaterais do membro. Observe que as plotagens de coordenação (B, C) não compartilham a mesma escala. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 11 : Figura Animated da vara 3D. Exemplo de uma figura de vara 3D gerada a partir de dados rastreados. Por favor clique aqui para baixar esta figura.
| Parâmetro de calibração | Entradas de calibração |
| Comprimento da varinha [mm] | 100 |
| L-frame piso offset [mm] | 7 |
| Iterações para detecção de outlier | 4 |
| Comprimento da varinha permitida-desvio | 0,3 |
| A varinha deve ser visível em pelo menos câmeras do _ | 4 |
| Fixar proporção | Verificado |
| Corrigir o parâmetro de inclinação | Verificado |
| Corrigir ponto principal | Verificado |
Tabela 1: configurações avançadas para calibração. A tabela resume os parâmetros que usamos para calibrar com precisão a set-up de seis câmeras. Essas configurações foram testadas experimentalmente e foram encontradas ideais para a nossa configuração.
Os autores não têm nada a revelar.
Aqui apresentamos um protocolo para coleta e análise da cinemática tridimensional da locomoção quadrupedal em roedores para estudos pré-clínicos.
Nosso agradecimento especial a Pawan Sharma por sua assistência com a set-up experimental para o vídeo e contribuição intelectual para este projeto. Agradecemos também a Christopher Palacio por sua contribuição na assistência com a demonstração do protocolo de vídeo.
| Sistema de captura de movimento Basler de 6 câmeras (Scout scA640-120gu). | Simi Reality Motion Systems GmbH Max-Planck-Str. 11 85716 Unterschleibheim, Alemanha | N/A | Dispositivo de gravação para análise de movimento. |
| Quadro e varinha de calibração | Simi Reality Motion Systems GmbH Max-Planck-Str. 11 85716 Unterschleibheim, Alemanha | N/A | Calibração em forma de L que define o sistema de coordenadas globais e a varinha em forma de tridente (100 mm) |
| Marcadores | Shah Lab | N/A | Dispositivo de gravação para análise de movimento. Os marcadores são feitos sob medida em nosso laboratório a partir de olhos arregalados de 0,5 cm cobertos com fita reflexiva. |
| Matlab | Mathworks, Inc, Natic, Ca | N/A | Software de análise de dados |
| Gaiola de roedores | feita sob medida em Stony Brook. | N/A | Gaiola de plexiglass transparente usada para manter o roedor na esteira. |
| Simi Reality Motion | Systems Simi Reality Motion Systems GmbH Max-Planck-Str. 11 85716 Unterschleibheim, Alemanha | N/A | Software de rastreamento 3D. |
| Esteira | Mk Automation Inc., Bloomfield, CT 06002 | N/A | Esteira usada para locomoção de roedores. |